一株多药耐药Comamonas kerstersii细菌的基因组分析（英文）

从1名尿路感染患者中分离出了1株多药耐药的Comamonas kerstersii(C.kerstersii)菌株121606,对其进行了抗微生物药敏试验(AST)和全基因组测序;然后将其与7个具有代表性的Comamonas菌株和Acidovorax菌种进行基因组比较分析,包括使用OrthoANI分析平均核苷酸同一性(ANI),以及通过snpTree网络服务器进行单核苷酸多态性(SNP)分析。最后,使用RAST服务器进行基因组序列,使用OrthoVenn软件对同源簇进行功能注释,通过CARD数据库对抗生素耐药基因(ARGs)进行预测,并利用CRISPR识别工具预测CRISPR,以及利用PHAST软件预测前噬菌体。结果表明：C.kerstersii 121606是一种多药耐药细菌,其遗传成分与其他7个Comamonas和Acidovorax菌种相似;其基因组中存在的ARGs有助于解释其多药耐药机制。这些发现为研究新型抗生素来控制多药耐药C.kerstersii感染提供了有价值的见解。     

宏基因组二代测序技术在儿童包裹性脓胸诊疗过程中的应用价值

目的：探讨宏基因组二代测序技术在儿童包裹性脓胸诊疗过程中的应用价值.方法：选取甘肃省第二人民医院2019年1月至2020年12月间收治的确诊为包裹性脓胸患儿,通过内科胸腔镜下抽取脓液、取活检组织等操作,获得测序样本进行宏基因组(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)感染病原高通量检测.通过宏基因组二代测序技术探究儿童包裹性脓胸发病特点和感染病原微生物特征,来达到指导临床治疗的目的.结果：选取本院48例确诊包裹性脓胸儿童患者,男22例、女19例,中位年龄5.0(0.7～14)岁.其中以血液病为原发病患儿有9例,以重症肺炎为原发病患儿有22例,以肺部感染为原发病患儿有10例,以不明原因出现肺部阴影患儿7例.采集上述48例儿童包裹性脓胸样本并通过mNGS检测发现,由单一细菌引起的有6例(14.63%),由单一真菌引起的有2例(4.88%),由单一病毒引起的有5例(12.20%),混合感染的有28例(68.29%),混合感染中病原菌有9例.通过对感染病原体和可疑病原体基因组覆盖度统计发现,细菌种属中肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、粪肠球菌、鲍氏不...     

丢失毒力质粒的小肠结肠炎耶氏菌实验性感染家兔致病机理研究

本文报告应用致病性血清型丢失毒力质粒Ｙ．ｅ菌株４３９－８０Ｖ－及８２－１４０进行家兔体内感染，通过大体病变、组织病变和细胞病变的观察．研究其致病性及致病机理．结果表明：这两株Ｙ．ｅ．菌感染性与致病性明显弱于对照组──致病性血清型带毒力质粒Ｙ．ｅ菌株，其中．用４３９－８０Ｖ－菌株接种的家兔不发生感染与致病．用ＬＡＢ－Ｂ１８２菌株接种的家兔有排菌，肠粘膜上皮溃疡，急性脾炎病变．但无微脓肿及菌落形成．无组织细胞变性坏死．     

嗜水气单胞菌毒力与毒力基因分布的相关性

采用PCR扩增的方法对9株鱼源嗜水气单胞菌AEROM ONAS HYDROPHILA中的气溶素基因(AERA)、溶血素基因(HLYA)和丝氨酸蛋白酶基因(AHPA)进行了扩增。结果表明,6/9的A.HYDROPHILA中存在AERA基因,8/9的A.HYDROPHILA中存在HLYA基因,而在7/9的A.HYDROPHILA中检测到AHPA基因。通过比较基因检测的结果与嗜水气单胞菌对鲫鱼的致病性,发现AHPA阴性菌株是无毒株,强毒株都呈AERA HLYA AHPA 基因型。AERA HLYA AHPA 基因型是致病性嗜水气单胞菌主要的基因型。本研究首次发现AHPA阳性的嗜水气单胞菌皆为毒力菌株,并且发现AERA和AHPA基因存在相关性,探讨了嗜水气单胞菌致病性与毒力基因分布的关系。     

羊源烟曲霉菌的鉴定及致病性研究

通过形态学和分子生物学鉴定一株源自山羊,疑似烟曲霉(命名为YQM6)的菌株,并研究其致病性和耐药性.PCR扩增其毒力基因,通过小鼠致病性试验和药敏试验探究该分离株特性.试验结果显示,YQM6菌株与GenBank中登录的烟曲霉(MZ150 487)同源性为100%,在系统进化树中与烟曲霉(NR121 481.1)聚为一支.扩增得到601 bp ITS基因片段,检测出小G蛋白(RHO1)、蛋白激酶A调节亚基(PkaR)、过氧化氢酶1(Cat1)、碱性蛋白酶(Alp2)、核糖核酸酶(AspF1)等5个毒力基因.试验小鼠见肝、肾肿大,肺及肠有不同程度的出血,心肌血管充血,肝细胞体积增大、水肿,脾小体淋巴细胞减少,肺毛细血管扩张.该菌株对伊曲康唑、伏立康唑敏感,对卡泊芬净耐药.综上,YQM6菌株被鉴定为烟曲霉,且该菌株具有一定致病性.     

鸡致病性大肠杆菌病的研究进展

鸡致病性大肠杆菌病是危害养鸡业发展的主要细菌性传染病之一,该菌具有易产生耐药性特点,不易控制,同时给鸡产品造成大量药物残留,严重影响人类的身体健康。鸡致病性大肠杆菌很可能变成人类感染Ex PEC(肠外致病性大肠杆菌)的存储库,禽类的肉、蛋产品常常是人们感染致病性E.coli引起腹泻及其他症状的主要来源。本文从鸡致病性大肠杆菌的危害、发病机理、毒力基因、防治等方面进行综述,为防治鸡致病性大肠杆菌病研究提供理论基础。     

利用C_ot-1 DNA FISH对3种异源四倍体野生稻的比较分析

利用来源于药用野生稻(CC基因组)的中高度重复序列C_ot-1 DNA作为探针,在相同的洗脱严谨度下,通过荧光原位杂交(FISH)对3种基因组同为CCDD的异源多倍体野生稻,宽叶野生稻(O.latifolia)、高杆野生稻(O.alta)、大颖野生稻(O.grandiglumis)进行基因组比较分析.结果发现:在80%的洗脱严谨度下,杂交信号在宽叶野生稻的C、D基因组上的分布差异较为明显,可以区分24条来源于C基因组的染色体和24条来自于D基因组的染色体;相同洗脱度下的高杆野生稻和大颖野生稻的C、D基因组则区别不明显,表明此2种野生稻中的C、D基因组亲缘关系比宽叶野生稻中的C、D基因组关系要近.在此基础上,分别利用来源于栽培稻(AA基因组)和药用野生稻(CC基因组)的C_ot-1DNA作为探针,在不同洗脱严谨度下,对C、D基因组关系相对最远的宽叶野生稻进行FISH分析,进一步研究宽叶野生稻染色体中C、D基因组的进化关系.随着洗脱严谨度的调整,杂交信号呈现出较高的特异性,主要分布在着丝粒、近着丝粒及端粒区域.结果表明:以不同洗脱严谨度下的FISH结果为基础进行的基因组分析.可进一步提高野生稻染色体识别的准确性,为研究异源多倍体的起源及进化提供依据.     

以小鼠为模型的副溶血弧菌致病性影响因素比较

为建立副溶血弧菌毒力评价的动物模型,研究通过混合正交试验,用不同浓度和致病性的副溶血弧菌采取腹腔注射和灌胃的方式感染4周龄的小鼠,观察小鼠的精神状态并计算一段时间内小鼠的死亡率,分析不同因素对副溶血弧菌致病性强弱的影响.结果表明,影响小鼠死亡率的因素顺序为:感染途径菌液浓度菌株毒力;采用副溶血弧菌ATCC 17802浓度为7.5×107cfu/m L的菌液对小鼠进行腹腔注射,小鼠精神状态最差,死亡率最高.     

应用多重PCR法鉴定产志贺样毒素大肠杆菌毒力基因

目的：从各种来源的标本中快速鉴定STEC毒力基因，并了解其在菌株中的分布情况．方法：采用多重PCR的方法鉴定STEC的特征性毒力因子stx1，six2，eaeA和hlyA．结果：各种标本中鉴定出产志贺毒素的大肠杆菌共46株，38株(82．6％)携带stx1基因，30株(65．2％)具有six2基因，22株(47．8％)同时检测到2种基因．36株(78．3％)检测到hlyA基因，24株(52．2％)有eaeA基因．4种毒力基因即six1 stx2 eaeA hlyA的有19株(41．3％)，而且血清型均为O157．结论：产志贺样毒素大肠埃希菌毒力基因图谱是一个重要的分子流行病学标志，应用多重PCR可简便、快速、敏感、特异性地鉴定出STEC的特征性毒力基因，并依照毒力基因存在情况判定其致病性能．     

副猪嗜血杆菌致病性的研究进展

副猪嗜血杆菌是一种猪上呼吸道常在菌,能够引起Glsser’s病,其典型的特征是纤维性多发浆膜炎,脑膜炎和胸膜炎.从血清型,基因,基因组与毒力之间的关联对近年来副猪嗜血杆菌致病性方面的报道做综述,为预防该病的爆发的提供参考.     

Bacillus halodurans XJU-80致病性研究

本研究采用荚膜检测、血清学实验、内毒素毒力测定及植物致病性检测等方法,研究Bacillus halodurans XJU-80是否具有致病性。结果表明,该实验菌株有荚膜、凝集反应效价为640,有内毒素,而且该菌株对植物也具有致病性。由此得出B.halodurans XJU-80具有致病性的实验性结论。B.halodurans XJU-80菌株是继B.halodurans C-125全基因组测序后在新疆分离的新变种,因此,本研究将为该菌株的开发及利用提供必要参考数据。     

人与其他生物基因组若干重要问题的生物信息学研究

Z曲线是表示DNA序列的一个等价的三维空间曲线.通过对Z曲线的研究来对基因组序列进行研究是一种几何学的途径.用这种思路研究了真核和原核基因组中若干重要问题,包括人与高等真核生物基因组的Isochore结构,微生物基因组的基因水平转移,古细菌基因组复制起始位点识别,酶母基因组基因识别,细菌与古细菌基因组的ab initio基因识别,SARS-CoV基因组基因识别,高G C含量微生物基因组的结构以及比较基因组学等的研究.文中综述了天津大学生物信息中心最近6年来在上述研究中所取得的进展.     

不同环境来源的洋葱伯克氏菌对人体健康的风险评估

对来源于不同环境的41株洋葱伯克氏菌进行了毒力基因检测及致病性研究.4个毒力基因(BCESM,cbl A,cepR和cep I)被从数量不等的菌株中扩增到,从而认定了10个风险性较高的菌株;通过苜蓿和生菜模型致病性测定,发现不同来源的很多菌株表现出对苜蓿和生菜不同程度的致病力.所研究的洋葱伯克氏菌株大部分被认定对人体健康存在风险.     

小熊猫源大肠杆菌病的病理诊断与病原鉴定

大肠埃希氏菌的致病性血清型菌株可引起幼龄动物严重的腹泻与败血症。采用常规病理学方法,剖检死亡小熊猫(Ailurus fulgens)并取肠道和实质器官做组织学观察,发现其病变特征为坏死性肠炎及败血症。从肝、脾、肾中无菌分离培养出致病菌,经革兰氏染色及16S rDNA测序鉴定为大肠杆菌。经小鼠毒力实验测得该菌半数致死量LD_(50)为6. 5×10~7CFU,并且从攻毒小鼠脏器分离得到了相同的大肠杆菌。结论:该小熊猫致死原因为致病性大肠杆菌感染。     

鸭致病性大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛的分子流行病学调查

为了解耶尔森菌强毒力岛(HPI)在鸭致病性大肠杆菌中的流行情况,根据HPI结构基因irp2和fyuA参考序列设计了引物,用PCR方法对从成都等地分离的64株鸭致病性大肠杆菌和28株健康雏鸭泄殖腔拭子分离的大肠杆菌基因进行了扩增和检测,并对5个菌株相关基因进行了克隆和序列分析.结果表明,irp2和fyuA携带率在鸭大肠杆菌病分离株分别为40.6%(26/64)和39.1%(25/64),在健康鸭泄殖腔大肠杆菌分离株分别25.0%(7/28)和21.4%(6/28).鸭大肠杆菌病分离株携带fyuA和irp2的阳性率显著高于健康鸭大肠杆菌分离株(P<0.05),HPI毒力岛的携带率与菌株的致病性呈明显的正相关.分析表明相关基因与GenBank中参考序列的同源性高达98%以上.     

拉布拉多犬神经类型相关基因SNP的分析

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与神经类型密切相关的4个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬神经类型的早期鉴定提供分子遗传学鉴定指标。方法依据中国导盲犬大连培训基地成熟的导盲犬神经类型行为学评估标准,选取典型的安静、活泼、胆小型(弱型)三种神经类型的犬各4只为研究对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法和PCR-RFLP分析法对12个样本4个基因的6个SNP位点:COMT(G482A)、MOAB(T199C)、ABCB1(A985T、T3442C、377-378 ins C)、GNB1L(961-962 ins G)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与神经类型的关联度。结果 COMT基因G482A SNP位点的G/A型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼型和安静型中所占比例(P=0.014;P=0.014),A/A型在活泼型犬中所占比例显著高于安静型和胆小型中所占比例(P=0.025;P=0.025);MAOB基因T199C SNP位点的T/C型在安静型犬中所占比例显著高于其在活泼和胆小型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因A985T SNP位点的T/A型在活泼型犬中所占比例显著低于其在安静和胆小犬中所占比例(P=0.014;P=0.014);ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼和安静型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因的377-378 ins C和GNB1L基因的961-962 ins G均没有发现显著性差异(P0.05)。结论 COMT基因G482A SNP位点的G/A型和A/A型,MAOB基因T199C SNP位点的T/C型,ABCB1基因A985T SNP位点的T/A和ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型与拉布拉多犬神经类型具有显著相关性,可做为拉布拉多犬神经类型早期鉴定的分子遗传诊断指标,但尚需大样本确认。     

小肠结肠炎耶氏菌实验性感染家兔微观病变观察

应用透射电子显微镜观察致病性血清型带毒力质粒Ｙ．ｅ．Ｇ１５１及ＬＡＢ－Ｂ１８２菌株感染的家兔，其肠道及脾脏有微脓肿及菌落形成，在微脓肿形成的区域，组织细胞变性坏死严重．用ＬＡＢ—Ｂ１８２菌株感染的家兔，其肝脏可见局灶性凝固性坏死．在上述脏器无微脓肿及菌落形成的部位，肉眼观察正常，但在电子显微镜下．却呈现不同程度的组织细胞病变．细菌不在细胞内增殖．致病性血清型丢失毒力质粒的４３９—８０Ｖ－菌株感染的家兔，其肠道、肝脏及脾脏组织细胞无病理学改变．     

利用GISH和C0t-1DNA-FISH对稻属B，C，G基因组的比较分析

为探究稻属B,C,G基因组之间的关系以及研究中高度重复序列在稻属不同物种基因组进化中的作用,利用药用野生稻和斑点野生稻的中度和高度重序列C0t-1 DNA和总基因组作为探针,对疣粒野生稻进行了比较染色体原位杂交分析.该2种野生稻的总基因组和C0t-1 DNA在疣粒野生稻染色体上信号覆盖率分别为(72.39±0.11) %,(75.60±0.18) %,(47.93±0.16) %,(55.47±0.12) %. 此外,以C0t-1 DNA的杂交信号组成为依据,对疣粒野生稻染色体组进行了核型分析.结果表明:G基因组和B,C基因组之间的关系都比较远,其原因可能是G基因组要早于B,C基因组从稻属的祖先中发生分化,并在进化过程中发生加倍、重排和基因选择性丢失等现象,形成了各自种的特异基因组成分.稻属基因组中度和高度重复序列与功能基因一样,在不同种中也存在着相当的同源性和保守性,并在进化过程中得以保存下来.药用野生稻和疣粒野生稻基因组增大的重要原因之一,可能是基因组中度和高度重复序列加倍的结果.     

结核分枝杆菌的抗逆性与致病性研究进展

结核病是由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)复合群感染导致的人畜共患传染病,在新型冠状病毒感染暴发前是全球死亡人数最多的单一传染病。结核病致死率高,主要原因是其致病菌结核分枝杆菌具有极强的毒力且可以抵御多种外界环境胁迫因子。本文主要介绍结核分枝杆菌对理化胁迫的耐受性,以及结核分枝杆菌的耐药性、致病性与免疫性,为深入研究结核病的发病机制和研发新型的抗结核药物提供理论指导。     

禽流感疾病及预防

禽流感(Avian lnfuenza-AV)是由正黏病毒科、流感病毒属的A型流感病毒引起的一种禽类传染病，又称真性鸡瘟、欧洲鸡瘟。其病毒广泛存在于野生禽、鸟类和人工饲养的禽类中，是目前危害养禽业最严重的疫病之一，特别是1997年香港发生禽流感病毒感染人的事件，更突显其公共卫生意义，根据AIV的毒力将禽流感分为高致病性禽流感(HPAI)、低致病性禽流感(LPAI)和无致病性禽流感(NPAI)，