基于线粒体ND2基因的龙头鱼群体遗传多样性分析

以海口、南通、青岛、泉州、湛江5个地理群体98尾龙头鱼为研究对象,通过PCR扩增获得序列长度为1 046bp的线粒体ND2基因全序列,共检测到变异位点19个,其中18个单一变异位点,1个简约信息位点。98条序列共定义了19个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.366±0.063 8,平均核苷酸多样性(Pi)为0.000 427±0.000 424。群体间平均遗传距离在0.000 228～0.000 607之间,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有显著的遗传分化。AMOVA结果显示,龙头鱼遗传变异主要来自于种群内(99.68%)。单倍型系统发育树显示,19个单倍型之间不存在明显的亚种分化。整体的中性检验结果均为负值且显著偏离中性,表明5个地理群体龙头鱼历史上曾经历过种群扩张。参考ND2基因2.5%～3.6%每百万年的变异速率,估算出群体分化扩张时间大致为(1.87～1.30)万年前的第四纪更新世晚期。     

淮河乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列分析淮河淮滨段、凤台段、蚌埠段、洪泽湖的野生乌鳢(Ophicephalus argus)种群遗传结构及种群历史.结果表明,在790bp的同源序列中,4个种群共检测到变异位点22个,占全部序列的2.78%,84个个体共检测到33种单倍型;4个种群的平均单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(Pi)分别为0.956 8、0.0038,表明淮河野生乌鳢种群的遗传多样性水平较高.4个种群间的遗传分化指数Fst为0.046 0,仅3.10%的变异来自种群间(AMOVA分析),基因交流值为10.3696,种群间K2-P遗传距离为0.003～0.005,从而显示乌鳢种群间没有发生明显的地理分化.NJ树揭示4个种群的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关.中性检验、错配分析和Network网络亲缘关系分析皆表明乌鳢鱼种群有过种群扩张,扩张时间约在末次冰期早期,距今51.8ka BP～74.6ka BP.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

四纹豆象不同地理种群的遗传分化

【目的】通过对四纹豆象Callosobruchus maculatus Fabricius不同地理种群mtDNA-Cytb和COⅠ基因部分序列进行比较,分析其不同地理种群间的遗传分化情况,为揭示其与生物入侵的关系及入侵过程中种群系统发育地理格局与演变机制提供依据。【方法】用PCR产物直接测序法对分别来自中国海南、喀麦隆、韩国和泰国的四纹豆象4个地理种群的mtDNA-Cytb和COⅠ序列进行测序,运用软件MEGA3.1对四纹豆象不同地理种群mtDNA-Cytb和COⅠ序列进行序列分析,以绿豆象C.chinensis为外群构建了不同单倍型的分子系统树。【结果】34条420bpCytb序列中共检测到14个多态位点和5种单倍型,33条822bpCOⅠ序列中检测到28个多态位点和9种单倍型,其中4种单倍型为独享单倍型,其余为全部或部分种群的共享单倍型。AMOVA分析结果显示,四纹豆象4个地理种群间的遗传结构差异并不明显,遗传差异主要发生在地理种群内。对4个地理种群进行了Fst值和基因流动统计,结果表明4个地理种群间既存在着一定数量的基因交流,也存在一定程度的遗传分化。【结论】根据单倍型分布格局初步推测,中国不可能是四纹...     

河南董寨国家级自然保护区赤腹鹰种群遗传多样性的研究

遗传多样性是评判物种能否长期生存的依据之一,与物种的适应能力、生存能力和进化潜力密切相关.为了了解河南董寨保护区赤腹鹰种群的遗传多样性水平,对该种群48个样本线粒体DNA控制区429bp序列进行了对比分析.结果显示:T、C、A、G的平均含量分别为27.0%、17.5%、32.1%、23.4%,其中A含量最高,C含量最低,A+T含量(59.1%)明显高于C+G(40.9%);共发现变异位点8个,其中单变异位点7个,简约信息位点1个;检测到8个单倍型,平均遗传距离0.005,系统发生树未表现出单倍型之间有明显的遗传分化;种群的单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为(0.620±0.046)SD、(0.001 84±0.001 51)SD、(0.788±0.582)SD,在猛禽中处于中等水平,且明显低于常见鸟类;错配分布及中性检验结果表明该种群符合急速扩张模型,历史上可能发生过一定程度的扩张事件.     

基于mtDNA COI基因序列的盐肤木种群遗传变异

基于mtDNA COI基因序列对贵州、湖北和四川的盐肤木(Rhus chinensis Mill.)种群进行遗传变异分析.研究共测得盐肤木9个种群50个个体的mtDNA COI基因长度为1.37kb的序列,在测得的序列中有3个核苷酸位点存在变异(占所测核苷酸序列的0.22%),T、C、A、G 4种核苷酸的组成分别为34.1%、21.8%、22.5%、21.6%,其中A+T含量(56.6%)高于G+C含量(43.4%).共检测到3个单倍型(HapA、HapB和HapC),HapA出现在所有种群中,是出现频率最高的单倍型,占所测序列的90%,该单倍型可能是祖先单倍型;HapB由安县的1个个体和竹山的3个个体共享,而HapC只存在于榕江的1个个体.分析表明盐肤木种群具低水平单倍型多样性(0.000 2)和核苷酸多样性(0.187 0),基于该基因序列的盐肤木种群间遗传多样性和遗传分化均较小.     

似鮈(Pseudogobio vaillanti)的分子生物地理学分析

似鮈(Pseudogobio vaillanti)是广布于中国淡水水体中的一种小型鲤科鱼类.通过分析线粒体细胞色素b(cyt b)基因序列变异,探讨似鮈不同地理种群的相互关系,研究似鮈的生物地理学过程,并讨论其物种分化的现状.收集了来自辽河、长江(赣江、信江等)、富春江、珠江、万泉河等水系的样品.在获得的似鮈61个样本的线粒体cyt b基因全序列(1140 bp)中,共检测出了45个单倍型.线粒体单倍型的网络分析发现45个单倍型不形成一个网络图,而是分成9个单元群.邻接树的结果显示,这些单倍型形成5个大的分支,基本上与地理分布相对应,分别是长江1、珠江、海南、长江2和辽河等水系.综合分析似鮈单倍型的相互关系和地理分布及分子钟的计算显示这一分布格局形成于5 Ma前-3 Ma前,其后的200多万年中没有地理种群的交流.尽管似鮈不同地理种群的分子差异很大,但从形态上这些隔离的地理种群之间没有明显的差异,我们认为这反映出似鮈进化较保守.与似鮈一样在中国东部广布的种类很多,它们的地理分布格局的形成过程多被解释为第四纪冰期的扩散.与它们相比,似鮈的地理格局的形成时间和物种分化状态是一个特例.     

北美五倍子蚜mtDNA COI基因序列遗传分化

通过测定北美五倍子蚜(Melaphis rhois)3个种群共32个个体的mtDNACOI基因部分序列,分析北美倍蚜种群的遗传结构和变异。在测得的683bp COI基因序列中有75个变异位点(占所测核苷酸序列的11.0%),4种核苷酸T、C、A、G的组成分别为40.2%、15.0%、32.5%和12.3%,具有较高的A+T含量72.7%。M.rhois 32个个体的COI基因序列共产生10个单倍型,其中两个单倍型为主体单倍型,除阿肯色的一个个体与新泽西的6个个体共享一个单倍型外,其余单倍型单独或由同一种群的个体共享。AMOVA分析显示,五倍子蚜种群内核苷酸多样度低,种群间的遗传变异较高,分化显著。TCS网络图和聚类关系显示,五倍子蚜不同单倍型按地理分布形成明显的簇群,其中俄亥俄种群的单倍型单独构成一个分支,与其余两个种群关系较远;俄亥俄种群与其他两种群间的遗传距离也比较大,该种群可能属于五倍子蚜的一个亚种或新种。     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

陆均松不同居群的RAPD分析

采用ＲＡＰＤ技术分析了海南吊罗山产陆均松９个个体的遗传多样性,１０个引物共检测了６９个位点,其中多态位点２３,占３３．３０％,陆均松的个体间遗传距离平均值为０．１０６１,与国汉松相比,陆均松的遗传我样性丰富,推测过度砍伐是造成陆均松渐危的原因。     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.     

Sequence variations of theS7 ribosomal protein gene in primitive cyprinid fishes: Implication on phylogenetic analysis

Cyprinidae is the largest fish family in the world and contains about 210 genera and 2010 species. Appropriate DNA markers must be selected for the phylogenetic analyses of Cyprinidae. In present study, the 1st intron of the S7 ribosomal protein (r-protein) gene is first used to examine the relationships among cyprinid fishes. The length of the 1st intron obtained by PCR amplification ranges from 655 to 859 bp in the 16 cyprinid species investigated, and is 602 bp in Myxocyprinus asiaticus. Out of the alignment of 925 nucleotide sites obtained, the parsimony informative sites are 499 and occupy 54% of the total sites. The results indicate that the 1st intron sequences of the S7 r-protein gene in cyprinids are rich in informative sites and vary remarkably in sequence divergence from 2.3% between close species to 66.6% between distant species. The bootstrap values of the interior nodes in the NJ (neighbor-joining) and MP (most- parsimony) trees based on the present S7 r-protein gene data are higher than those based on cytochrome b and the d-loop region respectively. Therefore, the 1st intron sequences of the S7 r-protein gene in cyprinids are sensitive enough for phylogenetic analyses, and the 1st intron is an appropriate genetic marker for the phylogenetic reconstruction of the taxa in different cyprinid subfamilies. However, attempts to discuss whether the present S7 r-protein gene data can be applied to the phylogeny of the taxa at the level of the family or the higher categories in Cypriniformes need further studies.     

基于mtDNA CO I基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法（NJ）和最大似然法（UPGMA）构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明：①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG（ATG）,终止密码子为UAA（TAA）,共编码514个氨基酸.T、C、A和G4种碱基的平均含量分别为29.5％（29.3％ ～ 29.8％）、25.5％（25.2％ ～ 25.6％）、28.7％（28.6％ ～ 28.9％）和16.3％（16.2％ ～ 16.5％）; A＋T的平均含量为58.2％,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0～0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA CO Ⅰ中亮氨酸平均含量最多（11.496％）,半胱氨酸平均含量最少（0.1946％）.碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171％、4.8627％;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39％、42.61％.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐（LWQ）牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

Molecular phylogenetic status of Siberian roe deer （Capreolus pygargus） based on mitochondrial cytochrome b from Jeju Island in Korea

In order to elucidate the genetic diversity and taxonomic status of Siberian roe deer （Capreolus pygar- gus） from the Korean peninsula, partial sequences of the mitochondrial cytochrome b gene were analyzed. We col- lected 57 roe deer samples from Mainland and Jeju Island between July 2004 and June 2009. A total of 50 sequences （1,070 bp） were obtained, and seven haplotypes were defined. Five haplotypes were found from Mainland, and two were discovered from Jeju Island. The genetic diver- sity was lower in the Jeju Island population than in the Mainland population. In addition, both the consensus neighbor-joining tree and maximum parsimony tree showed an identical topology between the Mainland and Jeju Island clades. Based on the results, two subspecies of the Korean roe deer were confirmed. Siberian roe deer in Jeju Island showed a distinct difference in the cytochrome b gene compared with other Siberian roe deer, being aunique native species inhabiting only Jeju Island in Korea. Because Siberian roe deer in Jeju Island can be classified at subspecies level, the new subspecies in Jeju was named Capreolus pygargus jejuensis in this study. For this new subspecies, reasonable conservation and management effort is needed in the future.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平，采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列，并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示，褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点，共有7种单倍型；各地理群体遗传多样性水平较低，而且单倍型在群体间分布不均，韩国群体遗传多样性最高，中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示，3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关，距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...