畜禽基因组选择研究进展

基因组选择是同时对高密度全基因组标记的选择, 也是一种标记辅助选择. 此方法能够在提高育种值估计准确性的同时, 通过早期选种缩短世代间隔、降低近交、加速遗传进展. 随着畜禽高密度全基因组SNP 芯片的问世, 基因组选择方法正在影响着传统的畜禽遗传评估体系. 在多数奶业发达国家, 基因组选择方法正逐渐取代传统奶牛遗传评估方法, 成为奶牛遗传评估的“标准”方法. 近年来, 针对基因组选择的方法、影响因素、应用策略和育种方案的研究大量涌现. 基因组选择已经成为当前动物、植物及水产生物遗传育种领域的研究热点. 本文综述了基因组选择的计算方法、准确性的来源及影响因素以及基因组选择在畜禽遗传育种中的应用现状, 同时对当前存在的问题进行总结, 并对基因组选择的理论发展和应用前景进行展望.     

标记与QTL不完全连锁下标记辅助选择的相对效率

模拟研究了闭锁核心群继代选育中标记辅助选择方法的两个实施方案－－标记辅助BLUP（MBLUP）和两阶段选择方案,相对于以常规BLUP方法的选择效率,前者同时利用标记信息和表型信息来选择种畜,后者则在两个选择阶段分别利用标记信息和表型信息进行选择。模拟中考虑了不同的遗传力和QTL效应水平。QTL通过侧翼标记识别,且与标记为不完全连锁。研究结果表明,标记辅助选择的两个方案加快了QTL的遗传进展,但降低了多基因效应的进展。当遗传力较低或者QTL效应较大时,MBLUP的遗传进展优于常规BLUP,其优越性可达5％。两阶段选择由于提高了QTL有利基因的频率而大大加快了QTL进展,但总的遗传进展却并无 优势。标记辅助选择的相对选择反应与选择世代数密切相关。标记辅助选择的优势或劣势在选择早期较明显,而在随后选择世代中则变小或消失。     

后裔测定青年公牛的标记辅助BLUP选择

假定在一个奶牛群体中已经检测出了一个影响产奶性状的QTL，并准确地知道它与遗传标记间的遗传距离。利用Monte Carlo方法，研究了当该QTL在基础群中仅有2个等位基因或有任意多个等位基因，QTL有利等位基因频率（当仅有2个等位基因）为0．1或0．5，标记间距为5cM或20cM,QTL方差占遗传方差的10％，25％或50％等各种情况下，利用标记辅助BLUP（MBLUP）对参加后裔测定的青年公牛进行选择相对于常规选择方法（随机选择）在5个世代中的相对优势。结果表明，多数情况下，标记间距为5cM比20cM时MBLUP有更大的相对优势；QTL效应越大，MBLUP的相对优势越小；当QTL只有2个等位基因且在基础群中优势等位基因的频率较低时，MBLUP的相对优势率较高。在各种情况下，MBLUP的相对优势均随着世代的增加而下降，标记密度和QTL效应越大，MBLUP的相对优势下降越快。