健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析

目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出CT突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确.     

新疆柯尔克孜族人群PPARG基因31个SNP位点的遗传多样性及其与2型糖尿病的关联

 应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间(MALDI-TOF-MS)质谱技术对SNP 位点进行基因分型的方法,检测并分析100例(对照正常个体50 例,糖尿病患者50 例)无血缘关系的柯尔克孜族隔离人群过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)基因31个单核苷酸多态性(SNP)位点的遗传多样性,探讨PPARG 基因31 个SNP 位点的遗传多样性及其与柯尔克孜族2 型糖尿病(T2DM)的关联,筛查预测2 型糖尿病的分子标记。结果发现,PPARG 基因所选的31 个SNP 位点中有23 个具有多态性(MAF≥0.05)。两组间分别在血压(SBP、DBP)、腰臀比值、血糖、总胆固醇、低密度脂蛋白水平有显著差异(P<0.01)。rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162 位点基因分型在对照组和病例组中的分布均有显著性差异(P<0.01,P<0.05)。非条件Lo-gistics 回归分析显示,PPARG 基因中rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162 等位点变异等位基因频率组间比较差异均有统计学意义(OR 值分别为2.639、2.639、1.774、2.639,均为P<0.05)。在男女对照组中rs1899951、rs2292101、rs2881654、rs1801282 和rs6782475 位点等位基因频率均有显著性差异(P<0.05),在男女病例组中rs4684846、rs7615916、rs9817428、rs4684846、rs709151、rs7615916 位点等位基因频率均有显著性差异(P<0.05)。结果显示,PPARG 基因的4 个SNP(rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162)位点变异与柯尔克孜族人T2DM 可能存在关联。     

UBQLN1和GOLM1基因单核苷酸多态性与女性盆腔器官脱垂的相关性研究

分析UBQLN1和GOLM1基因单核苷酸多态性与女性盆腔器官脱垂的相关性。通过病例-对照研究,采用Sequenom技术,以9q21中UBQLN1(rs3814507、rs7866234)、GOLM1(rs2225237、rs3750390、rs3750389、rs2297002)基因位点作为待测位点,以241名POP患者为实验组,268名健康人群为对照,对外周血DNA中上述待测位点的基因多态性进行研究,探讨盆腔脏器脱垂的遗传易感性与单核苷酸基因多态性之间的关系。rs2297002、rs3750389、rs7866234位点的等位基因频率在病例组及对照组之间差异有统计学意义(P<0.05),余SNP位点等位基因频率组间无统计学差异(P>0.05)。本研究共纳入5个SNP位点, rs2297002 SNP位点基因型分布频率存在差异(P<0.05)。rs2297002不同基因型在病例组及对照组间分布差异有统计学意义(P<0.05)。Logistic单因素回归模型分析结果显示rs2297002位点TC型个体与TT型相比,可使POP发病风险增加至1.876倍。rs2297...     

分子标记及AFLP技术

分子标记类型可以基因表达的结果为基础,对基因的间接反映;分子标记则是DNA分子碱基序列变异的直接反映.早期利用限制性内切酶,酶切生物体DNA后来检测不同遗传位点等位变异(RFLP)和以一个碱基顺序随机排列的寡核苷酸序列为引物,利用对基因组DNA随机扩增来鉴别DNA多态性(RAPDs).真核生物基因组中普遍存在的重复序列产生了微卫星(microsatellites)标记技术.而RFLP与RAPDs有机结合形成了有着更为广阔的应用前景的AFLP技术.SNP标记利用大多数基因位点上都会有若干个等位型(alleles)为DNA芯片技术应用于遗传作图提供了基础.     

基于RAD-seq技术的鹅掌楸基因组SNP标记开发

【目的】开发大量可靠的SNP标记,为鹅掌楸高密度遗传连锁图谱的构建和基于基因组的林木选择育种提供分子基础。【方法】从北美鹅掌楸NK基因型为母本、鹅掌楸LS基因型为父本的F1代杂交群体中,选取198株个体为作图群体。用限制性内切酶EcoR I对包括2个亲本和198个子代在内的200个单株的基因组DNA进行酶切,构建RAD(restriction-site associated DNA)文库并进行RAD-seq测序。采用读长为91 bp的双末端测序。2个亲本的平均测序深度为2×,198个子代的平均测序深度为0.8×,平均产量为1.94 Gb,共获得约387.21 Gb数据。用Stacks软件将每个样品的RAD-reads作生物信息学分析,对候选位点进行卡方检验和缺失率检验,再将符合孟德尔遗传的标记及与之相对应的RAD-tag序列和鹅掌楸参考基因组序列进行比对。最后,从本研究开发的SNP标记中选取27个候选SNP位点,设计引物,对随机挑选的16个F1代进行PCR扩增并将结果进行测序,同时验证SNP的有效性。【结果】从候选群体中共鉴定到22 019个SNP位点,符合孟德尔遗传规律的标记为4 233个,最终获得3 501个候选SNP标记。SNP验证中,共有293个SNP标记完成测序并能判读结果,所有位点都为SNP位点,共有194(66.2%)个SNP变异类型得到了验证。 【结论】基于RAD-seq技术和鹅掌楸参考基因组序列为基础的策略,能够作为一种快速有效的手段,实现大规模的分子标记开发,可用于鹅掌楸等林木的高密度遗传图谱的构建。     

含有前列腺癌风险性SNPrs1741708的潜在增强子座位在前列腺癌中功能与机制的研究

前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)是老年男性最常见的恶性肿瘤之一.全基因组关联研究(Genome wide Association Studies,GWAS)发现SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点rs1741708与前列腺癌高风险性相关.表观遗传学标志物和荧光素酶报告子研究证实含有该风险性位点的染色体区段是等位基因特异性的增强子元件.敲除风险性增强子会导致细胞迁移能力减弱.利用Capture-C揭示该增强子在全基因组范围内的互作基因座位,结合风险性增强子敲除后基因表达的改变,鉴定出一些该增强子的直接靶基因.初步的Rescue研究发现,在敲除细胞中过表达靶基因IKZF3后,细胞迁移能力得到部分恢复,提示IKZF3是含有SNP rs1741708的风险性增强子影响肿瘤恶性进展的下游靶基因之一.     

脑血管疾病患者IL-6基因调控区-174G/C多态性研究

目的:观察73例脑血管疾病患者的IL-6基因调控区-174位点的多态性与疾病的相关关系.方法:PCR扩增、限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析和DNA序列测定,认识IL-6基因调控区-174位点的多态性;同时ELISA定量分析73例脑血管病患者和16例正常人血清白细胞介素-6含量.结果:73例脑血管疾病患者IL-6基因调控区-174位均为GG型;血清白细胞介素-6水平升高,与正常人血清对比,差异显著.结论:73例脑血管疾病患者未发现TL-6基因调控区-174位点的基因变异.     

全基因组关联分析显示基因ANXA8和C10orf11为影响肌少症的候选基因

为了寻找与瘦体重(lean body mass,LBM)相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点及易感基因,在1 000个不相关的白人中采用Affymetix 500K芯片扫描了500 000个SNPs,并进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),显著结果在1 625个中国人样本和2 283个欧洲白人样本中进行验证,并将验证结果与研究结果进行荟萃分析。研究发现SNPsrs7905603,rs9416083,rs4409772,rs2894310与LBM关联,其中rs7905603位于基因ANXA8,其他3个SNPs位于基因C10orf11。荟萃分析得到的合并p值分别为2.08×10-5,7.44×10~(-6),6.73×10~(-6),6.76×10~(-6)。ANXA8和C10orf11基因是影响LBM变异的候选基因,这对肌少症的认识提供了新的理论依据。     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

脑血管疾病患者IL—6基因调控区－174G／C多态性研究

目的：观察73例脑血管疾病患者的IL—6基因调控区—174位点的多态性与疾病的相关关系。方法：PCR扩增、限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析和DNA序列测定，认识IL—6基因调控区—174位点的多态性；同时ELISA定量分析73例脑血管病患者和16例正常人血清白细胞介素—6含量。结果：73例脑血管疾病患者比—6基因调控区—174位均为GG型；血清白细胞介素—6水平升高，与正常人血清对比，差异显著。结论：73例脑血管疾病患者末发现IL—6基因调控区—174位点的基因变异。     

GRTH基因SNPrs551373与严重少精症的相关性

目的：研究GRTH基因的单核苷酸多态位点（SNP）rs551373（G〉T）的多态性与严重少精症的关系。方法：用PCR—RFLP技术,在119例严重少精症患者和252个正常生育男性中,对SNPrs551373的基因频率和基因型频率的分布进行调查。结果：严重少精症患者中基因型GG的频率明显低于正常男性（72．3％vs．83．3％,降0．013,OR=0．503,95％CI0．299～0．848）;而等位基因T（13．7％vs．8．7％,P=0．021,OR=1．742,95％CI1．082～2．807）和基因型GT（26．9％vs．15．9％,P=0．012,OR=1．949,95％CI1．150～3．304）的频率则显著高于正常男性。结论：GRTH基因的SNPrS551373的多态性与严重少精症的易感性相关。     

Identification of susceptibility genes loci associated with type 2 diabetes

In this study, we selected 10 susceptible SNPs loci to investigate their contribution to susceptibility to type 2 diabetes in Han Chinese among Hubei population. We genotyped SNPs rs5219, rs1801282, rs1470579, rs1111875, rs1081661, rs7754840, rs4506565, rs13266634, rs4402960, and rs5643981 by using the method of polymerase chain reaction-ligase detection reaction (PCR-LDR). In a case-control study, we have genotyped the 10 candidate susceptibility SNP loci, and here, we reported that the SNP rs5219 in KCNJ1...     

武汉地区肝癌患者中HBV基因型分析

目的:分析武汉地区原发性肝癌患者HBV感染情况及基因型分析。方法:利用HBV检测引物及分型引物对肝癌患者血清进行PCR,通过电泳检测PCR特异性产物。结果:50例患者血清中44例HBV DNA呈阳性,占总数的88%;其中30例为C型占68%,14例为B型占32%。结论:武汉地区原发性肝癌患者多为HBV感染患者,而且以HBV C型感染为主。     

Presence of integrated hepatitis B virus DNA sequences in cellular DNA of human hepatocellular carcinoma

Hepatitis B virus (HBV) may be one of the agents involved in the aetiology of human primary liver cancer. This hypothesis is supported by (1) the similarity between the geographical distribution of chronic carriers of the viral surface antigen (HBsAg) and that of hepatocellular carcinoma (HCC); (2) the increase in the prevalence of HBV markers in serum of patients with primary liver cancer when compared with the general population; (3) the observation that HBV infection precedes the development of the tumour. Moreover, these epidemiological indications of an association between HBV infecton and hepatocellular carcinoma are supported by the detection of HBV markers such as HBsAg or viral DNA sequences, although in a non-integrated form in tumour tissue. To study the relationship between HBV and primary liver cancer further, we looked for the presence of free or integrated viral DNA in tumour tissue of human hepatocellular carcinomas and in a HBsAg-producing human hepatoma cell line. Using the blot-transfer hybridization technique and cloned HBV DNA as a probe, we have now demonstrated that the viral DNA is integrated in the cellular genome both in tumour tissue and in a hepatoma cell line.     

原发性肝癌与乙型肝炎病毒感染的关系

目的　探讨HBV感染模式与肝病的关系.方法　选择经检测HBV5项血清学标志的肝癌患者120例为研究对象,并以非癌肝病180例作对照.结果　120例肝癌患者HBV感染以HbsAg75.1%(90/120),抗 Hbe70.2%(84/120),抗 Hbc80.5%(97/120)为主.与对照组58.9%,48.3%,66.1%比较,差异非常显著(P<0.01).肝癌组HBV总感染率高达98.3%.感染模式以HbsAg,抗 Hbe,抗 Hbc;HbsAg,抗 Hbc;抗 Hbe,抗 Hbc;HbsAg,HbeAg,抗 Hbc四种为主,占83.3%(100/120).肝炎、肝硬化、肝癌的HBV感染主要模式一致.结论　HBV是肝癌的主要原因之一,尤其4种感染模式与肝癌发生密切相关,定期随访复查是发现早期肝癌的最佳途径.     

广西肝细胞癌与丙型肝炎的关系

用４种抗丙型肝炎病毒蛋白的单克隆抗体，免疫酶染色法直接检测肝细胞癌的病理组织中丙肝病毒蛋白。结果８／５２例（１５．４％），一至数种抗体阳性，阳性反应物主要定位于肝和癌细胞的胞浆中，值得注意的是本组几乎全部病例为乙肝，丙肝两种病毒混合感染，表明广西丙型肝炎的混合感染的比较高，乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）加上黄曲霉毒素（ＡＦＢ１）或丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）可能是广西肝细胞癌（ＨＣＣ）高发的原因。     

南宁地区肝细胞性肝癌中突变型p53蛋白表达

用ＡＢＣ免疫组织化学方法，对南宁地区居民中１３例肝细胞性肝癌（ＨＣＣ）的活检组织进行研究。发现其中８例有突变型ｐ＾５３蛋白呈强阳性表达，占ＨＣＣ病例数６４．３％。南宁地区某些县，如扶绥县是我国著名的ＨＣＣ高发区，不但ＨＢＶ感染率高，而且是全国少有的ＡＦＢ１高污染区，后者的作用不能忽视。与江苏启东和南部非洲ＨＣＣ高发区一样，估计也会出现ｐ＾５３基因突变热点。     

云南哈尼族糜蛋白酶基因标签SNPs与原发性高血压的相关性研究

采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,对692例哈尼族人(高血压患者346例,正常对照个体346例)糜蛋白酶基因(chymase,CMA1)4个tag SNPs (rs1956921、rs1800876、rs5244和rs1885108)的多态性进行检测,并运用遗传模型研究CMA1基因tag SNPs与原发性高血压发生的相关性.结果显示,CMA1基因4个tag SNPs位点在混合人群和女性人群中均未显示出与原发性高血压的相关性;男性人群中,rs1800876位点基因型频率在对照组和高血压间的分布具有统计学意义(P=0.015),Logistic回归分析发现rs1800876位点TC和CC基因型携带者的患病风险显著降低(OR=0.59,95% CI为0.38~0.92,P=0.021),提示CMA1基因rs1800876位点与云南哈尼族男性原发性高血压发生相关.