以 16S-23S rDNA 间区序列为目的基因设计 PCR 引物鉴定多杀巴斯德氏菌

多杀巴斯德氏菌是养殖动物(鸡,猪,牛等)的重要致病菌.本研究以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌.通过对多杀巴斯德氏菌ITS-IA(含有tDNA-Ile和tDNA-Ala的16S-23S rDNA间区序列)的测序和与GenBank中序列的BLAST,设计筛选了一对特异引物PS-F/PS-R.对引物的特异性和有效性,用PCR方法进行了验证.结果表明:所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出,而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带.其检测灵敏度能达到102CFU/mL.研究结果表明,发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的,整个过程只需要20 h,而传统的鉴定方法需要至少5 d的时间.     

新鲜哈密瓜汁中芽胞菌的分离鉴定及超高压对其致死效应研究

为探讨哈密瓜汁超高压杀菌的新方法,以新鲜哈密瓜为试验材料,通过形态特征的传统鉴定方法分离得到2株芽胞菌,采用细菌16SrRNA基因的通用引物进行PCR并扩增出这2株菌的16SrRNA基因全序列。测定16SrRNA基因序列,将获得的序列用blast软件与Genbank中相关菌株的16SrDNA序列进行同源性分析,结果显示两菌株均为枯草芽孢杆菌。采用100~500MPa超高压协同35~55℃处理5~20 min进行枯草芽孢杆菌的杀菌实验,结合哈密瓜汁的理化指标和最大程度保持哈密瓜汁原有特殊风味,得出45℃、300MPa、保压15min为杀菌的最优参数,能使哈密瓜汁中的枯草芽孢杆菌降低5.23个对数。     

单核细胞增生李斯特菌三种检测方法的比较

目的:通过比较国标法、real-time PCR法和LAMP方法,得到适合基层实验室快速检测单核细胞增生李斯特菌的方法。方法:分别用国标法、real-time PCR法和环介导的等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)法检测李斯特菌,并进行方法比较。结果:三种方法对单增李斯特菌的检测结果一致.国标法整个检测过程需5~7 d;real-time PCR法实验条件要求高,成本高,检测需1.5~2.5 d;LAMP法实验条件低,成本低,检测时限与real-time PCR相同。结论:LAMP法检测单增李斯特菌灵敏度高、特异性强、快速高效和低成本,适合基层实验室应急检测和现场监测使用。     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

16S rRNA序列分析在多杀巴斯德氏菌鉴定中的应用

目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较,BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99%。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感,而对青霉素G已产生耐药性。结论16s rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。     

野葛特异性PCR检测方法的建立与应用研究

一个物种特有的DNA序列可以开发成能够识别该物种及其加工产品的标记.为寻找野葛(Pueraria lobata)特有的DNA序列,建立野葛特异性PCR检测方法,通过对Gen Bank中野葛基因信息的检索分析,筛选出了同源序列少特异性强的野葛查耳酮合成酶基因作为研究对象.对该基因的特定区域设计引物,建立了野葛特异性定性PCR检测方法.利用该方法对野葛14个不同居群的DNA进行PCR扩增,均能扩增出226 bp的片段.而用相同引物分别对20种其他植物的DNA进行扩增均未出现特异性扩增产物. PCR灵敏度实验结果表明该方法的检测灵敏度达到0.02 ng基因组DNA,对市场上的葛根产品进行检测结果表明该方法可以有效鉴定葛根产品中是否含有野葛成分.该野葛特异性PCR检测方法特异性强、灵敏度高,可用于野葛成分的检测与鉴定.     

两重巢式PCR检测母体外周血中胎儿游离DNA

使用两重巢式PCR技术检测母体外周血中胎儿游离DNA,为非损伤性产前鉴定胎儿性别和诊断单基因疾病奠定基础.采用改良的chelex100方法提取60例孕龄为16~36周孕妇的外周血浆中游离胎儿DNA,依据NCBIX染色体长臂ATL1位点,Y染色体上DYS14位点序列,设计并合成引物,用巢式PCR同时扩增2个基因片段,以鉴定胎儿性别.结果表明:有ATL1位点和DYS14位点的扩增产物261bp和198bp鉴定为男性胎儿,而仅有261bp扩增产物鉴定为女性胎儿.均以真实出生性别进行确认后发现,此方法能有效提高检测特异性.两重巢式PCR能够简便并准确地鉴定胎儿性别,对单基因疾病特别是X-连锁遗传病的诊断有积极意义.     

食品中单增李氏菌实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

运用实时荧光PCR(Real-time PCR)技术建立了对食品中单增李氏菌进行检测的快速方法，设计的引物和探针的序列特异性强，省去凝胶电泳的繁琐，降低了污染的可能性，在对26种病原菌进行检测过程中，运用实时荧光PCR法和经典培养法进行比较，结果表明用实时荧光PCR法检测单核细胞增多李斯特氏菌，更快速、敏感、特异性更高。     

牙鲆迟钝爱德华氏菌的分离及其鉴定

从患腹水病牙鲆体内分离致病菌,通过生理生化鉴定方法对该菌进行了鉴定;根据GenBank上报道的迟钝爱德华氏菌标准株(ATCC15947)的16S rDNA序列以及致病性迟钝爱德华氏菌所含有的菌毛亚基(Fi mA)基因(AB100170)的核苷酸序列设计了2对引物,对所分离到的6株疑似菌进行PCR扩增,均能够扩增出目的条带,基因片段大小分别为1 399,540 bp.序列分析表明,扩增得到的基因与其参考菌株序列高度同源,同源性分别为98.86%,100%.分子生物学鉴定结果与常规细菌鉴定方法所得结果一致,证明该菌为迟钝爱德华氏菌.将该菌肌肉注射鲫鱼,发病症状与自然死亡的症状相似,并从患病鲫鱼体内分离到该菌,说明所分离的迟钝爱德华氏菌是患病牙鲆的原发病原菌.     

用PCR法检测苏云金杆菌的溶原性噬菌体

根据苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,B.t)溶原性噬菌体G IL01(GenBank Accession Number:AJ536703)的同源序列设计一对引物,用35株B.t标准菌株和生产菌株MZ1(血清型H3 a3b)的过夜培养物作模板,结果有16株菌株包括MZ1能扩增出大小约为750 bp的预期产物,推测这16株菌为溶原菌。MZ1菌株的过夜培养液与指示菌ZK1(血清型H25)混匀并在双层琼脂上培养12 h后出现了滴度为2×107pfu的噬菌斑,从而证明生产菌株MZ1确为溶原菌;又以G IL01同源性较高的其它四个基因设计引物,分别以MZ1的培养物及其溶原性噬菌体基因组为模板进行PCR扩增,结果两者得到几乎一致的带型,进一步证明了生产菌株MZ1为溶原菌,说明利用PCR法检测鉴定苏云金杆菌的溶原性是可行的。比较指示菌方法、直接电镜法和DNA鉴定法,PCR法快速简便,对B.t生产上快速检测其溶原性噬菌体有实用意义。     

简并引物法克隆保加利亚乳杆菌β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因

β-N-乙酰氨基己糖苷酶(β-Hexcase)在细菌、植物和动物中广泛存在,具有典型的外切酶活性并可以催化切除β-N-乙酰氨基己糖的非还原性氨基己糖残基,在细菌细胞分裂中具有重要作用.选取与保加利亚乳杆菌LJJ亲缘关系近的菌种的β-N-乙酰氨基己糖苷酶蛋白序列,利用ICO-DEHOP和CODEHOP在线简并引物设计软件设计β-Hexcase简并引物,选取Hex1-f和Hex1-r引物对,以LJJ基因组DNA为模板经PCR扩增得到614 bp产物.PCR产物连接pGEM-T质粒载体后克隆至大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆提取质粒进行测序.测序结果显示产物长度为614 bp,该DNA序列经blastx比对发现与其他已知β-Hexcase基因具有相似性,表明所克隆的序列即为LJJβ-Hexcase的基因片段.β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因的获得为进一步研究β-N-乙酰氨基己糖苷酶与保加利亚乳杆菌自溶的关系奠定了基础.     

益生菌Gan-1的鉴定、理化特性及其降胆固醇作用

从啤酒样品中分离出一株具有较强的耐酸、耐盐、耐胆盐及降胆固醇能力的细菌菌株Gan-1。利用多相分类方法,即通过形态特征、生理生化特性以及16S rRNA核酸序列分析,鉴定菌株Gan-1为干酪乳杆菌（Lactobacillus casei Gan-1）;采用MRS-Broth培养基,模拟人体胃酸环境、渗透压环境和胆盐环境,测定菌株Gan-1在酸性及高胆盐环境作用下菌株Gan-1的生长状况;结果表明,菌株能够耐受pH3的环境、低于6%NaCl的高渗环境以及低于2.0%胆盐环境;菌株具有降解胆固醇的能力,培养至24h时,降解的胆固醇达24%。     

黑曲霉F246的phyA基因克隆及其新型表达载体构建

利用PCR法直接从自行筛选、鉴定的黑曲霉F246中扩增出phyA基因,再将PCR产物重组于乳酸菌表达载体pMG36e,构建phyA基因的新型表达载体pMG36e-phyA.以黑曲霉F246基因组为模板,对phyA基因的成熟肽(1 347 bp)进行PCR扩增.再将PCR产物克隆入pMD18T质粒,经DNA测序和氨基酸分析、鉴定正确后,亚克隆入乳酸菌表达质粒pMG36e,构建工程菌Lactobacillus MG1363-pMG36e-phyA.重组乳酸菌表达载体pMG36e-phyA的构建,可望获得大量、高活性植酸酶,为研制多功能微生态制剂奠定基础.     

大麦醇溶蛋白基因片段克隆和RNAi植物表达载体构建

 为了降低啤酒大麦蛋白的含量,提高啤酒大麦品质,利用甘肃推广面积最大的品种甘啤4号为材料,克隆大麦醇溶蛋白基因保守区序列,构建RNAi表达载体。根据已知大麦醇溶蛋白基因保守序列设计一对特异性引物B2PF5′-CAACCATTTCCACAGCAACCACCAT-3′,B2PR5′-GAAAGATAGAGTAGACGATTGCACG-3′,采用PCR技术从甘啤4号大麦基因组中获得了1个349bp片段（GP4）。依据载体pHANNIBAL和pART27的结构,分别将GP4按所对应酶切位点正反向插入,利用热激法转化。结果分析显示,克隆出的片段与GenBank （NCBI）中醇溶蛋白基因核苷酸序列同源性高达92%,所构建成的RNAi表达载体pART27-pHAN-GP4中含目标片段。     

家蚕质多角体病毒基因部分序列克隆及分析

根据BmCPV(Bombyx mori cytoplasmic polyedrosis virus)核酸片段4的末端序列设计一对引物，通过RT－PCR扩增获得多条DNA片段，对其中占优势的约740bp的片段进行切胶回收，克隆到pGEM-Teasy载体上并进行序列测定。与GenBank中的database比较分析表明，该序列与已登录的序列同源性很低，并与呼肠弧病毒科其它种的对应核酸序列有较大差异。本实验证明所测序列为一新序列。     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

人膜蛋白CD81的原核表达与纯化

以高效原核表达载体pCold TF为载体骨架,应用PCR、限制性酶切、连接等分子生物学方法,将pCold TF中的六聚组氨酸(His-Tag)序列替换为限制性酶切位点SpeⅠ序列ACTAGT,构建不含His-Tag序列的新载体pL118.以此载体表达蛋白时,通过PCR引物在目的基因3′端添加His-Tag以利于融合蛋白的纯化以及融合蛋白中的Trigger Fac-tor(TF)助溶蛋白的去除.应用pL118对人膜蛋白CD81进行原核表达与纯化,并使用Fac-tor Xa蛋白酶去除CD81融合蛋白中的TF助溶蛋白,获得3′端含有His-Tag的CD81蛋白.人膜蛋白CD81的表达纯化,为CD81靶向药物筛选、抗体制备及深入研究CD81的功能奠定了基础.pL118载体的构建以及CD81蛋白的表达纯化为表达困难的基因实现原核表达提供了一种新的思路和方法.     

在β-环糊精存在下催化动力学光度法测定铬(VI)

在β-环糊精存在下,根据铬催化溴酸钾氧化罗丹明B的褪色反应,建立了测定痕量铬的新方法.实验结果表明:方法的最大吸收波长为575 nm,铬量在0.007～0.27 mg/L范围内符合比尔定律,表观摩尔吸光系数为1.95×105L.mol-1.cm-1.用于钢样中铬含量的测定,结果与认定值吻合.     

啤酒发酵过程的建模仿真与控制

针对啤酒发酵过程的特点,建立了数学模型,设计了多变量温度控制系统,并提出一种面向工业过程的多变量时滞系统仿真方法。该控制系统已在自行研制的AUTO－2000集散控制系统中实现,并成功用于安徽圣泉啤酒厂的啤酒发酵温度控制,现场运行情况表明,系统可靠性高,适应性强,有效提高了啤酒的质量和产量,取得了每年1千多万元的经济效益。     

高效液相色谱测量啤酒中氨基酸

本文建立了测量啤酒氨基酸的有效方法,该方法使用高效液相色谱采用梯度洗脱测定啤酒中的氨基酸,结果回收率为99.2%,RSD为2.01%,表明本方法精密度高,稳定性好,可作为检测啤酒氨基酸有效方法。