C端亲-疏水氨基酸在蛋白质规则二级结构中使用规律

对规则二级结构中C端亲—疏水性氨基酸的紧邻关联、次邻关联、次次邻关联作了统计分析，并给出了规则二级结构中亲—疏水氨基酸的位置择优规律．     

蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析，发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大，而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时，证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下，Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息；此外A，N，D，R，H，C，Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．     

基于氨基酸亲疏水分布的最小离散增量方法识别蛋白质超家族

摆脱目前常用的基于特征模体来识别超家族的方法,引入单个氨基酸的物理化学性质(亲疏水性质)及其在氨基酸序列中的分布特征参数(分段的方法),利用最小离散增量算法对属于同一结构类的不同超家族进行了识别,总预测成功率令人满意.选取了全α类、全β类、α β类、α/β类中的各4个超家族分别进行了识别.对全α类的4个超家族,se lf-cons istency检验和jack-kn ife检验可达83.0%,81.2%;对全β类的4个超家族,两种检验均为80.9%;对α β类的4个超家族,两种检验总成功率最高分别为88.6%,88.0%;识别α/β类的4个超家族时两种检验的结果分别为69.3%和67.6%.     

蛋白质二级结构中对应的密码子关联的进一步讨论

从概率论的角度出发,以人和大肠杆菌蛋白质为模式,研究了蛋白质二级结构中有显著统计意义的mRNA序列上的密码子上下文关联,以及蛋白质序列上的氨基酸上下文关联.从而给出了99%置信水平上的各二级结构中的反常密码子上下文关联偏好型.为了进一步检查反常密码子关联对二级结构的影响是否有位点保守性,研究了密码子上下文关联以及氨基酸上下文关联与二级结构位点的关系,结果显示反常密码子关联与二级结构位点没有强关联.所得结果可以给出哪些密码子的上下文关联对蛋白质二级结构有影响,且对改进蛋白质二级结构的预测有一定的参考价值.     

氨基酸分类与蛋白质二级结构相关性

从氨基酸序列和蛋白质二级结构相关性出发 ,定义信息剩余度 ,通过信息剩余度极大化 ,推导出从 2 0组到 2组的氨基酸分类结果 ,同时也得到了信息剩余度极大值 (RMAX)与约化次数的关系     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

球状蛋白质中氨基酸残基的一种疏水性标度

文章利用蛋白质可及性，建立了一种新的氨基酸流水性标度，得出了氨基酸残基因折叠所埋藏的平均可及面积与其Ｎｏｚａｋｉ－Ｔａｎｆｏｔｄ自由能变化ΔＧρ相关，残基可及性分数是疏水性的一种本征量度的结论，并分析讨论了有关问题．     

基于关联规则挖掘的蛋白质相互作用的预测

利用蛋白质的一级结构信息,采用三肽频数方法刻画蛋白质序列,将关联规则(association rule,AR)挖掘应用于蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPIs)的预测.计算结果表明,提出的方法在半胱氨酸不同分类的情况下都能够准确地预测蛋白质相互作用.最后,比较半胱氨酸的不同分类对预测结果的影响.     

由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究

本文在工作[1][2]的基础上进一步研究了蛋白质二级结构的经验预测,着重讨论了如何制定预测规则的问题,并将预测工作计算机化.在蛋白质资料库中随机选取了21个蛋白质(3296残基)进行预测,正确率对α螺旋和β折迭分别为84.4%和81.9%.     

密码子、氨基酸若干重要性质的相关性

对遗传密码子及20种蛋白质氨基酸的若干重要性质的相互关系进行了考察，发现，不仅在密码子和氨基酸内部的多项性质间。而且在密码子与氨基酸两者的多项性质间均存在着显著的相关性．这种相关性在核酸与蛋白质之间逻辑关系的分析方面可能有意义．     

燕麦中蛋白质的提取、纯化及氨基酸成分分析

利用不同浓度的NaCl溶液和复合酶对燕麦蛋白质进行提取试验,结果表明:最佳的工艺条件为,温度40℃,盐浓度8%,复合酶用量3.5 g(U/g),反应时间4 h;燕麦蛋白质提取率为67.5%,蛋白质纯度达到91.4%,蛋白质含量为15.2%.燕麦蛋白质氨基酸分析表明:氨基酸含量丰富,尤其是人体所必需的氨基酸齐全,比例适当.     

蛋白质中氨基酸间的相关性研究

计算和分析了4种类型(α型、β型、α／β型和α β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性．研究发现，氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关．作为蛋白质的建筑构件，20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性反映了这些建筑构件间的匹配规则，代表了蛋白质的结构特征．本文分析了部分氨基酸间的相关性与蛋白质结构间的联系，从物理和化学性质上解释了氨基酸相关性的起源。     

红鳌鳌虾胚胎发育过程中蛋白质含量及氨基酸组成的分析

采用生物化学方法对红整鳌虾胚胎发育过程中蛋白质与氨基酸的组成进行了测定和分析。总蛋白与总氨基酸的含量均呈下降趋势。总蛋白由受精卵期的65.32%(占干重)降低到准备孵化期的40.28%;总氨基酸含量由受精卵期的58. 05%(占干重)减少至准备孵化期的47.49%.必需氨基酸(除Met外)的变化与总氨基酸含量呈显著性相关，且变异系数在8.25-13.34%之间;非必需氮基酸中Glu,Asp的含量较高，Cys的含量较低。蛋白质和氨基酸不仅是红鳌鳌虾胚胎发育的构建物质而且在胚胎发育过程中提供能量。     

绿豆种子蛋白质和氨基酸组成特性的研究

研究了 8个绿豆品种的蛋白质和氨基酸组成 ,结果表明 ,绿豆种子蛋白质以球蛋白为主 ,占 4种蛋白质总量的 60 %以上 ,其次是清蛋白 ,占 2 5%左右 ,这两种蛋白质是绿豆种子的主要贮藏蛋白质部分 ;谷蛋白占 1 0 %左右 ,醇溶谷蛋白在 4种蛋白质中所占的比例最小 ,只是微量水平 氨基酸组成分析表明 ,总蛋白、球蛋白氨基酸组成相似 ,富含赖氨酸 ,缺乏含硫氨基酸 ;清蛋白氨基酸组成基本平衡 ,含硫氨基酸丰富 ,谷蛋白和醇溶蛋白中赖氨酸含量很低     

珍珠角壳蛋白中氨基酸的高效液相色谱分析

采用国产C18反相柱,对以异硫氰酸苯酯（PITC）为柱前衍生化试剂的高效液相色谱测定氨基酸的方法进行了研究,在室温下,以pH=6.3的HAc-NaAc缓冲溶液及乙腈水溶液为流动相进行梯度洗脱,18种常见氨基酸在30min内获得了较好的分离,并且测定了珍珠角壳蛋白的氨基酸组成,结果表明：珍珠角壳蛋白主要由天冬氨酸、甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸、亮氨酸等10种氨基酸组成,这些氨基酸约占蛋白总量的85％。     

磷酰化氨基酸的特性及应用前景

综述了磷酰化氨基酸的研究进展．磷酰化氨基酸能够发生自身活化成肽、成酯、磷上酯交换和磷酰基的N→0迁移等化学反应，对解释一些生命现象和探讨生命起源具有重要的作用，同时，在生物技术、医药等领域也展示了广阔的应用前景、     

板栗空篷的蛋白质和氨基酸含量变化的研究

本文研究了空篷栗、正常栗的总苞和子房、子叶发育过程中蛋白质和氨基酸含量的变化。结果表明：空篷栗在幼胚发育期、子叶发育期，其总苞和子房中的蛋白质含量均低于正常栗；空篷栗在传粉受精后，子房中的氨基酸含量均低于正常栗；子房、子叶中的１８种氨基酸含量均高于总苞。总苞发育过程中，丙氨酸和异亮氨酸的含量空篷栗低于正常栗；子房、子叶发育过程中，色氨酸、异亮氨酸、苏氨酸、甘氨酸、丝氨酸和赖氨酸的含量空篷栗低于正常栗。这表明，在幼胚发育、子叶发育期，空篷栗得不到足够的物质供应，影响物质的定向运输和积累，导致了空篷栗的产生。文中还讨论了谷氨酸、天门冬氨酸、色氨酸、脯氨酸的含量变化与子房、子叶发育的关系。