RAPD分子标记技术在高粱抗丝黑穗病研究中的初步应用

实验采用7050B(抗病)与TX622B(感病)杂交的F2感性个体的DNA及高粱丝黑穗病3073(抗病)、3049(感病)为试材.采用CTAB法提取高粱总DNA,用RAPD分子标记技术对其扩增的多态性及差异性图谱进行分析.实验结果如下:通过对电泳电压、电泳时间及点样量的筛选,建立并优化了RAPD-PCR琼脂糖凝胶检测系统;筛选了90个RAPD引物,其中30个引物扩增出清晰的多态性谱带,用这30个引物对3073(抗病)、3049(感病)2种试材进行抗丝黑穗病基因的初步分析,有11个引物扩增出多态性谱带.     

高粱抗丝黑穗病SCAR标记的建立

选用高粱丝黑穗病感病恢复系矮四、抗病恢复系2381R以及二者F2代抗感个体为试验试材,采用CTAB法提取高粱基因组DNA,并应用RAPD筛选技术对高粱基因进行分子标记,选取了100对RAPD随机引物对其进行扩增,有88对引物扩增出条带。分析结果表明:88对引物中S_(405)在抗感品种间扩增出差异谱带。进一步对抗感群体进行分离分析,得出抗丝黑穗病基因重组率为11.7%。将S_(405)扩增出的差异片段进行克隆测序,差异谱带的片段长度为320bp。根据差异谱带的碱基排列顺序,设计特异性引物,然后进行序列扩增,将RAPD分子标记转化为SCAR分子标记,并将该标记命名为S_(405-320),为高粱优良品种的筛选和培育奠定一定的基础。     

RAPD技术在甜高粱品种基因组分析上的应用

以7050B保持系(抗病)、TX622B保持系(感病)杂交的F2抗性个体和甜高粱丝黑穗病8113(抗病)、甜高粱丝黑穗病8101(感病)为试材,应用RAPD筛选技术对甜高粱丝黑穗病感、抗病基因组进行分子标记的初步分析.实验过程中采用CTAB法提取高粱、甜高粱基因组总DNA,应用琼脂糖凝胶电泳法对RAPD扩增结果进行检测,通过比较琼脂糖凝胶电泳电压的不同,进一步优化了琼脂糖电泳电压,以7050B保持系(抗病)、TX622B保持系(感病)杂交的子一代抗性个体为试材筛选了90个引物,其中29引物扩增出了多态性谱带,应用20个具有多态性扩增谱带的引物对甜高粱丝黑穗病8113(抗病)、甜高粱丝黑穗病8101(感病)进行了RAPD分析,结果表明共有9个引物扩增出了差异谱带,引物分别为S83,S-84,S-88,S-89,S-90,S-92,S-96,S-97,S-98.     

RAPD分子标记对高粱DNA经花粉管导入玉米自交系的验证

采用SDS方法纯化高粱总DNA,通过化粉管通道将高粱DNA转化P138、丹改340、7922、06NY-2、组3等5个品种的玉米自交系,后代的玉米种子经随机筛选后在实验室盆栽得到幼苗.使用不同序列的59条RAPD引物,对高粱基因组DNA和导入前后的玉米基因组总DNA进行PCR扩增.结果表明,其中9条引物在后代玉米和玉米原种之间具有RAPD差异,并证明了高粱DNA导入了4个玉米自交系,为今后的玉米自交系花粉管导入法育种的分子检验奠定了基础.     

用RAPD技术分析烟草与曼陀罗体细胞杂种

利用RAPD技术对普通烟草(Nicotiana tabacum L.cv Xanthi nc)和毛曼陀罗(Datura innoxia Mill)原生质体融合获得的体细胞杂种进行了分析.使用了9个10-mer随机引物对7个体细胞杂种和双亲进行RAPD指纹图谱分析,从7个杂种的9组DNA指纹图谱上共得到570条扩增带,其中与烟草特征谱带相同的带数占了67.8%,与双亲共有的谱带相同的带数为24.6%,而与曼陀罗特征谱带相同的带数仅有2.8%.由此可见,杂种组织倾向于排除毛曼陀罗的DNA,融合体是一个高度不对称的体细胞杂种.此外,杂种中还出现了双亲没有的谱带(新带占4.8%).     

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。     

应用RAPD技术初步分析无裂栉江珧四种类型的基因组DNA

利用3个随机引物(S453，S454，S463)对无裂栉江珧(Atrina pectinata Linaeus)的4种类型：青口、黄口、沙螺、棘螺基因组DNA进行RAPD分析，并对RAPD的实验条件行了优化研究。10～20ng的高纯度DNA用作模板，退火温度为39℃时，RAPD扩增的效率较高，扩增的带纹清晰可辨。3个引物中，引物S453和S463获得了清晰的RAPD扩增结果，引物S454未获得有效扩增，共扩增出8条清晰的DNA片段。8条清晰的类群特异或类群共享的DNA片段，能将沙螺、棘螺、油螺(青口与黄口的合称)区分开来，尚未发现能将青口与黄口分开的RAPD扩增带。     

罗汉果性别相关的RAPD标记

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术寻找与罗汉果性别相关的分子标记,筛选了130个10 bp的随机引物,发现有4个引物(S60、S90、S100、S343)能在雌、雄株DNA间扩增出5条差异性片段,大小在300~1 300 bp之间,表明这些特异带可被用来作为性别鉴别的特异性分子遗传标记。     

海滨锦葵杂交后代的RAPD分析

报道了海滨锦葵植物基因组DNA的提取方法、RAPD(随机扩增多态性)-PCR(聚合酶链式反应)反应程序及RAPD标记对海滨锦葵两对组合亲本及其杂交后代进行的分子鉴定.初筛出的38个引物中有20个(52.6%)能在J2×J1组合亲本间扩增出31条特征带,初筛出的32个引物中有8个能在J3×J4组合亲本间扩增出12条特征带.组合J2×J1的8个杂交后代用OPB15引物扩增后均表现出父本J2的特征带,是真杂种;组合J3×J4的28个后代用引物OPB15扩增后,表现父本特征带的F1代个体数为24个,为真杂种,其余4个为假杂种.     

两个桂热甘蔗品种(系)的简单重复序列间扩增(ISSR)分子鉴别

利用筛选出的10个简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)引物对两个甘蔗优良品系的基因组DNA进行扩增,共扩增出126条条带,多态性比率分别是81.7%和80.2%。从中筛选出3对带型分布均匀、多态性丰富且分辨能力强的引物,对两个桂热甘蔗品种(系)进行分子标记鉴别。结果表明,两品种间的谱带基本相同,但均存在桂热2号和桂热3号特有的谱带;这表明了两品种间在DNA水平上存在真实的遗传差异,834、844和846引物利用特殊ISSR标记的存在或缺失鉴别了两个桂热甘蔗品种(系)。此结果为后续应用分子标记方法鉴别甘蔗品种及选育新品种提供重要依据。     

导入高梁DNA选育丰产、抗逆小麦新品系及其RAPD分子验证

通过花粉管通道法,将高粱ＤＮＡ导入小麦,结果在其后代产生了广泛的变异,并从中选育出高产、抗逆、耐盐碱小麦新品系８９１２２．在省级区试中,连续两年表现优良,比统一对照高原６０２增产２４．０８％,比原受体陇春１３号增产２１．０６％．在盐碱地,比当地主栽品种Ｖ２８增产１０．５％,比原受体增产２２．５％．光合效率明显提高．ＲＡＰＤ分析结果表明,新品系基因组出现多态性,并具有供体特异性ＤＮＡ带,表明该小麦新品系为转基因后代     

利用RAPD标记鉴定芥菜(Brasica juncea Cos.)品种(英文)

从６０种１０ｂｐ随机引物中筛选出７种引物,对８个芥菜变种的１６个品种（每个变种有２个品种）进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）鉴定,能快速、灵敏、较为简便获得了１６个芥菜品种的基因组ＤＮＡ指纹图谱．结果表明,不同引物在１６个品种上都有其特征ＤＮＡ带,一般只有１条,少数有２条．在同１个变种的２个品种之间存在着丰富的ＲＡＰＤ标记,通过比较２个品种各自独具的ＲＡＰＤ标记,就可明确地将２个品种区分．在所用的７种引物中,没有１种能同时将８对芥菜品种全部区分开,但用２种或２种以上的引物就完全可以将８对芥菜品种全部区分开．     

甜菜抗根腐病基因ISSR分子标记的初步研究

以感病×抗病的甜菜种间杂交组合KWS9419×ZD204的F1代17个单株及ZD自交一代16个单株为试材,采用BSA法和ISSR技术,通过对155个随机引物的筛选,获得了一个与甜菜抗根腐病基因连锁的ISSR标记OPP0760,可以用作抗根腐病基因的分子辅助选择的依据。     

ISSR和RAPD-PCR技术对东北地区主推玉米品种的鉴别

运用现代分子生物学简单重复区间序列扩增多态性（ISSR）和随机扩增片段多态性DNA（RAPD）两种分子标记技术, 对吉林省主推6个玉米杂交种及其父本、 母本共计18份基因图谱进行鉴别. 以ISSR为主要检测方法、 RAPD为验证方法,分别从30条ISSR引物中选出4条、 从30条RAPD引物中筛选出2条扩增效果明显、 特异性高的引物. 结果表明, 运用ISSR和RAPD-PCR技术提高了玉米品种鉴定和纯度鉴定的准确性.     

Characterization and molecular marker screening of a rice bacteria-resistant gene Xa-min(t)

To test the resistant spectrum of the Xa-min(t) gene introgressed from Oryza minuta, thirty-four isolates of different bacterial blight pathogen, Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), from 11 countries were used to inoculate the Xa-min(t) introgression line 78-15. Four rice cultivars, IR24, C64 (IRBB21), Nipponbare and Zhonghua 11 were used as controls. The results showed that the Xa-min(t) gene was broad-spectrum and highly resistant to diverse Xoo isolates. The methods of bulk segregant analysis (BSA), randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence characterized amplified regions (SCAR) were used to analyze F2 individuals of the hybrid IR24×78-15 and molecular genetic markers linked to Xa-min(t) gene were identified. A total of 800 arbitrary decamer oligonucleotide primers were used for RAPD analysis. Two RAPD markers, BE05300 and BE061400, produced by primers BE05 and BE06 respectively, were closely linked to the Xa-min(t) gene. Based on the sequences of these two markers, sequence specific primers were designed and used to screen all F2 plants. One RAPD marker, BE05300, was converted into a stable SCAR marker (ScBE05300). Linkage analysis was carried out using markers ScBE05300 and BE061400 on 948 and 719 F2 individuals of the hybrid IR24×78-15. Our results indicate that the genetic distances from Xa-min(t) to ScBE05300 and BE061400 are 2.2 cM and 3.7 cM respectively on the same side. This study may facilitate the construction of the fine physical map of the Xa-min(t) gene.     

利用RAPD技术筛选家蚕抗核型多角体病分子标记

在含有抗核型多角体病毒(NPV)病主效基因的家蚕品种NB和高敏感品种306及其近等基因系BC9中，采用500个RAPD随机引物分别在各个品系的13NA混合物中进行扩增以筛选分子标记，获得与家蚕抗NPV病有关的3个分子标记：OPF-072023、OPJ-131300、OPM-161200．其中OPF-072023标记通过各回交代检测，证明获得的标记真实、可靠．又对该分子标记的片段进行克隆、测序．通过该片段的生物信息学分析，意外地在家蚕Z染色体上发现一个逆转位子的编码序列．     

基于RAPD的藏马鸡亲缘关系的研究

为了测定7只笼养藏马鸡的亲缘关系,利用随机扩增多态DNA技术对7个个体进行了分析.选用53个10bp的随机引物对每只藏马鸡的基因组DNA进行扩增,获得14个有效引物,并得到226个扩增片段.根据聚类分析所得到的树状图,确定了7只藏马鸡的亲缘关系,证明RAPD可以用来鉴定亲缘关系.     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

利用SSR标记鉴定水稻与高梁远缘杂交的研究

本研究采用了115对水稻引物(RM)对4个母本水稻、父本高梁、4个水稻和高粱远缘杂交的子一代进行了SSR分子标记分析.结果发现:水稻与高粱具有一定的同源性;水稻与高粱杂交后,其杂种一代的分子标记带型大部分与母本同源性较高,也出现了杂种带型、变异带型及高粱带型,说明确实有高粱DNA片段导入水稻基因组中.从分子水平上初步证明了水稻高粱远缘杂交的可行性.     

不同生态型麦冬特异分子标记的选择与鉴定

采用RAPD技术对四川、湖北、浙江及上海等地 9个不同生态型的麦冬进行遗传多样性研究 ,筛选出 8个可以扩增出清晰、稳定、重复性好和多态性高的随机引物 ,通过对 8个有效引物的指纹图谱分析 ,发现 5个特异的RAPD分子标记 ,可以对 5个不同生态型的麦冬进行区别鉴定