基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

应用微卫星技术分析评价虎皮猫群体的遗传质量

目的应用微卫星DNA标记检测法评价虎皮猫群体的遗传结构。方法应用37个微卫星位点对25只虎皮猫的DNA样本进行PCR扩增,利用软件POPGEN1. 32,对扩增产物的测序结果进行统计分析,获得虎皮猫群体的遗传结构参数。结果该虎皮猫群体的平均观测等位基因数是4. 702 7,平均有效等位基因数是2. 690 7,平均有效杂合度是0. 602 1,平均多态性信息含量是0. 552 0。结论微卫星DNA标记检测法能够应用于虎皮猫群体的遗传质量检测,该虎皮猫群体的遗传结构符合封闭群实验动物的结构特征。     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

北京地区两个封闭群巴马小型猪的群体遗传质量分析

目的对北京地区两个封闭群巴马小型猪群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对A、B两个巴马小型猪群体进行微卫星分型及遗传参数计算。结果 A、B两巴马小型猪群体分别得到126和160个等位基因,平均杂合度分别为0.6541、0.6973,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6037、0.6605,两者的遗传距离为0.2650。结论 B群巴马小型猪群体具有较好的遗传多样性和稳定性,符合封闭群动物的群体遗传特征。     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

太平洋蓝鳍金枪鱼野生群体遗传多样性的初步研究

采用RAPD和微卫星(Simple sequence repeats,SSRs)分子标记技术对太平洋蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)野生群体遗传多样性进行了分析.运用18个随机引物进行RAPD分析,共扩增产生96个可统计条带,其中多态性条带32条,多态位点百分率为33.3,Slaannon's遗传多样性指数0.243 0,群体平均杂合度H 0.192 6;在SSRs分析中筛选出10个SSRs引物,多态座位比例为100%,Shannon's遗传多样性指数1.162 2,群体平均杂合度0.648 6.多态微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.357 1～0.818 7.平均0.546 2,分析结果表明太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平.     

玫瑰冠鸡资源群的微卫星多态性分析

利用8个微卫星DNA标记分析了玫瑰冠鸡(50只)及其杂交鸡(40只)的群体遗传变异。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明:2个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

Hartley 豚鼠生物净化群体建立及微卫星遗传质量分析

摘要:目的 对现有 Hartley 豚鼠种群进行剖腹产净化,通过遗传检测,确认净化后的种群符合封闭群遗传特征。方法 生产群中不同繁殖单元广泛选择雌、雄个体,按 1 ∶ 1 比例合笼交配,于合笼后 70 d 实施剖腹产手术,仔鼠人工乳饲喂。 用循环交配法繁殖一代,从 F1 代中选取 30 个个体采集耳部组织样本,提取 DNA,应用 18 个豚鼠基因组微卫星位点进行 遗 传 检 测。 结 果 剖 腹 产 共 获 得 85 只 仔 鼠,成 活 56 只,离 乳 47 只 ( 23 雄、24 雌) ,成 活 率65. 9% ,离乳率 83. 9 % ;18 个豚鼠微卫星位点共检测到 81 个等位基因,平均杂合度 0. 5747,平均多态信息含量( PIC)0. 5216。 Hardy-Weinberg 遗传平衡检测,14 个位点符合 H-W 遗传平衡,3 个位点显著偏离 H-W 遗传平衡,1个位点呈现纯合状态。 结论 通过剖腹产对豚鼠种群进行了净化,净化后的群体具备较理想杂合度,属高度多态性群体,符合封闭群实验动物遗传特征。     

5个棘胸蛙养殖群体微卫星遗传多样性分析

养殖群体繁殖过程往往受到人为干扰,经过多年养殖后容易出现近亲繁殖现象,影响养殖效益。为了解棘胸蛙Quasipaa spinosa养殖群体的遗传多样性,评估棘胸蛙的遗传现状,本研究选用9个微卫星分子标记对5个养殖群体(江西、浙江、广西、广东、福建)148个实验样本进行遗传多样性分析,结果显示：9个微卫星位点在5个养殖群体中共检测到46个等位基因位点,其中,平均等位基因和平均有效等位基因数分别为5.111和2.702,平均观测杂合度和期望杂合度为0.182和0.589,平均多态信息含量为0.536;养殖群体内观测杂合度和期望杂合度分别在0.130～0.230和0.353～0.468,且观测杂合度均小于期望杂合度。广东和广西群体遗传相似度最高(0.819),福建和江西群体的遗传相似度最低(0.441),与利用MEGA软件构建UPGMA进化树结果相一致。实验结果揭示棘胸蛙养殖群体已经存在一定的近亲繁殖现象。建议在人工养殖棘胸蛙的过程中,应尽量扩大选种范围,避免近亲繁殖;同时,定期从外地良种场引进良种作为繁殖亲本,提高亲本遗传多样性。     

藏羚羊5个微卫星标记的多态性分析

藏羚羊是我国青藏高原的特有物种.为分析藏羚羊独特的遗传变异特征和核DNA遗传多样性,以5个微卫星标记对50只藏羚羊的等位基因多态性进行了研究.研究结果表明:5个微卫星标记共检测到92个等位基因,每个标记的平均等位基因数为18.4个(在16~23之间),平均有效等位基因数为11.1;5个微卫星标记的多态信息含量均在0.8573以上,为高度多态标记,其中L03标记的多态信息含量最高,达0.9372;各标记的观测杂合度在0.4898~0.9091之间,期望杂合度在0.8770~0.9504之间,平均期望杂合度为0.8990,属于高度杂合标记,遗传变异丰富.这些筛选出的多态性微卫星标记可应用于藏羚羊遗传多样性、遗传结构分析及遗传图谱的构建等工作.     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要：目的 利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法 选取文献中45个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体,上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型,分析群体遗传结构,并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比,SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升,尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论 所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测,所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。     

贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

对赤点石斑鱼多态性微卫星位点的跨种扩增和特征分析

利用近缘种中已发表的微卫星DNA标记引物,对赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)进行跨种PCR扩增,得到12个多态位点,其等位基因数目从2到20不等;表观杂合度范围是0.222～0.861,平均为0.595;期望杂合度范围是0.200～0.932,平均为0.637.数据分析结果表明,在经过邦佛伦尼校正(Bonferroni correction)后,这些微卫星位点均符合哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium),并且各位点两两之间不存在显著的连锁不平衡(linkage disequilibrium)现象.因此可以认为,这12个多态性微卫星位点是研究赤点石斑鱼种群遗传结构的良好分子标记.     

利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构

利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带。4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0．8775、0．7325、0．5000、0．7288,多态信息含量分别为0．8751、0．7239、0．3750、0．7123,有效等位基因数为8．1633、3．7383、2．0000、3．6866。4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

STR扫描技术对融水小型猪群体遗传结构的分析*

目的 应用STR扫描技术分析融水小型猪群体的遗传结构。方法 选用北京市地方标准封闭群实验用小型猪的遗传质量监测提供的25个微卫星位点对广东省医学实验动物中心小型猪研究基地F1代30头融水小型猪基因组DNA进行PCR扩增,对扩增产物进行STR扫描,运用popgene32软件对该融水小型猪进行群体遗传结构分析。结果 融水小型猪F1群体平均观测等位基因数为9.4400,平均有效等位基因数为5.2966,平均香隆指数为1.8085,平均有效杂合度为0.7737。结论 STR扫描技术适用于融水小型猪群体遗传结构分析;初步掌握了融水小型猪遗传结构。     

大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选

耐低温性状是鱼类一种重要的经济性状。为进一步探索大黄鱼耐低温性状,本研究采用13个大黄鱼微卫星标记,以岱衢洋大黄鱼低温耐受组和正常对照组2个F2代群体各50个个体为研究对象,分析了群体耐低温性状的遗传差异。结果显示:13个微卫星标记位点在2个岱衢洋大黄鱼群体中共检测到109个等位基因,观测等位基因85个,平均有效等位基因6.49个,观测杂合度0.89,平均期望杂合度0.85,2个群体的平均多态信息含量值为0.81,全部为高度多态,表明13个微卫星位点在所选育的岱衢洋大黄鱼群体中均表现出较高的多态性,群体的遗传多样性比较丰富,可以作为良好的育种材料。耐低温性状相关微卫星标记的研究显示,标记LYC0015在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112、110、108、106和104 bp),其中LYC0015112bp等位基因在低温耐受组的出现频率达48%,而在正常对照组中的频率为零,表明该等位基因对岱衢洋大黄鱼温度特性较为敏感,可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系,这一结果可以岱衢洋大黄鱼今后耐低温群体的选育研究提供基础资料。