8种唇口目苔藓动物的分子系统发生--基于28S rRNA基因的证据

对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的28S rRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定。用排序软件进行序列比对后，以腕足动物为外组群，运用MEGA遗传分析软件以邻接法（NJ）和最大似然法（MP）构建了系统发生树。结果表明，有囊亚目的4种苔藓动物（刺轴拟缘孔苔虫、假缘孔苔虫、拟迷误裂孔苔虫、仿分胞苔虫）构成一个单系群；无囊亚目则是一个复系数，其中2种草苔虫（匍茎草苔虫、多室草苔虫）为单系发生，而大室膜孔苔虫和艳丽琥珀苔虫的系统发生位置尚需进一步探讨。     

泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析

通过自行设计引物, 扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列, 并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况. 结果表明, 泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1 204 bp, 泥鳅该基因序列GC含量为53.74%, 黄鳝该基因序列GC skew为0.082, 两条序列同源性为99.67%. 将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cyt b和D loop区4基因进行序列比较, 发现核18S rRNA最保守, 而线粒体D loop区基因进化速率最快. 从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列, 分别运用NJ法、 MP和ML法, 构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分
子系统树, 结果均显示, 在鱼纲动物系统树中, 6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支; 在脊索动物的系统树中, 鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群, 表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位.     

核酸序列测定法在侧蒴藓类系统发育中的应用进展

概述了苔藓分子系统学发展的现状及核酸序列测定法在研究侧蒴藓类系统发育中的应用 ,并提出了苔藓分子系统学发展的前景 .     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

大连渤海外肛动物(苔藓虫类)调查报告

我国南海、东海和黄海外肛动物的研究,近几年均分别有报告:调查南海苔藓虫的有安德罗索娃(1963);调查东海苔藓虫的有董聿茂、王振复等(1960、1977);调查黄海苔藓虫的有安德罗索娃(1959),只有渤海的外肛动物尚未见到报导,本文拟补此空白. 苔藓虫附着在海带等经济海藻上,影响其生长、降低质量.附着在贝壳上,影响贝     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

黑龙江省苔藓土壤微生境中动物物种多样性分析

 为了详细了解黑龙江省苔藓土壤中的动物种类和数量,分别于2009年6月、8月和2010年7月,通过简单培养从黑龙江省的帽儿山、威虎山、七星河国家级自然保护区以及大兴安岭地区的塔河等地采集的苔藓材料400份,共收集苔藓土壤动物2932只,隶属于17类物种。结果表明,中、小型的螨类和弹尾类构成了苔藓土壤动物群落的主体。其中,螨类占总捕量的56.17%,弹尾类占总捕量的28.39%。物种多样性分析结果表明,塔河和帽儿山地区的苔藓土壤动物物种比较丰富,相似度较高;而威虎山和七星河地区物种丰富度较差,相似度较高。由此可知,生态系统的复杂程度与苔藓中物种的多样性呈显著正相关,苔藓动物可以作为环境监测和环境修复的指示物种。     

rDNA序列在多种蔬果类植物染色体上的定位

利用改进的rDNA序列标记荧光原位杂交方法,将18S-5S rDNA探针序列直接在5'端进行荧光修饰,并成功将其应用到多种植物染色体上,该方法比常规方法具有省时、经济、快速、信号强等特点,使rDNAFISH杂交更为简单,更易操作.首次利用该技术成功地对30种蔬果类植物中期染色体进行18S-5S rDNA的物理定位,初步了解了rDNA序列在这些蔬果类植物基因组中位点数目和分布特点,其中大蒜、大葱、蚕豆、萝卜(3种)茴香、红菜苔、空心菜、芥兰、莴苣、乌塌菜、雪里蕻、茼蒿、油菜、辣椒、茄子、芹菜、菜豆、花椰菜等20种植物首次确定了18S-5S rDNA在中期染色体上的位置,其余10种植物与前人的结果相吻合.该方法可以作为染色体的一个识别指标,也可为蔬果类植物属内进化和物种分化研究提供重要资料.     

苔藓土壤动物种群动态的初步研究

本文是１９９２～１９９３年对上海市区苔藓土壤动物调查和研究的结果。重点对苔藓土壤动物优势种属及常见类群的季节动态进行了描述,并初步分析了各种生态因子对苔鲜土壤动物种群季节动态影响。结果表明,土壤温度、湿度和苔藓植物的生长状况对土壤动物种群季节动态有明显影响,优势种跗线螨和常见种覆盖头甲螨,作为苔藓土壤动物的代表种,对高温、干旱、低温等不利环境因素,表现出极强的忍耐力和快速繁殖能力。     

Phylogeny and divergence time estimation of cheilostome bryozoans based on mitochodrial 16S rRNA sequences

The mitochondrial 16S rDNA sequences of 40 species of cheilostome bryozoans including those of 24 species newly determined were used to reconstruct the phylogenetic tree using neighboring-joining and maximum-parsimony methods. By applying molecular clock technique on the basis of the appropriate phylogeny and the fossil record, the divergence times of the two main cheilostome groups, Anasca and Ascophora sensu stricto, were estimated. The results show that the molecular phylogeny of the higher taxonomic groups (superfamilies and higher taxa) of cheilostome bryozoans is mostly in conflict with the morphology-based phylogenetic trees; the divergence of the extant groups of Anasca and those of Ascophora sensu stricto is estimated to have happened about 263 Ma (Permian Guadalupian Epoch) and 183 Ma (Early Jurassic), respectively.     

灰黄霉素高产变株与出发菌株18S rRNA基因序列的比较分析

根据真菌18S rDNA的保守序列设计引物,对灰黄霉素高产突变菌Penicillium griseofulvum F208与出发菌株Penicillium griseofulvum 3.5190的18S rRNA进行克隆测序及对比分析,并登录GenBank(序列号为EF608151和EF607282).依据18S rDNA建立的系统进化树表明突变株F208与出发菌株3.5190的遗传距离较远,而与Penicillium urticae亲缘关系最近.出发菌株3.5190与Penicillium commune亲缘关系最近.18SrDNA作为分子标记可有效地鉴别灰黄霉素产生菌(Penicillium griseofulvum)高产与低产菌株.     

滇西二高温温泉中Thermus高温菌的16S rRNA

 通过对滇西二温泉纯培养和免培养法获得的Thermus菌株序列进行16SrDNA系统发育及16SrRNA二级结构比较,发现二温泉中至少存在Thermus属的2个潜在新种,它们在系统发育树上形成1个独立的地理簇群分支,它们的16SrRNAhelix10二级结构也与其它地区的Thermus属菌株不同,形成明显的地域进化特征.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

基于形态及分子性状对介形类高级分类体系的分析

运用最大简约法（MP）对介形纲中9个主要类群的27个形态性状及18S rDNA序列进行分析,并构建系统发育一致树,以期为尚存争议的现生介形类高级阶元分类提供新的证据.结果显示punciidaen自成一类,其分类地位与尾肢亚纲（Podocopa）和壮肢亚纲（Myodocopa）相当,可命名为“Punciocopa”,但仍需更多的证据加以证实;而吸海萤类（halocypridian）由于基于形态与分子证据获得的拓扑结构不一致,其分类地位尚无法得以解决;在介形类3个亚纲中,尾肢亚纲应包括金星介（Cypridocopina）、浪花介（Cytherocopina）、巴氏介（Bairdiocopina）、达尔文介（Darwinulocopina ）和泡沫介（Cytherellidae）5个类群, 壮肢亚纲至少包括分肢介（Cladocopida）和壮肢介（Myodocopida）两个类群,而“Punciocopa”仅有Punciidae科.     

具角斯氏线虫共生菌的分子鉴定

在我国的云南和贵州省进行昆虫病原线虫(Entomopathogenic nematodes)资源调查时从不同地区采集到4个品系的具角斯氏线虫Steinernema ceratophorum,以16S rDNA部分序列为分子标记对从这4个品系线虫中分离到的4株共生菌进行了初步的鉴定.测序结果显示,4株菌的16S rDNA部分序列完全一样.基于该段序列所构建的系统发育树表明,具角斯氏线虫共生菌属异杆菌属Xenorhabdus,很可能是该属的一个新种.