SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

SARS的研究进展

2003年3月,发现SARS病原是一种从未在人类或动物中发现过的新的冠状病毒.其基因组结构与其他的冠状病毒相似,由29727核苷酸组成,有11个开放阅读框.通过多基因分析序列比较说明,SARS冠状病毒与已知的冠状病毒无关.针对SARS冠状病毒的各种特征及研究进展进行了综述.     

引起人非典型性肺炎的冠状病毒基因组与其它冠状病毒基因组的初步比较

一种在世界范围内突然爆发的致命流行病——急性呼吸窘迫综合症(SARS)击倒了数干人，一种全新的冠状病毒被认为是其病原．5个SARS相关冠状病毒的全基因组序列已经完成．我们进行了SARS相关冠状病毒和其它冠状病毒的基因组进化分析和序列比较，结果显示：1．SARS相关冠状病毒不直接来自于任何已知的冠状病毒；2．E蛋白的基因可能是在近期从其它病毒横向转移到SARS病毒中来的；3．Sl和S2基因发生了较大范围的缺失或插入突变．这些基因横向转移和突变改变了SARS相关病毒的表面结构和抗原性，极有可能是导致其获得侵染人类细胞的主要原因．     

SARS冠状病毒核衣壳蛋白cDNA的克隆和原核表达载体的构建

目的克隆SARS冠状病毒核衣壳(N)蛋白.方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET30a表达载体.结果实现了SARS冠状病毒N蛋白基因的克隆.结论可以对重组成功的pET30a-N进行进一步的应用.     

中国科学家绘出SARS病毒精细"家谱"

中国科学院理论物理研究所郝柏林院士及其领导的科研小组最近采用全新的方法 ,在 SARS病毒不同毒株之间的亲缘关系以及与其它冠状病毒的进化关系研究方面取得进展。　　研究人员首先选取 6个完整的 SARS基因组和 14个已知的冠状病毒的完全基因组 (与 SARS同属Nidovirales科 ) ,利用“组分矢量”方法探讨这些基因之间的进化关系。从已经得到的进化树可以看出 ,在全基因组的层次上 ,选定的 6个 SARS毒株相互之间关系较近 ,在进化树上形成单群 ,而与已知的冠状病毒距离比较远 ,说明 SASR冠状病毒是冠状病毒属的独立种群。　　此外 ,由…     

SARS冠状病毒基因芯片的制作与初步临床样本验证

为了实现对非典(SARS)冠状病毒感染患者的早期诊断,构建了一套以基因芯片为基础的SARS冠状病毒基因分析检测系统。首先从患者痰、血样本中快速分离出SARS冠状病毒的RNA,然后通过巢式RT-PCR对分离的RNA进行扩增获得特定的DNA片段,最后让固定在基因芯片上的DNA探针与扩增产物进行杂交以检验扩增产物的序列匹配性,达到最终确认SARS冠状病毒感染患者的目的。对首期两例患者痰样本和两例全血样本的分析结果表明,这4例患者样本中均存在SARS冠状病毒。     

基于密码子使用模式的冠状病毒亲缘关系分析

重症急性呼吸综合症(severe acute respiratorysyndrome,SARS),临床表现为非典型肺炎.由于SARS具有很高的传染性和一种新型的冠状病毒(SARS-CoV)被认为是引起SARS的病原体.SARS冠状病毒(SARS-CoV)属于巢状病毒目(OrderN idovirales),冠状病毒科(Fam ily Coronaviri-dae),冠状病     

SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析

根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和3种不同蛋白质序列，应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树；并对SARS冠状病毒的11个推测蛋白质(ORF)做BLAST分析。结果表明，SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒——牛冠状病毒分支构成姊妹群。其单系群性质得到强有力的统计学支持。这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件，该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠。SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支，因此致病机制可能有很大不同。3个基因的系统树分支格局的一致性表明：SARS冠状病毒这3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组，但全部11个ORF的BLAST分析却认为其基因组上一些小的区段可能与其他病毒存在重组。     

新冠知识二十条

正面对疫情,我们需要不信谣、不传谣,在充分认识它的前提下做好扎实的防护。1.新型冠状病毒和SARS同类不同种新型冠状病毒属于β属的冠状病毒,有包膜,颗粒呈圆形或椭圆形,常为多形性,直径60-140nm。其基因特征与SARSr-CoV和MERSr-CoV有明显区别。目前研究显示与蝙蝠SARS样冠状病毒(bat-SL-CoVZC45)同源性达85%以上。新型冠状病毒是冠状病毒的一种,它跟SARS冠状病毒是平行的,二者是同一类(病毒),但不是同一种。     

SARS病毒序列中回文结构的研究

统计了SARS病毒全序列中间间隔S从0到100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,并从AT含量及频数分布等方面分析了不同区域(编码及非编码区域等)回文结构的特征,同时,找出SARS病毒及其它几种冠状病毒各蛋白编码序列,并统计出它们中的回文结构,分析它们的回文特征,发现了一些SARS病毒序列中回文结构的分布规律,如L大于7的回文主要分布在编码区;绝大部分编码蛋白序列的回文结构数密度小于整个SARS病毒序列回文结构数密度等.     

SARS病因、传播途径及治疗方案初探

提出了关于冠状病毒对人体的侵袭方式、SARS的传播途径和SARS治疗方案的假定。     

冠状病毒主蛋白酶及其化学抑制剂研究进展

一个新的冠状病毒已经被鉴定为急性呼吸道综合症(SARS)的病原体,控制该病毒复制复合体活性的主蛋白酶(Mpro或3CLpro)将很可能成为开发针对SARS特效治疗药物的靶位点.综述了人冠状病毒株229E(HCoV 229E)和一种在猪体内引发传染性胃肠炎的病毒(TGEV)的Mpro的晶体结构以及以此为基础构建的SARS冠状病毒(SARS-CoV)同源蛋白酶的空间结构模型.通过对这些同源蛋白酶的结构及其与已知的蛋白酶化学抑制剂的结合特征进行分析后发现Mpro的底物结合位点具有惊人的保守性,这种保守性也被重组SARS-CoV Mpro能介导的TGEV Mpro的底物剪切实验所进一步证实.分子模型表明已有的鼻病毒3Cpro抑制剂经过改进后或许能用于SARS的治疗.     

Genome sequence variation analysis of two SARS coronavirus isolates after passage in Vero cell culture

SARS coronavirus is an RNA virus whose replication is error-prone, which provides possibility for escape of host defenses, and even leads to evolution of new viral strains during the passage or the transmission. Lots of variations have been detected among different SARS-CoV strains. And a study on these variations is helpful for development of efficient vaccine. Moreover, the test of nucleic acid characterization and genetic stability of SARS-CoV is important in the research of inactivated vaccine. The whole genome sequences of two SARS coronavirus strains after passage in Vero cell culture were determined and were compared with those of early passages, respectively. Results showed that both SAPS coronavirus strains have high genetic stability, although nearly 10 generations were passed. Four nucleotide variations were observed between the second passage and the llth passage of Sinol strain for identification of SARS inactivated vaccine. Moreover, only one nucleotide was different between the third passage and the 10th passage of Sino3 strain for SARS inactivated vaccine. Therefore, this study suggested it was possible to develop inactivated vaccine against SARS-CoV in the future.     

Design and application of 60mer oligonucleotide microarray in SARS coronavirus detection

In April 2003, a novel coronavirus[1,2] which was associated with cases of Severe Acute Respiratory Syn-drome (SARS) was first isolated and sequenced in Canada. The genome of SARS coronavirus (SARS-CoV) is 29727[3] nucleotides in length and has 11 known open reading frames (ORFs). Although the genome organiza-tion of this virus is similar to that of other coronaviruses, phylogenetic analyses and sequence alignment show that SARS-CoV is not closely related to any of the previously ch…     

SARS冠状病毒的基因组结构与药物治疗

介绍了SAPS冠状病毒的基因组结构及其作用机制的最新研究进展，探讨了抗SARS病毒药物的研制。     

Bioinformatics analysis of SARS-Cov M protein provides information for vaccine development

Severalmonthsago ,anoutbreakofsevereacuterespiratorysyndrome (SARS )startedtospreadaroundtheworld .Asofthiswriting (May 14 ,2 0 0 3) ,morethan 75 0 0 personshavebeeninfectedinasmanyas 2 9countries[1] .The pathogencausingSARShasalreadybeenidentifiedtobeSARS Covbyanumberoflaboratoriesworldwide[2 ,3] .Severedis easesinanimals ,suchasthediseasescausedbyporcinetransmissiblegastroenteritisvirus (TGEV ) ,murinehepatitisvirus (MHV)andporcinehemagglu tinatingencephalomyelitisvirus (PHEV ) ,ha…