黄河三角洲贝壳堤岛滨海湿地沉积物细菌群落结构多样性特征

为研究黄河三角洲贝壳堤岛滨海湿地沉积物微生物遗传多样性水平和群落结构特征,应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE)技术检测该区域不同样线沉积物的细菌群落结构,对所得DGGE指纹图谱进行样品相似性聚类分析和环境因素主成分分析;对DGGE回收条带进行克隆测序和BLAST系统发育分析,并分类、鉴别优势微生物.结果显示：贝壳堤岛滨海湿地单个样线上,低潮带样品的多样性指数(H′)相对较高;同一样线沉积物的微生物群落结构相似性较高,倾向聚类在一起;优势微生物多数属于变形菌门(Proteobacteria)、鞘脂杆菌门(Sphingobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和海杆菌属(Marinobacter)等与解磷、降解纤维素、光合产能或石油烃类降解相关的菌类,也有一定的病原菌分布,绝大部分能够鉴别到属,且属于未培养微生物.     

玉龙雪山冰川雪坑中细菌多样性群落结构及其与气候环境的关系

通过DAPI荧光计数、恢复培养和变性梯度凝胶电泳,分析了玉龙雪山不同深度积雪中的细菌数量、多样性及其群落结构.结果显示:玉龙雪山雪坑样品中细菌数量和多样性指数与气候环境替代指标W(Ca~(2+)),W(Mg~(2+)),W(Cl~-)等具有相关性.可培养细菌隶属于三个不同系统发育群:Actinobactema(37%),Firmicutes(11%)和Proteobacteria(α-Proteobacteria)(52%),其中α-Proteobacteria类为优势类群.DGGE测序结果表明细菌属β-Proteobacteria,Actinobacteria和Bacteroidetes类群,以β-Proteobacteria为优势类群,并且不同深度雪坑中细菌多样性和群落结构没有明显变化.结果表明:海洋型冰川雪中细菌数量和多样性、群落结构与大陆型冰川雪相比,冰雪微生物具有其特殊性.     

官厅水库水体及底泥中硝化功能细菌的群落多样性研究

为了探讨水生生态系统中生物脱氮的硝化功能菌群(氨氮氧化细菌和亚硝酸氮氧化细菌)在水体和底泥样品中群落多样性的差异,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对官厅水库的水体和底泥微生物群落进行了检测.结果表明:不同采样点的水体中进行硝化微生物优势菌群相似,底泥中进行硝化微生物优势菌群也类似,但水层和底泥中的优势硝化菌群相比有明显差异,环境变化导致群落结构发生了演替.多样性分析显示:氨氮氧化细菌在水层和表层底泥样品的多样性水平差异不大,而亚硝酸氮氧化细菌在底泥中的多样性与水层相比明显降低,表明对外界供氧量响应显著.     

海水养殖沉积环境细菌多样性PCR-DGGE分析

采用PCR结合变形梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,分析泉州东海海水养殖池基地新建虾池与一15年池龄虾池沉积物样品中细菌群落组成的变化.对DGGE图谱中的13条主要条带进行测序分析,结果表明,虾池环境中的主要微生物类群为γ-变形杆菌亚群(γ-proteobacteria,30.77%)、厚壁菌群(Firmicutes,15.38%)、δ-变形杆菌亚群(δ-proteobacteria,7.6%)、拟杆菌群(Bacteroidetes,7.6%)、绿弯菌群(Chloroflexi,7.6%),放线菌群(Actinobacteria,7.6%),未知菌群(Unknown environmental samples)占23.08%.     

肝内胆管结石和胆汁中细菌多样性分析

运用培养法和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对6个病人肝内胆管结石和胆汁中的细菌群落进行了分析.胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)培养法结果显示,从6个胆石和5个胆汁样品中分别分离到15株和12株细菌,均属于Escherichia和Enterococcus两个属,而同一病人胆石及胆汁中细菌种类并不完全相同,其中一份胆汁样在两种方法检测中皆为阴性;PCR-DGGE结果表明,胆石及胆汁样品中除培养法中发现的两个属外,还包含Pseudomonas、Morganella、Citrobacter、Baterioides、Serratia、Clostridiales和Aeromonas共7个属的细菌.在5组PCR阳性的胆石和胆汁的DGGE指纹图谱相似性分析中,每组内胆石和胆汁间细菌群落结构的最高相似性仅为32.3%.两种检测方法的结果表明,Escherichia coli在胆石和胆汁中的检出率最高,胆石和胆汁中细菌多样性存在差异,PCRDGGE技术比培养法能更好检测到胆石和胆汁中的细菌多样性.     

PCR-DGGE技术在农村户用沼气发酵微生物研究中的初步应用

通过PCR-DGGE技术,对北京郊区一运行良好的农村户用沼气池的细菌多样性分析,分别在1、3、4、5月份采集沼气池的厌氧活性污泥样品,提取厌氧活性污泥微生物总DNA,对其16S rDNA基因的V3可变区进行扩增,结合DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术,跟踪检测微生物的动态变化,并利用软件对DGGE图像进行聚类分析.测定了厌氧活性污泥DGGE胶上优势和差异条带16S rDNAV3区片段序列,通过与NCBI数据库中的序列基因库比对,初步确定细菌的种属.结果表明:农村户用沼气池中发酵微生物种类较为丰富,但有明显的优势种群,随着气温变化,微生物多样性基本稳定,但种群丰度有明显变化,DGGE图谱中的优势条带16S rDNA基因序列经比对后都属于未培养的细菌.     

基于不同引物的湖泊沉积物中细菌群落结构多样性的比较研究

采用PCRD-DGGE技术,用两对引物对湖泊沉积物细菌群落结构进行了比较研究.结果表明:沉积物样品中细菌群落结构显示了明显的空间分布多样性差异,随着沉积深度的增加,细菌群落多样性指数降低.采用不同引物扩增的产物DGGE图谱聚类相近,均分成0～20cm和20～45cm两大类,但引物341f/534r导出的相似性Cs值在30.2%～75.9%之间,引物341f/926r得出的相似性Cs值在34.3%～84.1%之间,采用不同引物不同沉积深度样品群落结构之间的相似性和优势种动态变化存在差异.     

青海柯柯盐湖、茶卡盐湖细菌富集培养后DGGE带谱比较

分别将采自青海柯柯盐湖和茶卡盐湖的土样、泥样富集培养后,提取DNA,用细菌通用引物扩增得到含16SrDNA的V9高变区的DNA片断,进行DGGE(变性梯度凝胶电泳)分析.结果表明这2个相邻的盐湖中细菌多样性差异较大,同一盐湖中土样和泥样的细菌多样性也有较大的差异而且泥样中的多样性较土样的稍丰富些.     

陕北榆林定边县采油区土壤微生物群落结构的分子生态学研究

对采油区钻井口石油污染和未污染土壤的细菌群落结构进行比较。采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S r DNA克隆文库等方法,结合土壤理化性质进行分析。石油污染土壤含水率和有机质含量增加,土壤粒度、总氮、有效磷、速效钾和p H无显著变化。污染和未污染土壤中的细菌多样性丰富,群落结构存在明显差异;石油污染土壤中优势细菌类群为:变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,且变形菌门细菌比例升高。研究揭示了陕北地区石油污染和未污染土壤细菌群落结构的差异。     

利用PCR-DGGE分析胆固醇结石和胆汁中细菌群落结构

本研究运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法对来自8名胆石病人的8份胆固醇结石和4份胆汁样品中细菌群落结构进行分析和比较研究.DGGE结果显示,胆固醇结石中细菌含有Enterococcus,Pseudomonas等13个属细菌,其中Pseudomonas检出率最高,Klebsiella和Bacillus两个属细菌含量较多;胆固醇结石中6个属细菌在胆汁中也检测到.不同病人之间胆固醇结石细菌群落结构高度相似,但胆汁相似度较低;胆固醇结石中细菌群落结构与胆汁细菌群落结构最高相似度仅为38%,胆汁中细菌种类虽与胆固醇结石有同源性,但细菌群落结构差异较大.因此,导致胆固醇结石形成的细菌种类有一定偏好性,不因人而异,临床上对这些细菌的控制将有利于抑制结石的生成.