新疆泥火山群土壤细菌群落的DGGE分析

采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术,对新疆乌苏泥火山区土壤细菌群落的16S rDNA V3区进行电泳分离,并用Quantity one软件对图谱进行聚类分析,对主要条带进行回收测序.DGGE图谱显示,各土样细菌的组成有显著差异.聚类分析表明,相同月份、不同深度土样细菌组成相近.特异条带的回收测序结果表明,假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群.新疆泥火山区土壤细菌多态性明显,并容易受生态、气候等因素影响,但优势菌群受此影响较小.     

PCR-DGGE法分析不同酒曲中细菌多样性

目的:研究不同酒曲中细菌的多样性.方法:利用DNA提取试剂盒,分别提取6种酒曲的总DNA,利用细菌16S rRNA gene V3区通用引物,采用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE)方法,进行...     

TGGE法对白洋淀底泥细菌种群多样性及动态变化的研究

本文应用PCR-TGGE指纹图谱技术对8个地点、8个月份的白洋淀底泥细菌种群的动态变化及多样性进行了研究。研究结果表明白洋淀底泥细菌的16S rDNA的PCR扩增结果约为230bp,为16S rDNA V3区特异片断。8个地点的白洋淀样品的TGGE条带数目和位置表现出明显差异;同一地点、不同时间的样品TGGE图谱差异不大。     

玉龙雪山冰川雪坑中细菌多样性群落结构及其与气候环境的关系

通过DAPI荧光计数、恢复培养和变性梯度凝胶电泳,分析了玉龙雪山不同深度积雪中的细菌数量、多样性及其群落结构.结果显示:玉龙雪山雪坑样品中细菌数量和多样性指数与气候环境替代指标W(Ca~(2+)),W(Mg~(2+)),W(Cl~-)等具有相关性.可培养细菌隶属于三个不同系统发育群:Actinobactema(37%),Firmicutes(11%)和Proteobacteria(α-Proteobacteria)(52%),其中α-Proteobacteria类为优势类群.DGGE测序结果表明细菌属β-Proteobacteria,Actinobacteria和Bacteroidetes类群,以β-Proteobacteria为优势类群,并且不同深度雪坑中细菌多样性和群落结构没有明显变化.结果表明:海洋型冰川雪中细菌数量和多样性、群落结构与大陆型冰川雪相比,冰雪微生物具有其特殊性.     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

南极阿德雷岛地表沉积物中细菌多样性及对环境的响应

提取南极阿德雷岛沉积物柱状样各层次的总DNA,利用PCR-RFLP方法,对沉积物中的细菌多样性及分布进行了研究,并探讨了它与环境的关系.结果表明,沉积物中的细菌多样性丰富,分属于8个类群,以CFB(Cytophaga-Flexibacter-Bacterioides)类群和Proteobacteria类群的β-,γ-亚群为主.在7 cm左右深度的沉积物中,可培养微生物和16 S rDNA序列多样性与其他深度的沉积物有明显不同,推测与环境的变化有关.同时还发现了大量与降解有机化合物相关的细菌,表明阿德雷岛的微生物生态系统已经受到了人类活动的影响.     

內源微生物驱后油藏理化性质变化及细菌群落结构解析?

通过研究新疆油田微生物驱后油水两相理化性质,发现现场注入营养剂后采出液水相黏度升高50%以上,油相黏度降低54%,油水两相界面张力降低了24%。通过比较两种细胞破碎方法提取的采出水中细菌总DNA质量,确定使用以超声波细胞破碎法所提取的水样总DNA扩增细菌16S rDNA高可变区V9区,利用变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE）法根据DNA片段裂解性质分析不同时期采出水菌群变化。通过对优势条带序列的分析及在GenBank中的比对,发现现场营养剂激活后菌群构成趋向简单化,激活后微生物采油常用功能菌假单胞菌属（Pseudomonas）和梭菌(Clostridium)为优势菌。说明通过现场营养剂的注入,定向激活了有益功能菌,改善了油藏油水流度比,这些都是油田现场采收率提高的原因。     

官厅水库水体及底泥中硝化功能细菌的群落多样性研究

为了探讨水生生态系统中生物脱氮的硝化功能菌群(氨氮氧化细菌和亚硝酸氮氧化细菌)在水体和底泥样品中群落多样性的差异,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对官厅水库的水体和底泥微生物群落进行了检测.结果表明:不同采样点的水体中进行硝化微生物优势菌群相似,底泥中进行硝化微生物优势菌群也类似,但水层和底泥中的优势硝化菌群相比有明显差异,环境变化导致群落结构发生了演替.多样性分析显示:氨氮氧化细菌在水层和表层底泥样品的多样性水平差异不大,而亚硝酸氮氧化细菌在底泥中的多样性与水层相比明显降低,表明对外界供氧量响应显著.     

湖泊沉积物中细菌含量影响因子分析

为探讨湖泊沉积物中的生源要素对细菌含量的影响,采用实时定量PCR技术检测沉积物中的细菌含量,运用统计学方法找出中值粒径、总有机碳、总氮、总磷等环境因子与细菌含量之间的相关关系,并据此对影响细菌含量的环境因子进行分析.结果表明:湖泊沉积物中细菌含量随深度的增加而减少;沉积物粒径影响营养元素的赋存从而对细菌含量产生影响;总氮、总磷、总有机碳对沉积物中细菌含量的影响与湖泊水域环境、不同季节温度有关.     

不同组成湖泊沉积物对磷吸附的动力学

采用同一湖泊沉积物的新鲜样品进行试验,探讨不同组成湖泊沉积物对磷吸附的动力学. 结果表明:随着有机质含量的增加,湖泊沉积物对磷的最大吸附量有增大的趋势,对磷的吸附作用主要受有机质、全铁、全镁及粘粒含量的影响;对磷的吸附速率随沉积物粘粒量、全铁量的增加而加快,有机质的含量也对磷的吸附速率产生一定影响;比较不同基质沉积物对磷吸附的一级动力学方程、抛物线扩散方程、双常数方程和Elovich方程的拟合情况,其中抛物线扩散方程拟合稍差, Elovich方程为最优拟合模型.     

梅子湖风景区森林植被的物种多样性研究

采用物种丰富度、Simpson指数、Shannon-weiner指数及Pielou均匀度指数研究梅子湖森林植被的物种多样性。4个物种多样性指数总体上表现出相同的变化趋势．在群落不同层次的变化规律为：灌木层〉乔木层〉草本层；不同植被类型的物种多样性特征是：常绿阔叶林〉暖性针叶林.人为因子的干扰对梅子湖森林植被的物种多样性有较大的影响：     

湖泊沉积物重金属赋存形态研究进展

 综述了近年来湖泊沉积物重金属赋存形态的研究进展。总结了中国典型湖泊沉积物中重金属的形态赋存特征,各湖泊可提取形态所占比例各异,除Pb、Cd（Pb可提取态占50%以上,Cd可提取态占70%以上）外其他元素所占比重较小,绝大部分以残渣态存在;比较了沉积物中重金属形态不同连续提取方法（Tessier、原始BCR、改进的BCR）之间的差异以及存在的缺陷,改进的BCR具有更好的提取效果、利用更广,但也存在提取时间较长的缺陷,利用超声波、微波辅助可加速提取、缩短提取时间;阐述了影响重金属在沉积物中赋存形态的因素（pH值、氧化还原电位、粒度、有机质含量等）;归纳了基于赋存形态及生物毒性的各种评价方法之间的优缺点及适用范围;展望了沉积物重金属形态的分析提取技术和评价方法。     

水动力作用下河湖沉积物污染物释放研究进展

水动力作用会增强底泥沉积物-水界面的剪切效应,并引起上覆水和沉积物的理化性质(溶解氧、pH、氧化还原电位等)发生变化,从而影响甚至改变污染物的释放规律。鉴于水动力的重要性,对动水作用下营养盐、重金属、持久性有机物的释放机制以及影响释放过程的主要因素进行了阐述,解析了过去研究中存在的不足,指出多次水动力扰动下沉积物再悬浮以及再分配行为响应机制、水动力作用与沉积物中多种污染物释放的协同或拮抗的耦合机制、水动力与水生植物共同胁迫作用下污染物释放的微观机制以及基于复杂条件下的沉积物污染物释放动力学模型构建是本领域需进一步研究的重点。     

不同林龄飞播油松林林下植被多样性研究

采用空间代替时间的方法,选择林龄分别为10、17和25年生飞播油松林为研究对象,分析3种林分林下植被的组成、优势种、垂直结构和林下植被物种多样性的变化。结果表明：10、17、25年油松林下植被物种数分别为27、24和20种,差异较小;3种林龄林分林下植被的优势种均为土庄绣线菊+三裂绣线菊-披针叶苔草。灌木层高度随飞播油松林龄的增大而增大,而草本层高度以17年生林分林下最大。灌木层和草本层盖度都是随林龄增大呈现先减小后增大的趋势;10、17和25年生飞播油松林下植被的物种Shannon Wiener指数分别为2508、0824和0776,Pielow指数分别为0779、0256和0241,随林龄增大林下植被多样性下降,表明上层乔木对林下植被发育抑制程度加大。因此在适宜时期对飞播油松林进行抚育经营进而调控林分结构尤为必要。     

干旱区湖泊沉积物代用指标意义——猪野泽表层沉积物样品为例

于猪野泽古湖盆南北向中心线及湖盆边缘东北部两个区域内采集表层沉积物样品共45个,既包含来源于地表径流的沉积物,也有在湖泊内部形成的沉积物.分别对其粒度、TOC、w(C)/w(N)及δ13C等分析后发现猪野泽表层沉积物颗粒随地势自高向低逐渐变细,且沉积物中的TOC和w(C)/w(N)逐渐升高,δ13C则相反.据此可知,猪野泽古湖泊表层沉积物的粒度及地球化学指标特征符合干旱区内陆河终端湖泊沉积物千年尺度上的一般规律,故可使用这些指标推测猪野泽古湖泊的水动力条件和湖面水位等.     

基于高通量测序研究奥狄氏括约肌松弛的胆结石患者胆汁细菌多样性

为临床治疗奥狄氏括约肌松弛（the Sphincter of Oddi laxity, SOL）患者胆结石复发寻找依据,本文研究了患有SOL的胆结石患者的胆汁细菌组成和多样性. 分析了SOL与非SOL胆结石患者术前肝功、肾功和血常规等临床指标差异,基于Illumina MiSeq平台对患者胆汁细菌进行16S rRNA基因高通量测序. 结果发现,SOL患者的总胆红素（TBIL）、直接胆红素（DBIL）、间接胆红素（IBIL）水平显著高于非SOL患者, 而腺苷脱氨酶（ADA）则显著低于后者（P < 0.05）.两组患者之间胆汁细菌α多样性指数除均匀度外无显著差异（P>0.05）;Wilcoxon秩和检验显示SOL患者胆汁中细菌丰度前四的菌门依次为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidete）,其中变形菌门、肠球菌属（Enterococcus）和Lachnoclostridiums属细菌在SOL患者胆汁中含量显著高于非SOL患者（P< 0.05）,而SOL患者中其他优势菌属如克雷伯菌（Klebsiella）、马赛菌属（Massilia）和假单胞杆菌（Pseudomonas）丰度则无显著增高（P>0.05）. 因此,SOL患者的部分临床指标如胆红素、ADA水平和胆汁细菌组成与非SOL患者存在显著差异,这为临床治疗SOL患者胆结石复发提供相关依据.