藏鸡POU1F1基因的克隆测序及生物信息学分析

为研究青藏高原特有鸡种,藏鸡的生物学特性,从藏鸡垂体组织的RNA中克隆POU1F1基因,并利用生物信息学对其进行分析.结果显示,藏鸡POU1F1基因开放阅读框(ORF)长为984bp,编码327个氨基酸.编码序列中有13个丝氨酸(Ser)、2个酪氨酸(Tyr)、6个苏氨酸(Thr)磷酸化位点;1个N糖基化位点;二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;藏鸡POU1F1氨基酸序列与红色原鸡POU1F1氨基酸序列的亲缘关系最近.藏鸡POU1F1基因氨基酸序列可能与藏鸡生长速度慢的特性相关.这一研究结果为今后的藏鸡育种工作提供重要的靶点和参考.     

FSHβ和ITGB1基因多态性与母猪繁殖性状的关联性分析

为探讨FSHβ和ITGB1基因多态性与母猪繁殖性状的相关性,本研究采用PCR-RFLP技术对939头大白猪群体中进行FSHβ和ITGB1基因的多态性检测,并对不同胎次不同基因型的总产仔数、产活仔数、健仔数、木乃伊数、死胎数、窝重等繁殖性状进行关联性分析。结果显示:在试验大白猪群体中,FSHβ和ITGB1均具有中度多态性,FSHβ基因型频率为ABBBAA,优势基因为B等位基因。ITGB1基因型频率在大白猪中为CTCCTT,优势基因为C基因。FSHβ基因在头胎的死胎性状上AB基因型显著低于BB型0.15头/胎(P0.05),而在窝重性状上AB基因型显著高于BB基因型0.69kg/胎(P0.05),在其他胎次中各繁殖性状在不同基因型间差异不显著(P0.05)。ITGB1基因在头胎的死胎性状中TT基因型显著低于CC型,在二胎的窝重性状上CC型显著高于CT和TT型,分别高出0.88和0.97 kg/胎(P0.05);在三胎健仔数和窝重性状中CC型均显著高于CT型(P0.05),由此可见CC基因型为ITGB1在繁殖性状中的优势基因型。合并基因型分析结果发现:头胎的大白猪FSHβ-ITGB1合并基因型中最优分子标记组合为AATT,经产二胎、三胎次大白猪繁殖性状FSHβ-ITGB1最优分子标记组合为BBCC。     

新疆维吾尔族人TNFβ-804基因多态性与乙型肝炎易感性的相关性研究

目的:研究TNF-β基因单核苷酸多态性(SNP)804位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法:用套式PCR(nested PCR)和等位基因特异性PCR(allele一speciicfic PCR,AS-PCR)法,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF-β基因SNP804多态性位点进行基因分型。结果:SNP804多态性位点C/C基因型和C/A+AA基因型频率在病例组为77%和23%,正常对照组为88%和12%,两组间基因型和等位基因频率分布差异有显著性(p<0.05)。结论:TNF-β804多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

犏牛ACACA和SCD1基因多态性及其与产奶性状的关联分析

旨在分析犏牛ACACA与SCD1基因的单核苷酸多态性,筛选用于犏牛产奶性状辅助选择的分子标记.通过使用PCR结合DNA测序技术对红原地区384头犏牛ACACA基因和SCD1基因多态性进行检测,并对其多态位点上的不同基因型与犏牛产奶性状进行关联性分析.结果显示,ACACA基因在5′UTR区域存在1个SNP位点即g.1488 C>G,SCD1基因的第5外显子内存在1个SNP位点即g.239 A>T;经检验发现,2个SNPs位点均存在3种基因型,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态.关联性分析发现,g.1488 C>G和g.239 A>T位点的多态信息含量(PIC)分别为0.35和0.36,即0.25G位点与g.239 A>T位点与乳脂率关联性较高(P<0.05).g.1488 C>G位点在乳蛋白率上存在关联性(P<0.05).以上结果表明,ACACA与SCD1基因可以作为犏牛产奶性状辅助选择的候选分子标记.     

SLC6A4基因表达及多态性对吐鲁番斗鸡攻击行为的影响

为探讨SLC6A4基因对吐鲁番斗鸡攻击行为的调控作用,寻找吐鲁番斗鸡攻击行为的分子标记,本研究分析吐鲁番斗鸡、新罗曼蛋鸡及其杂交F1代、F2代脑组织初生到6月龄各月龄的SLC6A4基因表达水平,筛查亲代、F1代和F2代的SLC6A4基因SNP,结合攻击行为表型分析验证SLC6A4基因多态性与吐鲁番斗鸡攻击行为的关联性。结果显示:初生到6月龄的吐鲁番斗鸡和新罗曼蛋鸡脑组织的SLC6A4基因表达呈波浪形,与攻击行为呈显著的正相关;在SLC6A4基因第一外显子上发现了2个错义突变位点(T6213768G、C6213750G),而且BB基因型的攻击性显著高于其他基因型,因此,SLC6A4基因可作为吐鲁番斗鸡攻击行为选择的候选基因,建议把第一外显子的BB基因型确定为吐鲁番斗鸡攻击行为分子标记的参考基因型。     

新疆维吾尔族人TNFβ-804基因多态性与乙型肝炎易感性的相关性研究

目的：研究TNF-β基因单核苷酸多态性（SNP）804位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法：用套式PCR（nested PCR）和等位基因特异性PCR（allele一speciicfic PCR,AS-PCR）法,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF-β基因SNP804多态性位点进行基因分型。结果：SNP804多态性位点C/C基因型和C/A＋AA基因型频率在病例组为77%和23%,正常对照组为88%和12%,两组间基因型和等位基因频率分布差异有显著性（p〈0.05）。结论：TNF-β804多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

拉布拉多犬与金毛猎犬毛色基因MC1R(R306ter)与TYRP1(Q331ter)SNP位点的检测

目的建立犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法。方法采用PCR/测序的方法,对19只拉布拉多犬和15只金毛猎犬的MC1R基因c.C916T SNP位点及TYRP1基因c.C991T SNP位点的多态性进行检测,根据MC1R和TYRP1的多态性对犬的毛色基因型进行分析。结果 PCR/测序法能够对TYRP1基因c.C991T SNP位点进行明确和有效的检测。但MC1R基因c.C916T SNP位点的测序结果出现了特殊峰,经克隆/测序法确认该特殊峰型为杂合性SNP位点。毛色基因型分析表明,金毛猎犬的毛色基因型皆为纯合的eeBB(15只),未见其他基因型。拉布拉多犬的毛色基因型分别为:黑色犬EeBB(6只)、EeBb(2只);黄色犬eeBB(9只)、eeBb(2只)。未发现其他如EEBB和EEBb(黑色)、eebb(黄色)的毛色基因型。另外,拉布拉多犬样本中没有巧克力色犬,也未检测出其相应的Eebb和EEbb基因型。结论本研究成功建立了犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法,为分析毛色基因型与导盲犬培训成功率之间的相关性提供了前期工作基础。     

SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究

目的 检测SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性,以期为导盲犬早期选育筛选有效的遗传学分子标记。方法 选取中国大连导盲犬培训基地的99只犬(拉布拉多犬80只,金毛猎犬19只),采用Passive test(PT)行为测试法对犬的活跃度进行评估。同时采集该99只犬的静脉血,提取血细胞中的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对该99只犬的SLC1A2基因T129C、T1549G 和T471C 3个SNP位点进行基因型鉴定,并统计分析犬的活跃度与SLC1A2 SNP位点的相关性。结果 SLC1A2 基因的3个SNP位点中,T129C和T1549G位点没有多态性,分别仅存在C/C型和G/G型。T471C位点存在3种基因型：T/T、T/C和C/C。这3种基因型与活跃度、性别以及品种间不存在显著相关性(P>0.05)。另外,品种与活跃度之间也没有显著相关性(P>0.05),但性别与活跃度间存在显著相关性(P=0.049)。结论 SLC1A2基因的T129C、T1549G 和T471C位点与导盲犬的活跃度不具有显著相关性,不能作为导盲犬的遗传学筛选的指标。由于性别与活跃度间存在显著相关性,因而在行为学测试中,对犬的活跃度评分标准应雌雄有别。     

牛POU1F1-exon2多态性与部分线性和乳用性状相关研究

利用PCR-SSCP技术,研究弗莱维赫牛和蒙贝利亚牛POU1F1-exon2多态性,分析其对部分线性评分性状和乳用性状之间的影响.结果表明,POU1F1-exon2存在两个等位基因——C和T.在该位点上基因频率分别为0.8426/0.1574,0.9032/0.0968.并且这两个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05).TT基因型体重和体高的均值高于CT和CC基因型均值(P＜0.05),而CT基因型均值高于CC基因型均值(P＜0.05).CC和CT基因型腹围均值显著高于TT基因型均值(P＜0.05).TT基因型强壮度和乳用性均值均显著高于CT基因型均值和CC基因型均值(P＜0.05).TT、CT基因型的产奶量均值显著高于CC基因型均值(P＜0.05).     

莱芜猪和沂蒙黑猪IGF-I基因的多态性及生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪(127头)和沂蒙黑猪(132头)的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因exon3和exon4分别进行单核苷酸多态性分析.发现exon3上有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB).统计结果表明,3种基因型在两品种中的分布不一致,差异极显著(P＜0.01).固定效应模型分析结果表明,初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和AB型比较差异极显著(P＜0.01),3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA＜AB＜BB.因此,推测IGF-I基因对个体的初生重存在一定的影响,选择带有B等位基因的个体,有望提高个体的初生重.     

牛补体C6基因SNPs与奶牛乳腺炎的关联性

以469头中国荷斯坦奶牛为样本,利用DNA测序及多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术等方法检测牛C6基因中单核苷酸多态性(SNP)位点。经序列比对发现4个单核苷酸多态性位点(SNPs):第2外显子上g.+2235GA(G突变为A),第8外显子上g.+32881CA(C突变为A)和g.+32925CT(C突变为T),第17外显子上g.+69060TC(T突变为C)。经SAS软件统计分析发现:g.+32881CA突变的群体,CA基因型的个体体细胞评分显著高于CC基因型的个体(p0.05),且其产奶量显著低于CC个体(p0.05);发生g.+69060TC突变的个体,CC基因型的个体产奶量极显著高于TT基因型个体(p0.01),同时其乳蛋白率显著高于TT基因型个体(p0.05)。     

中国特发性癫痫患者CLCN2基因第18号外显子SNP检测

选取中国196例特发性癫痫患者为研究对象, 以162位年龄匹配的非癫痫正常人群做对照, 利用PCR-SSCP 技术检测电压门控氯通道CLCN2基因第18号外显子的单核苷酸多态性(SNP), PCR产物测序结果显示该人群CLCN2基因第18号外显子基因型只有一种纯合型, 未发现SNP位点. 结论:对于中国人群, CLCN2基因第18号外显子与特发性癫痫关系不是十分密切. 再结合E. Stogmann对CLCN2基因多态与癫痫关系研究的结果, 初步推断CLCN2基因第18号外显子多态与特发性癫痫无显著相关性. 这对特发性癫痫分子机制得研究有一定帮助.     

FSHβ和LHβ基因表达调控区多态性与女性真性性早熟相关分析

选取与性发育调控相关的重要基因黄体生成素β亚基(LHβ)和卵泡刺激素β亚基(FSHβ)基因,通过对27例病例样本中5'转录调控区测序,观察到4个新单核苷酸多态性位点(LHβ-1424 C/G,LHβ-238 G/A,FSHβ-261 G/T,FSHβ-132 T/A).在283例中国女性真性性早熟病例和284例正常女性(对照组)中,对LHβ和FSHβ基因的4个单核苷酸多态性位点分型.相关性分析结果显示:LHβ和FSHβ的5'上游转录调控区中的多态性位点与中国女性真性性早熟无显著相关性.     

绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。     

多胎和单胎山羊品种促性腺素基因及其受体基因的克隆、序列分析及组织表达研究

以多胎的金堂黑山羊和单胎的藏山羊为研究对象,通过RT-PCR技术,对金堂黑山羊和藏山羊FSHβ、LHβ、FSHR和LHR基因进行克隆,采用Real-time PCR技术测定FSHR和LHR基因在发情前期母羊卵巢中的表达量,采用酶联免疫法测定血浆中FSH和LH的浓度.结果表明:金堂黑山羊和藏山羊FSHβ、LHβ、FSHR和LHR基因的CDS区长度分别为390bp、426bp、2088bp、2103bp,同源性分别为99.74%、100%、99.95%、99.57%;发情前期两山羊品种之间卵巢FSHR和LHR基因的mRNA相对表达量差异不显著(P>0.05),血浆中FSH浓度无显著差异(P>0.05),LH的浓度差异显著(P<0.05).提示FSHβ和LHR基因序列及血浆中LH浓度在两个品种间的差异可能是品种间产羔数性状差异的重要原因.     

广西巴马小型猪 ApoE 基因外显子 2 片段的多态性分析

摘要: 目的 克隆广西巴马小型猪载脂蛋白 E( ApoE) 基因外显子 2 片段并分析该片段的多态性,为建立广西巴马 小型猪动脉粥样硬化模型奠定基础。方法 以广西巴马小型猪基因组 DNA 为模板,PCＲ 扩增 ApoE 基因片段,应 用 PCＲ-SSCP 方法分析其多态性。结果 克隆获得长 237 bp 的 ApoE 基因外显子 2 片段,测序结果比对参考序列同 源性为 100% 。PCＲ-SSCP 分析发现在该片段的 229 位点存在多态性,表现为 AA 型、AT 型和 TT 型 3 种基因型。结 论 成功克隆广西巴马小型猪 ApoE 基因外显子 2 片段,该片段存在多态性,有 AA、AT 和 TT 3 种基因型,基因型频 率分别为 0. 302、0. 489 和 0. 209。     

CYP1A1基因Ile-Val和Msp1位点多态性与结直肠癌易感性研究

目的探讨细胞色素P450(CYP1A1)基因异亮氨酸(Ile)-缬氨酸(Val)位点和Msp1位点多态性和结直肠癌的相关关系.方法以病例对照的研究方法,采用PCR-RFLP和AS-PCR技术检测79例结直肠癌和110例对照者的CYP1A1基因Ile-val位点和Msp1位点多态性.结果 Ile-Va三种多态基因型在结直肠癌组和对照组分布差异有显著性(P<0.05),Ile/Val,Val/Val基因型在结直肠癌组的分布频率明显高于对照组;Ile/Val,Val/Val基因型患结直肠癌的危险分别是Ile/Ile基因型的2.113倍和4.203倍;当按吸烟分层后(将Ile/Val,Val/Val基因型合并分析),吸烟组中Ile/Val、Val/Val合并基因型患结直肠癌的危险是Ile/Ile基因型的2.98倍(P<0.05);Msp1位点多态性在结直肠癌和对照组差异无统计学意义.结论 CYP1A1第7外显子的Ile/Val,Val/Val基因型与结直肠癌的易感性有关,突变基因型增加了结直肠癌的患病风险;尚不能认为Msp1多态性与结直肠癌的易感性有关.     

应用 COMT 基因 SNP 位点鉴别拉布拉多和金毛猎犬胆量行为的研究

摘要:目的 检测拉布拉多和金毛猎犬儿茶酚-O-甲基转移酶( Catechol-O-methyltransferase,COMT)基因 SNP 位点的多态性,并统计分析 SNP 位点的基因型及单倍型与犬胆量行为间的关联性,以期为工作犬培训的前期筛选提供有效的遗传学分子标记。 方法 选取 91 只拉布拉多和 27 只金毛猎犬,共计 118 只,采用犬胆量评估( dog courage assessment,DCA)测试方法对犬的胆量行为进行评估,用高分辨率熔解曲线法( high resolution melting,HRM) 对该118 只犬的 COMT 基因的 4 个 SNP 位点:-1 666 bp C>G、c. 39 A>G、c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 进行基因型鉴定,应用SPSS 19. 0 和 PHASE 2. 1 软件统计分析 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与犬胆量行为之间的相关性。 结果 拉布拉多和金毛猎犬的品种、性别和年龄与犬的胆量行为之间没有显著关联性( P>0. 05) 。 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性( P< 0. 01) 。 COMT 基因 4 个 SNP 位点的单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆小性情显著相关( P<0. 01) ,并且 c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 位点的 A 等位基因在犬的胆小行为上起主导作用。 结论 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性,提示 COMT 基因对犬的胆量行为具有显著的影响,可作为胆小犬早期鉴定的有效遗传学分子标记。     

莱芜猪和沂蒙黑猪IGF-Ⅰ基因的多态性及生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪（127头）和沂蒙黑猪（132头）的胰岛素样生长因子-Ⅰ（IGF-Ⅰ）基因exon3和exon4分别进行单核苷酸多态性分析.发现exon3上有多态性，且存在3种基因型（AA、AB、BB）.统计结果表明，3种基因型在两品种中的分布不一致，差异极显著（P〈0.01）.固定效应模型分析结果表明，初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著（P〉0.05）.最小二乘分析结果表明，BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重，同AA和AB型比较差异极显著（P〈0.01），3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA〈AB〈BB．因此，推测IGF—Ⅰ基因对个体的初生重存在一定的影响，选择带有B等位基因的个体，有望提高个体的初生重．     

新疆绵羊品种Ⅰ型IF基因的遗传多态性分析

为了筛选与绵羊羊毛性状相关联的分子标记,探讨Ⅰ型角蛋白中间丝蛋白基因多态位点在不同绵羊品种中的分布规律.采用PCR-RFLP技术对新疆6个绵羊品种Ⅰ型IF基因第1外显子的多态性进行了检测.结果显示,Ⅰ型IF基因第1外显子经MSP I 酶切后产生2种等位基因和3种基因型,呈现多态.各绵羊品种之间基因型频率和等位基因频率差异不显著(P＞0.05).和田羊和巴音布鲁克羊群体在该位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).平均He和PIC分别为0.2374和0.2079.