AFP基因shRNA表达质粒稳定转染肝癌细胞克隆的构建

甲胎蛋白(AFP)是一种重要的胚胎期及肝癌相关蛋白,为了深入研究其在肝癌细胞增殖中的作用,构建了针对AFP基因的shRNA表达质粒,拟建立可稳定转染的肝癌细胞克隆;利用生物信息学方法设计shRNA,经酶切连接和抗生素筛选构建表达质粒;通过酶切、琼脂糖凝胶电泳及测序对质粒加以验证;优化转染条件后采用脂染法转染肝癌SMM C-7721细胞,利用Purom yc in筛选稳定转染的细胞克隆.成功获得高特异的shRNA设计结果,构建了针对人类AFP基因的shRNA表达质粒,并获得该质粒稳定转染的细胞克隆.     

RNAi表达载体在哺乳动物中的研究进展

对RNA干扰(RNAi)表达载体的非生物与生物递送系统及主流应用进行综述,明确其在基因调控及未来基因治疗领域的应用前景,并指出其在种属特异性及表达效率等方面存在的局限性.对RNAi表达载体的结构组成、发展沿革及体内作用机制进行归纳分析,提出基于结构组成和加工机制双重属性的分类方法.     

The topological configuration and conformational analysis of mRNA in translation

The theoretical model construction of mRNA hairpin structure and single-stranded structure as well as the simulation studies on RNA structure determined by the X-ray crystal diffraction and nuclear magnetic resonance revealed that in translation, after mRNA being unfolded into single-stranded structure, its topological configuration was closely correlative with the original hairpin structure. The conformational features of single-stranded mRNA appeared as helical regions alternating with curly regions to different extents, which might exert the influence on the folding of nascent polypeptide by various regulating effects including different translational rates.     

PuCO气态分子的结构与热力学稳定性研究

根据原子分子反应静力学和群论,确定PuCO的基电子状态为(7A)″。在相对论有效原子实势近似下,应用基函数6-311G4和密度泛函理论B3LYP方法,全电子计算了钚化物的能量E、定容热容Cv和熵S。应用电子振动近似理论,即用单个分子PuCO中的电子和振动能量和熵近似代表它们处于固态时的能量和熵.计算所得到的PuCO气态分子的结构与不同温度下的热力学函数。根据热力学原理,计算得到PuCO气态分子在不同温度下的标准生成自由能变均为较大正值,据此说明,PuCO气态分子不具有热力学稳定性。     

干扰长链非编码RNA Z38表达对鼻咽癌细胞增殖的影响

新型的长链非编码RNA Z38已证实高表达于肿瘤组织,低表达于癌旁组织,属于癌基因,但其功能和作用机制尚需深入分析。研究目的在于探讨稳定干扰长非编码RNA Z38对鼻咽癌细胞HNE1、5-8F功能和机制的影响。采用慢病毒包埋Z38-shRNA转染进人鼻咽癌细胞HNE1与5-8F,用嘌呤霉素筛选出稳定的干扰细胞系,利用相对实时荧光定量的方法检测干扰效率;使用MTT、和平板克隆集落形成实验验证其对HNE1、5-8F细胞增殖的抑制作用;Transwell检测细胞迁移的能力;采用Western Blot检测干扰Z38表达对抑癌因子P~(53)、P~(21)表达水平的影响。结果表明,慢病毒干扰鼻咽癌细胞显著降低了Z38基因表达水平,并且干扰Z38基因表达后使细胞增殖能力、细胞集落形成能力降低,穿过Transwell小室的细胞数降低,抑癌因子P~(53)、P~(21)表达量上调。由此推测,Z38基因可能为鼻咽癌细胞的癌基因之一。     

RNA分子二级结构智能绘图

本文介绍一种在微型计算机上实现的核糖核酸(RNA)分子二级结构智能绘图的方法。用软件实现此方法,可以把以碱基匹配对表示的RNA分子二级结构,自动转化为图形显示,并直接由打印机输出图形。使用此软件在速度较慢的IBM PC-XT型微机上,绘制1000个碱基的RNA分子二级结构图约用3分钟,绘制1500个碱基的RNA分子二级结构图约用3分钟。     

Molecular dynamics simulation of RNA pseudoknot unfolding pathway

Many biological functions of RNA molecules are related to their pseudoknot structures. It is significant for predicting the structure and function of RNA that learning about the stability and the process of RNA pseudoknot folding and unfolding. The structural features of mouse mammary tumor virus (MMTV) RNA pseudoknot in different ion concentration, the unfolding process of the RNA pseudoknot, and the two hairpin helices that constitute the RNA pseudoknot were studied with all atom molecule dynamics simulation method in this paper. We found that the higher cation concentration can cause structure of the RNA molecules more stable, and ions played an indispensable role in keeping the structure of RNA molecules stable; the unfolding process of hairpin structure was corresponding to the antiprocess of its folding process. The main pathway of pseudoknot unfolding was that the inner base pair opened first, and then, the two helices, which formed the RNA pseudoknot opened decussately, while the folding pathway of the RNA pseudoknot was a helix folding after formation of the other helix. Therefore, the unfolding process of RNA pseudoknot is different from the antiprocess of its folding process, and the unfolding process of each helix in the RNA pseudoknot is similar to the hairpin structure’s unfolding process, which means that both are the unzipping process.     

mRNA二级结构对重组人白血病抑制因子(rhLIF)在大肠杆菌中表达的影响

真细菌中翻译起始效率通常是由翻译起始位点两侧的ｍ ＲＮＡ 区域二级结构的稳定性决定的．这种稳定性与该区域ＲＮＡ 二级结构的发生自由能（ΔＧ０ ）相对应．重组人白血病抑制因子（ｒｈＬＩＦ）为具有诱导白血病细胞分化、调节骨组织的生长代谢、维持胚胎干细胞的基本特征、促进神经元的分化等广泛生物学活性的细胞因子．为了获得高表达的ＬＩＦ蛋白,通过翻译起始区的位点专一突变,把具有优选密码子和能量优势的ｌｉｆ 片段克隆入ｐＪＬＡ５０３ 载体,然后转化至大肠杆菌中表达,得到表达量提高１０ 倍的重组ＬＩＦ蛋白     

RNA二级结构自动绘图系统的构建

给出了带假结的RNA二级结构自动绘画系统以及自由能的处理．用软件实现此方法可以把以碱基匹配表示的RNA分子二级结构自动转化为图形表示．     

Secondary structural analysis of the mRNA regions encoding the hemagglutinin cleavage site basic amino acids of the avian influenza virus H5N1 subtype samples

Here we report the codon bias and the mRNA secondary structural features of the hemagglutinin （HA） cleavage site basic amino acid regions of avian influenza virus H5N1 subtypes. We have developed a dynamic extended folding strategy to predict RNA secondary structure with RNAstructure 4.1 program in an iterative extension process. Statistical analysis of the sequences showed that the HA cleavage site basic amino acids favor the adenine-rich codons, and the corresponding mRNA fragments are mainly in the folding states of single-stranded loops. Our sequential and structural analyses showed that to prevent and control these highly pathogenic viruses, that is, to inhibit the gene expression of avian influenza virus H5N1 subtypes, we should consider the single-stranded loop regions of the HA cleavage site-coding sequences as the targets of RNA interference.     

RNAi在植物中的作用机理及其应用研究进展

本文综述了近年来有关RNA干扰的发现、作用过程及其作用机理,并介绍了RNA干扰在植物基因功能、植物抗病毒、作物品种改良等方面的应用.     

Ca_9Fe(PO_4)_6(OH)_2的电子结构与形成能的第一性原理计算

基于第一性原理和热力学统计原理计算了单个Fe~(2+)替代羟基磷灰石晶胞中Ca~(2+)后晶体(Ca_9Fe(PO_4)_6(OH)_2)的电子结构和能够说明替代后结构稳定性的替位缺陷形成能.电子结构计算得出(Ca_9Fe(PO4)_6(OH)_2)的带隙值是1.85eV,而没有掺杂的是4.93e V,两者态密度特征相似,只是前者峰值变小了.理论形成能和溶液环境中的形成能的计算结果都表明Ca(B)更易被取代,但是两种形成能的值都大于0eV,具体是理论缺陷形成能的值都在7e V到8e V之间,溶液环境中的缺陷形成能主要和替代的位置、溶液的pH值以及Fe~(2+)在溶液中的浓度有关,且其值大于0eV,说明它们需要吸热才能发生替代,所以在羟基磷灰石中Fe~(2+)替代Ca~(2+)不容易发生.     

RNA二级结构点括号图与CT文件表示法的相互转换算法研究

由于RNA二级结构表示方法对其功能和相似性的研究具有关键性作用,通过对现有RNA二级结构的各种表示方法进行讨论,重点介绍了点括号图表示法和二级结构平面图文本（CT文件）表示法,给出二者之间的相互转换算法,并通过实例验证了该转换算法准确、有效,可为研究RNA二级结构的相似性提供有效的数据支持.     

蜜瓜ACC氧化酶mRNA的成串锤头型核酶和反义RNA基因的合成和克隆

我们设计和合成了切割蜜瓜成熟果实ACC氧化酶mRNA的GUC^86、GUC^388、GUC^534的三重锤头型核酶（HhRz)和阻断转录的反义RNA（AR） 基因,并构建了二、四、八联体HhRz和AR基因。为了在体外和体内检测HhRz是否切割ACC氧化酶mRNA,在E.cloliDE3rna-菌株中克隆了同域和跨域作用的（HhRz)n-AR和靶子ACC氧化酶mRNA表达系统。又构建了植物体组成型和诱导型（HhRz)n-AR表达载体。     

计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法

RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析，在生物信息学研究中具有重要意义．提出了一个时间复杂度为O（n^2）的基于Greedy算法思想的算法．基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征，算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构．用VC＋＋编程实现了该算法，采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验，结果表明该算法具有良好的准确度．该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点一级结构．     

神经细胞树突中mRNA的运输

将mRNA靶定到神经细胞树突中, 对区域化蛋白质合成和神经功能的发挥起重要作用。神经细胞mRNA存在于包含不同种类调控mRNA 定位、稳定和翻译组分的颗粒中。该颗粒由驱动蛋白1(kinesin 1) 沿微管运输。定向运输产生的mRNA不对称分布是突触可塑性、学习和记忆所必需的。     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

原子簇Co2MnB2的稳定结构及成键性质

利用密度泛函理论方法,在B3LYP/Lan12dz水平下,以三角双锥型、四方锥型和平面五边形对原子簇Co2MnB2进行构造,对所构造出的十余种可能构型分别在二、四重态下进行全参数优化计算和频率验证,最后二重态获得四种稳定构型,四重态只有一种稳定构型.对这些稳定构型的几何结构、能量和成键性质进行分析.结果表明：原子簇Co2MnB2的稳定构型均为立体构型.其中,以Mn和双B原子为构型三角平面、双Co原子占据两锥位置的三角双锥构型1（2）最为稳定.金属-类金属键是构型稳定性的主要贡献者.构型随着B-B键长的减小、键级的增大,其稳定性越好;类金属B原子对各构型的稳定性有着极大的辅助调节作用.