负载SIV抗原肽的中国恒河猴Mamu-B~* 1703可溶性单体及其四聚体的制备和鉴定

目的:制备负载SIV抗原肽的中国恒河猴Mamu-B*1703可溶性单体及其四聚体.方法:以含Mama-B*1703重链cDNA序列的pMD19-T克隆为模板,通过PCR的方法克隆Mama-B*1703重链基因,进而构建羧基端融合生物索化酶BirA底物肽(BSP)的Mamu-B*1703重链胞外域融合蛋白的表达载体,并在大肠杆菌中获得表达.β微球蛋白、SIV抗原肽共存时,通过稀释法复性可溶性Mamu-B*1703单体,经生物素化并纯化后与荧光素标记的链亲和素按4:1的比例混合形成四聚体.结果:ELISA检测显示获得具有正确构象的负载SIV抗原肽的Mamu-B-1703四聚体.结论:印度恒河猴Mamu.B}1701特异性抗原肽IW9,与中国恒河猴的Mamu-B*1703相结合形成可溶性Mamu-B*1703/IW9单体和四聚体.     

融合聚精氨酸九肽的小热休克蛋白 原核表达及蛋白纯化

目的构建小热休克蛋白-聚精氨酸九肽融合蛋白的原核表达载体,表达纯化融合蛋白.方法在小热休克蛋白表达载体的基础上利用点突变方法引入聚精氨酸九肽对应序列,转入BL21大肠杆菌感受态细胞进行原核表达,利用亲和层析方法对表达蛋白进行纯化.结果成功构建了融合聚精氨酸九肽的HSP16. 5融合蛋白表达载体,并对其在大肠杆菌细胞中的原核表达进行条件优化,研究显示:在诱导剂IPTG浓度为0. 5 mmol、37℃条件下诱导4 h目的蛋白产量较高.结论此实验成功构建了小热休克蛋白-聚精氨酸九肽融合蛋白的原核表达载体,得到了高纯度的小热休克蛋白-聚精氨酸九肽融合蛋白,为进一步研究其功能奠定基础.     

生物活性肽分离纯化技术研究进展

综述生物活性肽分离常用的电泳技术、层析技术、膜离技术、融合表达载体分离技术、探针分离技术及联合运用上述方法进行分离等生物活性肽制备中的分离纯化技术,分析这些技术的原理、特点、应用范围及其最新研究进展,并对生物活性肽分离纯化技术进行展望。     

多肽生化和手性药物的研究

综述了我研究室近年来在多肽生化和手性药物领域中的研究进展：①进行了抗癌药物 Ａ Ｍ Ｄ 类似物的全新设计、化学全合成、与 Ｄ Ｎ Ａ 结合活性和构效关系研究； ②研究了新皮啡肽类似物及其自旋标记衍生物和孤儿受体的天然配基孤啡肽的构效关系；③进行了 Ｄ Ｎ Ａ 结合蛋白结构域：锌指及其突变体的合成及与寡聚核苷酸结合能力的研究； ④将稳定的氮氧自由基标记肽类药物血管紧张素Ⅱ，建立了一种使生物活性肽带上自旋标记的简便方法， 用以研究肽类药物与受体间的相互作用及自由基对肽类药物生理活性的影响；⑤为解决许多手性药物合成中的难题，开发了一个构筑手性季碳的新方法； ⑥研究了手性催化剂作用下二乙基锌对醛的不对称加成反应，为手性药物的研制提供了新反应     

6个氨基酸小C肽人胰岛素原类似物基因的构建和表达

用片段置换法，从在Ｃ肽两端具有酶切位点的双突人胰岛素原因中，将Ｃ肽基因替换成含Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｙｓ６个氨基酸小Ｃ肽基因。将这个小Ｃ肽岛素原类似物基因重组到具有Ｔａｃ启动子的质粒中，并与部分牛凝乳酶原基因融合，在Ｅ．ｃｏｌｉ中得到了高效表达。表达的ＢＣ＇Ａ融合蛋白占菌体总蛋白的１６％。表达产物以包含体形式存在，经ＣＮＢｒ裂解及磺酸，再经复性后，具有对胰岛素的放射免疫活性。     

多态生化和手性药物的研究

综述了我研究室近年来在多肽生化和手性药物领域中的研究进展：①进行了抗癌药物ＡＭＤ类似物的全新设计、化学全合成、与ＤＮＡ结合活性和构效关系研究;②研究了新皮啡肽类似物及其自旋标记衍生物和弧儿受体的天然配基弧啡肽的构效关系;③进行了ＤＮＡ结合蛋白结构域;锌指及其突变体的合成及与寡聚核苷酸结合能力的研究;④将稳定的氮氧自由基标记肽类药物血管紧张素Ⅱ,建立了一种使生物活性肽带上自旋标记的简便方法,用以研究     

一种新型天蚕素杂合肽AD和aFGF突变体融合蛋白S的构建及表达

目的：构建和表达一种带有凝血酶切割位点的天蚕素杂合肽AD和人酸性成纤维细胞生长因子(acidic fibroblast growth factor，aFGF)突变体的融合蛋白S，在创伤皮肤表面应用时能自动裂解成有抗感染功能的天蚕素杂合肽AD和皮肤修复功能的aFGF突变体。方法：利用P(R技术分别扩增出带有凝血酶切割位点的天蚕素杂合肽AD基因和aFGF突变体基因。再利用两作为模板，用PCR方法扩增出编码融合蛋白S的DNA。将该DNA片段插入到载体pPICZaA中，并利用电转法将质粒转入毕赤酵母smd1168中，Zeocin抗性筛选重组转化子。甲醇诱导72h，SDS-PAGE电泳检测融合蛋白S的表达，并用Western-blot杂交检测融合蛋白S的免疫原性。结果：筛选出的重组转化株在甲醇诱导后能表达相对分子质量约为19000的融合蛋白S，而该蛋白能与aFGF抗体产生免疫反应。结论：用PCR方法获得编码含凝血酶切割位点的天蚕素杂合肽AD和aFGF突变体的融合蛋白SDNA，并在毕赤酵母中实现了表达。     

利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性

提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个标记肽,结果表明,在这3个标记肽中有2个阳性标记肽结果,1个假阳性标记肽,说明此方法简单可靠,可用于判定标记肽的假阳性,衡量标记肽和正常肽之间的相似性,判断质谱峰型的变化,排除标记肽假阳性对蛋白质定量的影响.     

一种自剪切内含肽重组酿酒酵母表达优化研究

自剪切内含肽纯化系统在大肠杆菌中已经得到很好的应用。为了在真核生物中应用该系统,以酿酒酵母为宿主,p HR质粒为表达载体,构建微型内含肽ΔI-CM intein酿酒酵母表达系统。以猪免疫球蛋白Ig G的Fc domain为亲和标签,绿色荧光蛋白gfp为报告蛋白,在酿酒酵母GPD强启动子作用下,表达出融合的Fc-intein-gfp蛋白。检测发现融合序列在起始密码子ATG前加入一段Kozak序列有利于gfp表达。在此基础上,将微型内含肽ΔI-CM intein序列替换成密码子优化的ΔI-CMintein-O序列,显著促进gfp蛋白的表达量,初步实现了ΔI-CM intein融合蛋白的高效表达。为新型自剪切内含肽酿酒酵母表达系统的建立和重组蛋白高效纯化的实现奠定了基础。     

海南斑等蝎钾通道阻断剂Im58的克隆、表达、纯化和鉴定

为表达钾离子通道阻断剂Im58,设计了4条搭桥PCR引物,通过overlap PCR的方法扩增出蝎毒肽Im58DNA全长片段,选用表达载体pGEX-4T-1,将测序正确的克隆转化至大肠杆菌E.coli/Rosetta(DE3)中.通过检测不同诱导时间和IPTG浓度下融合蛋白的表达量,筛选出最优表达条件.表达蛋白经IPTG诱导后,融合蛋白再经GSH亲和层析柱纯化,将洗脱液经超滤浓缩脱盐、纯化后得GST-Im58融合蛋白,蛋白用小肠激酶酶切后通过RP-HPLC C18柱分离获得色谱纯的蝎毒肽.蝎毒肽通过Tricine系统的SDS-PAGE蛋白质电泳鉴定重组多肽的分子量大小和纯度,并由MALDI-TOF-MS来精确测定重组多肽的分子量.结果表明:Im58阳性克隆子证明成功构建了Im58原核表达载体,Tricine系统的SDS-PAGE蛋白质电泳和MALDI-TOF-MS鉴定Im58多肽表达纯化成功.     

T-DNA标签在植物基因组中的应用

随着大量被转化植物群体的获得，以及基因组测序技术的发展，T-DNA标签逐渐被用于基因功能的确定。本文重点介绍如何用T-DNA标签来研究基因功能。     

对虾白斑病毒多抗原决定簇重组蛋白的抗原性分析

为研究重组多表位蛋白制备疫苗的方法的可行性,研究通过利用目前有研究证实与对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染与致病力相关的重要决定因子囊膜蛋白VP28、VP19和被膜蛋白VP26,从这三种蛋白基因中筛选表位基因,将这些筛选到的抗原表位通过最优化的方式组合以及密码子优化,组成新的表位基因序列,命名为Y1798G,长度为509 bp。将该基因克隆到p ET-32a原核表达载体,生产抗原表位蛋白。将纯化的抗原蛋白注射到小白鼠体内,获得抗体;并通过蛋白免疫印迹(western blot)实验验证获得的抗体能否识别结合WSSV。结果表明所构建的抗原表位重组蛋白对WSSV具有特异抗原性,可见此种制备对虾白斑病毒疫苗的策略具有可行性。     

基于预训练模型和混合神经网络的医疗实体关系抽取

医疗文本具有实体密度高、句式冗长等特点,简单的神经网络方法不能很好地捕获其语义特征,因此提出一种基于预训练模型的混合神经网络方法。首先使用预训练模型获取动态词向量,并提取实体标记特征;然后通过双向长短期记忆网络获取医疗文本的上下文特征,同时使用卷积神经网络获取文本的局部特征;再使用注意力机制对序列特征进行加权,获取文本全局语义特征;最后将实体标记特征与全局语义特征融合,并通过分类器得到抽取结果。在医疗领域数据集上的实体关系抽取实验结果表明,新提出的混合神经网络模型的性能比主流模型均有提升,说明这种多特征融合的方式可以提升实体关系抽取的效果。     

小麦GLB1蛋白单克隆抗体的制备及鉴定

以小麦主要过敏原Glb-1蛋白为免疫原免疫BALB/c小鼠,取免疫小鼠脾细胞与小鼠骨髓瘤NS-1细胞融合。采用细胞融合和有限稀释法相结合的方法快速筛选获得稳定分泌的特异性杂交瘤细胞株,用杂交瘤细胞株诱生小鼠腹水并用蛋白A亲和层析法纯化抗体后检测。采用间接ELISA法鉴定该单克隆抗体的IgG亚型;通过间接ELISA鉴定该单克隆抗体的特性和交叉性。利用双单抗夹心ELISA法检测单抗的抗原表位特异性。结果表明:共获得4株可稳定分泌小鼠抗小麦主要过敏原Glb-1蛋白的单克隆抗体,分别命名为1C4、4H5、1A9、4F5,经检测其Ig亚型均为IgG1,且4株单抗效价均在10-9以上。ELISA结果分析表明该4株单抗均能特异性识别小麦主要过敏原Glb-1蛋白且和其他常见食物无交叉反应性。将4株单抗两两配对进行ELISA实验,结果发现1C4与4H5可能有不同的抗原表位,以此建立的双抗夹心ELISA系统可以检测小麦Glb1-G3蛋白。实验成功制备了鼠抗小麦主要过敏原Glb-1蛋白抗原的单克隆抗体,并且建立了双单抗夹心ELISA检测系统,为小麦主要过敏原蛋白的检测奠定了基础。     

带阻尼套筒的迷宫气封结构响应求解方法研究

对带阻尼套筒的迷宫气封结构的响应求解方法进行研究,将谐波平衡法、动柔度法与求解非线性摩擦力的数值轨迹跟踪法相结合,给出了求解带阻尼套筒的迷宫气封结构响应的算法,将响应的求解最终归结为求解非线性代数方程组.     

Structure modeling and spatial epitope analysis for HA protein of the novel H1N1 influenza virus

In recent months, a novel influenza virus H1N1 broke out around the world. With bioinformatics technology, the 3D structure of HA protein was obtained, and the epitope residues were predicted with the method developed in our group for this novel flu virus. 58 amino acids were identified as potential epitope residues, the majority of which clustered at the surface of the globular head of HA protein. Although it is located at the similar position, the epitope of HA protein for the novel H1N1 flu virus has obvious differences in the electrostatic potential compared to that of HA proteins from previous flu viruses.     

HPV-58型E7蛋白抗原模拟表位的筛选及分析

利用该实验室成熟的噬菌体随机十二肽库筛选平台,对HPV-58型E7蛋白单克隆抗体株4C4a、6C7a进行3轮亲和筛选,得到2组、各8个阳性噬菌体克隆.阳性噬菌体氨基酸序列用以模拟单抗(靶蛋白)特异性识别的HPV-58型E7蛋白的抗原表位.将测得的阳性噬菌体多肽序列及HPV-58型E7蛋白氨基酸序列进行生物信息学分析后,进行线性序列比对及构象性表位预测及分析.构象性表位的预测借力于EpiSearch Server和Pepitope Server,对构象性表位匹配及簇的寻找提供有力支持,也为早期诊断及研制多肽疫苗提供参考.     

提高金属膜熔断电阻器的熔断性能

通过分析金属膜熔断电阻器熔断原理，主要从选择最佳的热处理温度、采用低碱瓷基体、锡镀层的铁帽盖材料等几方面论述了如何提高金属膜熔断电阻器的熔断性能。     

基于MEM和HMM的中文词性标注方法

为了进一步提高中文语料库中语料的词性标注效率,在分析最大熵模型(MEM)和隐马尔科夫模型(HMM)所涉及理论、算法及其在中文词性标注技术中的应用的基础上,进行了基于MEM和HMM的中文词性标注实验.实验结果显示,基于MEM和HMM的中文词性标注算法都获得了一致性很好且覆盖率较高的标注效果,中文词性标注的准确率、召回率和F1这3个指标均达到92%以上;MEM的标注效果总体上比HMM的稍佳.     

基于MEM和HMM的中文词性标注方法

为了进一步提高中文语料库中语料的词性标注效率,在分析最大熵模型(MEM)和隐马尔科夫模型(HMM)所涉及理论、算法及其在中文词性标注技术中的应用的基础上,进行了基于MEM和HMM的中文词性标注实验.实验结果显示,基于MEM和HMM的中文词性标注算法都获得了一致性很好且覆盖率较高的标注效果,中文词性标注的准确率、召回率和F1这3个指标均达到92%以上;MEM的标注效果总体上比HMM的稍佳.