胱抑素C和组织蛋白酶B轴对β淀粉样肽聚集和降解的影响

淀粉样蛋白沉积疾病是由错误折叠的蛋白在细胞内外聚集而引起的一类蛋白质构象类疾病.淀粉样肽β(Amyloid β,Aβ)被认为是引起阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的致病蛋白,Aβ是由淀粉样前体蛋白(Amyloid precursor protein, APP)经一系列分泌酶切割而产生的,由于切割方式不同产生多种不同的肽段类型.人胱抑素C(Human cystatin C,HCC)是一种普遍存在于人体体液和组织液中的半胱氨酸蛋白酶抑制剂.HCC可与可溶性的Aβ结合,它与Aβ的原纤维共定位于AD病人的脑部病灶组织,表明它具有一定的神经保护作用.组织蛋白酶B(Cathepsin B,Cat B)是一种半胱氨酸蛋白酶,主要存在于脑内胶质细胞的溶酶体中.Aβ含量的增加可以刺激胶质细胞释放Cat B,对Aβ浓度进行调节,但Cat B在中枢神经系统中的Aβ前体蛋白处理和Aβ42代谢中发挥的作用仍有待确定.本文阐述了HCC-Cat B轴可能在AD进程的不同阶段发挥了不同的作用的观点,以期为AD的预防和治疗提供有价值的信息.     

氯化钠促进溶菌酶聚集机制的分子动力学研究

氯化钠能够在一定的条件下促进溶菌酶发生聚集,但其具体的作用机制目前还尚不明确.采用分子动力学模拟的方法研究了鸡溶菌酶单体在含500 mmol/L NaCl和不合NaCl两种体系中的结构变化.模拟的结果表明:NaCl能够使溶菌酶聚集关键区域(40～110位残基)内二硫键cys76-cys94的结合强度减弱,同时破坏了该区...     

氯化镁促进溶菌酶淀粉样聚集的分子机制研究

高浓度氯化镁能够在一定的条件下促进溶菌酶发生聚集,但其具体的作用机制尚不明确.采用分子生物学实验和分子动力学模拟相结合的方法研究了鸡溶菌酶在不同浓度的MgCl2溶液中的聚集特性和结构稳定性.分子生物学实验结果表明,200 mmol/L MgCl2能够显著促进鸡溶菌酶形成二聚体和三聚体,但效果没有NaCl显著.分子动力学模拟分析显示,200 mmol/L MgCl2能够引起螺旋3和螺旋4的显著偏移,同时能够减弱溶菌酶聚集关键区域（40-110位残基）内二硫键Cys76-Cys94的结合强度;另一方面,MgCl2也能减少疏水核心内部氢键的数量,促使疏水核心的稳定性显著降低,从而促进了溶菌酶分子间的相互作用.     

用分子动力学方法对Cystatin蛋白的研究

通过动力学模拟研究野生型和I66Q突变型cC的动力学特性,为设计和筛选治疗Cystatin C引起的脑淀粉样血管病药物提供重要的理论依据.通过分子动力学模拟的方法,选择可引起脑淀粉样血管病的Cystatin蛋白为模型,探讨了在形成致病状纤维过程中起到关键作用的蛋白质结构位点.研究分子动力学模拟显示,突变型cC较野生型更易形成淀粉样纤维,突变型蛋白的L1部位较野生型具有更高的柔性,更易通过结构域交换形成二聚体进而引发淀粉样纤维沉淀.该研究结果对于设计治疗相关疾病如疯牛病等的药物也有一定的借鉴意义.     

十六烷基邻二甲苯磺酸钠油/水界面聚集行为的分子动力学模拟

利用量子化学软件GAMESS(US)对十六烷基邻二甲苯磺酸钠的分子结构进行了量子化学优化,采用分子动力学模拟的方法对十六烷基邻二甲苯磺酸钠在油/水界面的聚集行为进行了理论研究。结果表明,磺酸基中氧原子与水分子中氢原子间存在较强氢键作用形成第一水层和第二水层,反离子Na+分布于第一水层和第二水层,表面活性剂分子数量增加不会影响磺酸基与水分子形成的氢键分布,十六烷基邻二甲苯磺酸钠对癸烷分子具有较强的亲和能力,表明其具有较强的降低油水界面张力的能力。     

血清胱抑素C测定在肾功能损害中的临床应用

目的比较血清胱抑素C(cystatin C,Cys C)和血清肌酐(Scr)、尿素(BUN)在肾功能损害中的异常情况,评价Cys C在反映肾小球滤过率(GFR)的应用价值.方法将133例肾功能损伤患者分为肾功能正常组28例、肾功能储备下降组25例、肾功能不全组27例、肾功能表竭组31例、尿毒症组24例,测定了各组的CysC和Scr、BUN含量.结果各组之间CysC均有显著性差异(P<0.01),血清CysC浓度随着肾功能的损害程度的增加而上升,两者呈正相关.肾功能正常组血清CysC值与正常对照组相比亦有显著性差异(P<0.05)。而两组Scr、BUN值相比无显著性差异(P>0.05).结论血清胱抑素C(CysC)比Scr、BUN更能准确、直观地反映出GFR的变化,是一项准确可靠的估测GFR的指标.     

油水界面上AOT聚集行为的分子动力学模拟

用分子动力学模拟（MD）方法研究了2-乙基己基琥珀酸酯磺酸钠（AOT）在异辛烷／水界面的聚集行为．结果发现：AOT作为界面改性剂可以在油水界面形成单分子层,并随着浓度的增加从不饱和到饱和、从无序到有序发展;由于存在静电相互作用,盐（NaCl）的加入可以改变表面活性剂在油水界面的排列．     

不同发育状况早产儿血清胱抑素C的变化及临床意义

目的比较不同发育状况早产儿血清胱抑素C（Cys C）、血肌酐（Scr）及尿素氮（BUN）水平,评价宫内发育迟缓早产儿的肾功能状况。方法选择无出生窒息的33～35周早产儿,根据体重与胎龄的关系分为适于胎龄儿组和小于胎龄儿组,于生后24～36 h采静脉血,以全自动生化分析仪测定血清Cys C、Scr和BUN的含量,并进行组间比较。结果不同发育状况早产儿血清Cys C、Scr和BUN水平均无明显差异。结论未发现宫内发育迟缓早产儿有肾功能损害。     

聚乙二醇修饰对抑制纳米颗粒在水中聚集行为影响的分子动力学模拟

为了探究表面聚乙二醇（PEG）修饰对抑制疏水性纳米颗粒在水中的聚集行为影响,应用粗粒度分子动力学计算方法,对PEG修饰的疏水性纳米颗粒的水相聚集行为进行了模拟研究.分别建立刚性颗粒和表面疏水链改造的颗粒两种纳米颗粒模型,重点探讨了不同链长PEG修饰对抑制颗粒聚集的影响.研究发现,PEG修饰可以有效抑制疏水性纳米颗粒在水相中的聚集行为,而且随着PEG修饰长度的增加,抑制聚集作用明显增强.通过对颗粒聚集前、后体系的分子密度分布改变、颗粒的均方位移以及能量变化等参数的分析,进一步阐述了PEG修饰抑制疏水性纳米颗粒在水相中的聚集过程,并对其微观机制进行初步探究.模拟结果表明,通过对纳米颗粒表面进行PEG修饰,可以调控颗粒在水相环境中聚集行为.     

AuCu团簇分子动力学研究

根据D-B的嵌入原子法(EAM), 结合Johnson 双体势和Murrell多体势,对AuCu 团簇结构进行了分子动力学模拟.研究表明EAM 势函数可较好地描述非晶态合金体系.非晶态团簇形成中以多面体方式生长,无序态(采用二十面体及十面体结构)比有序态更稳定.     

分子动力学模拟温度对CTAB/SA胶束结构的影响

采用分子动力学模拟研究了温度对于十六烷基溴化铵/水杨酸(CTAB/SA)酸性条件下聚集结构的影响.结果表明在高温和强酸条件下,CTAB/SA体系形成球形胶束.通过分析分子的均方根位移和径向分布函数等动力学性质,我们发现升高温度能够显著加剧分子运动.因此,CTA+和水杨酸分子之间的结合作用力减弱.特别是胶束周围的阴离子的扩散使得极性头基之间的互斥作用增强,因而在80℃和强酸条件下,胶束结构为球形胶束.模拟表明,分子动力学方法可以在分子水平上研究胶束体系,解释温度和酸碱度对于聚集性质影响的原因.     

纳米颗粒影响润滑膜摩擦特性的分子动力学

向润滑油中添加纳米颗粒可以降低摩擦系数,提高承载能力,但其中的物理机制并不完全清晰.采用分子动力学方法研究了理想摩擦副间纳米流体和基础流体摩擦特性的不同,着重探明纳米颗粒与基础流体的相互作用机制.研究发现在较高的载荷下纳米流体和基础流体均由液态转化成类固体,但纳米流体的相变压力明显高于基础流体;在相变点后,纳米流体表现出了良好的摩擦特性.纳米颗粒增强了润滑膜的承载能力,且在相变点后强化效果更好.最后对纳米颗粒改善润滑摩擦的物理机制做了详细的解释.     

带电聚合物刷的分子动力学模拟和研究

主要介绍通过分子动力学模拟来研究带电聚合物刷在水溶液和盐溶液中的结构性质，分别给出不同吸附密度下的单体密度，补偿离子分布图。通过模拟得到的刷子高度与通过新标度理论得到的高度值吻合的很好。验证了在渗透区，吸附密度对刷子的高度是存在影响的，并讨论了在同一吸附密度下，Debye长度对刷子结构的影响，刷子的高度随着Debye长度的增大而变大，进而达到通过盐离子浓度来控制刷子结构的目的。     

分子动力学模拟非晶态SrTiO3

采用分子动力学方法,用Moldy软件及PIM(Partial Ionic Model)势函数作为原子间相互作用势,模拟了Sr- TiO3(STO)的熔化过程,将熔化的STO快速冷却到室温以获得非晶态。通过熔化过程中体系内能和体积的突变,确定熔点为2430 K,仅比实验值(2380 K)高50 K,很好的反映了STO的熔化过程;分析了晶态、液态和非晶态时的对关联函数和原子配位数;通过计算速率自相关函数估算了STO的扩散系数,说明STO的熔化发生在2430 K。     

MgSiO3的分子动力学模拟

使用分子动力学模拟ＭｇＳｉＯ３以研究它的相变和超离子态．模拟采用Ｇｏｒｄｏｎ－Ｋｉｍ势和一种新的检测离子运动的技术．这项技术可以清楚地表现Ｏ２－离子的子晶格的熔解和八面体ＳｉＯ６的旋转．研究表明,ＭｇＳｉＯ３必须经历几番相变才能进入立方相．特别是在正交相和立方相之间存在一个过渡相．ＭｇＳｉＯ３确实存在超离子态相和立方相．这个超离子态相存在于熔点之前约２００～７００Ｋ．超离子态起始温度Ｔｃ和晶体熔点温度Ｔｍ的比率Ｔｃ／Ｔｍ～０．９２     

分子动力学模拟研究ZIF-8颗粒对甲烷水合物形成过程的影响

为了揭示ZIF-8颗粒对甲烷水合物形成过程的微观影响机理,通过分子动力学模拟方法研究了有/无ZIF-8颗粒体系中的甲烷水合物成核及生长过程。结果表明：ZIF-8颗粒的加入会影响甲烷水合物的成核及生长动力学,加速或减缓水合物的成核及生长过程。ZIF-8不同的加入量对水合物形成动力学亦有着不同的影响作用。其中,加入少量的ZIF-8颗粒可在不降低水溶液中甲烷过饱和度的情况下,通过加速甲烷分子在水溶液中的运移及水分子的组装行为,促进水合物前驱体及闭合笼状结构的形成,推动水合物的快速成核及生长。当加入的ZIF-8颗粒达到一定浓度时会在短时间内吸引更多的甲烷分子从水溶液中逃离出来并在其表面聚集成纳米气泡,致使水溶液中的甲烷浓度降低、水合物形成驱动力下降,最终导致水合物的形成过程被明显地抑制。     

氩粒子系统的分子动力学模拟

分子动力学方法是一种计算机模拟实验的方法,这种方法不仅可以得到原子的运动轨迹,还可以观察到原子运动过程中的各种微观细节。通过对256个氩原子系统进行分子动力学模拟得出了氩原子系统的能量演化过程、粒子的运动轨迹、系统的径向分布函数等一些有意义的结果。     

水合镁离子的分子动力学模拟研究

基于水合离子[M(H2O)m]n+的概念,利用Moldy分子动力学模拟并结合分子内相互作用势MCY来研究水中的镁离子.该模拟系统包括一个二价的镁离子和216个水分子,在温度为330K下,计算了系统内不同原子对之间的径向分布函数(RDF),模拟结果和实验值基本一致.而且从其径向分布函数可看出,镁离子的出现并没有使得镁离子周围的第一水化层水分子和第二水化层水分子之间的距离有明显的减少.