常用基因序列在摇蚊科昆虫系统发育研究中的应用进展

摇蚊科隶属于双翅目长角亚目,现行分为11亚科.本文整理了常用核基因和线粒体基因在摇蚊科系统发育研究中的应用情况:摇蚊科中的9亚科(不含智利摇蚊亚科和乌桑巴摇蚊亚科),除前寡角摇蚊亚科外,其余均为单系;直突摇蚊亚科与摇蚊亚科的亲缘关系较近,寡脉摇蚊亚科与长足摇蚊亚科为姊妹群.在摇蚊亚科中,摇蚊族(Chironomini)、长跗摇蚊族(Tanytarsini)都是单系群.常用核基因和线粒体基因在摇蚊科昆虫系统发育研究中,18SrDNA和28SrDNA适合研究从界到科所有高级阶元的系统发育关系,对于部分类群可以进行属间分析;CAD基因能较好地解决从亚科到属之间各分类阶元的系统发育关系;ITS和EF-1α可以解决种或属间的系统发育关系;COⅠ和COⅡ适合研究属、种及种以下阶元的系统发育关系,但不能很好地解决较高的阶元如族间、亚科以及科的系统发育关系;16SrDNA适用于种、属阶元水平的系统学研究,但不适用于种内;Cytb适合研究种内到种间甚至科间的系统发育关系.     

中国水摇蚊属三新记录种记述(双翅目:摇蚊科)（英文）

报道和重新描述中国双翅目摇蚊科直突摇蚊亚科水摇蚊属Hydrobaenus Fries,1830 3新纪录种:齿突水摇蚊Hydrobaenus dentistylus Moubayed,木兽水摇蚊Hydrobaenus kisosecundus SasaKondo和近藤水摇蚊Hydrobaenus kondoi S?ther.文中提供了中国该属雄成虫分种检索表.     

基于COI基因的摇蚊亚科部分属的系统发育分析(双翅目:摇蚊科)

测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇蚊属、倒毛摇蚊属、内摇蚊属、明摇蚊属聚在一支,亲缘关系较近;狭摇蚊属单独聚为一支;长跗摇蚊属群中的大部分属的亲缘关系也较近;哈摇蚊属群仅有部分属聚在一起,均与基于形态学的系统发育研究结果一致.     

基于DNA条形码的摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分物种界定

以双翅目摇蚊科摇蚊亚科的14 属23 种物种为研究对象,采用Automatic Barcode Gap Discovery(ABGD)和邻接法(neighbor-joining,NJ)对所获取的116 条DNA 条形码进行分析,探究DNA 条形码在摇蚊亚科物种界定的有效性. 结果表明:基于ABGD 的分析,显示物种遗传距离之间存在"DNA barcode gap";通过分析邻接树,得到23 个分子分类操作单元(molecular operational taxonomic unit, mOTU),与形态学鉴定结果一致. 因此证明DNA 条形码能准确界定摇蚊亚科物种. 本研究在一定程度上补充了中国摇蚊科DNA 条形码研究,也为摇蚊科DNA 条形码数据库的构建和完善提供了数据支持.     

16SrRNA基因序列变异和中国野鲮亚科鱼类单系性研究

形态和分子系统学的研究结果均表明,鲤科中的鲃系是一个单系类群,由鲃亚科、鲤亚科、裂腹鱼亚科和野鲮亚科组成,但它们各自的单系性及相互关系还没有系统发育证据.采用PCR方法获得了27种鱼类的16S rRNA基因序列,其中包括18种野鲮亚科鱼类,代表了中国野鲮亚科13个属.应用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian法分别构建其分支系统图.结果表明,野鲮亚科鱼类形成了一个单系类群,并且包括两个主要分支类群:其中一支包含鲮属、缨鱼属和墨头鱼属;另一个支系包括野鲮属、拟缨鱼属、异华鲮属、卷口鱼属、唇鲮鱼属、泉水鱼属、直口鲮属、盘鮈属、纹唇鱼属和华鲮属.分子系统学的研究表明,传统分类学中使用的一些形态特征,如口唇及其相关结构等,可能是趋同进化的结果,并不完全与其系统发育进化相一致.     

从线粒体16S rDNA部分序列探讨厚蟹属的系统学位置

测定了天津厚蟹线粒体16S rDNA部分序列。基于天津厚蟹和方蟹科另外13种蟹类线粒体16S rDNA部分序列构建的NJ树，表明前者和弓蟹亚科7个属形成单系群，自引导值达到94％, 支持将厚蟹属从相手蟹亚科移至弓蟹亚科。     

基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究

通过PCR扩增了澜沧江流域景洪段鲃亚科(Barbinae)短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(S.flavicaudata)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)和长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)共5种鱼的线粒体12S rDNA和16S rDNA部分片段,并进行了序列测定,基于12S rDNA和16S rDNA重建NJ系统发育树,结果表明:中国结鱼与野鲮亚科(Labeoninae)亲缘关系较近;云南四须鲃与短吻鱼和黄尾短吻鱼有较近的亲缘关系,长臀鲃次之.基于12S rDNA和16S rDNA序列的遗传学特征佐证了鲃亚科不是一个单系群,四须鲃属(Barbodes)为鲃亚科鱼类进化最原始的属这一观点有待商榷.     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究（双翅目：摇蚊科）

以检索形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科幼虫,共３属,７种,其中东方帕摇蚊,高山寡角摇蚊,津氏寡角摇蚊,罕见寡角摇蚊,泽尼寡角摇蚊,５种为中国新记录种。     

中国安的列摇蚊属一新种(双翅目:摇蚊科)

本文记述了采自河南鸡公山的安的列摇蚊属一新种,命名为长突安的列摇蚊Antillocladius longivir-gius sp.n.,新种阳茎刺突长,由9个刺突组成并且翅上无毛,明显有别于本属其余6个已知种.文中同时给出本属世界性雄成虫检索表.模式标本保存在中国南开大学生物系标本室.     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究(双翅目:摇蚊科)

以检索表形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科（Ｄｉａｍ ｅｓｉｎａｅ）幼虫,共３ 属,７ 种,其中东方帕摇蚊Ｐａｇａｓｔｉａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（Ｔｓｈｅｒｎｏｖｓｋｉｊ）,高山寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ａｌｐｉｎａ Ｔｏｋｕｎａｇｅ,津氏寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ｔｓｕｔｓｕｉ Ｔｏｋｕｎａｇａ,罕见寡角摇蚊Ａ Ｄｉａｍ ｅｓａ ｇｒ． ｉｎｓｉｇｎｉｐｅｓ ＫｉｅｆｆｅｒＮｏ．Ａ,泽尼寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ＺｅｒｎｙｉＥｄｗ ａｒｄｓ ５ 种为中国新记录种     

利用ITS(nrDNA)和matK(cpDNA)探讨姜族植物的系统发育

姜族是姜科中最大的族,包括25个属,与舞花姜族共同组成姜亚科.本研究应用ITS,matK片段,通过最大简约法(Maximum Parsimony)、Bayesian推断(Bayesian Inference)、最大似然法(Maximum Likelihood)对获得的序列进行联合矩阵分析,构建基因树,对姜族与舞花姜族之间的关系及族内类群间的亲缘关系进行探讨.系统树的拓扑结构显示:①姜亚科为单系类群.②Distichochlamys与Scaphochlamys、象牙参属与距药姜属、直唇姜属与喙花姜属是姐妹类群.③姜花属、象牙参属、山奈属、姜属是单系类群.④姜黄属与Paracautleya,Smitha-tris,Hitchenia形成并系类群.⑤凹唇姜属与拟姜黄属成并系类群.ITS和matK片段对姜族内部深分支系统关系的解决力尚有不足,建议今后寻找新的分子标记进行更为深入的研究.     

天津北大港湿地摇蚊幼虫多样性分析及水质评价

为了解天津北大港湿地摇蚊幼虫的群落结构以及与环境之间的关系,于2015年7月至2016年4月分四次对北大港湿地摇蚊幼虫群落进行了季度采样调查.共采集到摇蚊幼虫13种,隶属于3亚科11属.摇蚊幼虫的密度和生物量表现为冬季春季秋季夏季.毛尖小摇蚊(Microchironomus deribae)以及巴比雕翅摇蚊(Glyptotendipes barbipes)为该区域的优势种,且具有明显季节性.通过Shannon多样性指数和BI生物指数的计算方法对北大港湿地的水质情况进行了综合评估,结果表明该湿地的水质等级为中度污染.     

十种臂尾轮虫12S rDNA基因序列的PCR扩增及分析

通过对角突臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫、剪形臂尾轮虫、方形臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫、红臂尾轮虫、镰形臂尾轮虫、萼花臂尾轮虫和十指臂尾轮虫等十种臂尾轮虫和矩形龟甲轮虫的12S rDNA基因进行扩增和序列测序,结合Genbank中两种褶皱臂尾轮虫的125rDNA序列,使用MEGA软件构建这13种轮虫系统发生树(NJ树),探讨了12种臂尾轮虫之间的系统关系.结果表明:本研究所涉及的轮虫12S rDNA序列差异百分比均值为34.41%,可作为分子标记应用于轮虫属内种间系统关系研究;系统树支持将十指臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫归属于臂尾轮属;壶状臂尾轮虫和红臂尾轮虫是两个独立的种.     

蝽亚科部分昆虫mt DNA-16S rRNA序列多态性分析(半翅目:蝽科)

以16S rRNA基因作为分子标记,对蝽亚科6种昆虫及外群异蝽科昆虫进行特异性扩增和序列测定,对序列的碱基组成、转换颠换、遗传距离等进行分析,探讨了16S rRNA基因在该亚科的分子进化机制.并基于16S rRNA基因序列数据,采用邻接法(NJ)建立蝽亚科部分昆虫分子系统发育关系[1].获得的16S rRNA基因序列片段的长度在439~441 bp之间,且保守性序列较多.该片段中碱基T,C,A,G的平均含量分别为32.9%,17.9%,40.5%,8.8%,A+T平均含量为73.4%,明显高于G+C含量(26.7%),存在较强的A+T含量偏向性;密码子第三位点A+T含量更高,达77.1%.通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性.     

内蒙古岱海9种鲤科鱼LDH同工酶谱的比较研究

用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，对岱海水体中９种鲤科鱼类进行了ＬＤＨ同工酶谱比较研究．结果表明，种间谱型有明显差异．同工酶谱经主成分分析（ＰＣＡ）表明，草鱼和瓦氏雅罗鱼被划为一类群，在分类学上它们属雅罗鱼亚科，红鲤和普鲫被划为一个类群，它们属于鲤亚科，而红锗、团头鲂和Ｈ．ｌｅｕｃｉｓｃｕｌｕｓ被划为另一类群，它们均属亚科；鳙和白链在分类学上属鲢亚科，同工酶分析表明：鳙接近鲤亚科，而白鲢更接近于亚科．可见，这些类群的划分与经典系统分类基本上一致，表明ＬＤＨ同工酶谱的主成分分析在鱼类分类和演化研究中是一可取的研究方法．     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

金缕梅亚科ITS序列分析及其系统发育初探

对金缕梅亚科部分植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５８Ｓ）序列进行分析,并构建分子系统树．结果表明：金缕梅亚科是单系类群;金缕梅族为多系类群,木属是本研究中金缕梅亚科内分化最早的一支,而金缕梅属与弗特吉族关系密切;蚊母树族、狭义的弗特吉族均不形成单系分支,支持蚊母树族与弗特吉族合并;秀柱花属是牛鼻栓属的姐妹群,支持将牛鼻栓属并入秀柱花族     

结合雌性交配囊的尖鞘叩甲亚科(叩甲科)比较研究

叩甲科是鞘翅目最大的科之一,其幼虫"金针虫"常作为重要的地下害虫,给农业生产带来重大损失.而尖鞘叩甲亚科Oxynopterinae是其中量小、个大、体美的一个类群.该类群的研究历史,特别是分类历史,存在族级阶元不明晰、种间变异不明显等问题,其中梳角叩甲属Pectocera Hope,1842过去长期放在该亚科内,近年来不少学者提出将其移出并放入异角叩甲亚科Pityobiinae里,但也一直没确切的证据.在叩甲的分类历史里,人们主要依靠形态特征和雄性外生殖器特征来鉴定,忽视了对雌性生殖系统,特别是交配囊结构对于划分属级及以上分类阶元的重要作用.本研究通过解剖尖鞘叩甲亚科各属(尖鞘叩甲属除外)雌性生殖器官,发现和比较了各属交配囊结构的差异,同时结合形态学特征,明确尖鞘叩甲各亚科各属间亲缘关系.结果表明梳角叩甲属Pectocera Hope与尖鞘叩甲亚科其它属形态和交配囊差异较大,亲缘关系较远.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.