大小鼠微卫星和 SNP 遗传检测的研究进展

摘要: 随着分子生物学技术的迅速发展,微卫星与单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism,SNP ) 技术已成 为实验动物遗传检测的重要手段。微卫星与 SNP 作为一类新型的分子标记,相对于生化与免疫标记,具有快速和 准确等优点。本文就微卫星与 SNP 在大鼠、小鼠遗传检测方面应用的进展做一综述。     

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要：目的 利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法 选取文献中45个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体,上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型,分析群体遗传结构,并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比,SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升,尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论 所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测,所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.     

SNP及其在鱼类养殖中的应用

随着鱼类水产养殖业的不断发展,亟需对一些重要的养殖种群进行遗传性状的改良和良种的选育,而分子标记技术可以大大加快良种选育和性状改良的的过程。作为第三代的分子标记技术,SNP分子标记在一些实际应用当中体现出了比微卫星技术更优越,例如遗传稳定性高、高密度、便于自动化分析等优点。目前SNP在鱼类应用中比较少,因此有必要对SNP在鱼类养殖中的发展现状进行总结,这将对于后期SNP分子标记技术养殖中的发展起到推动作用。     

SNP的检测方法及其在农作物遗传育种中的应用

SNP(单核苷酸多态性)在生物基因组中具有数量多、分布广等特点,是目前广泛应用的第3代分子标记,在现代生物研究方面具有重要的应用价值。本研究综述了SNP的检测方法及其在农作物遗传育种中的应用。     

SX1近交系小鼠遗传纯度的初步研究

目的初步鉴定山西省肿瘤研究所第22代SX1近交系小鼠遗传纯度。方法应用生化基因位点遗传质量检测法和皮肤移植测试法对山西省肿瘤研究所自行培育的第22代昆明近交系小鼠进行了遗传纯度的初步鉴定。结果所检测的6只近交系小鼠的13个生化位点均未发现杂合基因型,所检基因位点全部纯合;所检测的10只近交系小鼠异体间未发现急性排斥现象。结论初步判定山西省肿瘤研究所自行培育的第22代昆明近交系小鼠在遗传质量上符合国标有关实验动物遗传质量检测的要求。     

微卫星与生化位点法对BALB/c小鼠遗传检测比较分析

目的 应用微卫星DNA标记检测BALB/c小鼠的遗传质量,并与现行国家标准生化标记法进行比较,探讨其在近交系小鼠遗传监测中的应用,为建立微卫星DNA检测方法奠定基础。方法 采用20个微卫星基因位点和毛细管电泳技术对BALB/c小鼠进行遗传质量检测,同时采用现行国家标准生化标记法进行检测比较分析。结果 各样品20个微卫星基因位点DNA片段大小相同,没有新的等位基因出现;生化标记检测结果亦显示Akp1等14个生化标记基因均为纯合,个体间生化标记表型均一致,根据国家标准符合品系特征。微卫星DNA标记检测结果与生化标记检测结果一致。结论 微卫星DNA标记可准确可靠、方便快捷地检测近交系小鼠遗传质量,本研究所选的20个微卫星基因位点可用于BALB/c小鼠遗传质量监测。     

BALB/c小鼠遗传污染对单克隆抗体制备的影响

目的检测BALB/c小鼠遗传污染对单克隆抗体制备实验的影响。加强近交系小鼠的饲养管理和重视实验动物的遗传质量检测。方法使用遗传生化标记方法对购进的两批BALB/c小鼠进行了碱性磷酸酶-1(Akp-1)等13个生化位点的检测。结果注射杂交瘤细胞后不产生腹水,经生化检测发现,购买的第一批BALB/c小鼠,在过氧化氢酶-2(Ce-2)等4个生化位点发现杂合基因,第二批BALB/c小鼠在过氧化氢酶-2(Ce-2)等8个生化位点发现杂合基因。结论本实验说明在实验动物的饲养管理上存在漏洞,上述两批BALB/c小鼠未严格按照国家实验动物管理操作规程操作,必须规范实验动物饲养管理,加强实验动物遗传检测,这是保证动物试验结果准确可靠不可或缺的重要环节。     

遗传修饰小鼠模型基因型鉴定技术要点介绍

近年来,随着生物医学研究及基因编辑技术的发展,出现了越来越多的动物模型.由于制作方法的不同,其基因型鉴定技术方法也不一样,导致基因型鉴定的工作存在混乱无序的现象.本文根据遗传修饰小鼠模型制作方法进行分类,介绍了随机转基因小鼠、条件性基因敲入小鼠、基因敲除小鼠三类常见模型的基因型鉴定技术要点,规范遗传修饰小鼠模型基因型鉴...     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

应用微卫星标记对三个昆明小鼠封闭群的遗传学研究

目的检测和分析我国主要昆明小鼠群体的遗传背景、遗传多样性及其遗传分离情况,为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供基础资料。方法应用筛选获得的15个微卫星标记及其荧光标记-半自动基因分型技术,对我国国家啮齿类实验动物种子中心(北京种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心(上海种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心与上海第一生化制药厂的融合F1代(融合种群)昆明小鼠种群进行遗传检测和分析,评估各群体的遗传背景、遗传多样性、群体间的遗传关系及进行品系融合后的遗传学变化。结果3个昆明小鼠种群在15个微卫星位点共检测到92个等位基因,每位点2～13个,平均6.13个;平均期望杂合度为0.5721,表明昆明小鼠具有较好的遗传多样性。北京种群、上海种群、融合种群分别检测到61、63、51个等位基因,其在15个微卫星位点的平均期望杂合度分别为0.4923、0.5177、0.4550,表明上海种群的遗传多样性略大于北京种群,融合种群的遗传多样性低于北京和上海种群。从等位基因组成上看,上海种群与融合种群共有基因数最多(43个),表明其较小的遗传差异;而北京种群和上海种群(37个)、北京种群和融合种群(32个)的共有基因数均明显少于上海种群和融合种群间的共有基因,表明北京种群和上海种群及融合种群间较大的遗传差异。群体间遗传变异分析表明,上海种群和融合种群间的遗传分化程度很弱,其Fst值为0.0222,遗传距离为0.0279;北京种群和上海种群遗传分化为中等,其Fst值为0.1433,遗传距离为0.3881;北京种群与融合种群间有较大遗传分化程度,其Fst值为0.1667,遗传距离为0.4162;根据Nei遗传距离进行UPGMA系统聚类表明上海种群和融合种群先聚为一类,再与北京种群聚为一类。结论利用15个微卫星标记,初步确定了3个昆明小鼠群体的遗传背景,从分子水平表明不同生产单位的昆明小鼠种群间具有中等或较大的遗传分化程度,种群融合过程中应采取适当措施避免封闭群遗传基因的丢失从而造成遗传多样性减少,研究结果为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供了基础资料。     

应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNaPshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F₁子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F₁子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离; 对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(H_e)为0.11～0.51、观测杂合度(H_o)为0.11～0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10～0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNaPshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。     

近交系小鼠8个遗传生化标记杂合位点的研究

目的为了更加准确有效地监测近交系小鼠的遗传质量,对近交系小鼠的8个遗传生化标记杂合位点进行 研究。方法将近交系小鼠CBA／Ca与BALB／c交配得到杂交Fl代动物CCBFI,同时将近交系小鼠CBA／Ca与 C57BL／6交配得到杂交Fl代动物B6CBFI,对CCBFI和BbCBFI进行遗传生化标记检测。结果找到近交系小鼠 8个遗传生化标记的杂合位点。结论近交系小鼠的8个遗传生化标记位点相对应的等位基因均为共显性。杂合 位点的图谱可以作为监测近交系小鼠质量的判定标准。     

封闭群长爪沙鼠遗传标准的建立

目的 建立封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制（GBl4923—2001）,在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群长爪沙鼠遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的536个小鼠微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增得到135个长爪沙鼠微卫星,并优化PCR扩增条件,通过琼脂糖电泳和STR扫描二级筛选,根据位点在染色体分布情况、等位基因数目和多态性等优化出适于封闭群长爪沙鼠遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和检测方法。     

微量细胞毒法在近交系小鼠遗传检测中的应用

建立微量细胞毒实验检测技术 ,对近交系实验动物免疫遗传特性进行常规检测和质量监测。引进小鼠主要组织相容性复合体 (MHC)国际标准单克隆抗体系列 ,制取近交系小鼠脾细胞 ,加入特异的单克隆抗体 ,通过倒置显微镜观察最终反应结果 ,根据死亡细胞占总细胞的百分比来判定实验结果。死亡细胞超过细胞总数的 6 0 %即为阳性。可依照加入的单克隆抗体基因型来确定近交系小鼠的基因型 ,因此可利用微量细胞毒法识别近交系小鼠H- 2单倍型 ,区别不同的品系。此方法检测速度快、操作简单、结果准确 ,故便于在国内推广使用     

小鼠转基因及传代研究

综述了湖北省农科院生物技术研究所近年来有关转基因小鼠的主要研究进展。应用原核注射技术 ,将POMT PGH、hDAF、pBHSA、pSHSA、PT HBV 1 3、Bcl xL、hCD5 9、hCD5 9+hMCP等 8种外源基因 ,注入并移植 4 874枚小鼠的受精卵 ,得到 5 5 6只小鼠 ;经PCR和Southern杂交检测 ,确认原代转基因小鼠 10 8只。基因整合率平均 19.4 % ,转基因效率平均 2 .2 %。应用混合注射的方法得到了转双基因小鼠 ,双基因共整合率 2 2 .2 %。表达外源蛋白的转基因小鼠在 5 0 %～ 10 0 %之间。研究了小鼠的超数排卵和影响转基因效率的几个因素。通过转Bcl xL小鼠与非转基因小鼠连续五个世代的传代交配和检测 ,研究了转基因小鼠外源基因的遗传规律 ,表明四只原代小鼠中 ,只有一只能稳定地将外源基因传递给后代。并非所有的转基因小鼠都具有遗传的稳定性 ,欲建立小鼠的转基因品系 ,尚需对原代转基因小鼠进行筛选。     

造血重建小鼠骨髓中成纤维细胞的起源

选择Y染色体特异的性别决定基因(Sry)作为新的细胞遗传标志,采用PCR技术对小鼠骨髓细胞重建造血的性能和造血重建小鼠骨髓中成纤维细胞的起源进行研究.将正常雄鼠骨髓细胞输注给经致死剂量射线照射的受体雌性小鼠,PCR技术检测结果表明,在活存小鼠的骨髓、脾脏、胸腺和淋巴结中均具有供体起源的细胞.而正常雄鼠或5-氟尿嘧啶处理的雄鼠骨髓细胞输注给受体雌性小鼠后,造血重建小鼠骨髓中的成纤维细胞则为受体起源.由此可见,小鼠骨髓中的成纤维细胞与造血细胞具有不同的起源.     

含有前列腺癌风险性SNP rs10486567位点潜在增强子座位在前列腺癌细胞中功能的研究

遗传是前列腺癌发展成临床型疾病的重要危险因素.前期采用生物信息学分析发现,7号染色体短臂15区2带(7p 15.2)的SNP rs10486567是前列腺癌的独立风险因子,并发现该SNP位点定位于一个潜在增强子内部.本研究通过CRISPR-Cas9技术在22RV1细胞系中敲除该增强子座位后发现肿瘤细胞迁移能力显著降低;并利用Capture-C技术结合RNA-seq方法,发现该增强子座位与约800 kb外的HOXA基因区段存在远距离染色质相互作用,并调控HOXA基因簇的表达.研究提示含有风险性SNP rs10486567的增强子区段调控HOXA7、HOXA4等基因的表达,进而影响肿瘤细胞的恶性转移进程.     

第3届发育遗传国际学术会议

该会议由美国霍华德休斯医学研究所（HHMI）和复旦一耶鲁生物医学研究中心主办，复旦大学发育生物学研究所承办。大会以小鼠遗传和人类疾病学研究为主题，又称为“小鼠遗传学及人类疾病学研讨会和小鼠遗传技术发展应用讲习班”。由于许多疾病研究不能够在人体上直接进行，模式生物尤其是和人类最相似的小鼠已成为研究人类多种疾病分子机制不可替代的工具。目前世界上发达国家的生物医学研究机构中大多数科学家在研究中使用模式生物，     

全基因组关联分析在大豆遗传学上的研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是挖掘作物重要性状遗传信息的主要手段。随着测序技术的快速发展,开发单核苷酸多态性(SNP)标记的成本大幅降低,以连锁不平衡(LD)为遗传基础的GWAS技术已被广泛用于研究作物的农艺、品质和抗性等复杂性状。近年来GWAS技术已成功运用到对大豆重要性状的遗传解析上,并取得了一系列的研究进展。在简要介绍GWAS技术的原理和实施方法的基础上,总结分析了近年来其在大豆重要农艺性状、品质性状和逆境抗性性状上的遗传学研究进展及应用前景。