长江流域3个群体草鱼mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP分析

对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop区段长度约为1.6 kbp,监利群体中的1尾约为1.8 kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.046 6、0.001 80;监利群体与邗江(或九江)群体间的Rogers遗传距离为0.040 3;x2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P＞0.05).这些结果表明草鱼mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低.     

中国大陆杂色山雀遗传多样性

使用线粒体控制区(529bp)和核基因(9个微卫星位点)作为分子标记对杂色山雀(Parus varius)在中国大陆8个分布地的70个体进行遗传多样性研究.在所有样本线粒体控制区序列中共识别出10个单倍型,整体核苷酸多样性(Pi)为0.00176;单倍型多样性(Hd)为0.533;平均核苷酸差异数(k)为0.892.在线粒体水平上,杂色山雀中国大陆种群处于线粒体DNA多态性较低的范围内,遗传多样性较低.微卫星数据显示,70个样本在9个微卫星位点上的多态信息含量(PIC)为0.305～0.863,平均多态信息含量为0.755±0.1720;8个分布地样本各自平均等位基因个数(K)在1.4±0.53～9.4±2.46之间,平均期望杂合度(He)在0.444±0.5270～0.808±0.1929之间,平均多态信息含量在0.167±0.1976～0.738±0.1634之间.在核基因水平上,杂色山雀中国大陆种群遗传信息丰富,遗传多样性较高.基于线粒体控制区序列构建的系统进化树显示中国大陆地区杂色山雀指名亚种8个分布地样本混杂在一起;样本间的遗传分化指数Fst为0.0119,基因交流值为3.82.样本中的大部分变异是来自种群内且这种变异达到遗传分化的显著性水平,显示了中国大陆杂色山雀指名亚种8个分布地样本为一个地理种群.错配分布图以及中性检验结果显示中国大陆杂色山雀在过去的发展历程中发生过扩张事件.对于中国大陆地区杂色山雀的保护,应该将其作为一个进化显著单元进行保护.     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

基于线粒体ND2基因的龙头鱼群体遗传多样性分析

以海口、南通、青岛、泉州、湛江5个地理群体98尾龙头鱼为研究对象,通过PCR扩增获得序列长度为1 046bp的线粒体ND2基因全序列,共检测到变异位点19个,其中18个单一变异位点,1个简约信息位点。98条序列共定义了19个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.366±0.063 8,平均核苷酸多样性(Pi)为0.000 427±0.000 424。群体间平均遗传距离在0.000 228～0.000 607之间,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有显著的遗传分化。AMOVA结果显示,龙头鱼遗传变异主要来自于种群内(99.68%)。单倍型系统发育树显示,19个单倍型之间不存在明显的亚种分化。整体的中性检验结果均为负值且显著偏离中性,表明5个地理群体龙头鱼历史上曾经历过种群扩张。参考ND2基因2.5%～3.6%每百万年的变异速率,估算出群体分化扩张时间大致为(1.87～1.30)万年前的第四纪更新世晚期。     

拉氏鱥mtDNA COI区段的遗传多样性分析

为了检测拉氏鱥的遗传多样性以及不同体质量的个体间是否存在遗传差异,选取同时间人工繁殖、同池养殖的体质量不同的40尾拉氏鱥,对其线粒体DNA COI区段进行PCR扩增,测序后获得碱基顺序排列清晰的1 551～1 552 bp DNA片段. 40尾拉氏鱥可分为23种单倍型,共有128个位点存在碱基差异.依据单倍型间Kimura 2-parameter遗传距,可将23种单倍型分为类型1和类型2.类型1中37尾拉氏鱥含20种单倍型(Ⅰ～XX),Kimura 2-parameter遗传距范围为0.000 00～0.005 84;类型2中3尾拉氏鱥含3种单倍型(XXⅠ～XXⅢ),遗传距范围为0.001 29～0.003 23;类型1各单倍型和类型2各单倍型间的遗传距范围为0.073 75～0.080 48. 2种类型间的遗传差异明显,可以初步认为其亲本来自2个不同的物种.类型1中的大、中、小不同体质量的拉氏鱥组内、组间遗传距在0.001 23～0.001 97之间,不同体质量的个体间未见明显的遗传差异.类型1拉氏鱥的单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)及平均核苷酸差异性(k)分别为0.862、0.001 71和2.646,类型2拉氏鱥的H_d、P_i和k分别为1.000、0.002 58和4.000.类型2拉氏鱥的遗传多样性略高于类型1的多样性.     

帘蛤科两种经济贝类种群的ITS-1序列遗传多样性分析

利用核糖体DNA转录间隔区ITS-1序列对硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的养殖群体和青蛤(Cyclinasinensis)的野生种群遗传多样性进行了分析.经过PCR扩增、连接与测序后,得到硬壳蛤ITS-1的长度为718～724 bp,青蛤的为665～683 bp,序列用ClustalX1.83多重比对后,在725 bp组成的同源片段中有714个碱基序列为保守位点,通过DNAsp软件分析,该种群的核酸多态性指数Pi为0.00302,每位点Eta为0.00304,并检测出4个单倍型(Haplotype)序列.青蛤在由695 bp组成的同源片段中有644个碱基序列为保守位点,该种群的Pi为0.03071,每位点Eta为0.0378,共测出6个单倍型(Haplotype)序列.利用PAUP4.10软件计算出每个种群内单倍型序列间的相对遗传距离,其中,硬壳蛤的遗传距离仅为0.0014～0.0056,说明其DNA遗传多样性的丰度较低;而野生青蛤种群的遗传距离为0.0036～0.0105,说明其遗传多样性比较丰富.文章还初步讨论了双壳类遗传多样性变动的因素及种质保护等问题.     

蒙古国西北部狼(Canis lupus)遗传多样性研究

采用PCR和测序技术,分析了30只蒙古国西北部狼线粒体DNA(mt DNA)D-loop区519 bp核酸序列,基于mt DNA D-loop区序列对蒙古国狼和NCBI公布的其它狼种群进行系统树构建。结果显示:蒙古国狼存在7种单倍型,检测到29处变异位点,占所分析位点总数的4.9%,各单倍型间的遗传距离为0.006~0.024平均遗传距离是0.004±0.001。单倍型多样性为0.952±0.096,核苷酸多性为0.011 60±0.006 46。聚类分析表明,蒙古国狼分布在2个支系中,与中国新疆、内蒙古种群亲缘关系较近,与中国青海、西藏、喜马拉雅山脉种群的亲缘关系较远。蒙古国西北部狼种群具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其他狼种群的影响较大。中国青海、西藏、喜马拉雅山附近的狼种群应同属于一个群体,该研究为蒙古国乃其与我国毗邻区域狼的遗传多样性保护提供了理论依据。     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

基于cytb基因分析建昌马和安宁果下马的遗传多样性和起源进化

为探索建昌马和安宁果下马的遗传多样性和亲缘关系,试验从建昌马(n =40)和安宁果下马(n =4)的抗凝全血中提取基因组DNA,用PCR扩增线粒体DNA cytb基因全序列并直接测序.结果显示,在44匹马中检测到cytb基因的45个变异位点并鉴定出20种单倍型,其中H1为优势单倍型;建昌马的单倍型多样性(Hd)、核苷酸...     

基于COⅠ基因和D-loop序列的东海鳓鱼种质资源遗传变异研究

以东海区鳓鱼背部肌肉的线粒体DNA作为模板,对16个个体的CO Ⅰ基因和D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了691 bp的CO Ⅰ基因片段和718 bp的D-loop序列片断.用DNASP软件分析得知,16个CO Ⅰ基因序列定义了6个单倍型(在GenBank登录号:HM030765-HM030768,HM030769-HM030770),在6个单倍型中,共检测到6个变异位点,其中有5个变异位点发生在第三密码子位置上,有1个变异位点发生在第一密码子位置上.东海区鳓鱼16个个体D-loop序列共定义了14个单倍型(GenBank登录号:HM030781,HM030783-HM030792,HM030794-HM030796).除去插入/缺失位点,14个单倍型共检测到30个多态位点,主要发生在D-loop序列的两端区域;D-loop序列还检测到80个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在340～419 bp之间的中央区域,以40 bp重复片断插入的形式进行.每个个体含有2～4个连续重复片断.对鳓鱼进行了遗传多样性分析,CO Ⅰ基因序列的单倍型多样性为0.617,核苷酸多样性指数为0.001 37,平均核苷酸差异数为0.950.D-loop序列的单倍型多样性为0.983,核苷酸多样性指数为0.009 98,平均核苷酸差异数为6.367.综合分析,东海区鳓鱼的遗传多样性并不高,有必要采取综合措施对其进行种质资源保护.     

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

南京椴群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】 南京椴(Tilia miqueliana)为江苏省重要的乡土树种,野外资源稀缺。南京椴野外群体遗传多样性和遗传结构的探索,可为资源保护、品种选育及遗传改良提供依据。【方法】 以南京椴5个天然群体[江苏宝华山(P1)、牛首山(P2)、安徽皇藏峪(P3)、安徽蜀山(P4)和浙江天台山(P5)]93个体为实验材料,选用15对多态性EST-SSR引物,进行遗传多样性及群体遗传结构分析。【结果】 ①用15对引物共检测等位基因数(A)总和为96,平均值为6.4,四倍体基因型(G)和四倍体特异基因型(G_i)总和分别为441和251,特异基因型比率(R₁)和种质鉴别率(R₂)均值分别为45.73%和17.99%。②在5个群体中,每个位点等位基因数(A_loc)和四倍体基因型丰富度均值(G_loc)分别为5.50±2.43和9.41±4.29;平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)为0.61±1.43和0.62±0.14。参考各群体G_loc和H_e值,确定遗传多样性较高的群体为P1和P3。③群体间遗传分化较小,遗传分化系数(G_st)仅为0.030;AMOVA分子变异分析显示,群体多样性水平变异来自于群体内(96%)。④聚类和遗传结构Structure分析显示,5个群体可划分为2组(组1包括P1、P2和P5;组2包括P3和P4)。Mental检验结果表明遗传距离与地理距离之间无显著相关。【结论】 南京椴群体均具有丰富的遗传多样性,其中宝华山群体和皇藏峪群体多样性较高,群体扩张可能是以这两个种群为中心,经人类活动迁移至其他区域。但南京椴群体间未形成明显分化,主要是由于植株寿命长,群体缺乏自然更新,加之群体间存在人为种子传播。因此,本研究提出通过建立隔离区,明确优先保护群体、加大植株异交,并采用人工繁育及种质回迁的方式保护南京椴野外群体。     

中药连翘体外抗氧化作用的研究

本文采用活性跟踪组分（bioassay-linked fractionation）方法确定连翘中的有效部位.用二苯代苦味肼基自由基[1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl（DPPH）]消除实验及SIN-1诱导肾上皮细胞LLC-PK1氧化损伤的保护实验方法,对连翘的甲醇提取物及其二氯甲烷、正丁醇和水的萃取物进行抗氧化作用评价.结果从连翘的正丁醇萃取物和二氯甲烷萃取物具有很强的抗DPPH自由基的抗氧化活性,其半数有效值IC50分别为79.69和27.75μg/mL.尤其是二氯甲烷萃取物具有最强的抗氧化活性（P〈0.05）.而且这两个有效部位浓度依赖性地恢复因SIN-1处理而降低的细胞生存能力（P〈0.01）,进而说明它们对细胞氧化损伤起到保护作用.     

基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究

为了揭示河南省不同黄河鲤养殖群体之间的遗传差异,本研究通过线粒体COI基因对5个黄河鲤群体的遗传多样性进行了研究.5个群体中荥阳水产良种场群体的单倍型数为4,洛阳水产技术推广站群体的单倍型数为2,其它群体的单倍型数均为3;各个群体的基因多样性从0.200到0.750不等,最高的为河南省水产良种繁育场的群体;各群体的核苷酸多样性范围为0.000 63到0.002 28,最高的为荥阳水产良种场群体,最低的为洛阳市水产技术推广站群体.分子方差分析表明黄河鲤将近90%的变异来自于群体内,说明整体上群体间分化较小.结果表明,虽然各个黄河鲤群体之间的遗传分化较小,但是它们之间的遗传多样性差别较大,研究结果可以为黄河鲤的育种和增殖放流等工作提供一定的参考.     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

鸡公山自然保护区药用,食用大型真菌资源调查

本文报导了鸡公山自然保护区药用、食用大型真菌资源，其中药用１５种，食用２３种，药用兼食用２５种，并对如何开发利用这些资源提出了合理建议。     

RAPD Analysis for Genetic Variation within the Endangered Quillwort Isoetes hypsophila (Isoetaceae)

0　IntroductionI soetes hypsophila, a Chinese endemic species, is a memberof the heterosporous aquatic quillworts, and is a perennialdistributed in shallow zones of plateau lake or plateau marsh ofSichuan and Yunnan Province in China. In recent years, I.hypsophilahas declined rapidly in population quantity (num ber) and has even disappeared from many locations. The spe cies is now considered to be rare and threatened or endangeredin China and is listed among first category of protected wil…     

基于线粒体基因的云南省烟田烟蚜茧蜂的种群遗传多样性研究

选取了云南省11州市主要烟区的6个烟田种群、13个工厂繁育种群以及1个野生种群,基于线粒体atp6、cox1、cob和nad24个蛋白质编码基因开展了种群遗传多样性研究.解析云南省主要烟区烟田烟蚜茧蜂种群的遗传多样性特点,为烟蚜茧蜂的科学释放和蜂种复壮提供理论依据.结果发现,在105个个体中共检测到158个多态性位点和...     

外来入侵种空心莲子草的RAPD遗传多样性分析

基于随机扩增多态DNA(RAPD)方法,对8个居群空心莲子草Agasicles hygrophila的遗传多样性及分化程度进行分析。10条随机引物扩增出99个可分析位点,多态位点百分比为36．3％。POPOGENE分析发现,空心莲子草居群平均水平的多态位点百分比为26．2％,Nei’s基因多样度为0．0906,Shannon信息指数为0．1609,具有较高的遗传多样性;居群间遗传分化比例为30．88％,居群内遗传分化占69．12％;居群间基因流为1．1189。结合居群遗传多样性及UPGMA聚类分析表明,镇江及南京地区是空心莲子草遗传变异程度最高的中心区,应该作为外来种空心莲子草防治及根除的重点地带,防治的最有效措施是加强对其无性繁殖体临近传播、蔓延和扩散途径的阻断。