大肠杆菌基因编码区域基分布非均匀性的研究

基于大肠杆菌１２９２个基因编码区。１）统计出了氨基酸丰度分布，与一般生物氨基酸丰度比较发现，构成大肠杆菌蛋白质的氨基酸中疏水氨基酸相对较多，小氨基酸相对较少，二硫键相对较少；（２）发现编码区域基分布的徨与氨基酸丰度的分布和同义密码子的非均匀使用紧密相关；３）分析了编码开始区域、编码终止区域碱基分布和氨基酸丰度分布的差别，得到了一些有意义的结论。     

大肠杆菌编码区5‘端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密 子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布,还研究了这些位点上的厂长在概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周     

大肠杆菌编码序列碱基片段的统计分析

对大肠杆菌基因１２３１个编码开始区和１３０７个编码终止区域内的６三基片段,４碱基片段和３碱基处段进行了统计,发现６碱基片段模式数的对民其相对频率成线性下降关系,绝大多数４碱基和３碱基片段出现在相对频率于２的范围之内;编码区出现最多的碱基片段是多聚Ａ;     

蛋白质编码区碱基分布与终止密码子的关系

对11种具有不同G C含量的微生物基因组蛋白质编码区进行统计分析，结果显示蛋白质编码区3个密码子位碱基分布具有明显的不对称性，与终止密码子对应的一些单、双核苷酸出现的频率很低，由此得出结论：终止密码子对编码区碱基的使用起重要限制作用．     

酵母编码区及非编码区的统计分析

以酵母全基因组中第一类的2505个编码序列和相对应的非编码序列为统计样本,给出了酵母编码起始区和编码终止区以及非编码区碱基的分布特征,我们发现,真核生物的Yeast和原核生物的E.coli同样,四种碱基在编码区呈3周期分布,非编码区没有3周期特性,在起始密码子前－3位点上碱基A、C、T明显偏置,与Marilyn Kozak的结果相比较看出,这一伴点与进化无关。＋4位点碱基T、G的使用和有椎生物不同,有可能与进化有关。     

大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．     

秀丽隐杆线虫基因组编码区的碱基分布特征参数研究

【目的】考察秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)基因组编码区(Coding sequences,CDSs)的碱基使用特点,并提炼出能够区分CDSs与非编码区的碱基成分偏移特征参数。【方法】在研究碱基成分偏移特性基础上,定义一个新的参数d,探索d值的分布规律;采用从秀丽隐杆线虫基因组6类不同的DNA序列中随机抽样的方式,分析并验证该指标作为基因组CDSs特征参数的可行性。【结果】参数d经过线性变换后近似服从对数正态分布;抽样分析显示分别有81.6%的CDSs、70.7%的外显子、21.8%的内含子、4.7%的随机序列、17.8%的5′非翻译区和31.4%的3′非翻译区落在d值变换后的特征取值区间内,即被预测为基因组CDSs。【结论】碱基成分偏移指数d可以作为表征基因组编码区的特征参数,它的特定取值区间能很好地区分CDSs(或开放阅读框及它的子片段)和其他非编码区。     

大肠杆菌终止密码子前后序列碱基的统计分析

统计了大肠杆菌９８５个基因终止密码子前３１个碱基和终止密码子后３３个碱基在各个位点的碱基概率分布．发现终止密码子前３个碱基和终止密码子后３个碱基的概率分布与其它位点的概率分布有很大的差别．以ＴＡＡ结尾的基因序列和以ＴＡＧ或ＴＧＡ结尾的基因序列的碱基分布在终止密码子附近也有明显不同．我们又统计了高表达基因和低表达基因终止密码子前后序列的碱基分布,发现在紧邻终止密码子前后３个碱基范围内,某些碱基分布有明显的差别．还发现碱基Ｇ和碱基Ｔ的３周期分布贯穿整个编码区,碱基Ａ的３周期分布在编码终止区非常明显．     

核酸序列的非均匀性分析

核酸序列的非均匀性分析李炜疆（内蒙古大学物理学系，０１００２１，呼和浩特）关键词非均匀性，核酸序列，编码区，非编码区中图资料分类号Ｑ７１ＯＺ１３．９ＨｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅＳｅｑｕｅｎｃｅｓ￥ＬｉＷｅｉｊｉａ...     

大肠杆菌SD序列与基因表达水平的关系

依据基因表达水平的理论预测方法从１３７３个大肠杆菌基因中选出了７３个甚高表达基因和１００个甚低表达基因,研究了这两类基因编码区起始密码子ＡＴＧ前－１到－２１位点（包含ＳＤ序列）的碱基构成与基因表达水平的关系。结果表明,ＳＤ序列中的富嘌呤区（约在－７到－１２位点）Ｇ和Ｔ的概率分布曲线中心到ＡＴＧ的距离（记为ＬＨ）与基因表达水平有明显的关系。甚高表达基因ＬＨ约为１０,甚低表达基因的ＬＨ约为８,另外在－     

灭活大肠杆菌吸附铅离子的实验研究

研究了反应条件对灭活大肠杆菌吸附铅离子的影响，实验结果表明，在起始浓度ρ(Pb^2 )为10～100mg／L范围内，吸附量为1．832～21．248mg／g(干生物体)，反应在10分钟内达到吸附平衡，最佳反应温度和pH值分别为30℃和6，离子浓度与吸附量之间的关系符合Freundlich等温吸附方程，K值为2．3281，n值为1．7668。     

重金属对大肠杆菌的毒性研究

本文用琼脂扩散法研究了重金属对Ｅ．ｃｏｌｉ的毒性影响,并将重金属浓度与抑菌圈直径进行相关回归分析,结果表明,重金属对Ｅ．ｃｏｌｉ的毒性顺序为Ｈｇ~(２＋)＞Ｃｄ~(２＋)＞ｐｂ~(２＋)＞Ｃｕ~(２＋＞＞Ｚｎ~(２＋),重金属浓度与抑菌圈的直径呈显著的正相关,各种金属受试物都有剂量－反应关系．     

重组鲑鱼降钙素融合蛋白工程菌发酵工艺研究

为研究大肠杆菌表达重组鲑鱼降钙素融合蛋白(GST-sCT-Gly)工程菌的发酵工艺,采用瑞士比欧生物工程公司40 L发酵罐发酵,对影响工程菌生长和目的蛋白的表达条件进行优化;在优化条件下,以40 L发酵罐发酵工程菌,菌体收获量可达到57 g/L,目的蛋白表达量占总蛋白的23.5%;结果表明,研究确定的发酵工艺可以提高工程菌收获量及目的蛋白的表达量,且稳定可靠,可应用于生产。     

重组人碱性成纤维细胞生长因子类似物在大肠杆菌中的分泌表达研究

用带有大肠杆菌外膜蛋白信号肽序列的重组分泌型表达载体pSE-hbFGF，在大肠杆菌BL21中分泌表达了rhbFGF类似物。SDS－PAGE、免疫印迹结果表明，表达产物分泌到了细胞周质和培养液中，用间接ELISA测定出培养上清中的rhbFGF类似物为24.5mg/L，周质中为36.5mg/L菌液（O.D600nm=10)。同时探讨了发酵培养中影响rhbFGF表达的几个关键因素，如诱导时期的选择、诱导时间的长短、培养基的选择及诱导剂的浓度等。     

基因工程菌发酵生产l-苯丙氨酸工艺优化

对重组l－苯丙氨酸工程菌E.coli HB101.Ⅰ发酵过程中的营养物质消耗及产物l－苯丙氨酸的积累进行实验分析。得出：l－苯丙氨酸在培养温度为38.5℃，pH为7.0－7.5，溶氧控制在20％，含糖量控制在1.5%，酪氨酸添加量为1.0-1.2g/L时，产酸量最大，为工艺优化控制提供了有用的基础数据。