蛋白质组(proteome)研究——后基因组时代的生力军

随着人类基因组计划的全面推进与十余种模式生物基因组全序列测定的完成 ,基因组计划的重心已逐渐由结构基因组研究转移到功能基因组研究 ,生命科学随之开始了一个新的纪元———后基因组时代 ,蛋白质组研究则应运而生 .现在简要介绍后基因组时代的生力军———“蛋白质组研究”问世的历史背景、定义与内容、技术路线与相关方法、已有进展及趋势 ,并提出了我国蛋白质组研究的应对策略 .     

后基因组时代的病毒研究

从2003年1月31日在广州一家医院内首次爆发SARS^[1]到我国科学家在美国《科学》周刊上发表关于SARS的研究文章^[2]，时间正好过去了1年．也许是一个巧合，这篇研究论文的主题也正是围绕着时间展开的：“SARS冠状病毒在中国SARS流行过程中的分子进化”．作者通过流行病学的研究界定了SRAS     

中国大力推进蛋白质组研究

<正>首先是基因组计划,然后是蛋白质组计划……建立一部人类蛋白质的完整目录的战略,将使中国在蛋白质科学研究中占据全球领先的地位——今年9月中旬,中国科学家宣称他们的科研行动将使他们站在国际计划的前沿——对人体的     

蛋白质组技术的研究进展

简要介绍目前蛋白质组研究的技术及其进展。蛋白质组研究是对基因组研究的重要补充,它是在蛋白质水平定量,动态,整体性研究生物体,双向电泳是目前唯一分离蛋白质组成分的技术,是其研究的核心,它要求高分辨率和重复性。目前多应用固相ｐＨ梯度技术作为第一向分离蛋白。分离后分析即鉴定技术是其研究的支柱,其中,图象分析依靠计算机为基础的数据处理,定量分析可确定蛋白质的基本属性如等电点和分子量;微量测序如自动化的Ｅｄ     

人类蛋白质组研究的前瞻与反思

自1995年蛋白质组概念的提出,至今已13年,人类蛋白质组组织(HUPO)成立也7年.蛋白质组研究已是生命科学中"热点中的热点".而一项更雄心勃勃的人类蛋白质组计划正在酝酿中.     

后基因组时代的生物学

生物学的飞速发展,已在对人类自身生命的奥秘乃至整个生物界生命活动的研究中取得了巨大的成就,尤其是人类基因组计划的实施,使人类对自身生命奥秘的认识逐渐逼近于其真谛。人类基因组计划按计划本是分两个阶段,第一阶段是以1990年美国正式启动的“人类基因组计划”为标志,预计在15     

蛋白质组：比基因组复杂的多

蛋白组学的发展不仅需要包括数据库整合在内的新技术的发展和新实验战略的建立 ,而且还需要学科转移 (扩散、辐射 )和跨学科合作的精神———     

下一代生物技术的核心：蛋白质组计划

2000年6月26日,人类基因组"工作草图"宣告完成。人的生、老、病、死,都与基因休戚相关,人类基因"工作草图"的完成,将有利于人们预防和治疗疾病,推迟衰老的进程。但是,"工作草图"的完成仅仅是很小的一步,犹如是打开基因组这部"天书"的扉页,要读懂这都"天书",后面还有大量的课题需攻克。例     

蛋白质组学：后基因组学时代的研究热点

基因具有强大威力,不过你最终想要获悉的是蛋白质,它们体现人体的各种功能。大多数基因是用于指导生产蛋白质的。     

后基因组时代的交叉科学:从"Bio-X"到"X Biology"

近年来,随着"人类基因组计划"的实施,生命科学进入了一个"后基因组"(post-genome)时代.在这样一个时代,生命科学关注的范围越来越广,涉及的问题越来越复杂,采用的技术也越来越先进.这一切使得科学界兴起了一个潮流--数学、物理学、化学、工程学、计算机科学等非生物学科与生命科学相互交叉的潮流;出现了一批新型的多学科交叉的研究机构,如美国斯坦福大学的Bio-X中心.同时,在这个过程中诞生了许多新的交叉学科.     

后基因组时代十年志——兼论十年间生命科学的发展及所面临的挑战

   十年前,“人类基因组计划”这一耗资30亿美元、耗时十余年的伟大科学工程完成之际,人们以为得到了揭开自身生命奥秘的天书,生命科学也划时代地进入了后基因组时代。十年间,一方面,人类基因组的后续工作陆续展开,生命科学持续蓬勃发展的态势;另一方面,基因药物却迟迟不能问世,基因产业逐渐沦为泡沫经济。2010年恰逢人类基因组草图完成10周年,回顾十年间生命科学取得的伟大成就,分析生命科学当下面临的挑战,或许更能理清后基因组时代现代生命科学的发展脉络与走势。     

进入基因组学时代的营养食品科学

基因组信息和高通量表达谱技术正日益为营养和食品科学领域的科学家们所开发和应用。饮食和各种食品成份是影响基因组、转录本组、蛋白质组和代谢组的主要环境因素,它们之间所进行的、与人相伴终身的反应,决定着每个人的健康或疾病情况。目前,科学家可以对食品和摄入食品的各种成分与人体各种生物系统之间的相互反应在分子水平上进行分析和研究,以鉴定各种食品或特定营养素的反应模式。以及各种生物标记物的表达谱和模式,开发出有科学根据的饮食推荐方案和有益于健康的食品。     

HMG蛋白质(1+2)的功能研究

HMG蛋白质是一类酸溶性的非组蛋白质,虽然这类蛋白质在染色质内的含量非常丰富,但有关它们的生物学功能目前依然不清楚.本文对HMG蛋白质(1+2)与β-CAT质粒DNA相互作用的模式进行了初步分析.实验结果表明这类蛋白质能促使β-CAT质粒DNA解螺旋,此外,在质粒DNA的局域部位,还能观察到DNA环结构的形成.     

人肝癌细胞系BEL-7404 和正常肝细胞系L-02表达的蛋白质组双向凝胶电泳分析

蛋白质组分析已在生物科学各领域被广泛应用,也是功能基因研究的重要组成部分,通过对人ＢＥＬ－７４０４肝癌细胞系和Ｌ－０２正常肝细胞系表达的蛋白质组ＩＰＧ－ＤＡＬＴ双向凝胶电泳和图象分析,发现７个蛋白点只在检测到表达,１４个点只在肝细胞中检测到表达,７８个蛋白点在两种细胞中表达量上有显著变化,两种细胞蛋白质组表达反映在差异表达谱上,双向电泳重复性分析表明ＩＥＦ方向平均位置偏差为０．７３ｍｍ,ＳＤＳ－Ｐ     

黑洞时代的普罗米修斯(完)

3真空零点能一晃十年过去了,太空城也已经按照光明的计划到达了预定位置。可这十年来,安琪的心情一天也没有平静过。最初光明也确实经常来电,告诉安琪,他正在努力寻找黑洞群,一切尚好,望她不要挂念。后来电报的时间间隔越来越长了,电文却越来越短了,渐渐地、渐渐地,电文上就只剩下了“安琪,我爱你”。然后就是音信皆无!也不知是因为光明走得太远,还是因为光明已没有足够的能源来发电报?安琪真是心急如焚!一天,正当坐卧不安的安琪无奈地拍打着墙壁时,一个声音突然响起:“主人,你有什么需要帮忙吗?”原来,安琪拍打墙壁时,无意之中接通了她家智…     

大肠杆菌核糖体蛋白质L24基因(rplX)的一个新的点突变

大肠杆菌核糖体蛋白质 L24是核糖体50S 大亚基组装的起始蛋白质之一.L24蛋白质发生突变或缺失对细菌的生长速度和细菌体内50S 亚基的含量都有很大影响.本实验室曾报道在一株 L24突变体 T83(rplX)中,λN 基因的表达受阻,λQ 基因的表达基本正常,同时,λN 基因的 mRNA 合成正常,说明λN 基因表达是在翻译水平上受到了抑制.本文通过DNA 顺序分析确定了该 rplX 突变发生的位置是一个 GGT 密码子突变成了 GAT 密码子,     

人肝癌细胞系BEL-7404和正常肝细胞系L-02表达的蛋白质组双向凝胶电泳分析

蛋白质组分析技术已在生物科学各领域被广泛应用,也是功能基因组研究的重要组成部分．通过对人ＢＥＬ－７４０４肝癌细胞系和Ｌ－０２正常肝细胞系表达的蛋白质组ＩＰＧ－ＤＡＬＴ双向凝胶电泳和图象分析,发现７个蛋白点只在肝癌细胞中检测到表达,１４个点只在肝细胞中检测到表达,７８个蛋白点在两种细胞中表达量上有显著变化（Ｐ＜０．０１）．两种细胞蛋白质组表达反映在差异表达谱上．双向电泳重复性分析表明 ＩＥＦ方向平均位置偏差为０．７３ ｍｍ, ＳＤＳ－ＰＡＧＥ方向为０．４４ｍｍ,量的变异为１７．６％一１９．２％．双向电泳的重复性已适合于蛋白质组差异表达的研究,蛋白质组差异表达谱可成为疾病诊断、药物作用分析和生命过程等研究的有用工具．     

黑洞时代的普罗米修斯(续)

就在安琪窜出舱门的一瞬间，太空城猛地一震，然后就以舱门处的大耳朵为正前方，加速向前驶去。而安琪窜出舱门后，还没有来得及抓住舱门处的扶手，就相对飞船向后飘去。     

费氏中华根瘤菌(Sinorhizobium fredii)盐激蛋白质组学研究

用差异显示蛋白质组学方法, 对费氏中华根瘤菌(Sinorhizobium fredii) RT19在无盐以及盐激5和50 min条件下的蛋白质表达图谱进行研究. 结果表明, 在无盐时, 该菌株呈现的蛋白数目是481个. 随盐激时间的延长, 其蛋白质数目减少, 在盐激5和50 min时分别是465和424个蛋白质. RT19在盐激后, 有82个差异蛋白出现, 其中诱导表达的蛋白有26个, 阻抑表达的蛋白有23个, 表达量上调的蛋白有12个, 表达量下调的蛋白点21个. 而且不同的盐激时间还出现不同的差异蛋白, 说明其细胞内存在复杂的应答盐激的蛋白质网络调控. 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF/MS)对26个盐激诱导蛋白进行检测, 将获得的肽质纹图谱经过数据库检索, 已初步确定21个诱导蛋白的功能, 其中包括与盐胁迫、γ-丁酰甜菜碱、脂多糖合成、代谢途径和信号传导等有关的酶.     

锌指结构域序列的进化生成模拟——遗传算法在蛋白质结构研究中的应用

<正> 遗传算法(Genetic algorithms, GA)是具有高频率的搜索机制的算法.遗传算法不仅为蛋白质结构研究提供了一种全局自适应搜索算法,使能量最低状态(按热力学假说,蛋白质的天然状态的能量最低)的搜索更加方便,而且为我们提供了一种新的想法和研究思路.通过应用遗传算法对锌指结构域序列进行进化模拟,成功地从随机产生的氨基酸序列中,进化生成了一些潜在的锌指结构域序列,不仅在一定意义上证明了氨基酸序列起源的随机性,而且对遗传算法在大规模解空间的搜索能力进行了测试.