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1.
目的 应用网络药理学方法探讨灵芝在改善2型糖尿病(T2DM)中的作用机制。方法 通过TCMSP筛选灵芝化学成分,使用SWISS Target Prediction导入主要成分的SMILE name获取单个基因名;结合DisGeNET和GeneCards获取疾病基因;利用Venn数据库筛选出交集靶点;在微生信平台构建活性成分和疾病靶点网络;利用STRING和Cytoscape数据库构建PPI网络;使用DAVID数据库进行GO和KEGG功能富集分析;使用AutoDock数据库进行分子对接。结果 灵芝和2型糖尿病的共同靶点有146个;PPI网络包含灵芝和2型糖尿病共同目标有146个节点和2 201条“边”;筛选出灵芝5个活性成分及与T2DM相关靶点146个;重要活性成分包括Methyl lucidenate F、环氧灵芝醇A、赤灵芝酸E、赤芝酮A、Methyl lucidenate Q,核心靶点包括PGR、PTPN1、NR3C2等;KEGG主要通路富集于卵母细胞减数分裂、NF-kappa B信号通路、长寿调节途径等;分子对接结果显示,化合物和重要靶位之间具有很强的融合作用。结论 本研究进一步...  相似文献   

2.
目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...  相似文献   

3.
运用网络药理学及分子对接方法,探讨茵栀黄颗粒治疗肝纤维化的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台,对茵栀黄颗粒中4味药材进行活性成分筛选,利用SwissTargetPrediction数据库进行靶点预测;在GeneCards数据库中进行检索,获取肝纤维化相关的靶点,构建维恩图;运用DAVID数据库进行GO(gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,运用Cytoscape3.9.0软件绘制成分-靶点网络图和靶点-通路网络图,通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用AutoDock Tools对关键活性成分和核心靶点进行分子对接,验证网络药理学分析结果。通过口服生物利用度和类药性参数筛选出茵栀黄颗粒中的43个活性成分,肝纤维化相关靶点111个;GO功能富集分析得到生物过程条目346个,细胞组成条目32个,分子功能条目76个;KEGG通路富集分析筛选得到96条(P<0.05)信号通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、丙型肝炎、TN...  相似文献   

4.
基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...  相似文献   

5.
运用网络药理学方法分析续断-桑寄生药对改善多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点和通路。通过中药系统药理学数据库与分析平台,获取续断、桑寄生的主要活性成分及潜在靶点,并利用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;依托Disgenet、OMIM数据库获得多囊卵巢综合征疾病靶点并进行合并,借助Venn在线工具获得药物和疾病的共同靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行京都基因和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析及基因本体(GO)富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;用分子对接技术验证靶点间结合的可靠性。结果表明,从续断-桑寄生药对中筛选得到174个靶点,其中交集于多囊卵巢综合征的80个共有靶点主要涉及癌症通路、丙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等多条信号通路。续断-桑寄生药对通过槲皮素、β-谷甾醇等活性物质形成多靶点、多通路调控网络,调节激素代谢,降低炎症细胞因子水平,从而达到系统改善多囊卵巢综合征的目的。  相似文献   

6.
借助网络药理学和分子对接技术,探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的干预机制。通过TCMSP、TCMID等多个数据库寻找与智脑胶囊相关的化学成分及其作用靶点;利用GeneCard等数据库获取阿尔茨海默病的作用靶点;运用Venny2.1网站筛选出药物与疾病的交集靶点;使用STRING平台和Cytoscape软件进行拓扑分析得到智脑胶囊治疗阿尔茨海默病的核心作用靶点;采用Metaspace数据库对潜在核心作用靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析;利用AutoDock软件使用分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果表明:在智脑胶囊中共筛选出44个活性成分和292个有效靶点,智脑胶囊与阿尔茨海默病共同靶点58个;蛋白质-蛋白质相互作用得出关键靶点包括AKT1、IL-6、TNF等;GO分析共包含1 419条,KEGG得到175条代谢通路,主要包括脂质与动脉硬化、TNF信号通路;分子对接显示关键成分与靶点具有良好的结合能力。研究表示智脑胶囊可能通过脂质与动脉硬化和TNF信号通路等途径来减轻...  相似文献   

7.
为了探讨葶苈大枣泻肺汤治疗新冠肺炎(COVID-19)的作用机制,采用TCMSP数据库筛选葶苈大枣泻肺汤的主要活性成分及靶点,从GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,采用STRING和Cytoscape进行PPI网络构建,利用Metascape进行GO和KEGG富集分析,并通过Autodock进行分子对接。结果筛选得到葶苈大枣泻肺汤27个活性化合物和39个治疗COVID-19潜在作用靶点,主要成分包括槲皮素、山奈酚等,关键靶点涉及TNF,MAPK1/8,CASP3等。KEGG富集通路146条,涉及IL-17,NF-κB、肺结核等。分子对接结果显示核心化合物槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇与ACE2具有较好的亲和性。因此,葶苈大枣泻肺汤可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等活性成分调节TNF,CASP3,MAPK等靶点,与ACE2结合,进而调控IL-17,NF-κB等通路,从而抑制细胞因子风暴和炎症损伤,达到多成分、多靶点、多通路防治COVID-19的效果。  相似文献   

8.
通过TCMSP数据库检索麻黄、桂枝中的活性成分以及对应的靶点蛋白,在GeneCards数据库中以“rheumatoid arthritis”为关键词检索类风湿性关节炎(RA)的相关靶点,将收集的2类靶点相互映射取交集后通过STRING平台构建PPI网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析;借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析;最后利用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证。2类靶点映射得到交集靶点共134个,PPI分析得到核心靶点为AKT1、IL6、TP53、RELA和CCND1。GO与KEGG富集分析得到关键信号通路为TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、二氢槲皮素与AKT1、IL6、TP53有较好的结合效果。研究推测麻黄-桂枝药对中的活性成分可能通过抑制炎性介质表达、抑制关节滑膜中树突细胞以及巨噬细胞过量增殖等途径来阻止RA病理发展进程。  相似文献   

9.
利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...  相似文献   

10.
通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...  相似文献   

12.
基于网络药理学与分子对接探讨马兰对非酒精性脂肪性肝病的作用机制,为后期研究 提供理论依据。通过文献检索马兰的化学成分,用 Swiss target prediction 进行靶点预测;利用 OMIM、Gene Card、Drug bank获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,再利用Cytoscape 3.9.1构建药 物-成分-靶点网络图;用 String 11.5 进行 PPI 分析,用 R 语言进行 GO 分析、KEGG 分析。筛选出 26个活性化合物,得到交集靶点55个,槲皮素、山柰酚和木犀草素可能是主要活性成分,关键靶点 涉及 ESR1、EGFR、AKT1 等;GO 分析和 KEGG 分析涉及多种生物途径以及 PPAR、PI3K 等信号通 路。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚和木犀草素与ESR1、EGFR、AKT1之间具有较好的结合能 力。马兰可能通过多成分、多靶点、多途径对非酒精性脂肪性肝病发挥治疗作用。  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学及分子对接探讨二至丸对非小细胞肺癌的作用机制,为新型抗癌中医药物的研发提供科学依据。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)收集墨旱莲、女贞子的主要化学成分,根据药物分布、吸收、代谢、排泄(ADME)筛选药物活性成分,并获取对应靶点;通过Drugbank、Genecards、OMIM数据库获得非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)的重要靶点并去除重复值,利用String数据库进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络;使用Cytoscape3.7.1构建“二至丸成分-非小细胞肺癌靶点”网络,最后通过进行分子对接验证。并利用Cytoscape3.7.1软件筛选出排名靠前的核心靶点;使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。结果:二至丸检索获得21个活性成分,去重之后获得205个药物靶点,NSCLC检索取得1935个疾病靶点,两者取交集,共获得132个共同交集靶点。PPI分析得到TP53、AKT1、MAPK1、RELA为核心的基因靶点,经过分子对接,发现二至丸中的...  相似文献   

14.
目的:探讨青蒿素治疗胰岛素抵抗(IR)和2型糖尿病(T2D)的潜在分子机制。方法:运用Swiss Target Prediction平台数据库、Pubchem数据库、UniProt数据库筛选出青蒿素的药物作用靶点基因,然后用GenCards、STRING、DAVID数据库和Cytoscape3.7.1软件对青蒿素进行网络药理学分析,然后将青蒿素与核心靶点用AutoDock4.5.6和AutoDock vina进行分子对接验证。结果:青蒿素-IR和青蒿素-T2D的共同靶点分别为2207个和3245个。青蒿素-IR共同靶点的PPI网络共包含节点46个、边140条。青蒿素-T2D共同靶点的PPI网络共包含节点47个、边143条。青蒿素-IR共同靶点共富集到GO功能条目185条,KEGG信号通路120条(P<0.05)。青蒿素-T2D共同靶点富集到GO功能条目178条,KEGG信号通路127条(P<0.05)。青蒿素治疗胰岛素抵抗可能是通过EGFR、HSP90AA1等核心靶点基因,作用于MAPK信号通路、癌症途径等多条关键信号通路来实现的;青蒿素治疗2型糖尿病可能是通过EGFR、C...  相似文献   

15.
应用网络药理学与分子对接揭示“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制,为其临床应用提供新的理论依据及研究思路.从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得“萆薢-菟丝子”药对主要活性成分,利用PubChem数据库以及SwissTargetPrediction平台数据库获取主要活性成分的药物靶点,由GeneCards数据库、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库中获得慢性前列腺炎疾病相关靶点,与先前获得的药物靶点进行交集,获得共有靶点.利用DAVID 2021在线数据库对共有靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用STRING11.5在线数据库构建共有靶点蛋白互作网络(PPI)分析;最后通过Discovery Studio2019对靶点蛋白与关键化合物进行分子对接评价.共筛选出13个“萆薢-菟丝子”主要活性成分,包括Diosgenin薯蓣皂素、Sesamin芝麻素、NSC63551柱头甾醇、Isorhamnetin异鼠李素、beta-sitosterol β-谷甾醇等;药物靶点312个,与疾病...  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...  相似文献   

17.
通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。  相似文献   

18.
通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...  相似文献   

19.
利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。  相似文献   

20.
挖掘冠状病毒感染肺炎的潜在靶基因,以及筛选荔枝核中抑制冠状病毒3CL蛋白酶(3CLpro)的黄酮类化合物.利用GEO数据库下载SARS-CoV感染的小鼠肺炎的基因集,利用R语言筛选差异表达基因.通过文献筛选荔枝核的黄酮类化合物,采用SWISS数据库、DRAR-CPI服务器预测化合物潜在作用靶点.使用String数据库构建成分靶点-疾病靶点互作网络,通过Cytoscape的cytoHubba插件筛选核心靶点.通过DAVID进行GO和KEGG分析,预测冠状病毒感染肺炎的发病机制及荔枝核黄酮类化合物的作用机制.借助分子对接虚拟筛选治疗冠状病毒感染肺炎的黄酮类化合物.筛选得到761个差异基因作为冠状病毒感染肺炎的潜在关键基因,其中上调757个,下调4个,它们主要富集在单纯疱疹感染、PI3K-Akt信号通路、甲型流感、炎症免疫等信号通路.荔枝核中19个黄酮类化合物可作用于380个靶点,在成分靶点-疾病靶点互作网络中挖掘得到100个核心靶点,它们参与调控PI3K-Akt、HIF-1等多条信号通路.分子对接结果显示,柚皮芸香苷、柚皮苷、原花青素A2、原花青素、芦丁5个黄酮类化合物与3CLpro抑制剂...  相似文献   

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