青海湖裸鲤的种群结构和线粒体DNA变异

对青海湖裸鲤55个个体Cytb基因全序列进行了测定和分析,探讨了种群结构和群体遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以黄河花斑裸鲤为外群,构建了单倍型的NJ树;用Arlequin Ver.2 000程序计算了群体内遗传变异值(Fst)。结果显示,青海湖裸鲤群体没有显著的种群结构,提示青海湖裸鲤群体内存在广泛的基因交流;种群的遗传多样性较低(π=0.7828±0.0532),青海湖裸鲤种群很可能在历史上遭受过严重的“瓶颈效应”。     

青海湖裸鲤营养成分分析

对青海湖裸鲤成鱼、鱼苗、鱼卵的粗蛋白、粗脂肪、灰分、水分、粗纤维、碳水化合物、氨基酸含量等进行了测定，结果：裸鲤成鱼、鱼苗、鱼卵干物质的粗蛋白含量分另为６５％、５７％和３８．７６％；粗脂肪含量分别为２５％、３１％和３．２４％。裸鲤成鱼氨基酸含量最高的为精氨酸、谷氨酸、天门冬氨酸和赖氨酸。     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

青海湖裸鲤的起源和花斑裸鲤的种群演化

通过线粒体Cytb基因全序列分析,探讨了青海湖裸鲤和花斑裸鲤的起源关系及其进化模式.系统发育分析进一步支持了青海湖裸鲤和花斑裸鲤3个mtDNA谱系的划分.形态上具有高鳃耙变异的个体未形成特有的进化枝,证明了第一鳃弓外鳃耙变异并不具有系统发育意义.对青海湖裸鲤和花斑裸鲤进化枝扩散模式的网络分析表明,黄河独有的单倍型A1是一个创立者单倍型,全部青海湖裸鲤的样品来自于它的辐射,而青海湖裸鲤可能仅仅起源于黄河花斑裸鲤两个主要支系中的一个.Fs检验和核苷酸不配对分析暗示了青海湖裸鲤和柴达木盆地花斑裸鲤在历史上经历过种群扩张事件.青海湖裸鲤谱系多样化发生在大约0.2734Ma前,并且在约0.0658Ma前发生了一次局部的种群扩张,而柴达木盆地花斑裸鲤可能在约0.0693Ma经历了一次严重的“瓶颈效应”.我们还发现种群扩张存在于主要由青海湖裸鲤组成的亚枝A1和由黄河花斑裸鲤独有的亚枝A21中,估算的最近共同祖先年龄(TMRCA)分别为(0.2308±0.01)Ma和(0.1319±0.015)Ma,这一估算与青海湖和黄河分离的“共和运动”地质年代大致相符.这些结果说明了晚更新世末青藏高原的强烈隆升对青海湖、黄河和柴达木盆地鱼类多样性演化及其生物地理学格局产生过重大影响.     

青海湖裸鲤油脂中脂肪酸初步分析

用乙醚－正乙烷混合溶剂提取青海湖裸鲤油脂;用氢氧化钾－甲醇酯交换法甲酯化,以毛细管气相色谱法测定脂肪酸组成,鉴定了１５种主要脂肪酸,其中以棕榈酸,棕榈油酸,油酸、α－亚麻酸,二十碳五烯酸（ＥＰＡ）和二十二碳六烯酸（ＤＨＡ）为主。     

青海湖裸鲤肌肉营养成分和微量元素的分析

采用常规生化分析方法测定了20尾青海湖裸鲤肌肉营养成分,并首次对鱼肌肉中微量元素进行检测。结果显示：鱼肌肉中蛋白质含量为19.28%,脂肪为1.73%,灰分为1.25%,水分为78.38%。在测定的汞、砷、铜、锌、铅和镉6种微量元素中,汞的含量为0.123 4 mg/kg,砷为0.130 6 mg/kg,铜为0.255 mg/kg,锌为2.255 mg/kg,铅为3.485 mg/kg,镉为0.09 mg/kg。其中锌的含量超过国家食品规定标准将近7倍。     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

 测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.     

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应（PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素b基因,并对其全序列（1140bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素b基因序列属首次报道。通过对8种偶蹄类动物细胞色素b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近,与其他动物亲缘关系较远。表明将羚牛放入羊亚科较为合理,序列差异分析还表明羚羊约在距今500万年前（上新世）从牛类动物中分化出来,牛类分化时间约在600万年前的中新世（Miocene）。     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

Hg2＋对青海湖裸鲤肾脏组织的细胞毒性研究

为了解重金属Hg2＋对青海湖裸鲤肾脏组织的细胞毒性;以含有Hg2＋的浓度为0.0025、0.005、0.01、0.02mg/L的培养液培养裸鲤肾脏组织细胞;结果表明,0.005mg/L的Hg2＋浓度为裸鲤肾脏细胞毒性死亡的临界浓度,且裸鲤肾脏细胞的死亡率随Hg2＋的浓度的增加而增大,当培养基的Hg2＋浓度达到0.02mg/L时细胞全部死亡.     

青海湖裸鲤和鲤鱼组织乳酸脱氢酶同工酶比较研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法(PAGE)对青海湖裸鲤和鲤鱼的血清及组织乳酸脱氢酶(LDH)同工酶进行了比较研究。结果表明，青海湖裸鲤的血清及组织LDH共表现出LDHF4、LDHA4、LDHA2B2、LDHB4和LDHE4 5种主要同工酶，而鲤鱼共表现出LDHF4、LDHA4、LDHA2B2和LDHB4 4种主要同工酶，并且LDH同工酶在种间和种内不同组织中均表现出分布特异性。     

几种鹤类线粒体DNA的差异和亲缘关系分析

采用聚合酶链式反应,从丹顶鹤(G.joponensis♂)、白枕鹤(G.vipio♀)、灰鹤(G.grus)及丹顶鹤♂和白枕鹤♀的4个杂交子代中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出细胞色素b碱基序列,它们之间的序列差异在0.1%～7.2%之间.序列分析表明几种鹤类细胞色素b基因序列的碱基变化主要是转换和颠换,转换的比率大于颠换;绘制几种鹤类细胞色素b之间的亲缘关系进化树表明丹顶鹤和灰鹤的进化距离更近,4个杂交子代与母本白枕鹤的亲缘关系更近.     

Phylogenetic relationships of host insects of Cordyceps sinensis inferred from mitochondrial Cytochrome b sequences

This study used the sequence of the mitochondrial Cytochrome b(Cytb)to estimate phylogenetic relationships among host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis.Genome DNA of host insect was extracted from the dead larva head part of 18 cordyceps populations and 2 species of Hepialus,and the Cytb fragment of host insect was amplified with PCR technique.The nucleotide sequence alignments and their homologous sequences of 24 species host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis were obtained from GenBank and were used to construct phylogenetic trees based on neighbor-joining method.The results showed that genus Bipectilus diverged earlier than genus Hepialus and Hepialiscus.Hepialus host insects of Cordyceps sinensis have multitudinous species with different morphological characteristics and geographical distributions.The interspecific genetic differentiations are obvious in Hepialus.Thus,the genus Hepialus might be considered as polyphyletic origin.Cytb sequences have abundant variations among the host insects of Cordyceps sinensis on spe- cific and generic level.The divergence rate of Cytb sequences among the species in Hepialus ranged from 0.23% to 9.24%,except that Hepialus pratensis and Hepialus jinshaensis have the same sequence.Cytb sequence can be used for species identification of host insects of Cordyceps sinensis,but further confirmation in more host insect species is needed.To obtain the Cytb sequence of host insect by ampli- fying DNA extracted from the head part of dead larva in cordyceps turns out to be an effective and accurate approach,which will be useful for studies on phylogeny and genetic structure of host insects of cordyceps populations,especially for analyzing relationships between C. sinensis and its host insects.     

Phylogenetic relationships of host insects of Cordyceps sinensis inferred from mitochondrial Cytochrome b sequences

This study used the sequence of the mitochondrial Cytochrome b (Cytb) to estimate phylogenetic relationships among host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis. Genome DNA of host insect was extracted from the dead larva head part of 18 cordyceps populations and 2 species of Hepialus, and the Cytb fragment of host insect was amplified with PCR technique. The nucleotide sequence alignments and their homologous sequences of 24 species host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis were obtained from GenBank and were used to construct phylogenetic trees based on neighbor-joining method. The results showed that genus Bipectilus diverged earlier than genus Hepialus and Hepialiscus. Hepialus host insects of Cordyceps sinensis have multitudinous species with different morphological characteristics and geographical distributions. The interspecific genetic differentiations are obvious in Hepialus. Thus, the genus Hepialus might be considered as polyphyletic origin. Cytb sequences have abundant variations among the host insects of Cordyceps sinensis on specific and generic level. The divergence rate of Cytb sequences among the species in Hepialus ranged from 0.23% to 9.24%, except that Hepialus pratensis and Hepialus jinshaensis have the same sequence. Cytb sequence can be used for species identification of host insects of Cordyceps sinensis, but further confirmation in more host insect species is needed. To obtain the Cytb sequence of host insect by amplifying DNA extracted from the head part of dead larva in cordyceps turns out to be an effective and accurate approach, which will be useful for studies on phylogeny and genetic structure of host insects of cordyceps populations, especially for analyzing relationships between C. sinensis and its host insects.     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

不同海域中国花鲈的细胞色素b序列的遗传分析

从辽宁大连、河北黄骅、山东青岛、江苏盐城、浙江宁波、广西北海等6个沿海地区分别采集野生中国花鲈共44尾,通过测定花鲈细胞色素b序列,获得876 bp长度的序列,检测到的变异位点26个,22个单倍型,A、C、G、T的碱基组成分别为22.6%,33.1%,16.4%,28.0%.各群体内的遗传差异从0.1%~1%,群体间的遗传差异从0.2%~1%.构建NJ树,分为两大群,取自北海的花鲈单独成群,其它地区的花鲈合为另一分支.     

苜蓿盲蝽属(Adelphocoris)细胞色素B基因片段序列分析(半翅目:异翅亚目:盲蝽科)

用蛋白酶K消化法提取并正反链双向测序获得半翅目盲蝽科盲蝽亚科苜蓿盲蝽属（Adelphocoris）6个种以及苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的3个种群的线粒体DNA细胞色素b基因片段的序列,应用Mega计算该8个cytb432bp片段序列的碱基组成、核苷酸的种间变异率和所编码的144个氨基酸的变异率,序列的碱基组成中A＋T的平均含量较高且在第三位点最高。平均达到81．6％,表明该基因在密码子的使用上具有偏向性,变异位点和信号位点多发生在三联体密码子的第三位点,第二位点最为保守,不同异型序列间的转换＋颠换（ns＋nv）值最高的为100,最小的为0;转换／颠换（ns／nv）值最高为9．33,在Ad．fasciaticollis与Ad．sutualis之间,最低为0．88,在Ad．lineaolatus的宁夏和甘肃种群之间。几种颠换类型都能够在本属的异型序列之间看到,苜蓿盲蝽属的不同异型序列间的差别大小各异,差异最大的是苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的甘肃种群（Ad．lineaozatus2）与内蒙古种群（Ad．lineaolatus3）之间,具有100个碱基的差异,宁夏种群与甘肃种群之间的核苷酸变异率为7％,而二者与内蒙古种群的变异率分别为23％和28％,大于或等于与其他种类间的变异,所以该2个种群与内蒙古种群（典型的Ad．lineaolatus）已处在种化过程的末期,已经形成不同的新种,种间差异最小的是Ad．rufescens与Ad．luridus,变异率为0,应为同一个种,所以Ad．rufescens的分类地位有待于进一步研究证实。     

生物DNA序列比对算法研究

基于典型CLUSTALW序列比对算法,研究一种局部优化的多序列比对算法,用减少序列比对过程中总评分的方法来达到优化算法的目的,并对基因库中的序列进行了测试．