荣昌猪肝组织全长cDNA文库的构建和EST测序及分析

研究旨在为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息,同时也为荣昌猪作为生物医学模型,代谢疾病的研究提供基础数据.运用SMART法构建了荣昌猪肝组织的c DNA文库,并从文库中随机挑取部分克隆进行EST测序和功能注释.经检测,构建的原始文库滴度为4.19×106pfu/m L,重组率为96.31%,平均插入片段长度主要在400~2 000 bp之间.总共获得了226条有效EST序列,共计161个unigenes,包括19个重叠群(contigs)和142条单一序列(singlets).101(62.73%)条为已知功能基因序列,60(37.27%)条为未知功能序列,其中40条为新基因序列.GO分类和KEGG途径分析揭示大量荣昌猪肝组织表达基因主要与细胞质部分、细胞外的区域、受体结合,化学反应及细胞分解代谢过程等相关;表达的基因主要涉及代谢、补足物和凝固级联和核糖体等功能信号途径.研究采用SMART法成功构建了荣昌猪肝组织全长c DNA文库,并进行EST测序及分析,综览了荣昌猪肝组织基因表达及功能分类特征.     

根瘤菌87-1-1诱导刺槐根表皮传递细胞特异性表达的cDNA文库构建及序列分析

探寻根瘤菌诱导刺槐后根表皮细胞分化成传递细胞的特异性表达基因及其分子机制.采用抑制差减杂交(suppression subtraction hybridization,SSH)技术构建刺槐根系被接种根瘤菌和未被接种根瘤菌二者间的正反两个c DNA文库.各挑选正反文库中500个克隆进行测序,在Blastn、Blastp、Swiss Prot、KEGG、COG、Interpro以及Gene ontology(GO)数据库中进行比对注释.结合生理过程对ESTs进行分析,共获得725条非冗余序列(uni EST),正反向文库分别为385条和340条,其中包括674个单一序列(singlets),51个拼接序列(contigs).在Nt库比对中有674条uni ESTs与已知基因匹配,占比93%;在Nr库比对中有648条序列有匹配蛋白,占比89%.有正向文库213个uni ESTs和反向文库156个uni ESTs能进行Geney ontology(GO)功能注释,在细胞组分被注释了270次,分子功能被注释了448次,生物过程被注释了484次.uni ESTs的功能分析显示,正向文库中多与细胞翻译后修饰、转录因子、细胞信号通路、细胞壁/细胞膜/内膜系统以及细胞骨架相关蛋白有关,部分是结瘤相关基因.而反向文库中与细胞生长、代谢物形成的基因相关较多,这与根瘤菌处理刺槐后的生理过程一致.在根瘤菌诱导的刺槐根组织文库中发现特异性基因如MYB类转录因子、囊泡相关膜蛋白等与传递细胞相关的基因,结果有助于进一步研究此类传递细胞的形成分化机制.     

人和鼠脑cDNA文库的建立以及全长cDNA的批量分离

应用λZAP Express cDNA文库构建试剂盒构建了人3个月和8个月胎儿脑及大小鼠脑cD-NA文库.第2链cDNA经Sepharose CL-4B凝胶过滤层析后去除了较小的片段,使大片段cDNA具有较高的克隆效率.所建立的文库具有较长的插入片段.合并不同长度范围的人3个月胎儿脑cDNA片段,分别克隆入文库载体,获得了长片段、中片段、短片段及合并cDNA文库.从分级文库中各随机挑取300个克隆,经载体引物PCR扩增后,测定5'末端序列,一共获得894个表达序列标签(EST)序列.根据同源性比较结果将感兴趣的克隆环化后测定全长cDNA序列,得到了12条新的全长cDNA.这些文库的建立以及新EST,cDNA的分离为文库筛选和获得脑表达的新基因奠定了基础.     

用cDNA芯片技术筛选中华绒鳌蟹卵巢发育相关基因

为了克隆中华绒螯蟹卵巢发育相关基因,我们构建了中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库.本研究用cDNA芯片技术对中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库进行了初步筛选,并从cDNA芯片筛选的正向差减文库中随机选取50个克隆进行序列测定.结果共获得2倍以上差异表达克隆167个,其中Ⅲ期高表达克隆104个,Ⅱ期高表达克隆63个.正向差减文库中共获得7个独立的EST(expressed sequence tag, EST).同源性分析结果表明,这些EST皆为新的EST, dbEST登录号分别为:CA591892、CA591893、CA591894、CA591895、CA591896、CA591897和CA591898.本研究结果为进一步克隆中华绒螯蟹卵巢发育相关基因的全长cDNA序列并研究其功能,阐明中华绒螯蟹卵巢发育的分子机理奠定了重要的前期工作基础.     

厚壳贻贝足腺cDNA文库的构建及部分EST序列分析

为获得厚壳贻贝足腺组织的EST序列标签以及可能的功能基因序列,以pCMVsport6质粒为载体构建了高质量的厚壳贻贝足腺组织cDNA文库,文库滴度为1.31×107pfu/mL,重组率为98%,平均插入片段为1.3kb.通过对文库部分克隆的序列测定,获得了11个新基因和17个功能基因,其中包括部分与厚壳贻贝足丝相关的基因.厚壳贻足腺组织cD-NA文库的成功构建为将来筛选与厚壳贻贝足丝蛋白相关的新基因,系统研究其黏附机制奠定了基础.     

淞江鲈肝脏组织cDNA文库的构建与部分EST测序

以成年雌性淞江鲈肝脏组织为材料,用TRIzol Reagent试剂提取总RNA.以总RNA为模板,先用逆转录酶合成cDNA第一链,再通过LD-PCR合成cDNA第二链,所得双链DNA分子用SfiⅠ酶切处理后,连接到同样经SfiⅠ酶切处理的改良pUC19载体上,获得重组质粒.将重组质粒导入大肠杆菌DH5α感受态细胞中,建成质粒cDNA文库.经鉴定,该文库库容为1.5×106,重组率为94.5%,平均插入片段长度为1.1kb,插入片段大小分布为0.5~2.0kb.从文库中随机挑选2 200个克隆进行5’端单向测序,剔除不合格序列后,得2 002条高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列,提交dbEST数据库.经筛选,从这些EST序列中共发现471个基因,分别对其进行了KOG功能分类预测(216个蛋白被注释上21种KOG分类)、KEGG注释(186个基因注释上175个KO,139个基因注释上195个pathway)和GO功能分类注释(312个蛋白被注释上GO分类).     

高温胁迫下菜心SSH cDNA文库的建立

为发现与菜心耐热性相关的差异表达基因,该研究以耐热性强的"四九19号菜心"和耐热性弱的"3T6"作实验材料,采用抑制差减杂交(SSH)技术,构建了一个高温胁迫下在"四九19号菜心"中特异表达的SSH c DNA基因文库.该文库共有154个contigs,经测序和拼接获得99条unique ESTs.这些EST序列长度在122~819 bp之间,平均344 bp.BLAST分析发现99条ESTs代表81个基因,其中68个基因有功能注释、9个无功能注释和4个未匹配的新基因.这些基因可能与菜心的耐热性相关.     

眼斑芫菁在斑蝥素合成期的抑制性消减杂交文库构建及分析

斑蝥素是芫菁科昆虫合成的一种倍半萜类物质,对于治疗肿瘤和其他疾病有特别的疗效.通过构建抑制性消减杂交文库(SSH),筛选眼斑芫菁在斑蝥素合成期的差异表达基因.用斑点杂交对消减文库中的1 500个克隆进行筛查,130条特异表达序列标签(ESTs)进行分析.34条(26%) ESTs与NCBI中标注的假设基因有很高的同源性; 45条(35%) ESTs与NR数据库中的序列没有同源性,可能代表新的基因; 51条(39%) ESTs与已知基因的序列同源性很高,这些基因参与了生物调控、应激反应和解毒、信号转导、代谢与合成.最后通过实时定量逆转录PCR对文库中的9个上调表达基因进行验证.对眼斑芫菁在斑蝥素合成期的表达进行研究,为最终阐明斑蝥素的生物合成提供帮助.     

人RNA解旋酶基因家族新成员DVH的克隆与初步功能研究

一条长3446bp 的人类新基因cDNA已从胎脑cDNA文库中被克隆,该cDNA克隆包长2583bp的开放读框,推测编码一条长860个氨基酸残基的蛋白质,预测分子质量为96．8ku,通过同源性比较及profile搜索,预测氨基酸序列显示出DExH-BOX RNA解旋酶基因家族特有的7保守基序及已知RNA解旋酶氨基酸序列的较高同源性,进一步通过蛋白质结构模型同已知RNA解旋酶结构的比较,可以认定其为一条人类RNA解旋酶基因家族新成员,通过基因编码的氨基酸序列中基序II D－E－V－H残基将其命名为DVH（DEVHbox Helicase),生物信息学手段结合DVH基因表达谱分析结果可推定DVH可能在胎儿发育过程中起作用,由于解旋基因家族同人类遗传疾病关系密切,以上结果可指导DVH基因的进一步功能研究并提示该,基因作为疾病侯选基因的可能性。     

人Oligophrenin 1样(OPHN1L)基因的克隆

将人Oligophrenin 1(OPHN1)基因编码区2406 bp与EST数据库进行同源性分析,得到一个363 bp的EST AA035622与OPHN1基因编码区一致性为62%,该EST与一个cDNA序列AB014521完全匹配.在ABO14521中设计引物与cDNA文库载体臂上引物行巢式PCR扩增并进行5′RACE,在胎盘cDNA文库中获得cDNA序列606bp,与AB014521拼接成一个6906 bp的cDNA序列,其中包含一个2442 bp的开放阅读框,编码813个氨基酸.该cDNA序列的GenBank登录号为AF141884,并经GDB命名委员会命名为OPHN1L基因.OPHN1L基因3′端与大规模测序的BAC克隆AC005348及AC004782完全匹配,从而将该基因定位于5q21.2～q21.3,并由此获得它的部分基因组结构.     

四翅滨藜LRR类受体蛋白激酶基因在酵母中的表达

从四翅滨藜(Atriplex canescens)cDNA文库中得到一个亮氨酸富集重复序列类受体蛋白激酶(Leucine rich repeat receptor like protein
 kinases, LRR RLKs)的全长cDNA序列, 命名为AcLRR(登录号： JN974247). 为研究AcLRR的抗逆功能, 将其构建到酵母表达载体pYES DEST52, 并转化到酿酒酵母INVSc1菌株中, 获得重组酵母INVSc1(pYES AcLRR), 对其进行盐、 碱、 干旱、 高温、 冷冻和活性氧等胁迫, 分析在不同逆境胁迫下的表型特征. 实验结果表明, INVSc1(pYES AcLRR)在各种胁迫下的存活率明显高于对照, 表明AcLRR基因具有抗NaCl,KCl,NaHCO₃,Na₂CO₃、 干旱、 高温、 冷冻和活性氧等胁迫的能力, 特别对冷冻和活性氧表现出明显抗性. 由此可推测该基因参与了四翅滨藜的抗逆调控过程.     

Leibniz代数的通用包络代数

把李代数通用包络代数的性质推广到Leibniz代数, 给出了Leibniz代数L的通用包络代数U(L)的定义, 并利用该定义得到了U(L)的生成元集, 确定了U(L)的唯一性定理和U(L)模结构定理, 证明了通用包络代数U(L)的存在性.     

基于G-KRA模型框架的工作流建模

基于广义知识重构与抽象(G KRA)模型框架给出了工作流建模的一般过程, 根据功能知识引入了功能感知的概念, 自动构造工作流抽象对象库WfO_a. 构造基本行为感知和WfO_a中的基于功能的工作流抽象对象之间的映射关系, 实现基本行为感知与相应关系的替换操作. 通过这些映射关系, 生成了基于功能的工作流抽象模型以简化基本工作流模型的表示.     

用火焰原子吸收光谱法测定熟地黄和车前子中6种金属元素的质量比

运用火焰原子吸收光谱法测定熟地黄和车前子中Cu,Zn,Fe,Mn,Ca,K的质量比.结果表明:用V(HNO3)∶V(HClO4)=4的混酸作消化液处理样品,在选定的实验条件下,各元素间互不干扰,可在一份样品液中进行6种元素的分别测定;熟地黄中各元素的质量比顺序为:KCaZnFeCuMn;车前子中各元素的质量比顺序为:KZnCaFeCuMn;RSD2.40%(n=7),加标回收率为91.31%～106.87%.     

风车草的化学成分

以体积分数为85%的乙醇回流提取风车草（Clinopodium chinensis O.Kuntze var.grandiflorum (Maxim.) Hara.）茎叶, 得提取物, 再经大
孔吸附树脂吸附、 硅胶和ODS柱色谱法分离各化学成分, 并经理化性质和波谱数据分析鉴定它们的化学结构. 共分离得到10个化合物, 分别鉴定为醉鱼草苷Ⅳb(1),  醉鱼草苷Ⅳ(2), 风轮菜皂苷(Ⅺ)(3), 香峰草苷(4), 3β,16β,23,28-四羟基齐墩果烷-11,13(18)-二烯-3-［β-D-吡喃葡萄糖-(1→2)］ ［β-D-吡喃葡萄糖-(1→3)］基-β-D-吡喃夫糖苷(5), 槲皮素-3-O-β-D-葡萄糖-(1→6)-O-β-D-葡萄糖苷(6), 风轮菜皂苷Ⅴ(7), 风轮菜皂苷Ⅲ(8), 风轮菜皂苷Ⅴb(9), 风轮菜皂苷Ⅲb(10). 除化合物1,2,4,5外, 其余化合物均为首次从该植物中分离得到.     

一类非本原代换系统的混沌性态

研究符号集{0,1}上的非本原且非等长代换ζ诱导的系统, 这里ζ(0)=0a₁…a_p-1, ζ(1)=1,…,1, 证明了该系统是Li-Yorke混沌当且
仅当存在i>0, 使得a_i=0; 并通过对符号出现频率的分析, 给出了诱导系统不是分布混沌的一个充分条件.     

偏微分包含的端点问题

考虑一类偏微分包含边值问题： -Δ u∈ext G(x,u). 当集值函数G(x,u)为有界紧凸值的、 关于变量x是可测的、 关于变量u是连续的时, 利用Tolstonogov端点连续选择定理, 证明了其端点解的存在性.     

京大戟的化学成分

采用体积分数为95%的乙醇提取中药材京大戟(Euphorbia pekinensis Rupr)的化学成分,经硅胶、ODS柱色谱法等分离纯化,共得到7种化合物,分别为3,3'-二甲氧基鞣花酸-4'-O-β-D-吡喃木糖苷(1)、3,3'-二甲氧基鞣花酸-4'-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(2)、3,3'-二甲氧基鞣花酸(3)、阿魏酸二十八酯(4)、大戟二烯醇(5)、β-谷甾醇(6)和胡萝卜苷(7).理化性质和光谱数据鉴定表明,除了β-谷甾醇外,其余化合物均首次从该植物中获得。     

地拉韦啶的合成及晶体结构

以烟酰胺、 对硝基苯肼和丙酮酸乙酯等为原料合成目标化合物地拉韦啶(C₂₃H₃₂N₆O₄S), 并用核磁共振氢谱(¹H NMR)和核磁共振碳谱(¹³C NMR)表征其结构, 通过X射线单晶衍射确定其晶体结构. 实验结果表明: 该晶体属于正交晶系, P2₁2₁2₁空间群; 晶体学数据为： a=1.096 9(4)nm, b=1.152 5(4)nm, c=1.951 0(7)nm, α=90°, β= 90°, γ=90°, V=2.468 5(15)nm³, Mr=488.61, Z=4, Dc=1.315 g/cm³, λ=0.071 073 nm, μ=0.172 mm^-1, F(000)=1 040, R=0.040 7, wR=0.090 5; 共收集14 875个衍射点, 其中4 851个为独立衍射点(Rint=0.040 7), 在I>2σ(I)时可观察到4 099个衍射点.     

一个新型层状硒酸钒无机-有机杂化材料的水热合成、结构表征及荧光性质

用水热法合成一个层状无机-有机杂化硒钒酸盐,并通过元素分析、红外光谱和X射线单晶衍射测试技术对其结构进行表征.结果表明:该化合物属于三斜晶系,P1空间群,a=0.84293(2)nm,b=0.92867(3)nm,c=0.97095(2)nm,α=97.037(2)°,β=110.806(2)°,γ=98.385(2)°,V=0.6903(3)nm3,Z=2,R1=0.0225,wR2=0.0693;该化合物具有层状结构,由{V6Se2O25}八元环、{V4Se2O19}六元环和{V2Se2O13}四元环交替排列构成,并通过2,2′-联吡啶分子面与面之间的π-π作用形成三维超分子结构.荧光光谱分析结果表明,该化合物室温下显示出较强的蓝色荧光性质.