四川地区利福平耐药结核分枝杆菌rpoB基因利福平耐药决定区突变分析

本文对268株结核分枝杆菌临床分离株(包括213株利福平耐药株、55株利福平敏感株)rpoB基因RRDR区进行测序并比较分析.结果表明,在213株利福平耐药株中有200株(93.90%)在rpoB基因RRDR区发生了突变,在55株利福平敏感株中RRDR均未发生突变.突变频率最高的类型依次为:531位点(55.87%),526位点(16.43%),516位点(10.33%)和511位点(8.92%),以上四个位点的突变菌株数占所有利福平耐药株的91.55%.四川地区利福平耐药株中511位点突变频率高于全国其他地区.     

牛结核分支杆菌临床分离株rpsL，rpoB，KatG基因突变分析

采用噬菌体生物扩增法对本实验室分离鉴定的25株奶牛结核分支杆菌进行药敏分析,检测出14株耐链霉素、利福平、异烟肼菌株．用PCR扩增耐药株的rpsL基因片段（370bp）、rpoB基因片段（213bp）和KatG基因片段（458bp）,并对目的片段进行测序分析,其中5株耐链霉素菌株的rpsL基因在43位点发生突变,均由赖氨酸密码子（AAG）突变为精氨酸密码子（AGG）;5株利福平耐药株的rpoB基因在531位点、526位点、5¨位点发生突变,其中有3株分离株的rpoB基因在531位点发生点突变,1株分离株的rpoB基因在526位点发生突变,1株分离株的rpoB基因在531位点和511位点发生了较为少见的联合突变;4株异烟肼耐药菌株,其中2株在315位点发生碱基突变,2株在463位点发生碱基突变．     

尘肺结核患者Mycobacterium tuberculosis耐药基因突变研究

研究尘肺结核患者结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药基因突变与耐药性的关系。在97例尘肺结核患者痰中检出MTB菌株28株,采用PCR-SSCP法检测katG、rpoB和rpsL基因突变,并与采用常规药敏试验(AST)法检测的耐药结果进行对比分析。采用PCR-SSCP法检测katG、rpoB和rpsL基因,突变率分别为42.86%(12/28)、42.86%(12/28)和32.14%(9/28),采用AST法检测INH、RFP和SM,耐药率分别为64.23%(18/28)、60.71%(17/28)和53.57%(15/28),两者之间差异均无显著性(P>0.05)。其中多耐药株20例(71.43%),包括耐三种药物12例(42.86%),耐两种药8例(28.57%),单耐药株6例(21.43%),敏感株2例,耐药率92.86%。PCR-SSCP法检出3个基因联合突变8株,与AST法符合率为66.67%(8/12);2个基因突变5株,符合率为62.50%(5/8);单基因突变2株,符合率为33.33%(2/6)。结果表明:PCR-SSCP技术适用于MTB katG、rpoB和rpsL耐药基因突变的筛选,对指导尘肺结核患者临床用药上具有重要意义。     

结核杆菌ESAT-6基因疫苗对结核杆菌感染小鼠的免疫保护效果研究

为研究结核杆菌ESAT-6基因疫苗的免疫原性及对小鼠结核杆菌感染的免疫保护效果,将雌性C57BL／6N小鼠32只,随机分为4组,即结核杆菌ESAT-6基因疫苗组、BCG组、pcDNA3．1（＋）组和PBS组。取小鼠脾细胞培养上清检测细胞因子水平;并按效靶比例分别为100：1、50：1、10：1进行CIL杀伤活性检测。用结核杆菌H37Rv国际标准强毒株静脉注射攻击小鼠,计数肺和脾组织中的结核杆菌菌落数,对小鼠部分肺和脾组织作病理切片,HE染色观察组织病变程度,Z—N染色检查抗酸杆菌,观察陔疫苗对小鼠结核杆菌感染的免疫保护效果。结果表明,结核杆菌ESAT-6基因疫苗对小鼠结核杆菌感染有一定的免疫保护效果,可诱导较强的抗原特异性Th1型细胞免疫应答,细胞因子IFN-γ和IL-1分泌增加,IL-4分泌减少,CTL特异件活性增加;使小鼠肺和脾组织中的结核杆菌菌落数较空载体组显著减少,组织病变明显减轻。     

牛结核分枝杆菌PstS3基因克隆与序列分析

以牛结核分枝杆菌（Mycobacterium bovis）基因组DNA为模板,克隆PstS3基因,并进行序列测定,然后利用生物信息学软件对其序列进行分析.结果显示,PstS3基因全长1 113 bp,编码370个氨基酸,与GenBank所发表的人结核分枝杆菌PstS3基因的核苷酸同源性为99.82%,氨基酸同源性为99.4%,有1处位点发生有义突变.     

结核分枝杆菌耐链霉素与rpsL和rrS基因的相关性研究

为探讨新疆地区结核分枝杆菌对链霉素(streptomycin,STR)产生耐药性的分子机制,建立直接快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)银染分析技术,检测62株结核杆菌临床分离株链霉素耐药性及rpsL和rrS基因变异情况,以结核分枝杆菌标准株(H37Rv)为对照.结果发现62株结核杆菌临床分离株中,32株STR敏感株的rpsL和rrS基因未见SSCP泳动异常,30株STR耐药株中,23株(76.7%)中rpsL(21株)和rrS(5株)基因出现SSCP泳动异常,并且3株出现了rpsL和rrS双基因的SSCP泳动异常.因此,rpsL和rrS基因突变可能是结核分枝杆菌对链霉素产生耐药性的重要分子机制,PCR-SSCP银染技术可作为快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.     

印迹膜测序法分析结核分枝杆菌抗原蛋白

把WesternBlot技术分析抗原抗体反应的高度特异性与用PVDF膜作载体进行蛋白质氨基酸序列分析的高度敏感性相结合对结核分枝杆菌 (Mycobacteriumtuberculosis,TB)的特异性、保护性抗原进行筛选和分析鉴定 ,获得了分子量为 31KDa、30KDa的抗原 这两种抗原与抗结核分枝杆菌的单克隆抗体和结核病人血清均发生阳性反应 ,而与正常小鼠血清和健康人血清呈阴性反应 用印迹膜测序法测出 31KDa抗原蛋白的N 末端序列为AlaGluValAspTrpLeuValPheAlaValSerTrpProValGly ,30KDa蛋白序列为PheSerArgProGlyLeuProValGluTry 印迹膜测序为分子生物学研究提供了一种有效的新途径     

基因功能预测的整合算法及其在结核分枝杆菌基因表达谱分析中的应用

基因功能预测是后基因组时代生物信息学领域的重要课题.生物学机理的阐释需要准确的基因功能的信息,但目前还缺少大规模测定基因功能的实验手段,这使得运用计算方法对基因功能进行预测显得尤为重要,对这些算法的效率和准确性要求也越来越高.在本项研究中开发了一种新的整合算法,将3种比较典型的基于蛋白质序列预测基因功能的算法GOtcha、PFP和conFunc整合起来,并将其应用于结核分枝杆菌的全基因组功能预测中.预测结果通过不同的角度得到了验证,结果表明该整合方法不仅使得基于序列进行基因功能预测的算法可以达到较高的准确度,而且较原来3种方法大幅度提升了预测的性能.另外,预测结果也被用于分析结核分枝杆菌受到卷曲霉素处理前后的基因表达谱,功能富集分析揭示了卷曲霉素新的可能的抗菌作用机制,从而显示出基因功能预测重要的潜在应用价值.     

耐热碱性磷酸酯酶基因的DNA序列分析

从栖热菌中克隆到产耐热碱性磷酸酯酶（FD－TAP）基因并进行了DNA序列分析,结果表明此2．0kb的片段含有一个1056bp的开放阅读框,编码501个氨基酸的蛋白质,其N端有一26个氨基酸的信号肽．在起始密码子的上游5bp处有一个5＇－GGAGGT－3＇的SD序列．基因编码区的（G＋C）％为68．7％,第3位密码子（G＋C）％为92．7％．FD－TAP的氨基酸序列与大肠杆菌等生物的碱性磷酸酯酶氨基酸序列比较,相同性为27％,相似性为38％．中央β－折叠区及与活性中心相关的氨基酸残基高度保守．表明FD－TAP具有与大肠杆菌碱性磷酸酯酶相似的结构和作用机制．在相当于大肠杆菌碱性磷酸酯酶的His370至His412两个金属离子结合部位之间,FD－TAP有一72个氨基酸的插入片段,提示该插入片段与FD－TAP的高耐热性相关．     

VNTR技术用于大理地区结核分枝杆菌基因分型的研究

目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对大理地区60株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨大理地区菌株DNA多态性及基因型特征。方法:采用VNTR分子分型技术对60株结核分枝杆菌3个VNTR位点进行检测,应用Quantity one软件和BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果:60株结核分枝杆菌可以分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),28个基因型。Ⅰ群占15.0%,含有5个基因型,Ⅱ群占31.7%,含有8个基因型,Ⅲ群占40.0%,含有11个基因型,Ⅳ群占13.3%,含有4个基因型。结论:大理地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群。     

人型结核杆菌H_(37)Rv株菌体特异性抗原TB4单克隆抗体的纯化

采用硫酸铵法、辛酸二步法、ＤＥＡＥ－Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ａ５０ 离子交换柱层析法,从杂交瘤小鼠腹水中纯化人型结核杆菌Ｈ３７Ｒｖ 株特异性抗原ＴＢ４ 的单克隆抗体,从回收率、纯度和活性３ 个方面进行比较。结果显示,硫酸铵法回收率最高,层析法纯度最高,３ 种方法对单抗的活性均无大的影响。认为：辛酸二步法可有效地去除白蛋白,适用于大量腹水中单抗的提取、纯化,具有简单、省时等优点;柱层析法适用于小量腹水单抗纯化及分析用途     

真核基因剪接位点二级结构特征

利用RNA二级结构的预测程序,通过对148个人类基因由EST验证的发生剪接的784个供体位点和受体位点以及101个人类基因由EST验证的发生选择性剪接的418个供体位点和受体位点附近的二级结构的预测,寻找真核基因剪接位点及选择性剪接位点的二级结构特征。通过详细研究剪接位点及选择性剪接位点在RNA二级结构中的结构分布,获得了一些剪接位点及选择性剪接位点在RNA二级结构中结构分布的规律性。结果表明,在RNA剪接及选择性剪接过程中,顺式作用元件具有结构特定性。这种结构特定性可以从结构上对真核基因剪接及选择性剪接机制进行一些合理的解释,有利于对真核基因剪接位点的识别及其表达调控机理的进一步理解。     

西安降水短周期振荡现象

根据１９６１－１９８５年西安单站逐日压,温,湿及降水资料,分析得出压,温,湿及降水的变化特征和它们之间的关系,并将西安１９８７年１－１２月逐日１４时压,温,湿资料分离为气候值,低频值和高频值。     

Mutation in the porcine SERPINA7 gene and its association with boar fertility

The porcine SERPINA7 gene is considered as a positional candidate gene responsible for testis size for its location on X chromosome and its biologically critical role in the development of testis. A nonsynonymous polymorphism (His226Asn or C678A) in the ligand-binding domain of SERPINA7 has been identified, which alters SERPINA7’s affinity to thyroxine and is closely associated with testis size. In this study, a primer mutagenesis strategy was developed to genotype this polymorphism in Chinese indigenous pigs and some western commercial pigs. The C allele existed in all tested Chinese indigenous and wild pigs, while the A allele is specific for western commercial breeds, indicating the occurrence of the mutation is of western origin. The correlation of this polymorphism with different boar fertility traits was assessed using a White Duroc × Erhualian intercross which included 110 F₂ mature boars. The results showed that the C678A polymorphism was closely associated with testis weight and epididymis weight (P＜0.0001 and P=0.0016, respectively) with significant heavier testis weight and epididymis weight in boars carrying the A allele than boars with the C allele. A significant correlation was also observed between this polymorphism and total sperm in the ejaculate (P＜0.01) as well as semen volume (P＜0.05). No statistically significant association of the C678A polymorphism with sperm concentration and sperm motility was found.     

潮汕传统村落景观基因识别及特征分析

中国传统村落蕴藏着丰富的历史文化信息与自然生态景观资源,进行传统村落景观基因识别可揭示传统村落景观的外在表达和内在特质,对中国传统文化的保护与传承具有重要意义。以潮汕传统村落为研究对象,构建村落景观基因识别指标体系,从建筑、形态布局、文化信仰方面分析潮汕传统村落景观基因特征。结果表明:潮汕传统村落主要是以单姓图腾形成宗族血缘关系为纽带的聚居村落,以祠堂为中心,中轴对称,聚集性、向心性突出;在形态基因上形成列式、组团式、集中式、厝包式、围合式5种空间形态布局类型;重宗法制度、信朴素自然观、多元信仰崇拜是潮汕传统村落文化景观基因的基本特征。研究以期为区域传统村落规划、人居环境建设,村落遗产保护与可持续开发利用提供参考。     

The catalase-peroxidase gene and isoniazid resistance of Mycobacterium tuberculosis.

Tuberculosis is responsible for one in four of all avoidable adult deaths in developing countries. Increased frequency and accelerated fatality of the disease among individuals infected with human immunodeficiency virus has raised worldwide concern that control programmes may be inadequate, and the emergence of multidrug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis has resulted in several recent fatal outbreaks in the United States. Isonicotinic acid hydrazide (isoniazid, INH) forms the core of antituberculosis regimens; however, clinical isolates that are resistant to INH show reduced catalase activity and a relative lack of virulence in guinea-pigs. Here we use mycobacterial genetics to study the molecular basis of INH resistance. A single M. tuberculosis gene, katG, encoding both catalase and peroxidase, restored sensitivity to INH in a resistant mutant of Mycobacterium smegmatis, and conferred INH susceptibility in some strains of Escherichia coli. Deletion of katG from the chromosome was associated with INH resistance in two patient isolates of M. tuberculosis.     

基于西安、深圳旅游对比的西安入境旅游探讨

基于对2004西安入境旅游市场的第一手调查资料,通过西安旅游与深圳旅游的对比,分析了西安入境旅游收入、入境游客人数增长缓慢、游客停留天数递减等问题的根源。指出西安旅游产品类型单一、旅游吸引物的文化内涵未充分挖掘、客主文化交流较少等原因,是制约西安旅游快速发展的重要原因。提出了西安旅游产品需要升级换代;要深入挖掘现有景区点的文化内涵;积极组织节庆、会展活动;鼓励市民热心与旅游者交流等建议,以期丰富西安的旅游活动类型,延长游客在西安的停留时间。