垃圾填埋场中降解纤维素细菌的16S rDNA分析

用机械破壁法直接提取来自垃圾填埋场滤波样本中的细菌总DNA，以细菌通用引物对pA/pH和梭状芽孢杆菌属（Costridium)ClusterⅢ特异引物对Clos715/Clos1452，针对细菌16SrDNA进行“网式”PCR扩增，获得了1500bp和750bp的扩增片段，选择一阳性扩增产物克隆和测序。序列分析结果表明，垃圾填埋场滤液中含有降解纤维素细菌，且与RDP数据库中的Clostridium Cluster Ⅲ种群最为相似。     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定

针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%～10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

Mitochondrial 16S rRNA sequence variations and phylogeny of the Chinese sisorid catfishes

Partial sequences of mitochondrial 16S rRNA gene were obtained by PCR amplification for comparisons among nine species of glyptosternoid fishes and six species of non-glyptosternoids representing 10 sisorid genera. There are compositional biases in the A-rich unpaired regions and G-rich paired regions. A-G transitions are primarily responsible for the Ts/Tv bias in unpaired regions. The overall substitution rate in unpaired regions is almost two times higher than that in the paired regions. Saturation plots at comparable levels of sequence divergence demonstrate no saturation effects. Phylogenetic analyses using both maximum likelihood and Bayesian methods support the monophyly of Sisoridae. Chinese sisorid catfishes are composed of two majorlineages, one represented by (Gagata (Bagarius, Glyptothorax)) and the other by “glyptosternoids Pseudecheneis“. The glyptosternoids may not be a monophyletic group. A previous hypothesis referring to Pseudecheneis as the sister group of monophyletic glyptosternoids, based on morphological evidence, is not supported by the molecular data. Pseudecheneis is shown to be a sister taxon of Glaridoglanis. Pareuchiloglanis might be paraphyletic with Pseudexostoma and Euchiloglanis. Our results also support the hypothesis that Pareuchiloglanis anteanalis might be considered as the synonyms of Pareuchiloglanis sinensis, and genus Euchiloglanis might have only one valid species, Euchiloglanis davidi.     

16S rRNA基因测序技术分析胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群特征

提取胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析其胃黏膜菌群特征.所有样品胃黏膜菌群在门分类水平上,其结构主要由变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门等组成;在属分类水平上,则由螺杆菌属、Gilliamella属、链球菌属和Snodgrassella属等优势菌属组成;其中YHP14、YHP15和...     

16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的应用

分子生态学技术的发展大大促进了人们对环境中微生物群落的研究，也为研究油藏微生物群落和微生物采油技术提供了一个新的工具，尤其16S rRNA基因技术应用于油藏微生物生态研究．该技术克服了基于细胞水平研究方法的不足，能更准确、更客观地揭示油藏微生物的多样性、群落动态变化、种群结构及进化等方面的信息．文章简要综述了16S rRNA基因技术发展历程及在环境微生物生态学中的应用，详细概述了16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的地位和作用以及用于油藏微生物生态研究的16S rRNA基因技术，讨论了16S rRNA基因技术目前在油藏微生物生态研究中存在的问题，通过实例论证了该技术的现场应用效果，重点介绍了胜利油田利用T-RFLP、DGGE等分子生态学技术在河口采油厂罗801区块空气辅助微生物驱和单12区块内源微生物驱研究中的应用，阐明了分子生态学技术在微生物提高原油采收率研究中的重要的意义．     

网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序

通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系.     

生活垃圾卫生填埋场渗滤液的控制处理

对新宾镇生活垃圾卫生填埋场工程设计与施工中,减少垃圾渗滤液的产生和控制进行了工程总结,论述了垃圾渗滤液处理工程设计的基本原则和思路。     

重要海水养殖鱼斜带髭鲷和花尾胡椒鲷16S rRNA遗传变异研究

应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.     

Genetic Diversity in Populations of Sepiella maindroni Using 16S rRNA Gene Sequence Analysis

Part of the 16S rRNA gene is amplified with PCR and sequenced for 5 populations of common Chinese cuttlefish Sepiella maindroni:three from the South China Sea,one from East China Sea and one from Japan.The result shows that a total of 5 nucleotide positions are found to have gaps or insertions of base pairs among these individuals,and 13 positions are examined to be variable in all the sequences,which range from 494 to 509 base pairs.All of the individuals are grouped into 7 haplotypes (h1-h7).No marked genetic difference is osberved among those populations.All of the individuals from Nagasaki belong to h1 and the h3 haplotype is found only in the coastal waters of China.A→←G transition in Nucleotide 255 is suggested to be taken as a kind of genetic marker to identify the populations distributed in East-South China Sea and the Nagasaki waters of Japan.     

洛阳市某垃圾场渗滤液对地下水的污染预测

垃圾填埋场的主要危害在于垃圾淋滤液对地下水的污染。本文以洛阳市某垃圾场为例,运用MODFLOW和MT3D软件模拟分析在未来垃圾渗滤液对地下水的污染程度。结果证明,虽然该垃圾场做过卫生防护,但仍然会对地下水造成一定的污染,污染范围随着时间的推移而逐渐增大,因此必须采取必要的防护措施。     

垃圾渗滤液生物处理重金属的去除效果分析

为有效地处理垃圾渗滤液这种污染物种类繁多的毒性废水,采用ICP-MS质谱仪对广州大田山垃圾渗滤液中的重金属进行分析,共测出46种金属元素,其中有10种被列入美国环保局优先控制污染物的黑名单．在这10种优先控制污染物中,铬、镍、锌、铜、铅的含量相对较高,其中铬、锌的含量甚至超过100μg／L．采用同时好氧一厌氧生物反应器处理垃圾渗滤液,结果表明,有10种重金属的去除率超过70％,12种重金属的去除率在50％～69％之间,浓度较高的铬、锌去除率均超过了60％．在所测出的10种优先控制污染物中,铬、锌、砷、铅、硒的去除率均超过了60％。     

氧化剂对CWAO降解垃圾渗滤液中有机物的影响

将催化湿式氧化技术应用于垃圾渗滤液中有机物的降解, 着重研究了氧化剂（以氧 分压表征）对降解效果的影响. 结果表明： 氧化剂是影响垃圾渗滤液中有机物降解 反应的重要因素之一, 随着氧分压的增大, 催化氧化反应速率逐渐增加, 其降解过程符 合Allometric方程（Y=aX^b）, 但随着氧分压的增大, 催化氧化反应速率增加 的幅度逐渐减小, 并分析了其原因.     

16SrDNA克隆文库法分析油藏细菌群落结构多样性

本文利用细菌16S rDNA克隆文库法对大港油田油藏内源微生物群落结构进行系统分析。文库构建结果表明,油藏细菌由8个门类构成,分别为Alphaproteobacteria(46%)、Betaproteobacteria(35%)、Firmicutes(8%)、Nitrospirae(2%)、Synergistetes(1%)、Dictyoglomia(1%)、Deferribacteres(1%)、Gammaproteobacteria(1%)以及Unclassified bacteria。其中,存在如鞘胺醇单胞菌(Sphingomonas)、代尔夫特菌(Delftia)等大量具有石油烃降解功能的细菌种属。探索极端油藏环境中微生物群落结构特征,为微生物驱油技术的开发奠定了良好的基础。     

海洋沉积物中特有细菌类群的初步探讨

通过构建16S rRNA基因文库对中国南沙南海区沉积物中细菌多样性进行分析,并将获得16S rRNA基因序列与国际基因数据库GenBank进行相似性比较及聚类分析,结果发现来自海洋沉积物的未能培养的微生物往往组成一簇,并与现已获培养并鉴定的微生物自然分开,这一表象表明,海洋沉积物中存在特有的微生物属种。     

16S rRNA基因的PCR-DGGE技术分析茶尺蠖幼虫肠道细菌种群结构及多样性

利用16S rRNA的PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术分析研究了茶尺蠖肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从茶尺蠖野外种群肠适中鉴定了11种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌（Wolbachia）、肠杆菌属（Enterobacter）、沙雷氏菌属（Serratia）、梭菌属（Clostridium）、肠球菌属（Enterococcus）、暂定类群EO1;其中以肠杆菌、沃尔巴克氏菌、沙雷氏菌属最为常见.另外,也鉴定了一种茶树叶绿体上的16SrRNA基因.茶尺蠖幼虫体内的共生菌多样性分析结果,将会为害虫综合治理提供一条全新的探索途径.     

垃圾渗滤液厌氧BF/好氧MBR工艺的脱氮特性

采用厌氧生物滤池(BF)与好氧膜生物反应器(MBR)组合工艺,以实际垃圾渗滤液为处理对象,在连续进水条件下,考察该工艺在处理垃圾渗滤液时,进水稀释倍率、厌氧/好氧(A/O)回流比和C/N比值对其硝化与反硝化特性的影响.结果表明,在处理稀释10倍的渗滤液时,氨氮和总氮的平均去除率分别稳定在90%和65%附近,回流比和C/N比值对好氧的硝化与厌氧反硝化反应的影响很小;在处理稀释5倍的渗滤液时,提高C/N比值能使厌氧反硝化能力增强,有效地消除亚硝氮的积累.渗滤液中有较高的浓度的氨氮与有机物负荷,容易对硝酸化菌产生抑制作用,使膜出水的亚硝氮积累明显,氨氮和总氮平均去除率分别稳定在69%～78%和46%～50%.     

不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.