植物DNA条形码技术:机遇与挑战

DNA条形码技术是指传统分类对物种无法鉴定时,运用一条短的标准的DNA区间作为条码来进行物种鉴定的方法.目前,叶绿体基因rbcL和matK基因片断可能被用作植物DNA条形码技术的分子标记.本文回顾了DNA条形码技术的背景,植物DNA条形码技术的过程和效果.广义DNA条形码技术已被证实在中药鉴定中具有作用.同时,本文还讨论了在我国经济高速发展时期,DNA条形码技术在生物多样性保护中应用前景.     

不同pH值的酸处理DNA溶液的拉曼光谱分析

通过拉曼光谱研究了经不同pH值的酸处理后的DNA溶液．小牛胸腺DNA被配制成pH6．0、pH5．0、pH4．0、pH3．0、pH2．0、pH1．0的酸性溶液，经24h充分水合后测试其拉曼光谱．实验结果表明，DNA分子内部产生了明显的质子化，其拉曼特征频率和强度均发生了变化，而且不同的pH值致使它们的变化程度也不同．对DNA分子结构的影响包括磷酸骨架基团，脱氧核糖及碱基．随着酸性的增强，DNA的构型也发生变化：在pH6．0、pH5．0时DNA溶液为标准B构型，而在pH4．0、pH3．0、pH2，0的DNA溶液出现B和C构型共存，到pH1．0时出现了Z构型．从pH3．0碱基开始质子化，逐渐地GC碱基对之间形成了Hoogsteen型氢键，AT碱基对之间的氢键发生断裂，双螺旋结构遭到破坏，而脱氧核糖也受到不同程度的损伤．     

自来水中细菌宏基因组DNA的浓度与细菌菌落总数的相关性分析

分析自来水中细菌宏基因组DNA浓度与细菌菌落总数之间的相关性,探索新的自来水细菌菌落总数检测方法。采用国标法检测自来水中的细菌菌落总数约为(165±5)CFU/m L,高于国标限值(100 CFU/m L)。通过计算得出,检测600 m L本实验水样中的细菌菌落总数相当于检测1 000 m L(1 L)100 CFU/m L的自来水。首先将600 m L及低于和高于该体积不同体积梯度的自来水经滤膜过滤收集菌体;然后使用细菌基因组提取试剂盒提取滤膜上的细菌宏基因组DNA,电泳分析提取的宏基因组质量;最后检测各个体积自来水宏基因组DNA浓度,根据检测结果分析自来水中宏基因组DNA含量与细菌菌落总数之间的相关性。提取的自来水宏基因组DNA主条带清晰,可以进行基因组DNA含量测定分析;自来水中细菌宏基因组DNA浓度与细菌菌落总数之间呈正相关的线性关系。建立一种通过检测自来水中细菌宏基因组DNA浓度来反映细菌菌落总数的检测方法,检测灵敏度可达7 CFU/m L,且省时、重复性好。     

DNA解码生命——上海科普大讲坛第十三讲

DNA，脱氧核糖核酸，一个大家都曾听闻而又神秘的名词，从1953年沃森和克里克向世人宣布发现生命意义的这一刻开始，DNA分子美丽的双螺旋曲线成为了开启科学新纪元的钥匙。仅仅相隔半个多世纪，DNA早已不是少数科学家感兴趣的少数分子，而成为人们生活层面的核心科技。DNA是怎样的一种故事竞掌握着生命的密码，它就在我们每个人的体内，而我们对它的了解又有多少呢？带着你的已知，向你的未知，让我们在本次的大讲堂中走进DNA。     

Escherichia coli dam—dcm—菌株的研究进展

E.coli dam-dcm是一种在分子生物学技术中被广泛应用的菌株之一。Dam和Dcm是两种甲基转移酶，Dam识别GATC位点而Dcm识别CCA（T）GG位点[1]，在E.coli细胞的生命活动中，dam基因产物在DNA的错配修复中具有重要作用，另外，dam的甲基化作用和DNA的复制和基因表达的调节等细胞生命活动过程，Dcm甲基化的生物学功能在很短的补丁修复有很重要的作用。Streptomyces(链霉菌），Bacillus(芽胞杆菌）和Paracoccus（副球菌）的转化通过用dam和dcm位点没有甲基化的DNA可以得到很大的改善[6]。因为5－甲基胞嘧啶对肼有抗生，所以 从dcm缺陷的菌株分离到的DNA用Mazam和Gilbert法进行测序，结果更好[10]。     

两序列比对的Hirschberg算法

回追序列比对算法需要在内存中保存完整的得分矩阵，其空间复杂度是O(mm)，而在生物信息科学中，空间复杂度是超长DNA序列比对的瓶颈，本文介绍的Hirschberg算法较好的解决两序列比对的空间复杂度问题。其空间复杂度是O(min(m，n))。     

“私人基因图”普及风暴悄然临近 “1000美元基因组”把你的基因图读给你

“1000美元基因组”把你的基因图读给你许多基因组解码技术利用DNA的碱基互补对规则。基因组语言的“字母表”只包含4个字母,即被称为碱基的基本单位一腺嘌呤[A],胞嘧啶[C],鸟嘌呤[G]和胸腺嘧啶[T]。它们彼此配对(A和T,C 和G),从而形成标准的DNA梯阶。活细胞使用这一规则复制和修复自身的DNA 分子;碱基配对规则也被人们来复制和感兴趣的DNA,直到如今,它仍是主流DNA 定序技术的基本原理。     

佛手叶挥发油诱导HeLa细胞凋亡与坏死

研究了佛手叶挥发油对He La细胞凋亡与坏死的影响.用单细胞凝胶电泳、DNA梯度电泳检测DNA损伤,流式细胞术检测细胞周期和DNA含量的变化,Western Blot检测凋亡相关蛋白PARP的表达.结果显示:200μg/m L佛手叶挥发油处理He La细胞,彗星头缩小,荧光强度减弱且染色不均匀,出现彗尾,G2/M期细胞数量增加,PARP蛋白几乎全部被切割;400μg/m L佛手叶挥发油处理He La细胞,DNA梯度条带明显,表明大多数细胞处于晚期凋亡阶段;800μg/m L佛手叶挥发油处理He La细胞,无大分子条带,DNA完全断裂.表明200μg/m L和400μg/m L佛手叶挥发油可诱导He La细胞凋亡,800μg/m L佛手叶挥发油诱导He La细胞坏死.     

标准对数视力表小数记录的商榷

用标准对数视力表对36名学生进行视力测定,结果表明,在2.5 m(或7.5 m)处所测值换算为5 m视力与5 m所测视力无显著差异(a=0.005),证实了使用标准对数视力表可变距优点。将2.5 m和7.5 m所测视力与5 m视力相比较,发现被测者中有15名完全不同(占41.67%),表明标准对数视力表的小数记录有商榷之处。     

概率密度函数的特征相关法DNA序列分析

提出了一种客观的特征提取和相关的方法用于DNA序列的结构分析.这种方法是从DNA序列码的碱基和片段码中提取统计特征和相关特征.然后计算样本序列和已知类之间的平均相关系数.如果最大的相关系数大于对应类的平均相关系数,则该样本被分类到对应的类中去.利用一组DNA序列样本做了试验,结果表明,这种方法适合于任何DNA序列的结构分析而不需要先念的生物信息,对发掘人类基因隐藏信息的研究大有用处。     

生命之美丽螺旋

在基因遗传过程中，细胞就像封闭的发动机一样发挥着作用。在这个发动机里，DNA不断复制自身，并修复受到损伤的DNA。这样，经过反复复制和修复，每个生物体活着的细胞内都包含着同样的DNA这个庞大的数据库。几十亿年来，DNA一直为生命的繁殖和变异而忙碌着。DNA分子不断地复制，使得细胞能够自身繁殖，使父母能有了子女，使生命能免延续。     

糖尿病大鼠肾、胰基因组DNA甲基化状态的变化

从正常大鼠，糖尿病大鼠，中药糖微康治疗的糖尿病大鼠，西药开搏通治疗的糖尿病大鼠的肾，胰等组织中提取出其基因组DNA，应用对DNA甲基化作用敏感的限制性核酸内切酶HpaⅡ和MspⅠ（为一组同裂酶（进行了限制性酶切图谱分析，结果表明，DNA化作用的主要位点在CpG二核苷酸处，且“糖微康”在关闭患糖尿病后肾组织中被异常活化的基因的同时，还能活化糖尿病动物胰组织中处于静息状态的基因，由此可见糖尿病的发病和治疗都与DNA甲基化作用密切相关。     

走近未来的DNA计算机

DNA计算机的概念和主要特点 利用特定的DNA结构--DNA核酶可以构建各种DNA分子逻辑门,这为DNA计算机的发展奠定了基础.DNA计算是计算机科学和分子生物学相结合而发展起来的新兴研究领域.而DNA计算机是一种生物形式的计算机.它是利NDNA（脱氧核糖核酸）建立的一种完整的信息技术形式，以编码的DNA序列（通常意义上计算机内存）为运算对象，     

土壤细菌DNA的抽提及分析

应用不同的方法从土壤中分离细菌DNA，以紫外分光光度法及琼脂糖凝胶电泳法分析所得细菌DNA的纯度与得率，比较不同的细菌收集缓冲液、细菌裂解缓冲液、细菌裂解过程及不同的抽提修饰步骤对土壤细菌DNA抽提结果的影响，确定了最佳的土壤细菌DNA抽提方案，以该方案对土壤细菌DNA进行了大规模的抽提，所得产物的A260／A280为1．68，A260／A230为0．87，得率ω(DNA／干土)为1.90μg／g。在土壤细菌中加入1μg标准λDNA进行了3次回收实验，平均回收率为82．33％。     

一种高效的树木总DNA提取方法

高质量的DNA是林木分子生物学研究的关键因素之一。在高浓度离液剂异硫氰酸胍(GuSCN)存在的条件下，核酸具有与硅珠(SiO2)颗粒结合、并能在较高温度下被低盐浓度溶液洗脱的特性。基于这一原理建立了一种新的树木叶片总DNA提取方法。此方法操作简单、快速，经过浓度、纯度测定，以及PCR扩增和限制性内切酶消化证明，从不同树木叶片中均得到了高质量的DNA样品。     

科学家发现DNA链自组装最佳长度

包含遗传密码的DNA（脱氧核糖核酸）链，会跟包含其独特互补序列的另一链结合在一起。如果给材料喷涂一种特殊的DNA涂层，这种材料就会自动找出与其相配的配对物并与之结合。这种被称为DNA辅助自我组装的概念，可创建出具有各种用途的自组装材料，从而为生物医学和材料科学领域开拓广阔前景。     

利用mRNA分析技术鉴别血液与精液研究

目的:探讨鉴别血液与精液的一种新方法。方法:采集月经血、外周血和精液样本,试剂盒提取样本RNA,反转录试剂盒反转录后得到c DNA,利用挑选的引物进行PCR扩增,检测若干个特定基因m RNA的表达情况。结果:发现月经血中可以同时检测到HBB与MMP11基因m RNA;而在外周血中只检测到HBB基因m RNA;在精液中可以同时检测到TGM4、PRM2基因m RNA。结论:检测MMP11、TGM4、PRM2基因m RNA表达可用于鉴别外周血、月经血和精液。     

SO2体内衍生物对小鼠胃细胞DNA损伤的研究

SO2体内衍生物是SO2进入机体后在体液中代谢转化的衍生物-亚硫酸盐和亚硫酸氢盐.运用单细胞凝胶电泳技术(又称慧星试验)研究了SO2体内衍生物对小鼠腹腔注射引起小鼠胃细胞DNA的影响.在衍生物剂量为0 g/kg体重,0.125 g/kg体重,0.250 g/kg体重,0.500 g/kg体重的染毒条件下,雄性小鼠胃细胞DNA拖尾长度分别为1.14 μm,8.98 μm,14.33 μm,24.71 μm,雌性小鼠胃细胞DNA拖尾长度分别为1.20 μm,6.34 μm,12.67 μm,18.59 μm.各处理组与对照组的拖尾长度有显著性差异.结果表明,SO2衍生物可引起小鼠胃细胞DNA损伤,且随SO2体内衍生物注射剂量的增高DNA损伤加重,并有明确的剂量效应关系(r＞0.95).另外SO2体内衍生物对雌性小鼠胃细胞DNA损伤比雄性小鼠弱.这些意味着SO2的体内衍生物具有引起哺乳动物胃细胞DNA突变的潜在危验.     

南京地铁二号线明故宫站嵌岩地连墙冲抓结合成槽总结

南京地铁二号线TA12标明故宫站总长1894m，标准段宽度23．6m，车站底板埋深约17m，车站与六号线换乘段埋深约25m。车站围护结构采用地下连续墙。该站地下连续墙标准段和端头井段开挖深度分别为25米和29米，进入中风化泥质粉砂岩分别为9米、5米．一般液压抓斗式成槽机无法进行岩层开挖施工，而铣槽机因施工成本太高而不易采用，入岩开挖施工时间长，成槽施工时间延长．槽壁失稳坍塌可能性增加，加上受在市区施工场地的限制，施工难度相当大。为此，优化施工工艺，现场采用液压抓斗式成槽机＋冲击钻机组合的“冲抓结合”施工工艺，加强施工组织协调，流水作业，以提高连续墙施工效率。     

人体细胞中发现四螺旋DNA结构

据物理学家组织网近日报道，DNA双螺旋结构早已为人熟知，而英国剑桥大学科学家21日在《自然一化学》杂志上发表的论文显示，四螺旋DNA结构，即G-四联体同样存在于人类基因组中。它们形成的区域具有丰富的乌嘌呤基础构件，因此通常缩写为“G”。