同义密码子的频率分布

本文提出了关于同义密码子非无规分布的一个机制,从主方程出发,如果只考虑同义突变由图论方法证明了密码子的均匀分布,但是如果考虑了不同氮基酸间的突变,便可导出同义密码子的非无规分布。后者反映了选择约束对密码子分布的影响。     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

Exploring Codon Usage Patterns of Alternatively Spliced Genes in Human Chromosome 1

Introduction A large number of species (prokaryotes and eukaryotes) have been used to study the pattern of codon usage bias, and it has also been demonstrated that inter- and intra-genomic variation of the pattern of codon usage is a widespread phenomenon, which may result from various factors. Alternative synonymous codon usage does not modify the amino acid sequence encoded in DNA among species and often among genes from the same genome. It has been suggested that the pattern of codon usag…     

Coevolution of codon usage and transfer RNA abundance

The use of synonymous codons is strongly biased in the bacterium Escherichia coli and yeast, comprising both bias between codons recognized by the same transfer RNA and bias between groups of codons recognized by different synonymous tRNAs. A major determinant of the second sort of bias is tRNA content, codons recognized by abundant tRNAs being used more often than those recognised by rare tRNAs, particularly in highly expressed genes, probably owing to selection at the level of translation against codons recognized by rare tRNAs. Conversely, codon usage is likely to exert selection pressure on tRNA abundance. Here I develop a model for the coevolution of codon usage and tRNA abundance which explains why there are unequal abundances of synonymous tRNAs leading to biased usage between groups of codons recognized by them in unicellular organisms.     

Correlation of nonsense sites in the lacI gene with specific codons in the nucleotide sequence.

Nonsense mutations derived from 90 different codons in the lacI gene of Escherichia coli have been correlated with the I gene nucleotide sequence. In over 80 cases the specific codon which generates the nonsense mutation can be identified. The sequence shows that 14-16 sites arise through tandem double base changes.     

酵母Yarrowia lipolytica的密码子用法分析

分析了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的４３个蛋白编码基因的同义密码子使用情况。计算了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的密友子地;首镒确定出了母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｉｃａ的１７个视表达优越密码子。这些结果与已知的酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及Ｋ．ｌａｃｔｉｓ中的密码子用法存在较大的差别,说明Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ有特有的密码子用法。     

密码子使用频率及其与进化相关性

本文据1987年基因库的的10~5密码子资料计算了密码子的使用频率和氨基酸的丰度,讨论了使用频率与进化的关系,并与有关资料作了比较。     

3个茶树品种WOX基因家族的进化及密码子偏好性比较

【目的】WOX基因家族在模式植物组织培养中扮演着重要的分子调控角色。非模式植物WOX基因家族的系统发育和密码子使用偏好性研究有助于探索遗传进化规律和基因表达特征,进而为其转基因体系构建提供指导。【方法】利用生物信息学方法在3个茶树品种全基因组数据中鉴定WOX基因;通过ClustalX 2.1和MEGA X软件探索它们的进化规律。运用Perl语言、Codon W 1.4.2程序和SPSS 23.0等软件分析3个茶树品种WOX基因编码序列,探究它们的密码子使用偏好模式;基于ENc-GC_3s、PR2分析和中性分析结果解析影响密码子偏好的主要因素。【结果】共鉴定出42个WOX成员,其中‘云抗10号’(CSA)11个,‘舒茶早’(CSS)18个,‘云南野生古茶DASZ’(DASZ)13个,系统发育揭示3个茶树品种WOX基因在进化上存在较强的保守性。密码子偏好性分析揭示,3个茶树品种WOX基因密码子都偏好使用A/T和以A/T结尾;CSA和DASZ的WOX基因密码子使用模式相似,表明两者亲缘关系较近;以CSA和CSS作为转基因受体时,3个茶树品种WOX基因中个别密码子需优化;烟草是3个茶树品种WOX基因的最佳异源表达受体;ENc-GC_3s绘图、PR2分析和中性分析表明自然选择是影响3个茶树品种WOX基因密码子使用偏倚的主要因素。【结论】3个茶树品种WOX基因进化上较保守,密码子偏好使用A/T和以A/T结尾,且密码子偏好原因主要是自然选择;揭示出转茶树时密码子的优化信息和烟草为最佳异源表达受体的结果。     

锥体虫、果蝇基因编码区的密码子使用、碱基间关联与基因表达水平的关系研究

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平、高表达基因同义密码子的使用规律，求出了描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值；在此基础之上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成、密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ要多，说明生物越高级，编码区内的碱基关联越强．     

核酸序列的矩阵表示

提出了用矩阵形式一对一地表示核酸序列的方法．发现通过矩阵运算很容易得到描述核酸序列中单碱基出现概率和碱基相关出现概率的矩阵和值,并且很易推广到多个碱基关联的情况．对于核酸序列的编码区,用这种矩阵方法计算出密码子的使用频率．而且发现用矩阵方法比较核酸序列的同源性非常直观．