一种新的基因克隆方法SLIC的可靠性分析

Li & Elledge 最近报道了一种新的不依赖于基因序列和连接反应的高效基因克隆方法(Sequence and Ligation Independent Cloning,SLIC).这种方法以同源重组为基本原理,利用T4 DNA聚合酶在插入片段以及载体的末端产生单链突出末端,通过同源序列在体外完成交换重组,达到基因克隆的目的.本研究通过大肠杆菌蓝白菌落筛选和对重组子的酶切分析,证明SLIC是否能够使DNA片段在设计的位点处发生精确的重组,实验证实,SLIC的重组是非常可靠的.     

改进SLIC的紫色土彩色图像分割

【目的】从野外采集的紫色土机器视觉彩色图像往往具有复杂背景,需要研究从中分割提取紫色土区域图像,为紫色土视觉图像识别打下基础。【方法】首先,引入闵可夫斯基距离重新定义 SLIC 算法的颜色空间距离,实现 SLIC 算法改进,利用改进 SLIC算法实现对紫色土彩色图像的超像素初分割;然后,重构基于a 分量的度量anew拉伸紫色土与背景差异,利用重构anew定义超像素之间的相似度,并根据类间方差最大准则建立优化模型,优化超像素之间相似度的合并阈值,根据阈值从初分割图像中心超像素开始由内而外合并紫色土超像素;最后,提出填充算法来填充紫色土区域内部空洞,获得最终分割提取的紫色土区域图像。【结果】仿真实验图像结果显示:提出的算法从具有复杂背景的野外采集的紫色土机器视觉彩色图像中,分割提取紫色土区域图像是有效的;对有不同阴影覆盖的视觉图像样本的分割提取也具有有效性;仿真实验定量分析的数据结果显示:提出的算法相对于用来对比的阈值分割算法、聚类分割算法、已有的改进 SLIC算法在杰卡德系数评价指标上有一定程度的提高。【结论】提出的算法对从紫色土机器视觉彩色图像中完整分割提取紫色土区域图像,能实现自适应分割,算法是有效的。     

基于SLIC超像素的Grab Cut算法改进

为了提高图像分割算法的效率,结合SLIC超像素算法和Grab Cut算法,提出了基于改进SLIC超像素的Grab Cut算法.改进后的SLIC超像素算法主要采用均匀随机的方式提取SLIC超像素特征,用以减少冗余的聚类中心,提高算法运行效率,并改进Grab Cut算法适应改进后的SLIC算法,完成图像分割.实验证明:基于改进SLIC超像素的Grab Cut算法简化了用户侧的操作,在一定程度上解决了对象主体的模糊、透明、重叠等问题,并大幅提升了运行效率.     

基于SLIC和动态区域合并的岩屑图像分割

岩屑图像分割要求精度高、速度快和鲁棒性强。针对这些要求,提出了基于SLIC(simple linear iterative clustering)和动态区域合并的分割算法。SLIC算法能产生形状规则、大小均匀、排列紧凑的超像素区域。但是SLIC分割后的图像过分割问题严重,为了降低过分割率,提出了基于NNR的动态区域合并算法,将超像素区域进行相似性合并。实验结果表明,将该算法用于岩屑颗粒图像分割,能够取得较好的效果。     

一种快速提取质粒DNA鉴别重组克隆的方法

依据快检缓冲液筛选重组子克隆的方法,结合碱裂解法提取质粒DNA的原理,经过试验摸索,应用了快检缓冲液直接裂解菌液,电泳后筛选重组质粒的方法,避免了提取质粒鉴定等繁琐步骤,其结果与菌液PCR、质粒酶切鉴定结果一致,可快速筛选出重组克隆.     

基于依赖图的程序克隆分析及近似解求解方法

大型软件系统中的代码复制和修改现象可能导致程序缺陷的扩大以及无用代码的存在,克隆代码检测分析则有助于抽取可复用的软件组件和模式,在软件重构和软件演化中起重要的作用。在给出了一种基于子图同构进行克隆代码检测的方法基础上,加入依赖边类型约束求近似解的算法,以改善算法的时间复杂性。     

一种简便快速筛选重组子的方法

将转化后的单菌落置于快检缓冲液中,振荡后,直接通过琼脂糖凝胶电泳比较质粒大小,2h内可筛选出重组子．详细介绍了快检缓冲液配方、快检效果、注意事项以及与其它方法的优势比较．     

A novel three primers PCR (TP-PCR) method to obtain recombinant DNA molecule independent of restriction enzyme

In this note, we report a novel and efficient three primers PCR (TP-PCR) method to rapidly generate recombinant DNA molecule at precise junction between two arbitrary DNA fragments. TP-PCR method is characterized by its reaction system with two templates and three primers, which can produce a recombinant DNA molecule in one PCR reaction. The main advantages of this method are the independence of sequences at the recombination site, the rapidness, and the easy establishment of adequate conditions. This method has been successfully applied to constructing a fusion protein gene, sck gene.     

DNA序列的一种分类方法

基于小波变换和相关技术,提出了一种DNA序列的分类方法.首先将DNA序列转换成数字序列,然后对此序列进行Matlab快速分解,计算未知类别序列与已知类别序列的相关系数,由此判定序列的类别.结果表明,该方法是切实可行的.     

强化缓冲算子序列与m阶算子作用研究

根据缓冲算子公理化定义,构造和整合了强化缓冲算子,证明了多阶强化缓冲算子的计算公式,并比较所构造强化缓冲算子的缓冲作用,最后实例验证了算子的有效性与实用性。     

草鱼肌肉生长抑制素cDNA克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,从草鱼肌肉组织中克隆出MSTN cDNA序列,长度为1764 bp,编码区为1128 bp,共编码375个氨基酸.前体蛋白包括信号肽序列、N端前肽区、蛋白酶水解位点RIRR及C端活性区(含9个保守的Cys残基).多重序列比较表明,草鱼与斑马鱼、黑头软口鲦之间的MSTN序列同源性在94%以上,与其它鱼类之间的序列同源性也较高(78.1%~82.3%),但与鸟类、哺乳类之间的序列同源性则相对较低.系统进化分析显示,不同物种间的MSTN序列同源性基本反映了它们的亲缘关系.     

草鱼肌肉生长抑制素cDNA克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,从草鱼肌肉组织中克隆出MSTN cDNA序列,长度为1764 bp,编码区为1128 bp,共编码375个氨基酸.前体蛋白包括信号肽序列、N端前肽区、蛋白酶水解位点RIRR及C端活性区（含9个保守的Cys残基）.多重序列比较表明,草鱼与斑马鱼、黑头软口鲦之间的MSTN序列同源性在94%以上,与其它...     

大熊猫核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的cDNA克隆及序列分析

RPL30是核糖体大亚基60S的组成部分,由RPL30基因所编码,主要存在于真核生物中.根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,以大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)的肌肉组织为材料,成功地克隆了核糖体蛋白L30亚基RPL30基因,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫L30亚基基因的表达序列长为388bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,并含有6个功能位点.进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的人、牛、褐家鼠、小家鼠有很高的相似性,其表达序列同源性分别为93.97%,96.26%,89.66%和89.94%,其编码的氨基酸序列同源性分别为99.13%,98.26%,99.13%,99.13%,且其蛋白质的高级结构相似性也很高.     

MS-RDA的改进及在白背飞虱的应用研究*

甲基化敏感性代表性差异分析方法（MS-RDA）适用于特异、低丰度基因组DNA甲基化的筛查与鉴定,已大量应用于哺乳动物的疾病发生和植物发育机理方面的研究,但昆虫中尚未发现该方法的应用。从DNA提取、酶切、扩增子制备、消减杂交等方面对该方法进行了改进,并在水稻重要害虫白背飞虱上得到成功应用,获得了4条与雌、雄性别相关联的特异性甲基化差异条带,其中有3条序列已被GenBank收录,登陆号分别为JX847621、JX624161、JX472453,经BLAST比对,有3条未发现同源性序列,属于功能未知的新基因;同时还获得了2条与长短翅型相关联的特异性甲基化差异条带,也已被 GenBank 收录,登陆号分别为 JX514031、JX472454,同源性分析发现与多种动物的18S核糖体和28S核糖体RNA基因序列高度相似,因此有关核糖体基因的甲基化可能对白背飞虱的翅型分化起到一定的调控作用。     

杨小舟蛾MtroOBP1基因的克隆、序列分析及表达

【目的】气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)是一种嗅觉相关的蛋白,该蛋白参与大多数气味分子的识别过程,并与气味分子相结合。获得杨小舟蛾[Micromelalopha troglodyta (Graeser)]OBPs以明确其特性。【方法】选择羽化后健康的杨小舟蛾触角为模板,通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术克隆杨小舟蛾MtroOBP1基因,利用生物信息学分析软件研究其基因序列和蛋白结构,运用实时荧光定量PCR(qPCR)技术研究MtroOBP1的组织表达模式。【结果】利用RT-PCR技术从杨小舟蛾触角总RNA中扩增得到MtroOBP1基因(GenBank登录号:MN056510),序列分析表明,MtroOBP1开放阅读框为777 bp,一共编码了258个氨基酸残基,且翻译的氨基酸序列仅含有4个保守的半胱氨酸位点,表明得到的OBP基因的编码蛋白不属于典型气味结合蛋白家族,而是属于Minus-C家族。蛋白质理化性质预测显示:MtroOBP1蛋白的分子量为29 664.57 u,等电点为6.23,有18个潜在的磷酸化位点,没有明显的跨膜区,疏水指数为-2.011~3.078,有一个由19个氨基酸组成的信号肽,说明为分泌型蛋白。组织表达模式表明MtroOBP1在杨小舟蛾的各部位都表达,但在触角中表达量最高。【结论】首次克隆得到杨小舟蛾MtroOBP1基因,在触角中高表达,推测其蛋白具有运输气味分子的功能,在杨小舟蛾的嗅觉识别中起着至关重要的作用。     

The complete mitochondrial DNA sequence and the phylogenetic position of Achalinus meiguensis (Reptilia: Squamata)

The mitochondrial genome complete sequence of Achalinus meiguensis was reported for the first time in the present study. The complete mitochondrial genome of A. meiguensis is 17239 bp in length and contains 13 protein-coding genes, 22 tRNA, 2 rRNA, and 2 non-coding regions (Control regions). On the basis of comparison with the other complete mitochondrial sequences reported, we explored the characteristic of structure and evolution. For example, duplication control regions independently occurred in the evol...     

猪GPR84基因克隆和组织表达图谱分析

本研究以长白猪(Landrace)小肠cDNA为模板,克隆游离脂肪酸家族受体GPR84基因cDNA全长.GPR84基因cDNA全长1243bp,编码396个氨基酸的前体蛋白,与人、大鼠、小鼠、牛等哺乳动物的GPR84氨基酸序列一致性分别为90.2%、83.8%、82.8%、89.4%;结构分析表明猪GPR84含有保守的七次跨膜结构域.采用RT-PCR方法,对家猪GPR84基因进行组织表达分析.结果显示:GPR84在家猪各组织中均有表达.其在下丘脑,肺,肝脏及肠末端分区等组织中表达量较高.