基于病例对照组的检验差异甲基化基因功能区域的方法

DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲基化差异区域的方法存在一定不足:一是缺乏定义差异甲基化区域的统一标准;二是检测结果存在横跨多个基因功能区域的现象,难以进行生物学解释.本文基于得分检验(Zscore test)提出了以基因功能区域为单位的检验差异甲基化水平的方法cZST.该方法的特点是依靠位点物理距离和染色体全局信息修正协方差矩阵.模拟研究表明cZST在亚硫酸氢盐测序数据样本量小、读数低、扰动位点多的情形下具有高功效,且优于现有方法.将cZST运用到乳腺导管癌真实数据中,检测出与疾病显著相关的661个基因功能区和81个单位点.基因注释分析说明了cZST方法的有效性,并发现Dbl、Pleckstrin基因家族及Rho调控基因的甲基化与乳腺导管癌紧密相关,为后续研究提供指引.     

DNA甲基化数据的可视化分析

DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,在生长发育、基因调控、染色质结构、分子印记以及许多疾病中起着至关重要的作用.随着各种测序技术的不断发展产生了大量的DNA甲基化数据,对其数据进行分析是目前DNA甲基化研究的一个热点和难点.目前针对于DNA甲基化数据的研究主要体现在基因组的局部区域上,而针对全基因组的分析则无法直观表现.为了更加直观的分析同一位点不同修饰信号的DNA甲基化数据间的差别,本文采用了一种专门针对表观遗传研究的数据库—WashU Epigenome Browser,针对人类表观遗传学药物数据库(HEDD)中的疾病数据,可视化的分析不同修饰信号间的差异并用数据波峰图来解释说明.     

DNA甲基化研究进展

DNA甲基化已成为阐明正常和病理基因表达现象的重要机制,因而已成为当前分子生物学的研究热点之一。对DNA甲基化的转录抑制机制、在肿瘤发生中的作用、与细胞衰老和凋亡的关系、抑制剂以及分析方法等方面的研究新进展进行了综述。     

DNA甲基化的研究进展

表观遗传学作为近年来炙手可热的研究方向,主要描述发育过程中基因与环境间的相互作用,其研究已经深入到各个学科领域,在疾病筛查、诊断和治疗等方面获得了显著的突破.其中,DNA甲基化在不涉及基因序列的改变下,通过向特定碱基添加甲基基团从而调控基因的表达,在调节细胞增殖和分化中起着重要的作用,是当前表观遗传学研究的热点领域之一...     

昆虫DNA甲基化研究进展

DNA甲基化作为重要的表观遗传修饰,在动植物生长发育过程中发挥着重要作用,一直是表观遗传学的研究热点.然而,有关DNA甲基化在昆虫生长发育及环境响应过程中的功能及调控机制尚不明确.针对目前已鉴定到的昆虫DNA甲基转移酶的种类及其结构、DNA甲基化作用方式及调控机制、昆虫DNA甲基化相关研究方法等进行综述,以期为后续深入了解昆虫及其他节肢动物的表观遗传调控机制提供参考.     

DNA甲基化与基因调控

ＤＮＡ甲基化或去甲基化,改变了ＤＮＡ分子构象,导致某些重要基团的隐蔽或暴露,削弱或增强了ＤＮＡ与蛋白质因子的结合能力,从而改变了基因表达．     

癌症与DNA甲基化异常

DNA甲基化是哺乳动物基因组最常见的修饰方式,它存在于生物体正常的生理过程,DNA异常甲基化和疾病的发生发展有关.该文综述了癌症中存在着的DNA的异常甲基化现象,即抑癌基因的高度甲基化,低表达,及癌基因的低甲基化,高表达,检测这些基因的甲基化状态可以为癌症的早期诊断及治疗提供参考依据.     

恐惧记忆的DNA甲基化机制研究进展

综述了在恐惧记忆发生过程中DNA甲基化可能的作用机制,指出了中枢神经系统DNA甲基化的改变可以调控基因转录和海马神经发生,甚至通过精子DNA甲基化水平的改变传递给后代,从而参与恐惧记忆的表观遗传修饰.临床研究表明:人类确实存在创伤后应激障碍的代际遗传现象,结合分子生物学的研究成果.探讨了未来有望在创伤后应激障碍等精神疾病诊治上取得的进展.     

DNA甲基化异常与人类肿瘤

DNA甲基化是表遗传学上研究最深入的一种机制,是一种酶介导的化学修饰过程,在DNA的某些碱基上增加一个甲基.在人类的肿瘤中都可以发现不同程度的DNA异常甲基化现象.介绍DNA甲基化在基因表达中的作用及其抑制基因转录、表达的机理,尤其发生在抑癌基因CpG岛和其他相关基因的甲基化异常与肿瘤发生、演进的关系,甲基化的检测方法以及去甲基化在肿瘤治疗方面的应用前景.     

植入前胚胎的DNA甲基化分析方法

本文对传统检测基因组DNA甲基化的亚硫酸氢盐方法进行了修改,使它适用于植入前胚胎的DNA甲基化检测研究,从而能够测定少量细胞的(<500个)DNA甲基化状态.结果,用此法成功检测了牛克隆胚胎X染色体中Xist基因的甲基化情况.     

糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性及基因组DNA对DNase敏感性的分析

用 3H标记的 S-腺苷酰 - L -甲硫氨酸 (3H- SAM)作为甲基供体 ,以同位素掺入法测定了正常大鼠、糖尿病肾病大鼠、中药“糖微康”治疗的糖尿病肾病大鼠、西药“开博通”治疗的糖尿病肾病大鼠的肝细胞的 DNA甲基化酶活性 ,并对从以上各组动物肝组织中提取的基因组 DNA分别进行 DNase 敏感性分析 .结果显示 :糖尿病肾病大鼠肝 DNA甲基化酶活性明显低于正常鼠肝 ,其基因组 DNA对 DNase 敏感性比正常大鼠肝增强 ;中药“糖微康”治疗及西药“开博通”治疗的大鼠的肝 DNA甲基化酶活性均有所回升 ,且中药组更接近正常大鼠对 DNase 的敏感性 .     

水稻基因组DNA总甲基化水平测定方法

对高效液相色谱法测定DNA总甲基化水平的关键因素进行研究,即基因组DNA的提取及纯化和高效液相色谱条件的选择。结果表明:CTAB法Ⅰ提取和纯化效果优于CTAB法Ⅱ;较优高效液相色谱条件为:采用Diamonsil C18(2)(250 mm×4.6 mm,5μm)的色谱柱,以甲醇-10 mmol/L磷酸二氢钾(10-90,v/v)为流动相构成,流动相pH为4.7,流速为0.5 mL/min,柱温为30℃,紫外检测器波长为285 nm时,是分离胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的较优条件。以试验优化的DNA提取方法和HPLC色谱条件,基因组DNA水解液的胞嘧啶(C)和5-甲基胞嘧啶(5 mC)可得到较好的分离效果。     

糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性及基因组DNA对DNaseⅠ敏感性的分析

用3H标记的S-腺苷酰-L-甲硫氨酸(3H-SAM)作为甲基供体,以同位素掺入法测定了正常大鼠、糖尿病肾病大鼠、中药"糖微康"治疗的糖尿病肾病大鼠、西药"开博通"治疗的糖尿病肾病大鼠的肝细胞的DNA甲基化酶活性,并对从以上各组动物肝组织中提取的基因组DNA分别进行DNaseⅠ敏感性分析.结果显示:糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性明显低于正常鼠肝,其基因组DNA对DNaseⅠ敏感性比正常大鼠肝增强;中药"糖微康"治疗及西药"开博通"治疗的大鼠的肝DNA甲基化酶活性均有所回升,且中药组更接近正常大鼠对DNaseⅠ的敏感性.     

糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性及基因组DNA对DNaseⅠ敏感性的分析

用3H标记的S-腺苷酰-L-甲硫氨酸(3H-SAM)作为甲基供体,以同位素掺入法测定了正常大鼠、糖尿病肾病大鼠、中药"糖微康"治疗的糖尿病肾病大鼠、西药"开博通"治疗的糖尿病肾病大鼠的肝细胞的DNA甲基化酶活性,并对从以上各组动物肝组织中提取的基因组DNA分别进行DNaseⅠ敏感性分析.结果显示:糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性明显低于正常鼠肝,其基因组DNA对DNaseⅠ敏感性比正常大鼠肝增强;中药"糖微康"治疗及西药"开博通"治疗的大鼠的肝DNA甲基化酶活性均有所回升,且中药组更接近正常大鼠对DNaseⅠ的敏感性.     

抗白粉病小麦近等基因系DNA甲基化的MSAP分析

应用甲基化敏感扩增多态性（MSAP）技术检测小麦抗白粉病代换系6A／6V与感病品系京411的近等基因系NILs,及其亲本6A／6V和京411的基因组DNA甲基化变化．结果表明,NILs的整体甲基化水平（22．9％）略高于6A／6V（21．2％）,低于京411（23．4％）．分析其甲基化模式发现,NILs相对京411甲基化水平降低条带比例（2．89％）明显高于甲基化提高条带（0．55％）,而相对抗病亲本6A／6V,NILs甲基化水平降低条带比例（2．96％）明显低于甲基化提高条带（4．20％）,说明NILs的整体基因表达水平低于6A／6V,高于京411．     

高活力水稻种子萌发过程中DNA甲基化变化的MSAP分析

DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式,是调节基因组功能的重要手段。本实验采用MSAP方法分析,旨在研究高活力水稻种子萌发过程中的甲基化与去甲基化变化的规律,为研究种子的老化机理和种子的长期保存提供依据。结果表明:水稻种子萌发过程中,同时发生了甲基化与去甲基化作用,且去甲基化作用先于甲基化作用发生。发生去甲基化可能与基因活化有关,发生甲基化可能与组织特异性有关。     

原核DNA甲基化的表观调控作用的研究进展

自从2009年第三代DNA测序技术平台商业化以来,测序、绘制原核DNA甲基化组飞速发展,10余年来已完成甲基化组测序的细菌超过4 000种,极大推动了原核表观遗传学的研究.越来越多的研究表明,DNA甲基化修饰不仅仅局限于宿主的防御功能,而且广泛参与各种细胞过程及基因的表达调控,在染色体的复制起始、细胞周期、致病性、抗生素抗性等方面起到了重要的作用.在简要回顾原核DNA甲基转移酶及其甲基化修饰的相关研究的基础上,着重对近期原核甲基化修饰的调控作用的研究进展进行综述,以期推动原核甲基化修饰表观遗传的研究.     

DNA甲基化在砷致动脉粥样硬化中的研究进展

砷暴露是动脉粥样硬化发生的危险因素,分子机制尚不明确.近年来,表观遗传学在环境暴露相关疾病中的重要作用越来越受到重视,DNA甲基化作为最主要的表观遗传现象,其模式的改变会影响到基因表达,促进动脉粥样硬化的发生发展.文章就DNA甲基化在砷致动脉粥样硬化中的影响展开论述.     

研究揭示受精卵DNA去甲基化重要机制

正近日,由中科院上海生科院生化与细胞所徐国良研究组、李劲松研究组和北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组共同完成的一项研究发现,小鼠早期胚胎中母源和父源基因组在单细胞的受精卵阶段,均会发生大规模的DNA主动和被动去甲基化,DNA双加氧酶Tet3介导了主动去甲基化的发生,而糖苷酶TDG并不参与该过程。研究中,科学家利用最近发展的单细胞简并代表性甲基化测序、发夹DNA甲基化测序以     

DNA甲基化在乳腺癌早期诊断中的研究进展

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,在全世界范围内约占女性恶性肿瘤总数的21%,每年有120万人患病,50万人致死,发病率和死亡率居妇女各类恶性肿瘤之首,并以每年0.3%-8%的速度增长。我国乳腺癌的发病率正逐年增加,并呈现出发病年龄低龄化的趋势。目前对乳腺癌的诊断靠病理检查,