一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的16S-23S rDNA间区序列分析及应用

根据细菌的16S rDNA 3'端和23S rDNA 5'端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyx sinensis"红板病"病原菌--嗜水气单胞菌的16S-23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序.用BLAST和DNAstar软件对16S-23S rDNA间区序列以及其内tRNA基因与已发表的嗜水气单胞菌和近缘种的IGSG序列进行比较分析,设计出对嗜水气单胞菌特异的PCR引物,建立了检测嗜水气单胞菌的PCR方法,进行了特异性、灵敏性检测,并用此方法检测了不同的水样.     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

45S rDNA在多种植物中期染色体上的定位

应用荧光原位杂交技术首次确定了日本小檗（Berberis tkunbergii DC）、车前（Plantago major L．）、野芹菜（Sanicula lamelligera Hance）、荔枝（Litchi chinensis Sonn．）、械树（Acer buergerianum Miq．）、天目琼花（Viburnum sargentii Koehne．）、丹参（Salvia miltorrhiza Bunge．）、榆树（Ulmus pumila L．）中45S rDNA在中期染色体上的位置．根据rDNA的位点数和位置的变化,分为四种类型：①在日本小檗、车前和野芹菜中,荧光信号正好位于随体染色体的次缢痕或端部;②荔枝和械树,分别有1对和3对染色体具随体,但荧光原位杂交却检测到3对和5对染色体上具有杂交信号;③天日琼花,具有4对随体染色体,但仅住其中一对随体上显示了杂交信号;④在丹参和榆树中,有的杂交信号位于着丝粒部位或长臂的末端,杂交信号的数目成奇数．黄瓜（Cucumis sativus L．）的染色体45S rDNA信号正好位于6条染色体的着丝粒部位,这与Dal-Hoe和Hoshi等人的结果是一致的．上述结果表明：45S rDNA可以作为染色体的一个识别指标,对识别染色体的个体性具有一定的参考价值．另外还对45S rDNA位点分布的多态性进行了讨论．     

16S rDNA和recA-gene对乳酸菌Ⅱ32的鉴定

对乳酸菌Ⅱ32进行了生化实验.以菌株Ⅱ32的总DNA为模板,采用细菌通用的引物,对其16S rDNA进行特异扩增,并进行序列测定,将测定结果与GenBank DNA数据库中已知菌种的16S rDNA序列通过BLAST软件进行分析比较,初步确定该菌株为戊糖乳酸菌、植物乳杆菌或类植物乳杆菌.采用recA-gene约300bp的特异扩增片段最终确定乳酸菌Ⅱ32为类植物乳杆菌.     

葎草单染色体的显微分离及DOP-PCR技术体系建立

葎草是具有XX/XY1Y2性染色体系统的雌雄异株植物,是研究植物性染色体演化的模式材料之一.利用染色体显微分离技术从葎草根尖有丝分裂中期分裂相中将单条染色体进行了显微分离及DOP-PCR(Degenerate oligonucleotide primer-PCR)扩增,并构建了单染色体DOP-PCR扩增产物的荧光探针,对葎草根尖有丝分裂中期分裂相染色体进行了荧光原位杂交,其结果表明荧光信号分布在所有的染色体上,表明所建立的技术体系能够成功分离葎草单染色体并进行DNA扩增.本研究结果为进一步进行葎草X,Y染色体的细胞及分子生物学研究提供了技术支持.     

甘蓝-白芥单体异附加系自交后代的GISH分析

将甘蓝-白芥单体异附加系自交,获得了其自交后代.利用基因组原位杂交(genomicin situhy-bridization,GISH),结合双色荧光原位杂交(dual-colour fluorescencein situhybridization,dcFISH)技术,从这些自交后代中鉴定出了纯合的甘蓝-白芥二体异附加系植株.GISH分析结果表明,甘蓝-白芥二体异附加系有丝分裂中期具有18条甘蓝染色体及2条白芥染色体,减数分裂中期I表现为9个C染色体二价体及1个S染色体二价体,减数分裂后期I会出现落后的1对S染色体,有时落后的1对S染色体形成染色体桥.     

鮸染色体的识别及核型特征分析

鮸(Miichthys miiuy)是我国南方重要的海水养殖种类.针对鮸细胞遗传标记匮乏的问题,利用荧光染色、硝酸银染色(银染)、荧光原位杂交(FISH)等方法分析了鮸的核型特征,发现鮸的核型含24对端部着丝粒染色体(2n=48t),鮸染色体经碘化丙啶(PI)染色后,荧光强度呈现特定的二维分布模式;利用图像分析软件可转化为更直观的3D-光强度图,为鮸染色体的识别、配对提供了丰富的信息.18SrDNA和5SrDNA双色FISH结果显示,鮸的18SrDNA和5S rDNA均只有1对位点,分别位于1号染色体的近着丝粒区域和2号染色体的着丝粒区域.银染显示鮸的核仁组织区域(NOR)和4′,6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色显示的暗带,均与18SrDNA位点的位置相同.鮸的端粒序列FISH信号分布于所有染色体的两端,未发现臂间端粒信号.综上,通过PI染色和图像分析软件解决了鮸染色体识别困难的问题,并使用FISH方法分析了鮸的核型特征,研究结果丰富了鮸的细胞遗传学标记,也为研究石首鱼类染色体进化提供了基础数据.     

深海沉积物样品中古菌的16S rDNA分析

利用多管采样器,在太平洋西经177°42'20",北纬10°35'06"的位置上,从水深5774 m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存.以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA进行克隆,建立了该样品中古菌的16S rDNA文库.对16S rDNA扩增片段进行了RFLP分析和序列分析,结果表明这些古菌在系统进化树上的位置靠近,属于Crenarchaeota中的Ⅰ类海洋古菌类群.     

毛竹和厚壁毛竹的核型分析及45S和5S rDNA的FISH分析

【目的】厚壁毛竹(Phyllostachys edulis ‘Pachyloen')是毛竹(Phyllostachys edulis)的栽培品种,是具有较高经济价值的优特种质。对毛竹与厚壁毛竹进行细胞遗传学研究,了解其核型特征。【方法】采用双色荧光原位杂交技术,对毛竹、厚壁毛竹进行了核型分析,利用45S 和 5S rDNA 在其染色体上进行了物理定位。【结果】毛竹、厚壁毛竹的染色体数目都为48条,毛竹的染色体相对组成为2n=48=12L+10M₂+14M₁+12S,核型公式为 2n=48=32m+12sm+4st(2SAT); 厚壁毛竹的染色体相对组成为2n=48=12L+8M₂+16M₁+12S,核型公式为2n=48=34m+10sm+4st(2SAT)。毛竹与厚壁毛竹的染色体不对称系数分别为61.41%和59.55%,均属于“2B”型。荧光原位杂交(FISH)结果表明:毛竹、厚壁毛竹都有2个45S rDNA位点和4个5S rDNA位点。【结论】厚壁毛竹的染色体数量为48条,补充了毛竹的染色体为48条的循证依据; 获得了毛竹、厚壁毛竹45S 和 5S rDNA荧光原位杂交核型,两者的45S和5S rDNA 位点没有明显差异,具有相似的核型,显示其较近的亲缘关系。     

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增.结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1200bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1300 bp的片段,其他属菌株和阴性...     

新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

着丝粒串联重复序列RCS2对亚洲栽培稻和非洲栽培稻的比较分析

为了揭示中高度重复序列在同为AA基因组的亚洲栽培稻和非洲栽培稻基因组中的差异以及重复序列在.栽培稻种的分化过程中可能起到的作用,利用水稻着丝粒串联重复序列RCS2作为探针分别对籼稻广陆矮4号、粳稻日本晴和非洲栽培稻的体细胞染色体进行荧光原位杂交(FISH)实验,并对其核型进行同源性聚类和比较分析,杂交结果显示:RCS2序列位于在3种栽培稻染色体组中,RCS2序列位于每条染色体的着丝粒位置,但有不同的分布特点,表明该3种栽培稻基因组的RCS2序列有不同的进化方向.探讨了RCS2序列结合Cot-1 DNA FISH方法对水稻染色体组进行核型分析的可行性和优势.     

Paenibacillus sp. K1 β-半乳糖苷酶基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

从鲜牛奶中分离到1株产β-galactosidase的细菌,经16S rDNA序列比对鉴定为类芽孢菌Paenibacillus sp. K1。提取该菌株的染色体DNA,以pUC18（lac-）为载体,构建其DNA文库;在含有X-gal的LB平板上筛选该文库,得到6个蓝色菌落;对阳性克隆中插入的DNA片段序列测定,鉴定出1个编码全长为2028bp并携带有组成型启动子的β-半乳糖苷酶基因。将该基因导入大肠杆菌BL21（DE3）中,实现了β-半乳糖苷酶高效表达,其酶活为25.06U/mL,高于原始菌株的4.55U/mL,并进一步用亲和层析将该酶进行了纯化。     

一株高产抗菌活性物质链霉菌的初步分类鉴定

对一株土壤中筛选出的可以产抗菌活性物质的链霉菌进行了研究，测定了该菌的抗菌谱，发现该菌株对多种植物病原性真菌及细菌有拮抗作用，但对植物病原性真菌的抑制效果低于植物病原性细菌.通过形态特征、培养特征、生理生化特性及抑菌谱等系列比较，发现该链霉菌菌株与链霉菌属的黑胡桃链霉菌(Streptomyces nogalater)的特征基本相符；通过16S?rDNA序列比对，发现该菌株16S?rDNA与黑胡桃链霉菌的16S?rDNA同源性达99％.根据多项分类原则和系统进化树的构建分析，将该菌株暂归入黑胡桃链霉菌类.     

以 16S-23S rDNA 间区序列为目的基因设计 PCR 引物鉴定多杀巴斯德氏菌

多杀巴斯德氏菌是养殖动物(鸡,猪,牛等)的重要致病菌.本研究以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌.通过对多杀巴斯德氏菌ITS-IA(含有tDNA-Ile和tDNA-Ala的16S-23S rDNA间区序列)的测序和与GenBank中序列的BLAST,设计筛选了一对特异引物PS-F/PS-R.对引物的特异性和有效性,用PCR方法进行了验证.结果表明:所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出,而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带.其检测灵敏度能达到102CFU/mL.研究结果表明,发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的,整个过程只需要20 h,而传统的鉴定方法需要至少5 d的时间.     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

5种沙漠微藻的分离鉴定及其18S rDNA保守区片段差异分析

为了研究古尔班通古特沙漠中微藻的种类,采用96孔板有限稀释法,从该沙漠采集的沙样中分离出5种不同的微藻,并通过形态学特征初步鉴定为绿藻门。根据GenBank中绿藻门不同科属藻类的18S核糖体RNA基因(18S rDNA)保守区设计18S特异性引物,分别对5种微藻的基因组进行PCR扩增18S rDNA片段,经克隆测序、blast n比对、系统发育树构建及遗传距离值分析,将5种微藻初步鉴定到属。结果表明:从该沙漠分离得到的5个微藻物种分别来自绿藻门不同的科属,其中一个物种极可能为新物种。