需氧恶性杆菌和海栖热袍菌基因组中第一ATG规则的检验

将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作了相应的统计分析,结果表明:非ATG起始的ORF中,L-Ter到第一ATG之间的平均距离是以ATG起始的4至5倍,很可能是非ATG起始的ORF的一个重要序列特征;分析了两种细菌终止密码子在L-Ter和Ter中的使用频率,发现在Ter中终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter中大.     

细菌和酵母基因组中ORF结构特征的统计分析

将第一ATG规则用于细菌Hpyl，Hpyl99，E.coli，Aero，Tmar和Yeast基因组中，并用给出ORF(包含已知基因编码区)进行检验，其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为89％以上，将五种细菌和酵母基因组中给出ORF分成第一种(已确定的编码序列)和第二种(还未确定为编码序列的)ORF，并计算L—Ter到第一ATG的平均距离，分析了五种细菌和酵母终止密码子在L-Ter位置和Ter位置上的使用频率，发现在Ter位置上终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter位置上大．     

原核生物和酵母基因组中起始密码的特征分析

提出了一个识别基因起始密码子的第一ATG规则，用酵母基因组中的已知基因检验，正确率为99．9％；用大肠杆菌基因组中已知以ATG起始的基因进行检验，正确率为92．9％；用枯草杆菌基因组中已知以ATG起始的基因的进行检验，正确率为81．0％，统计了L－Ter（上游最后一个终止密码）到起始密码子之间的距离（记为D值），酵母的平均长度是17个碱基；在大肠杆菌和枯草杆菌中，以ATG起始的基因的D值分别是36和33个碱基；以非ATG起始的基因的D值分别是39和32个碱基；解释了真核和原核生物D值差别的原因；发现大肠杆菌和枯草杆菌中，以ATG起始的基因和以非ATG起始的基因序列的构造差异。认为L－Ter到起始密码子之间的序列可能是mRNA先导充列的主要结构。     

酵母全基因组新的ORF结构的预测

提出了一个预测DNA序列中无内含子的开阅读框架（ORF）的理论方法－终止密码预测法；用酵母全基因组中已知的6260个基因进行检验，预测成功率为99．9％；发现酵母基因编码区和已知的DRF的起始密码子总是位于长距离不出现终止密码的位置序列上游紧邻最后一个终止密码子的ATG；在酵母全基因组DNA中发现了新的长度不小于90个氨基酸的ORF结构2244个。     

大肠杆菌和枯草杆菌的L-ter 到起始密码子的距离分析

基于第一ATG规则，分别对确定基因和不确定基因的L-ter到起始密码子(ATG、GTG或TTG)的距离和L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG的距离进行统计，结果表明：L-ter到起始密码子的距离主要分布在20个氨基酸以内；在以第一ATG和第一GTG为起始密码子的基因中，L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG是L-ter到起始密码子平均距离的4～5倍。这些可能是起始密码子的重要位置特征，也说明了少数基因以GTG起始的原因．对于不满足第一ATG、GTG规则的基因，分析了L-ter到起始密码子之间出现ATG、GTG和TTG的比率，发现大肠杆菌的不确定基因与确定基因之间有较大的差别，而枯草杆菌的差别不大．     

扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位——基于Pacbio和Illumina技术

利用Illumina和Pacbio测序技术对扬子鳃蛭（Ozobranchus jantseanus）线粒体基因组全序列进行测序及注释，并与NCBI数据库中蛭纲（Hirudinea）其他物种的线粒体全序列的排列方式和系统进化关系进行了比较，以确定其系统学地位.结果显示：获得的线粒体基因组序列长度为14 868 bp，蛋白编码基因存在2种起始密码子，分别为ATG和ATT；终止密码子共有4种，分别为TAA，TAG，TA和T；蛭纲10个物种的线粒体基因组全序列基因排序可分为2种类型，其差异表现在tRNAs的互换和长非编码区的长度的不同；扬子鳃蛭所属的吻蛭目（Rhynchobdellida）均为b型，绝大部分无吻蛭目（Arhynchobdellida）的排列方式为a型.基于蛭纲物种的13个蛋白编码基因(PCGs)的Neighbor-Joining（NJ）树进化分析显示，扬子鳃蛭与其他吻蛭目物种聚类.     

人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分

在人类cDNA序列确定全长基因的过程中，必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子，在总结了这二类密码子上下文共有序列特征，周期性，密码子的碱基偏向性，以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上，从模式识别的角度出发，将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类，应用费歇线性判别法进行分类器的设计，并对分类器的错误率进行估计，表明在这些特征下，这二类密码子可以区分，以此分类器的判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子，其准确率可达75％。     

扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位——基于Pacbio和Illumina技术

利用Illumina和Pacbio测序技术对扬子鳃蛭（Ozobranchus jantseanus）线粒体基因组全序列进行测序及注释，并与NCBI数据库中蛭纲（Hirudinea）其他物种的线粒体全序列的排列方式和系统进化关系进行了比较，以确定其系统学地位.结果显示：获得的线粒体基因组序列长度为14 868 bp，蛋白编码基因存在2种起始密码子，分别为ATG和ATT；终止密码子共有4种，分别为TAA，TAG，TA和T；蛭纲10个物种的线粒体基因组全序列基因排序可分为2种类型，其差异表现在tRNAs的互换和长非编码区的长度的不同；扬子鳃蛭所属的吻蛭目（Rhynchobdellida）均为b型，绝大部分无吻蛭目（Arhynchobdellida）的排列方式为a型.基于蛭纲物种的13个蛋白编码基因(PCGs)的Neighbor-Joining（NJ）树进化分析显示，扬子鳃蛭与其他吻蛭目物种聚类.     

灰胸竹鸡和棕胸竹鸡的线粒体基因组结构分析及比较

竹鸡属包括灰胸竹鸡（Bambusicola thoracica）和棕胸竹鸡（B. fytchii）两种鸟类。两种竹鸡线粒体基因组全长为16726 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA和1个控制区。基因排列顺序与红原鸡（Gallus gallus）一致,属于典型的鸟类排列顺序;碱基组成存在明显的AT偏向性。两种竹鸡线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的序列长度和终止密码子都完全一样,但部分编码基因的起始位置以及起始密码子存在差异;两种竹鸡的线粒体基因组基因排列紧密;两种竹鸡线粒体全基因组序列之间共有1132个变异位点,其中缺失位点24个,遗传距离为0.071。     

红腹锦鸡线粒体基因组全序列及其结构分析

采用PCR扩增方法测定红腹锦鸡Chrysolophus pictus线粒体基因组全序列:序列全长16 678 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因.基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近.红腹锦鸡线粒体基因组碱基组成分别为:A(30.4％)、T(24.8％)、C(31.2％)、G(13.6％).总的A+T含量为55.2％.除了COⅠ基因起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG.tRNA基因核苷酸长度为65～76 nt,12S rRNA和16S rRNA基因分别为968和1 604 nt.     

马尔可夫的概率情怀

 马尔可夫是圣彼得堡数学学派的卓越代表,他秉承和发展了切比雪夫的概率思想。第1次严格证明了中心极限定理;拓广了大数定理相关理论;创立了马尔可夫链,初步奠定了随机过程基础等。本文通过马尔可夫同恩师、师弟之间的学术切磋,展示了其高尚的科学人生观。     

(A,P)型间隙幂级数的一个注记

设f(z)=(?)为一整函数,d_n 为λ_(m+1)-λ_m 当 m≥n 时的最大公因子,满足(?)=+∞,α(Z)为 f(Z)的小函数,则δ_s(α(Z),f)=0     

（A,P）型间隙幂级数的一个注记

设f(Z)=∑a_nZ~λn为一整函数,d_n为λ_(m+1)-λ_m当m≥n时的最大公因子,满足limd_n=+∞,a(Z)为f(Z)的小函数,则δ_s(a(Z),f)=0     

A.J.Schwenk猜想的证明

本文证明了偶图G的特征多项式P(G;X)=sum from k=0 to m ((-1)~ka_(2k)x~(n-2k))的系数a_(2k)是单峰的.因为树是偶图,所以A.J.Schwenk关于树的特征多项式的系数具有单峰性的猜想可由本文的结论直接得到验证.