含有反转、删除或插入操作的部分排序基因组重组

Zheng等给出了一个只含有反转操作的部分排序基因组重组的算法.本文推广了这一结果,给出了允许有删除或插入操作的两个含有不同基因集合的部分排序基因组重组的算法.     

国际棉花基因组测序计划

一个生物的全基因组序列蕴藏着这一生物的起源、进化、发育、生理及与所有遗传性状有关的重要信息。所有这些重要的信息都写在由4种碱基（A、T、C、G）组成的基因组DNA那条长长的双链上。棉花基因组序列也同样蕴藏着与棉花的高产优质、抗病抗虫、耐旱耐涝等所有性状的遗传信息。解析棉花基因组序列,是改进棉花纤维品质、提高产量的前提与基础,也可为研究棉种起源、进化提供直接的依据。棉花是世界性重要的经济作物,也是我国重要的国民经济支柱产业,所以,阐明棉花的基因组信息具有重要的理论和实践意义。     

人类基因—新的热门话题

人类基因组项目是生命科学领域中一项投资规模巨大的基础性研究项目。它已受到全球的普遍关注,一些国家除政府投资外,许多大型企业也纷纷投巨资(估计在300亿美元以上)进行研究,期望抢占制药、疾病治疗等领域的制高点。当前,国际上几乎每克隆出一个与疾病相关的基因都会立刻被专利化。预计今后几年内国际上为此而展开的竞争将会十分激烈。本刊特采编了一组国外研究的最新动态,以加强对这一领域工作的了解。     

用于植物分子系统学研究的基因片断

本文简要介绍了用于分子系统学研究的各种基因片断及其研究进展。     

植物基因组研究与遗传改良

以几种重要植物——拟南芥、水稻和番茄为例，简要介绍植物基因组研究在遗传图谱、物理图谱、EST和全基因组测序以及功能基因组等方面取得的主要进展及其在植物遗传改良中的重要意义。     

论生物基因组的起源和进化

通过分析核基因组、线粒体基因组和叶体基因组的大小与结构，发现这三种基因组教师阴“小基因组”和“大基因组”的形式及与之对应的结构特点，认为它们各自的祖先都是通过分别与“小基因组”和“大基因组”相应的两种途径进化成成为现象核（类核）基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组，发展了生物基因组起源和进化的统一模式。     

后基因知识发现中有选择的课题

大信息通过量序列与功能基因组技术绘制了人类基因序列图，并且使得大规模人类群体基因型与基因表达的特征勾画成为可能，进一步的研究是对基因组序列的准确注释、基因组与蛋白质之间相互作用和物种的遗传变异性上。基因组注释过程越来越以涉及进化研究和模型生物体的比较方法作为依据。DNA与蛋白质之间的相互作用是生物学相互作用中最基本的，而且在生物学、医学和药物学中具有普遍的意义。     

宏基因组技术鉴定红原县儿童腹泻相关病毒

病毒是引起儿童急性胃肠炎的主要原因,且种类较多.为了解四川省阿坝藏族羌族自治州红原县儿童腹泻病毒种类和分子特征,本研究于2019年4～11月从红原县采集12份急性胃肠炎儿童的腹泻粪便,采用病毒宏基因组学技术鉴定病毒种类,并从阳性样本中扩增病毒基因组.结果显示,从被检样本中鉴定出6种病毒:星状病毒(Astrovirus,...     

面向GWAS未覆盖基因组区的数据集成

针对面向整个全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)未覆盖基因组区的数据集成问题,提出基于自训练的半监督机器学习实现的语意映射技术应用于该研究领域的方法.研究结果表明:该方法能有效实现对整个GWAS未覆盖基因组区的自动的语意映射,精度达到94.2％,召回率达到97.5％,能有效降低对人类专家的依赖程度,实现对整个GWAS未覆盖基因组区数据的快捷有效集成.     

基因组研究进展

基因组结构和遗传语言的研究是现代生物学的前沿和竞争的焦点，对未来生物学、医学、农学和生物技术的发展有十分重要的意义。分子生物学技术的进步为基因组的研究提供了有用的工具。本文对非细胞生物体、原核生物，真核生物的基因组结构研究现状，特别是人类基因组计划的进展和前景进行了综述。     

人类基因组计划及研究

近年来,采用ＤＮＡ序列测定、基因克隆、基因组文库的构建等方法对人类基因组进行了研究,完成了大部分人类基因组的物理图谱、转录图谱及单核苷酸多态性图谱的分析。进而发现、克隆和研究了许多新基因,如青光眼基因、肿瘤抑制基因等,这些结果使人类第一次在分子水平上认识自我,并有助于从人灰基因组中去除有害基因。最后本文探讨了人类基因组研究可能带来的问题。     

人类新基因克隆

本文概述了人类基因组计划及人类基因组研究的新进展,重点阐述了人类新基因克隆的策略与现状、问题与对策,同时就新基因克隆过程中的技术难点作了概括性的归纳,并就其突破分别提出可行的建设性意见,对从事这方面研究的科研人员具有重要的指导作用。     

地芽孢杆菌(Geobacillus)YHL的全基因组测序及序列分析

该文采用Illumina 高通量测序技术对地芽孢杆菌(Geobacillus sp. YHL)进行全基因组测序,使用Velet软件进行组装,利用Glimmer软件对菌株进行基因预测,得到的蛋白质通过与COG、KEGG等数据库进行比对来获得相应的注释信息.利用多种绘图工具对注释信息进行汇总及分析,获得了COG、KEGG等多种基础注释信息,对这些信息进行挖掘分析,研究结果发现:该菌株具有多种编码酶基因,包括糖苷水解酶、葡糖苷酶、木聚糖酶、淀粉酶、新普鲁兰酶、支链淀粉酶和脂肪酶,是一种嗜热的多酶编码菌,有一定的应用潜力.重点关注了在基因组中编码热应激蛋白基因,这些基因信息最终可以提供关于细菌的热适应机制的初步解释.     

人类基因组与DNA序列分析

对人类基因组计划作了概述,介绍了人类基因的基本知识,并对DNA序列分析进行了报导。     

4种昆虫基因组中的线粒体假基因

为了进一步了解昆虫核基因组中线粒体假基因(Numts)序列分布情况,避免Numts序列对基于线粒体DNA(mtDNA)进行系统发育关系研究结果的误导,利用Blast N对GenBank中已完成核基因组和mtDNA测序的4种昆虫核基因组中的Numts序列进行检索,结果表明:冈比亚按蚊Anopheles gambiae中没有Numts序列;黑腹果蝇Drosophila melanogaster中仅有少量Numts序列;赤拟谷盗Tribolium castaneum和意大利蜜蜂Apis melliera基因组中Numts序列超过100条,尤其是意大利蜜蜂中的Numts序列涵盖全部mtDNA.ND2,ND4,ND5,COⅠ与lrRNA向核内转移频率高于其他mtDNA基因片段,因此,在使用其进行系统发育关系研究时需加倍谨慎.     

哺乳动物的反转录转座子及其在进化中的作用

哺乳动物基因组中整合了大量反转录转座子。根据它们的结构特点和起源，对反转录转座子的分类、扩增途径和扩增酶学进行了探讨，提出了反转录转座子本身的进化方向及其在基因组进化中的作用。依据原祖７ＳＬＲＮＡ演化为人类Ａｌｕ家族的过程，讨论了Ａｌｕ序列在基因表达调节中的作用。     

亚硝胺类化合物诱导小鼠食管病变与基因组甲基化的关系研究

研究亚硝胺类化合物诱导小鼠食管发生病变与基因甲基化的关系,在亚硝酸钠（NaNO2）和N,N-二甲基苄胺（N,N-Dimethylbenzylamine）混合物诱导小鼠食管病变过程中,定期取小鼠食管,一部分做病理切片观察组织学变化;另一部分提取组织DNA做变性高效液相色谱（Denaturing High Performance Liquid Chromatography,DHPLC）,检测基因组甲基化修饰的改变。结果在亚苄混合物诱导的小鼠食管癌变过程中,全基因组甲基化修饰是逐渐降低的,在达到一定程度后即保持一种稳态。此时组织病理学才发生光镜下可见的改变。说明全基因组甲基化修饰的逐渐降低可能是亚硝胺类化合物诱导食管发生病变的途径之一．这种基因修饰的变化有助于进一步研究食管鳞癌发生的分子机制。     

生物信息学现状及其在水稻基因组研究中的应用

阐述了生物信息学理论的概念和范围、国际生物信息学发展趋势与国内研究现状，探讨了生物信息学在水稻基因组研究中的应用．     

Complete genome analysis of Ketogulonigenium sp. WB0104

Ketogulonigenium sp. is a new genus defined by Urbance and Bratina[1] in 2001. It belongs to Proteo- bacteria, Alpha proteobacteria, Rhodobacterales, Rhodobacteraceae, Ketogulonigenium. Ketoguloni- genium sp. is a Gram-negative, facultatively anaerobic, e…