小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)11株内生真菌的分离培养及鉴定

用小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)单株植物叶和茎切段做外植体,体外分离并培养内生真菌,研究菌落和分生孢子的微生物形态特征,对培养出的内生真菌的5.8SrDNA/ITS区进行扩增及序列测定,序列输入GenBank并与已发表的小花棘豆内生真菌序列进行同源性比对,并利用DNASTAR软件包中MegAlign软件构建系统发育树,结合分子生物学及微生物学研究推测内生真菌所属类群.结果显示:11株小花棘豆内生真菌的菌落和分生孢子的微生物形态特征与埃里砖格孢属真菌Embellisiasp.L12特征一致;小花棘豆内生真菌间ITS1和5.8SrDNA区序列相同,与Embellisiasp.L12相比只有一个变异位点,位于5.8SrDNA区,在ITS2区另有两个变异位点.推测小花棘豆内生真菌应与埃里砖格孢属亲缘关系密切,对其物种种属分类地位还须深入研究.     

三七内生真菌分离与分子鉴定（Ⅰ）

对三七（Panax notoginseng）内生真菌进行了分离并通过18S-ITS-28S rDNA序列分析进行鉴定。结果从根、茎、叶组织中分离得到158株形态各异的内生真菌。对其中92株的ITS序列分析显示,91株分属于19个已知属,另1株真菌的ITS序列与GenBank中已报道的序列最高相似性为82%,认为是一新种。结论：三七内生菌多样性丰富,同时不同部位内生菌的数量、种类及分布存在差异,且有其特有种。     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

山桐子内生真菌综合性实验的教学探索

以山桐子为材料,对其内生真菌的分离、 鉴定及代谢产物分析进行实验探索.结果表明从山桐子中分离得到1株内生真菌(IA-4),结合形态学和ITS序列鉴定确定其为出芽短梗霉(Aureobasidium pullulans).通过GC-MS对IA-4发酵液乙酸乙酯相、 石油醚相和水相的分析,分别鉴定出7种、1种和2种化合物,其...     

乌头内生真菌YLAC-3抗菌活性及其鉴定

为了筛选产乌头碱的内生真菌,采用组织分离法从白喉乌头根中分离内生真菌,用纸片扩散法检测内生真菌对4种指示菌的抑菌作用,通过薄层层析法（TLC）和高效液相色谱法（HPLC）检测真菌次生代谢产物中乌头碱,最后基于真菌形态特征和rRNA基因内转录间隔区（ITS）序列分析对菌株进行鉴定.结果显示：从白喉乌头根部共分离得到20株具有抑菌活性的内生真菌,其中菌株YLAC-3发酵液对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌均有较强的抑菌活性,且其发酵液中发现类似于乌头碱的化合物.说明菌株YLAC-3发酵液有较为广泛的抑菌活性,它可能产生乌头碱.菌株YLAC-3菌落、菌丝体和分生孢子的形态特征类似于曲霉菌属,与已报道的塔宾曲霉菌ITS序列（KP196359）的相似度为99%.初步鉴定该菌株为曲霉菌属有效发表种Aspergillus tubingensis的一个菌株.     

新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析

采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。     

山苍子内生真菌多样性研究

采用添加植物组织浸提液的孟加拉红培养基,从山苍子根、茎、叶、果实中分离到25株内生真菌,其中根内生真菌5株,茎内生真菌3株,叶内生真菌12株,果实内生真菌5株,经形态及ITS序列鉴定,其至少分属于As-pergillus、Cladosporium、Hypocrea、Penicillium4个属的11个种,且Hypocrea属的3株真菌仅在叶、果实中分离到,Cladosporium属的1株真菌仅在叶中分离到,表明山苍子植株对其内生真菌具有明显的选择作用,其内生真菌的分布体现出明显的种属特异性及组织特异性.     

延胡索内生真菌的分离鉴定及产功能酶菌株的初步筛选

采用纯培养分离方式获得纯化延胡索内生真菌菌株,通过形态学特征、ITS r DNA序列分析对分离菌株进行鉴定,利用6种培养基筛选出代谢产功能酶菌株。分离获得312株内生真菌,可归类于9个属,其中镰刀菌属是优势类群。对已测序的30株内生真菌产酶活性研究表明20株试验菌株产纤溶酶,18株产复合酶,16株产碱性蛋白酶,10株产接触酶,1株产纤维素酶;其中4株内生真菌可代谢产生4种不同功能酶,为代谢产多酶系菌株。延胡索内生真菌的分离鉴定及产功能酶菌株的筛选不仅丰富了内生真菌资源,而且也为获得新颖结构化合物提供理论基础。     

土木香内生真菌YIGZ-3抗菌活性及菌种鉴定

采用组织分离法从药用植物土木香根、茎和叶片中分离出32株内生真菌,通过纸片扩散法测定20株土木香内生真菌,筛选出1株具有较强抑菌活性的菌株,命名为YIGZ-3.用薄层层析法（TLC）法和高效液相色谱法（HPLC）法检测其发酵液中的土木香内脂,通过形态学特征观察和rRNA基因内转录间隔区（ITS）序列分析对菌株进行鉴定.结果显示：菌株YIGZ-3对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌均有较强的抑菌活性,其发酵液中检测到与土木香内脂相似的化合物,根据真菌形态特征和ITS序列同源性鉴定表明菌株YIGZ-3为塔宾曲霉菌（Aspergillus tubingensis）.     

4种蔷薇珊瑚的核糖体基因ITS的序列分析和分子鉴定

对海南4种蔷薇珊瑚(疑惑蔷薇珊瑚Montipora aenigmatica,壁垒蔷薇珊瑚Montipora circumvallata,单星蔷薇珊瑚Montipora monasteriata和叶状蔷薇珊瑚Montipora foliosa)的核糖体基因ITS的序列进行分析,并和来自Genbank的其他12种蔷薇珊瑚基因ITS序列进行比较,研究其系统发生关系.结果显示:4种蔷薇珊瑚ITS区(ITS1+5.8S+ITS2)长度为535~545 bp,ITS1和ITS2的长度分别为196~202 bp和181~185bp;两两比对显示,ITS区同源性在96.9%~99.1%,其中,ITS1同源性在95%以上,ITS2同源性在94.1%以上;遗传距离在0.002~0.013之间;进化树显示,16种蔷薇珊瑚主要分为乳突型/瘤突型、平滑型/浅窝型2大支,4种海南蔷薇珊瑚都在乳突型/瘤突型分支上,且分子生物学的分类结果与形态分类的结果吻合.研究表明,以核糖体DNA的ITS序列鉴定蔷薇珊瑚属的珊瑚具有一定的可靠性及适用性,它对该属的系统进化研究有着重要的参考价值.     

两株银杉根际土壤真菌的分离与分子鉴定

对银杉根际土壤中的真菌进行培养分离,得到了形态上很相似的两株真菌F-1和F-2.在基于形态特征鉴定困难的情况之下,对真菌F-1和F-2的rDNA ITS区进行PCR扩增和测序.真菌F-1和F-2的ITS序列与来自于10个属30个种的不同真菌的ITS序列进行序列比较和系统发育分析,结果表明:真菌F-1属于木霉属(Trichoderma),真菌F-2属于被孢霉属(Mortierella).结果表明,基于分子水平的鉴定方法具有快速、准确、简便、高效等特点,在真菌鉴定分类研究中起着重要作用.     

Genome organization and phylogenetic tree analysis of Garlic virus E, a new member of genus Allexivirus

The complete sequence of an Allexivirus isolated from garlic plants in Yuhang City, Zhejiang Province, China had been determined. The single-strand, positive RNA genome was 8451 nucleotides in length excluding poly(A) tail. The genome organization of this virus was similar to that of the other Allexiviruses but only with 62.8%-64.8% nucleotide acid identities. The amino acid sequences of proteins encoded by ORF1-6 shared 67.6%-78.5%, 55.4%-66.2%, 56.7%- 66.4%, 40.3%-55.6%, 66.3%-79.7% and 52.2%- 68.8% identities with those of the others respectively. The homology range between it and the other Allexiviruses was similar to that between the other distinct species in this genus. A more comprehensive comparison using all available CP amino acid sequences showed that it shared only 63.9%- 79.8% amino acids identical with the others. Therefore, it had been considered as a new member of the genus, named as garlic virus E (GarV-E). Phylogenetic analysis confirmed GarV-E as a distinct member and the correct names and classification of some members of genus Allexivirus were also discussed.     

Genome organization and phylogenetic tree analysis of Garlic virus E, a new member of genus Allexivirus

The complete sequence of an Allexivirus isolated from garlic plants in Yuhang City, Zhejiang Province, China had been determined. The single-strand, positive RNA genome was 8451 nucleotides in length excluding poly(A) tail. The genome organization of this virus was similar to that of the other Allexiviruses but only with 62.8%–64.8% nucleotide acid identities. The amino acid sequences of proteins encoded by ORF1-6 shared 67.6%–78.5%, 55.4%–66.2%, 56.7%–66.4%,40.3%–55.6%,66.3%–79.7%and 52.2%–68.8% identities with those of the others respectively. The homology range between it and the other Allexiviruses was similar to that between the other distinct species in this genus. A more comprehensive comparison using all available CP amino acid sequences showed that it shared only 63.9%–79.8% amino acids identical with the others. Therefore, it had been considered as a new member of the genus, named as garlic virus E (GarV-E). Phylogenetic analysis confirmed GarV-E as a distinct member and the correct names and classification of some members of genus Allexivirus were also discussed.     

鹅细小病毒CHv强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对插入片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV、MDPV、PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析。结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%~99.8%,氨基酸同源性为96.5%~99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础。与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远。     

高山被孢霉原生质体转化及延长酶基因同源表达的研究

为了有效提高高山被孢霉(Mortierella alpina)产花生四烯酸的能力,采用聚乙二醇介导的原生质体转化法将重组pD4质粒(含高山被孢霉合成花生四烯酸的延长酶基因GLELO)转入高山被孢霉中,对其转化条件和同源表达进行了研究.结果表明,原生质体最佳转化条件为:以山梨醇作为稳定剂,50mmol/L的Ca2+和聚乙二醇4000作为转化介质,于25℃转化15min后温育,原生质体转化率最高为1.8μg-1.该转化子的摇瓶实验结果显示重组菌中花生四烯酸的产量比原始菌株的产量最高提高了近30%.该研究结果为高山被孢霉的性状改进及其他真菌的的遗传转化提供参考.     

侵染加工番茄的BBWV2的分子鉴定及田间检测

利用蚕豆病毒属的兼并引物对23个加工番茄病株进行RT—PCR检测,其中19株检测出被该属病毒侵染。从中选取4个病株的RTPCR产物进行克隆和测序,将所得序列经过基因库检索发现,4个序列均与蚕豆萎蔫病毒2（BBWV2）基因组RNA1的序列同源性最高。然后对病毒分离物XJ14-1基因组进行进一步的克隆和测序,获得RNA1组分3659个核苷酸,RNA2组分1300个核苷酸,序列比对结果显示,它们与BBWV2的RNAl和RNA2具有高的序列同源性,分别为76．6％～94％和76．9％～94．1％,而与BBWVl的RNA1和RNA2的序列相似性都很低。因此分子鉴定结果表明,新疆加工番茄受到BBWV2的侵染。利用BBWV2的单克隆抗体对田间不同品种（品系）加工番茄病株进行ELISA检测,结果显示田间病株带毒率达到53．3％,并且供试20品种（品系）均可被BBWV2侵染,该数据表明,BBWV2在田间发生普遍。     

5种新分离细菌的分子鉴定及分类

测定和比较了５种新分离细菌的１６ＳｒＤＮＡ序列,并对其进行分子鉴定和分类．结果表明：Ｆ５７７１和Ａ５６０８为棒杆菌属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）的２个新种;ＬＣＤＣ８９０５５是１种放线菌,与Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓｐｙｏｇｅｎｅｓ遗传距离较近;而ＬＣＤＣ８７０８０和ＣＤＣｇｒｏｕｐＡＮＦ１ｌｉｋｅ则分别为Ａｎｅｕｉ和Ｔｕｒｉｃｅｌａｏｔｉｔｉｄｉｓ菌的不同菌株．     

虫草属多元起源的分子生物学证据

测定了虫草属 (Cordyceps)代表种及其相关无性型菌 (anamorphicstate )核糖体rDNAITS区序列 ,并从国际分子生物学数据库中调取相关序列 ,以Phylip35分析软件构建序列距离矩阵和分子系统发育树图 ,结果表明 :虫草属各个种之间ITS区序列差别比较大 ,不能形成一个单系的类群 .冬虫夏草 ,古尼虫草 ,蛹虫草 ,大团囊虫草在系统发育上分别与丝孢纲(Hyphomycetes) ,束梗孢目 (Stilbelaes)的中国被毛孢 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的黄绿绿僵菌 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的球孢白僵菌 ,担子菌纲的Cyphomyrmexminutus非常接近 ,在树图上分别处于相对独立的分支 ;说明形态学上划分的虫草属并非一自然发生的类群 ,也说明了虫生真菌形态与基因水平进化的不一致性 .     

啤酒花潜隐病毒新疆分离物的全基因组序列分析

对新疆啤酒花上获得的HpLV分离物HpLV-XJ进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示:HpLV-XJ的全基因组序列为8612个核苷酸(nt)(不包括poly A),含有6个开放阅读框(ORF),分别编码224 kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、11 kDa(ORF3)、7 kDa(ORF4)、34 kDa(ORF5)、和12 kDa(ORF6)蛋白。序列相似性分析结果表明,HpLV-XJ与HpLV(GenBank:AB032469)序列相似性达98.5%,6个开放阅读框的核苷酸序列相似性分别为98.3%、99.0%、97.6%、96.7%、99.5%和98.4%;由此推导的氨基酸序列相似性分别为98.6%、98.7%、97.2%、95.0%、99.4%和98.1%,各个基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸之间存在着一定的差异。     

虎杖内生真菌抗菌活性研究及菌株初步鉴定

利用滤纸片扩散法及形态学常规分类法对30株虎杖内生真菌发酵液进行抑菌活性试验和初步鉴定。结果表明,15株内生真菌对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)具有抑菌活性,12株内生真菌对枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有抑菌活性,7株内生真菌对大肠埃希氏菌(Escherichia coli)具有抑菌活性,分别占菌株总数的50%,40%和23%。根据菌落形态及菌丝结构对其鉴定,具有抑菌活性的菌株分属于曲霉属(Aspergillus)、青霉属(Penicillium)、枝孢霉属(Cladosporium)、镰刀菌属(Fusarium)及无孢菌类(Agonomycetales)真菌。