牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究

以相应引物对牙鲆（Paralichthys olivaceus)和石鲽（K.areius bicoloratus)的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,均得到了590bp的碱基序列,并将其与GenBank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽（Platichthys flesus)相应片段进行比较,结果表明,川鲽和石鲽序列差异很小（核苷酸差异数为7,同源性为98．8％）;而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显（核苷酸差异数为90－93,同源性约为84％）,且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约200bp的区域。     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

中国近海8种石首鱼类的线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化

通过PCR扩增出中国近海石首鱼科(Sciaenidae)6属8个代表种的线粒体16S rRNA基因,纯化后直接测序.利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算Kimura 2-parameter遗传距离、平均核苷酸变异数、平均每位点核苷酸替代数等遗传信息指数,并结合GenBank上大斑石鲈(Pomadasys maculates)同源序列构建UPGMA,NJ,ME和MP系统树.结果表明,叫姑鱼(Johnius belengerii)为最早分化的一枝,其次为黄姑鱼(Nibea albiflora)和白姑鱼(Argyrosomus argentatus),而黄鱼亚科(包括大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)和鮸鱼(Miichthys miiuy))分化最晚,这支持了形态学得出的结论.在分子水平上明确了叫姑鱼亚科和黄鱼亚科的系统进化地位,并得出黄姑鱼比白姑鱼更早分化的新推论,但对于形态学上将白姑鱼和黄姑鱼归属于同一个亚科的结论还有待使用多个不同进化速率的基因加以分析考证.为探讨中国石首鱼类分子系统进化做了尝试,并就线粒体16S rRNA基因在该科鱼类系统进化研究的应用潜力进行了剖析.     

凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列

以相应引物对凡纳滨对虾（Lito penaeus vannamei）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNA CO I）进行PCR扩增，经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序，得到709bp的碱基片段．碱基组成A、C、G、T含量分别为198bp（27．93％）、136bp（19．18％）、129bp（18．19％）、246bp（34．70％）．与果蝇（Drosophilayakuba）的mtDNA CO I全序列比对。经分析发现：本实验获得的凡纳滨对虾mt CO I基因片段序列和Gen Bank上的同种序列（AY264901）都只是基因序列的一部分，二者之间有41bp的重叠并可拼接，拼接后的总长为1515bp．证明本实验条件下获得的mtCO I基因片段确实来自凡纳滨对虾线粒体DNA，且本实验所用引物具有通用性．     

网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序

通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系.     

3种色型仿刺参线粒体和核糖体序列片段遗传结构比较研究

仿刺参作为我国重要的海水养殖物种,良种选育是目前研究的重点,其中体色是重要的考虑因素之一。为了比较3种不同体色仿刺参的遗传结构,采用PCR扩增与测序技术对我国3种体色(青色、白色和紫色)仿刺参线粒体16S rRNA和COⅠ与核糖体18S rRNA-ITS-28S rRNA序列片段进行分析,揭示其遗传结构差异及系统发育关系。结果表明, 16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列长度分别为812~830 bp、877~915 bp、1 536~1 572 bp。16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列在青色、紫色和白色仿刺参中分别检测到单倍型个数分别为4/5/5、5/3/4和4/4/3, COⅠ序列多态性位点数目所比例最大, 16S rRNA序列最小。3种色型仿刺参16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列遗传距离数值均比较小,范围分别为0~0.014 7、0~0.021 2和0~0.010 3,没有达到种的分化水平。以紫海胆为外群,基于COⅠ序列构建系统发育树,结果表明白刺参单独聚为一支,但是紫色和青色仿刺参不同个体间相互交叉聚集,无法通过发育树区分。     

大壁虎线粒体12S rRNA基因片段的两种单倍型

通过测定大壁虎５个个体的线粒体１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列,发现大壁虎明显地分为两种单倍型。结合染色体组型上的微小差异,这样的种内差异是否可能达到亚种级水平,还有待于进一步研究。     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

中国明对虾的种群遗传结构和地理变异

采用分子系统地理学的研究方法,以烟台群体(YT)、青岛群体(QD)、珠海群体(ZH)(为3个野生群体)以及阳江群体(YJ)(为养殖群体)等4个地理种群的51个中国明对虾个体为实验材料,探讨了中国明对虾地理分布格局的形成原因,并在51个样品中成功扩增出了525 bp的线粒体DNA细胞色素b(mtDNA cyt-b)片段,...     

Phylogenetic studies of Chinese labeonine fishes (Teleostei:Cyprinidae) based on the mitochondrial 16S rRNA gene

The mitochondrial 16S ribosomal RNA gene is sequenced from 24 ingroups taxa, including 18 species from Labeoninae grouped in 13 genera. Phylogenetic analyses are subjected to neighbor joining, maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian analyses. Phylogenetic analysis indicates that Labeoninae is basically a monophyletic assemblage and can be divided into 2 major clades: one comprising the genera Cirrhinus, Crossocheilus and Garra; and the other consisting of the genera Labeo, Sinilabeo, Osteochilus, Pseudoorossocheilus, Parasinilabeo, Ptychidio, Semilabeo, Pseudogyricheilus, Rectori and Discogobio. According to our present analysis,the features such as the presence of the adhesive disc on the chin and the pharyngeal teeth in 2 rows used in the traditional taxonomy of Labeoninae provide scarce information for phylogeny of labeonine fishes.     

2种三疣梭子蟹居群线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段序列变异研究

目的：通过对2种三疣梭子蟹居群样线粒体C弘b和S-rRNA基因片段的序列分析,探讨其遗传变异,为种质资源的管理、保存和利用提供依据．方法：采集山东潍坊和福建厦门两个不同居群的三疣梭子蟹样,提取其线粒体DNA．由Genebank获得三疣梭子蟹完整线粒体DNA序列（登陆号：NC_005037）,设计扩增Cyt b和S-rRNA基因片段引物,经PCR扩增获得预期产物,纯化后测序．结果：以提取的线粒体DNA为模板扩增出特异性强的Cyt b和S-rRNA基因片段,与预期条带长度429bp和465bp吻合;2个基因片段的AT含量均高于GC含量;Cyt b基因片段有3个位点发生了突变,S-rRNA只有1个位点发生了突变;在两种居群的4个突变位点中,2个位置突变为相同的碱基,且所有突变位点均呈转换方式．结论：Cyt b基因序列比S-rRNA基因序列具有相对高的突变率;研究的2个基因片段的突变位点的碱基置换主要呈转换方式;来自2个三疣梭子蟹居群样本的线粒体S-rRNA基因的突变发生在同一位点且突变为相同碱基,表明2个居群具有较近的亲缘关系．     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

蒙药材金莲花中5种微量元素的形态分析

采用水煎法对蒙药材金莲花中Cu,Zn,Mn,Fe,Ca 5种微量元素进行提取,用微孔滤膜分离提取液中可溶态与悬浮态,用大孔吸附树脂分离可溶态中有机态与无机态.用萃取法对其水煎液模拟胃液酸度(pH=1.3)和小肠液酸度(pH=7.6)进行醇溶态、水溶态的分离,用微波消解法提取微量元素的总量,再利用火焰原子吸收光谱法测定原...     

Genetic Diversity in Populations of Sepiella maindroni Using 16S rRNA Gene Sequence Analysis

Part of the 16S rRNA gene is amplified with PCR and sequenced for 5 populations of common Chinese cuttlefish Sepiella maindroni:three from the South China Sea,one from East China Sea and one from Japan.The result shows that a total of 5 nucleotide positions are found to have gaps or insertions of base pairs among these individuals,and 13 positions are examined to be variable in all the sequences,which range from 494 to 509 base pairs.All of the individuals are grouped into 7 haplotypes (h1-h7).No marked genetic difference is osberved among those populations.All of the individuals from Nagasaki belong to h1 and the h3 haplotype is found only in the coastal waters of China.A→←G transition in Nucleotide 255 is suggested to be taken as a kind of genetic marker to identify the populations distributed in East-South China Sea and the Nagasaki waters of Japan.