蓝舌病病毒内蒙古分离株VP2基因5′端序列分析及探针制备

从内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病病毒株(BTV—NM)提取总RNA，经反转录PCR扩增VP2基因5′端片段，并构建至pGEM—T载体中。序列测定后，将这一序列与蓝舌病毒澳大利亚株VP2基因5′端进行比较分析：同源性为40％。通过PCR法标记克隆的cDNA片段，制备地高辛标记探针，与粗提的蓝舌病发病羊病毒RNA进行Northernblot杂交，并作敏感性试验，结果表明此探针对蓝舌病毒内蒙古分离株具有特异性，可检测出50pg的病毒RNA。     

蓝舌病病毒内蒙古分离株VP2基因5''端序列分析及探针制备

从内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病病毒株(BTV-NM)提取总RNA,经反转录PCR扩增VP2基因5′端片段,并构建至pGEM-T载体中.序列测定后,将这一序列与蓝舌病毒澳大利亚株VP2基因5′端进行比较分析:同源性为40%.通过PCR法标记克隆的cDNA片段,制备地高辛标记探针,与粗提的蓝舌病发病羊病毒RNA进行Northern blot杂交,并作敏感性试验,结果表明此探针对蓝舌病毒内蒙古分离株具有特异性,可检测出50 pg的病毒RNA.     

蓝舌病毒内蒙古分离株VP_2基因3′端序列的克隆及序列分析

内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病毒株（ＢＴＶ－ＮＭ）经反转录ＰＣＲ，克隆、测序、进行计算机分析，证明该部分序列与呼肠孤病毒３ 型Ｌ３ 基因组片段有高度同源性，达９１％ ，与ＢＴＶ １７ＶＰ２ 基因比较，一致性为４７％     

犬细小病毒CPV-SHZ分离株VP2基因的克隆与序列分析

以本实验室分离鉴定犬细小病毒新疆石河子株（CPV-SHZ）的DNA为模板,根据基因库已发表CPV序列设计合成了VP2基因的1对特异引物,进行聚合酶链式反应,扩增出约1.7kb的片段,按常规方法克隆进pMD18-T载体,经EcoR I和Sal I双酶切筛选到阳性质粒。测序得到VP2全基因组序列,并登陆Genbank（EU170352）。进一步对该片段进行序列分析,结果表明：所扩增基因片段长度为1755bp,与CPV参考株毒株V154（Type2a）、LCPV-V204（Type2b）、LCPV-V139（Type 2c（a））、LCPV-V203（Type 2c（a））,其核苷酸的同源性分别为99.32%、98.75%、98.97%、98.69%,确定CPV-SHZ株基因型为2a型,将其同我国和世界其他国家主要分离株进行基因系统发生进化关系分析,结果表明,其与我国北京分离株BJ018/07亲缘关系较近。     

蓝舌病毒内蒙古分离株VP2基因3‘端序列的克隆及序列 …

内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病毒株（ＢＴＶ－ＮＭ）经反转录ＰＣＲ，克隆，测序，进行计算机分析，证明该部分序列与呼肠孤病毒３型Ｌ３基因组片段有高度同源性，达９１％，与ＢＴＶ１７ＶＰ２基因比较，一致性为４７％。     

禽流感病毒番鸭分离株HA基因的克隆及序列分析

禽流感病毒番鸭分离株ZM（A／Muscovy/Zhejiang/1/2000)经12日龄鸡胚增殖后纯化,提取病毒的基因组RNA,采用RT－PCR方法一次性扩增出17kb的特异性条带,与预计大小相符,将扩增产物提纯后克隆pGEM-T载体,酶切分析筛选到含1．7kb基因片段的阳性质粒,进一步对该片段进行测定及分析,结果表明：所扩增的基因延期长度为1732bp,含HA基因完整的阅读框架,编码568个氨基酸,同源性分析表明：该毒株起源于欧亚种系,与GD／96的HA基因核苷酸同源率高达99％,表明这两个株HA基因亲缘关系极为密切。     

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1E基因的5′端克隆及部分序列分析

根据国外报道的 JEV( Japanese encephalitis virus)基因组全序列 ,针对 JEV E基因 5′端设计合成一对特异引物 ,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA为模板 ,经 RT-PCR扩增 ,获得 366bp的 JEV E基因 c DNA片段 .将此片段重组于质粒 p UC1 9中 ,并转化大肠杆菌DH5α.经 PCR扩增 ,酶切及序列分析 ,结果表明 JEV M73-1 5′端 1 2 6个核苷酸序列与 JEV日本 Nakayama株和 Ja OAr S982株的同源性分别为 96.8%和 96.8% ,氨基酸序列同源性均为 99.2 % .通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了 1 973年在呼和浩特市流行的脑炎是由 JEV引起的流乙脑炎 .E基因编码 JEV的囊膜糖蛋白 ,是其重要表面抗原 .JEV M73-1 E基因 5′端克隆和部分序列分析对 JEV的分子生物学研究、建立分子生物学诊断技术以及基因工程疫苗的研制均具有重要学术意义和实际价值     

犬细小病毒新抗原变异株VP2基因的克隆与序列分析

目的鉴定犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)新抗原变异株的病毒型,为研究CPV变异及制备CPV特异性诊断和治疗试剂奠定基础。方法从病毒细胞培养物中提取基因组DNA,设计合成针对VP2基因的1对特异引物,PCR扩增出VP2基因片段,克隆后测序,应用DNAstar进行序列分析。结果得到CPV-VP-2基因序列15份,其中CPV-2a 10份,CPV-2b 5份;FPV-VP-2基因1份。结论各序列与已发表的标准序列比较,同源性在98%以上,未形成明显分支。     

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1 E基因的5'端克隆及部分序列分析

根据国外报道的JEV(Japanese encephalitis virus)基因组全序列,针对JEV E基因5'端设计合成一对特异引物,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA 为模板,经RT-PCR扩增,获得366 bp的JEV E基因cDNA片段.将此片段重组于质粒pUC 19中,并转化大肠杆菌DH5α.经PCR扩增,酶切及序列分析,结果表明JEV M73-1 5'端126个核苷酸序列与JEV日本Nakayama株和JaOArS 982株的同源性分别为96.8%和96.8%,氨基酸序列同源性均为99.2%.通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了1973年在呼和浩特市流行的脑炎是由JEV引起的流乙脑炎.E基因编码JEV的囊膜糖蛋白,是其重要表面抗原.JEV M73-1 E基因5′端克隆和部分序列分析对JEV的分子生物学研究、建立分子生物学诊断技术以及基因工程疫苗的研制均具有重要学术意义和实际价值.     

日本脑炎病毒（JEV）内蒙古分离株M73—1E基因的5′端？…

根据国外报道的ＪＥＶ（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）基因组全序列,针对ＪＥＶ Ｅ基因５′端设计合成一对特异引物,以日本脑炎病毒内蒙古分离株Ｍ７３－１ＲＮＡ为模板,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增,获得３６６ｂｐ的ＪＥＶ Ｅ基因ｃＤＮＡ片段。将此片段重组于质粒ｐＵＣ１９中,并转化大肠杆菌ＤＨ５α,经ＰＣＲ扩增,酶切及序列分析,结果表明ＪＥＶ Ｍ７３－１ ５′端１２６个核苷酸序列与ＪＥＶ日     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因3′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得的ORF2a的3′端1kb cDNA克隆于pUCl9中，构建成重组质粒pLR7，经PCR检测、酶切检测，表明获得了ORF2a的3′端1kb cDNA克隆．从两端进行了两次序列分析，将获得的核苷酸序列与国外报道的四个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较．结果表明它们具有高度同源性．文中对核苷酸中存在的可能移码序列及其下游的茎环结构(或假节结构)，以及上游特征性三次重复序列进行了分析和讨论，发现上游特征性三次重复序列连续排列可形成几个连续的互补双链区和发夹结构，这一结构可能与移码有关．     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板,经反转录PCR扩增,将获得ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆于pUC19中,构建成重组质粒pLR8.PCR检测和酶切检测表明,获得了ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆,从该cDNA两端进行了两次序列分析,并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较,5个序列间具高度同源性.     

鸡传染性法氏囊病病毒VP5基因的克隆及其序列分析

从病变鸡法氏囊组织中分离纯化IBDV,提取其基因组RNA.以IBDVRNA为模板,进行反转录反应合成cDNA第1链.采用PCR技术扩增VP5基因.将PCR产物经酶切后与pcDNA3.1(+)载体连接,经转化、筛选得到重组质粒pIBDV-VP5.对VP5基因进行了测序并对其序列进行了分析.     

新城疫病毒F48E8株核衣壳蛋白基因的序列分析

研究分析了新城疫病毒中国标准强毒Ｆ４８Ｅ８株核衣壳蛋白基因的序列,该基因的编码区长１４６７个碱基对,编码４８９个氨基酸,Ｆ４８Ｅ８株与弱毒株Ｄ２６株相比,核衣壳蛋白 的氨基酸同源性为９４．１％。     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5''''端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV—Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆于pUC19中，构建成重组质粒pLR8．PCR检测和酶切检测表明，获得了ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆，从该cDNA两端进行了两次序列分析，并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较，5个序列间具高度同源性。     

构建及表达小麦高分子量谷蛋白基因5′端调控序列缺…

通过定点突变，在小麦高分子量（ＨＭＷ）谷蛋白基因５′上游调控序列的ＴＡＴＡｂｏｘ与基因翻译起始密码子ＡＴＧ之间，改变三个碱基，产生新的ＢａｍＨⅠ内切酶位点。在调控序列中，选择四个合适的内切酶，对上游序列进行缺失，分离到四个大小分别为２４００、６１０、４４０和１１０ｂｐ的含有不同调控元件的ＨＭＷ谷蛋白基因启动子，与质粒ｐＨＩ１０１．１的报告基因ＧＵＳ重组，构建了四个嵌合质粒ｐＷＧ２４００、ｐＷＧ６０     

马铃薯卷叶病毒中国分离株外壳蛋白基因及其上游先导序列的cDNA克隆和序列分析

按照马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）核苷酸序列，针对ＣＰ基因及其上游基因间隔区全长约０．８ｋｂ的区段设计合成两个特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板，反转录合成ＣＤＮＡ第一条链，再经ＰＣＲ扩增合成ｃＤＮＡ，将ＣＤＮＡ克隆于ｐＵＣ１９质粒．限制性酶切分析和核苷酸序列测定表明克隆的ＰＬＲＶ－Ｃｈ外壳蛋白（ＣＰ）基因及其上游基因间隔区的全长ＣＤＮＡ共８２４个核苷酸，与国外报道的４个ＰＬＲＶ分离株的核苷梳序列相比具有高度同源性．ＰＬＲＶ的外壳蛋白基因序列与其上游基因间隔区相比保守性更强．     

猪瘟病毒HCLV株E2核苷酸序列与结构分析

用ＲＴ－ＰＣＲ技术从ＣＳＦＶ ＨＣＬＶ株Ｆ４８２代感染兔脾的细胞总ＲＮＡ中分段扩增出ＣＳＦＶ Ｅ２基因特异的３个部分重叠的ＤＮＡ片段,并将之分别克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体上,经核苷酸序列测定和片段重叠完成了包含Ｅ２全长基因的１１４４ｂｐ序列的测定,其ＧＣ含量为４９．０％,核苷酸序列与国外报道的各株病毒的Ｅ２基因同源性分别不８３．５％＿９７．５％．     

肠道病毒71型SHZH03株VP2和VP4 基因的进化分析

目的:对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(中国台湾98年、日本99年及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的VP2和VP4基因进行了遗传进化分析.方法:在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA-STAR软件对VP2和VP4基因进行遗传进化分析.结果:SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的中国台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异.结论:中国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于中国台湾1998年EV71大规模流行时的毒株.