Disprot无序蛋白数据库分析与统计

无序蛋白是一种在天然条件下没有稳定的三维结构但却能正常行使重要生物学功能的一类蛋白质.实验以Disport无序蛋白数据库为基础,经过CD-HIT去重处理建立数据集.分别选择20种氨基酸在无序区与有序区中的分布和无序倾向性两个方面对该数据集进行对比分析.结果表明,氨基酸Ala、Asp、Glu、Gly、Lys、Pro、Gln、Ser具有形成无序区的倾向.氨基酸Leu、Thr、Val虽然在无序区和有序区中都具有倾向性,但在由DP值得到的分析中,Leu、Thr、Val不易于形成无序区;氨基酸Gln虽然在无序区和有序区中都不具有倾向性,但在DP值分析中却易于形成无序区.氨基酸Ala、Glu、Ser在二元组氨基酸对中使用最频繁.     

抗菌肽SK66的生物信息学分析

从数据库中检索出CG13551基因氨基酸序列信息,生理生化分析显示:SK66蛋白含有107个氨基酸残基,分子量约11 948.3 Da,理论等电点为8.96.该蛋白中,甘氨酸(Gly)含量最高,为14.0％;其次为谷氨酸(Glu)和丙氨酸(Ala),分别为11.2％和9.3％.SK66蛋白是一个亲水蛋白质但不是一个分泌...     

氨基酸对锯缘青蟹N-乙酰氨基葡萄糖苷酶的效应

研究Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Met、Asn、Cys、Ser、Thr、Asp、Glu、His、Lys、Arg等17种氨基酸对锯缘青蟹(Scylla serrata)N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶(NAGase)活力的影响.结果表明:非极性氨基酸中Gly、Ala、Leu、Phe对酶活力几乎没有作用,而Val、Ile对酶略有激活,20 mmol/L的Val可以使酶活力提高7.5%,40 mmol/L的Ile可以使酶活力提高10.5%;Pro、Met对该酶略有抑制作用,当浓度为40 mmol/L时,分别可以使酶活力下降15.2%和9.8%;极性氨基酸Asn、Cys、Ser、Thr对酶的活力没有影响;带负电荷的酸性氨基酸Asp和Glu对酶有抑制作用;带正电荷的碱性氨基酸His对该酶略有抑制,Lys和Arg对该酶抑制作用较强.研究Lys和Arg对酶催化pNP-NAG水解反应的抑制机理,并测定其抑制常数,结果表明:Lys和Arg的抑制作用均表现为可逆效应,抑制类型均为反竞争性抑制,其K.分别为5.29mmol/L和3.76 mmol/L.     

土壤施硒对白菜和堇叶碎米荠生理指标的影响

研究了4℃和20℃下,在不同硒的质量分数处理中白菜和堇叶碎米荠生理参数的变化.结果显示,在4℃条件下,低质量分数的硒增加了白菜和堇叶碎米荠可溶性糖、游离氨基酸的含量.在20℃的条件下,低质量分数的硒使白菜体内的可溶性蛋白、可溶性糖的含量表现出先升后降的趋势;使堇叶碎米荠体内可溶性蛋白的含量随硒的质量分数的不断升高而增加,对可溶性糖含量有促进作用,结果表明硒对植株的代谢影响因种类、条件的不同而不同.     

木糖还原酶定点突变设计的生物信息学分析

木糖代谢过程中,木糖还原酶（XR）和木糖醇脱氢酶（XDH）的氧化还原不平衡是利用纤维素生成酒精的关键问题之一.文中借助生物信息学手段（同源建模、酶和辅酶分子对接）,通过分析数据库资源,找到了一些影响XR活性或辅酶依赖性的关键氨基酸.结果表明：树干毕赤氏酵母XR与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（NADP）之间形成氢键的氨基酸有Lys21、Val222、Glu223、Phe236和Thr273,与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）之间形成氢键的氨基酸有Val222、Glu223、Phe236、Glu237和Thr273;突变Lys21（完全保守）使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NAD结合,突变Glu237（不完全保守）使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NADP结合;热带假丝酵母XR与NADP之间形成氢键的氨基酸有Asn278和Arg282（两者都不完全保守）,要改变其NADP依赖性,可以替代Asn278和/或Arg282.     

饲料用灌木中氨基酸含量的快速定量分析方法

用日立L-8800型氨基酸自动分析仪对饲料灌木中Asp(天冬氨酸)、Thr(苏氨酸)、Ser(丝氨酸)、Glu(谷氨酸)、Pro(脯氨酸)、Gly(甘氨酸)、Ala(丙氨酸)、Cys(半胱氨酸)、Val(缬氨酸)、Met(蛋氨酸)、Ile(异亮氨酸)、Leu(亮氨酸)、Tyr(酪氨酸)、Phe(苯丙氨酸)、Lys(赖氨酸)、NH3(氨)、His(组氨酸)、Arg(精氨酸)等18种主要氨基酸作了定量分析,提出了一种同时测定饲料用灌木中多种氨基酸含量的自动分析方法.结果表明,灌木样品18种氨基酸测定的变异系数在2.02～3.96%之间,标准回收率在99.90～101.47%之间,该方法快速、简便、灵敏度高、重现性好、人为因素影响少,结果令人满意.     

串联质谱代谢分析:一种快速敏感的诊断胆石症的有效手段

为探讨氨基酸代谢异常与胆石症发病之间的关系,通过串联质谱分析法检测了128例胆石症患者和179例对照组样本的23种氨基酸、26个酰基肉碱及44个相对应的比值,并对这93个代谢指标进行了差异性分析研究.结果发现:与对照组相比,两组间有明显的代谢改变.胆石症组的C4-OH、Orn/Cit、C5/C2、C8/C10指标的代谢水平高于对照组;而Hcy、Ala、Cys、Met/Phe、Val/Phe指标代谢水平低于对照组.与此同时,构建了回归模型,发现上述异常氨基酸对胆石症预测的准确度为97.2%.这项研究证明了靶向代谢组学是快速诊断胆石症的有效手段.     

早春霜冻对不同茶树品种芽叶的生化成分及制茶品质的影响

以种植在四川茶区的乌牛早等4个特早生茶树品种为材料,观测在自然条件下形成的遭受1级霜冻危害的芽叶与正常芽叶的长度、质量,测定芽叶主要生化成分含量并进行茶样的感官品质审评.研究比较了早春霜冻对不同茶树品种新梢生长量、芽叶生化成分及茶叶品质的影响.结果表明:相比正常茶样,受冻茶样的芽长、芽重,主要生化成分含量均呈下降趋势,其中,水浸出物、氨基酸、茶多酚、咖啡碱降幅分别为1.72%~7.76%、4.29%~10.26%、3.82%~20.06%、1.99%~8.31%;游离氨基酸组分、儿茶素组分总量的降幅分别为3.42%~8.17%、9.06%~21.78%.霜冻胁迫对氨基酸含量、游离氨基酸组分总量和儿茶素品质指数有显著性影响.感官审评结果也表明,各品种受冻芽叶所制茶样的品质均下降.研究结果还显示,早春1级霜冻对名山特早芽213、福选9号的芽叶生化成分及制茶品质的影响程度大于川茶3号和乌牛早品种.     

植物对氨基酸的吸收和利用

氨基酸在土壤有机氮组成中占相当大的比例，植物能吸收利用氨基酸是其获得氮源的方式之一。研究表明，植物能吸收土壤中的游离氨基酸，氨基酸在与无机氮共存时也能为植物所利用，不同种类的氨基酸吸收后在植物体内的运转、分配和代谢有一定的差异，表现出不同的生理效应。综述了植物氨基酸营养的国内外研究概况和最近的进展，内容包括植物对氨基酸的吸收、氨基酸在植物体内的运转、分配和代谢、植物吸收氨基酸的机制以及氨基酸对植物的生理效应等。     

长毛对虾必需氨基酸的研究

分析了不同体长组的长毛对虾生化组成和必需氨基酸(EAA)的可能种类。结果表明:(1)长毛对虾的最主要生化物质蛋白质的含量似有随体长增长(40 mm至 104 mm)而升高。但糖类含量较稳定;(2)注射~3H-葡萄糖后测得 Glu,Asp,Ser,Pro,Gly,(Cys)_2和 Ala等带有较强的放射性,长毛对虾可能从葡萄糖合成这些氨基酸。而极少或甚至没有~3H 参入到Met,Thr,He,Leu,Val,Arg,His,Lys,Phe,Tyr和Trp中。这些可能是长毛对虾的EAA。     

Mechanism of promoted dipeptide formation on hydroxyapatite crystal surfaces

The formation of dipeptides from amino acids can be driven by hydroxyapatite at a relatively low temperature in air. For example, the formation of (Ala)₂ from Ala is induced on hydroxyapatite at 110°C with considerable yield. Typically, condensing agents, high temperatures (>250°C) or high pressures (>25 MPa) are required to drive the condensation of amino acids. Similar effects are observed in the condensation of Gly, Glu and Asp. Experiments demonstrate that hydroxyapatite is an effective inorganic catalytic agent, reducing the activation barrier for the formation of dipeptides by more than 50%. HAP promotes condensation by adsorbing amino acid monomers in an organized manner, which decreases the distance between amino and carboxyl groups on neighboring molecules and extends the contact time of the reaction groups. This work provides a chemical understanding of the primitive condensation of amino acids and reveals a mechanism for enhancement of mineral catalysts. It is important that the conditions used for hydroxyapatite-assisted dipeptide formation are not harsh and can be readily achieved, revealing a possible mechanism for the chemical evolution of biomolecules over geologic ages.     

珍珠角壳蛋白中氨基酸的高效液相色谱分析

采用国产C18反相柱,对以异硫氰酸苯酯（PITC）为柱前衍生化试剂的高效液相色谱测定氨基酸的方法进行了研究,在室温下,以pH=6.3的HAc-NaAc缓冲溶液及乙腈水溶液为流动相进行梯度洗脱,18种常见氨基酸在30min内获得了较好的分离,并且测定了珍珠角壳蛋白的氨基酸组成,结果表明：珍珠角壳蛋白主要由天冬氨酸、甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸、亮氨酸等10种氨基酸组成,这些氨基酸约占蛋白总量的85％。     

不同季节中兰州鲇肌肉水解氨基酸

目的研究兰州鲇(Silurus lanzhouensis)肌肉中常规营养成分和不同季节中肌肉水解氨基酸的组成和含量。方法采用氨基酸自动分析仪测定肌肉中水解氨基酸。结果兰州鲇肌肉中含有18种氨基酸,组成和含量顺序未呈现出季节性变化特点;蛋氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、天冬氨酸、丙氨酸这5种氨基酸的含量及氨基酸总量,均随季节的推移呈上升趋势,但在3个季节中仅有秋季显著高于春季(P<0.05);苏氨酸、丝氨酸和谷氨酸等9种氨基酸的含量和必需氨基酸总量等虽有季节性上升趋势,但在3个季节间均无显著差异(P>0.05);胱氨酸、组氨酸和精氨酸等4种氨基酸含量未呈现出季节性变化。结论兰州鲇是一种蛋白质含量较高的经济鱼类,肌肉中水解氨基酸的种类、含量顺序及多数氨基酸的含量在季节变化中有较大的保守性。     

发酵代谢物对葡萄糖氧化酶生物合成的影响

用膜透析技术和静息细胞系统，对影响葡萄糖氧化酶（ＧＯＤ）发酵的控制因素进行了研究。静息细胞系统显示：鸟氨酸、谷氨酸、甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸和胱氨酸等氨基酸对ＧＯＤ的合成有促进作用；葡萄糖酸和丙酮酸对ＧＯＤ的合成有阻遏作用，１．５ｍｍｏｌ／Ｌ的丙酮酸使酶活降低４６．２４％；２０ｍｍｏｌ／Ｌ的葡萄糖酸使酶活降低２１％左右，但葡萄糖酸浓度增大，有被菌体作为碳源利用的可能。利用膜透析技术可除去部分发酵过程中产生的葡萄糖酸和丙酮酸等阻遏物，减少它们对ＧＯＤ合成的分解代谢物的阻遏作用，与分批发酵相比．提高酶活４０％左右。     

真菌Penicillium sp. MO3 产生的抗菌肽AF2的分离纯化和性质的研究

从真菌Penicillium sp. M03发酵液中提取到一种具有抗菌活性的肽类物质AF2，并对其性质进行初步研究. 真菌发酵液经纱布过滤，离心后经10000D超滤膜超滤，冻干，以纯水溶解经Sephadex LH-20，DEAE Sepharose及Sephadex G-15进行分离纯化得到纯净物质，并对其基本性质进行研究. 结果证明：AF2具有典型的肽类物质特征反应，分子量约为1155，含有12种常见氨基酸，对酸碱，胰蛋白酶，β-内酰胺酶稳定，对热有较好的耐受性.     

A universal trend of amino acid gain and loss in protein evolution

Amino acid composition of proteins varies substantially between taxa and, thus, can evolve. For example, proteins from organisms with (G + C)-rich (or (A + T)-rich) genomes contain more (or fewer) amino acids encoded by (G + C)-rich codons. However, no universal trends in ongoing changes of amino acid frequencies have been reported. We compared sets of orthologous proteins encoded by triplets of closely related genomes from 15 taxa representing all three domains of life (Bacteria, Archaea and Eukaryota), and used phylogenies to polarize amino acid substitutions. Cys, Met, His, Ser and Phe accrue in at least 14 taxa, whereas Pro, Ala, Glu and Gly are consistently lost. The same nine amino acids are currently accrued or lost in human proteins, as shown by analysis of non-synonymous single-nucleotide polymorphisms. All amino acids with declining frequencies are thought to be among the first incorporated into the genetic code; conversely, all amino acids with increasing frequencies, except Ser, were probably recruited late. Thus, expansion of initially under-represented amino acids, which began over 3,400 million years ago, apparently continues to this day.     

珍珠薏米乳酸发酵饮料的研究

研究了以珍珠和薏米为主要原料制作乳酸发酵饮料的工艺。通过正交试验,确定最佳调配组合为:蔗糖10%,香精0.1%,薏米发酵液与珍珠水解液的体积比为2∶1。对饮料的可溶性固形物、酸度、还原糖、金属元素、氨基酸含量等指标进行了测定。结果表明,还原糖质量浓度为11.9 mg.mL-1;可溶性固形物为4.6%;pH值为4.97(16.5℃时);Zn、Mg、Fe、Mn、Na、Ca、K的质量浓度分别为0.1672,5.14340,.23260,.2933,241.76,136.093,4.87μg.mL-1;Cd、Pb、Cr、Cu和Co等均未测出;且含有Asp、Thr、Ser、Glu、Gly、Ala、Val、MetI、le、Leu、Tyr、Phe、Lys、His、Arg和Pro等16种氨基酸。     

广西玉良天坑特色植物茎花山柚的营养价值评价

以广西玉良天坑内的茎花山柚（Champereia manillana BL.）新鲜嫩叶为试材,依据各营养成分测定的国家标准,分别对其主要活性物质、氨基酸及矿质元素含量进行测定,并结合抗氧化活性对其作出综合评价。结果表明,茎花山柚作为一种地道的特色野菜,其嫩叶粗蛋白、粗纤维和粗脂肪含量分别为7.60,7.36,0.53 g/100 g,VC含量为46.7 mg/100 g,均显著高于常见蔬菜（P<0.05）;此外氨基酸总量为4.26 g/100 g,约是香椿芽的1.5倍,其中鲜味氨基酸Asp、Glu、Gly和Ala的含量分别为0.56,0.57,0.23,0.24 g/100 g,其含量占氨基酸总量的37.6%,并且具有显著高钾低钠的特征,K含量约为Na含量的8.07倍;对其嫩叶醇溶液体外抗氧化活性研究表明,其抗氧化能力约为同等浓度VC的一半,抗氧化活性较强。茎花山柚作为特色野菜,其口味鲜美,营养价值较高,可将其作为新型经济植物开发利用。     

印迹膜测序法分析结核分枝杆菌抗原蛋白

把WesternBlot技术分析抗原抗体反应的高度特异性与用PVDF膜作载体进行蛋白质氨基酸序列分析的高度敏感性相结合对结核分枝杆菌 (Mycobacteriumtuberculosis,TB)的特异性、保护性抗原进行筛选和分析鉴定 ,获得了分子量为 31KDa、30KDa的抗原 这两种抗原与抗结核分枝杆菌的单克隆抗体和结核病人血清均发生阳性反应 ,而与正常小鼠血清和健康人血清呈阴性反应 用印迹膜测序法测出 31KDa抗原蛋白的N 末端序列为AlaGluValAspTrpLeuValPheAlaValSerTrpProValGly ,30KDa蛋白序列为PheSerArgProGlyLeuProValGluTry 印迹膜测序为分子生物学研究提供了一种有效的新途径     

龟皮胶原蛋白的提取及结构表征(Ⅰ)

采用酶法从乌龟皮中提取胶原蛋白,用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)方法检测龟皮胶原蛋白多肽产品分子量的分布,并将龟皮胶原蛋白和Ⅰ型胶原蛋白样品进行液相色谱分析(HPLC),比较其氨基酸成分和含量.SDS-PAGE电泳结果分析表明龟皮胶原为Ⅰ型胶原蛋白,分子量约为288ku.龟皮胶原蛋白中,甘氨酸的含量最高,占总量的24.69%;其次是谷氨酸、精氨酸和丙氨酸,分别为9.95%、8.08%和9.31%;天冬氨酸、赖氨酸、丝氨酸、苏氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、酪氨酸等含量在5.58%～1.28%之间;组氨酸和蛋氨酸的含量最低,仅占0.79%和0.09%.由于龟皮胶原蛋白的含量高于Ⅰ型胶原蛋白,且与Ⅰ型胶原蛋白的氨基酸含量差异显著,因此,龟皮胶原蛋白可以作为一种重要的皮胶原进行开发和利用.