不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.     

中国南海南沙海区沉积物中细菌16SrDNA多样性的初步研究

通过构建并分析中国南海南沙海区沉积物中细菌16S rRNA基因文库,对其遗传多样性进行了研究.发现沉积物中细菌16S rRNA基因主要来自变形细菌(Proteobacteria)的δ-,γ-,α-亚族和浮霉状菌目(Planctomycetales)等类群,所获的16S rRNA基因的序列与GenBank中已知的细菌16S rDNA序列差异较大,这一结果表明在中国南沙海区沉积物中存在丰富的微生物多样性,并潜藏着特有的微生物资源.     

砾石接触氧化法处理生活污水的试验研究及机理分析

研究不同温度、水力停留时间(HRT)、曝气方式条件下.以砾石作填料的生物反应器处理生活污水的效果,并通过生物学手段分析其机理.结果表明,20℃、HRT为10 h、连续曝气时,处理效果最佳,其中,化学需氧量(COD)去除率为85%,氨氮为65%,固体悬浮物(SS)为91.2%,浊度为97%,且无剩余污泥排出.反应系统中生物膜微生态环境复杂,微生物多样性较高,其中以轮虫、钟虫为主的原生动物及以假单胞菌属和拟杆菌/噬纤维菌菌属为主的原核生物在降解污水中有机物的同时,使系统污泥减量.     

高温高矿化度超稠油油藏细菌多样性分析

运用16S rDNA克隆文库技术分析研究了塔河油田高温高矿化度超稠油油藏中的细菌多样性.研究结果表明:在油藏温度100～130℃、地层水矿化度26×104mg/L、地面原油黏度10×104mPa.s的油藏环境中,存在丰富的细菌群落,其中包括Candidate division OP菌、盐单胞菌(Halomonas sp.)、耐盐芽孢杆菌(Bacillus halodurans)和油杆菌(Petrobacter sp.)等具有耐温、耐盐和降解原油的生理生化特性的菌群,同时还存在大量未培养的微生物.     

枣疯病植原体PCR检测方法的建立及16SrDNA序列分析

以新郑灰枣枣疯病叶片为试验材料,先提取枣疯病病株叶片的DNA,经过巢式PCR扩增后对枣疯病植原体16SrDNA进行测序和分析.获得枣疯病植原体的16SrDNA基因片段为1125bp,通过序列同源性比较,表明枣疯病样品中检测到的植原体与EY(AY197655)同源性高达99％,应属于16SrV组,确定了枣疯病植原体的分类...     

生物砾间接触氧化反应器中原核生物多样性及其对剩余污泥减量化的贡献

采用分子生物学手段，通过构建16S rRNA基因文库，对新型剩余污泥减量化处理技术——生物砾间接触氧化反应器 （GCOR） 中悬浮颗粒的原核生物多样性进行了系统发育分析，并讨论了多种原核生物共存对剩余污泥减量化的贡献. 结果表明，颗粒的原核生物可分为好氧呼吸菌群与厌氧水解发酵菌群两大类. 其中，优势菌群分别是以呼吸代谢为主的假单胞菌属和以发酵为主要代谢方式的拟杆菌/噬纤维菌菌属，它们的16S rRNA序列各占文库的17%.此外，好氧菌群中还发育有α蛋白菌、β蛋白菌、γ蛋白菌、亚硝化螺菌属、土壤杆菌属、衣原体属、葡萄糖杆菌属及褐色高温单孢菌属细菌；厌氧菌群中则发育属于螺旋体属、δ蛋白菌、反硝化菌、乳杆菌属、真杆菌属的原核生物.反应系统中两大相反环境多种原核生物的共存，为在降解污水有机物的同时，达到剩余污泥减量化做出巨大贡献.     

细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用 .目前 ,国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16SrDNA序列 ,本文利用这些已知细菌的 16SrDNA序列 ,设计了细菌种特异性的寡核苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 ,以计算机网络为载体 ,开发了界面友好的通过WWW浏览器实现对数据库查询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类及鉴定的进程 .     

熟制鲍鱼残留细菌的分离及16S rDNA鉴定

摘要：为控制熟制鲍鱼残留的细菌污染,采用平板划线分离技术对烘制加工后鲍鱼中残留的主要菌群进行分离,并通过菌落形态观察、革兰氏染色分析和16S rDNA序列比对等方法对其进行鉴定.结果表明,残留在烘制加工后鲍鱼的主要菌群有希瓦氏菌属、不动杆菌属、库特氏杆菌属、海洋类香菌、蜡样芽抱杆菌、肠杆菌属、彭氏变形杆菌等.     

16SrDNA克隆文库法分析油藏细菌群落结构多样性

本文利用细菌16S rDNA克隆文库法对大港油田油藏内源微生物群落结构进行系统分析。文库构建结果表明,油藏细菌由8个门类构成,分别为Alphaproteobacteria(46%)、Betaproteobacteria(35%)、Firmicutes(8%)、Nitrospirae(2%)、Synergistetes(1%)、Dictyoglomia(1%)、Deferribacteres(1%)、Gammaproteobacteria(1%)以及Unclassified bacteria。其中,存在如鞘胺醇单胞菌(Sphingomonas)、代尔夫特菌(Delftia)等大量具有石油烃降解功能的细菌种属。探索极端油藏环境中微生物群落结构特征,为微生物驱油技术的开发奠定了良好的基础。     

南极阿德雷岛地表沉积物中细菌多样性及对环境的响应

提取南极阿德雷岛沉积物柱状样各层次的总DNA,利用PCR-RFLP方法,对沉积物中的细菌多样性及分布进行了研究,并探讨了它与环境的关系.结果表明,沉积物中的细菌多样性丰富,分属于8个类群,以CFB(Cytophaga-Flexibacter-Bacterioides)类群和Proteobacteria类群的β-,γ-亚群为主.在7 cm左右深度的沉积物中,可培养微生物和16 S rDNA序列多样性与其他深度的沉积物有明显不同,推测与环境的变化有关.同时还发现了大量与降解有机化合物相关的细菌,表明阿德雷岛的微生物生态系统已经受到了人类活动的影响.     

新疆艾比湖中度嗜盐菌A6的16SrDNA分析

从新疆艾比湖分离得到中度嗜盐菌A6,该菌能够在0%~20%NaCl的条件下生长,为有芽孢的杆状菌。采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增A6菌株的16SrDNA,得到的片段长度为1512bp。使用NCBI~Blast软件在Gen-bank数据库中对其进行同源性检索,A6的16SrDNA序列与多种地衣芽孢杆菌16SrDNA序列同源性高达99%。使用MEGA3.1软件构建系统发育树,A6菌株与地衣芽孢杆菌的亲缘关系最近。由此判断A6菌株属于芽胞杆菌属。结合生理生化分析及对A6菌株的甜菜碱醛脱氢酶基因和Ⅲ型乙醇脱氢酶基因的序列同源性分析,初步确定A6菌株有可能是地衣芽胞杆菌的1个新种。     

荒漠草原土壤微生物16SrDNA扩增反应条件的优化

以荒漠草原土壤微生物总DNA为材料,分析模板DNA量、Mg2+、引物和dNTP的浓度对16SrDNA-PCR扩增结果的影响,经系统的优化实验建立了土壤微生物PCR反应体系: 25μL体系中含0.1mmol/L dNTP、2.5mmol/L MgCl2、1U Taq酶、0.4μmol/L引物和4ng的DNA模板.     

一株鸭源恶臭假单胞菌16S rDNA的序列测定与分析

从病鸭翅静脉无菌采集抗凝血,直接镜检和姬姆萨染色镜检,微生物感染呈阳性．从血液中分离出该微生物,用细菌16SrDNA通用引物扩增出约1500bp的条带,经DNA测序得到一条长1499bp的16SrDNA序列,与GeneBank已提交的序列进行BLAST相似性搜索表明该微生物应归属于假单胞菌属（Pseudomonas）,并用DNAStar进行同源性分析并构建系统进化树,显示与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）同源性最近,首次发现恶臭假单胞菌可能感染家鸭．     

环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法

把研究真核细胞表达基因种类和水平的基因标签串测序法引入环境细菌遗传多样性分析,选择细菌６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）内０２６碱基对高变异区段为该基因变异类型的标签,连接成标答中并测序,用标签类型、频率和２多样性指数等参数在分子水平上分析环境细菌遗传多样性,建立了环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法,该方法在分析环境隐含遗传多样性、提示污染生物学效应和评价环境质量等方面有的应用价值。因使用共同     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

基于高通量测序的不同养殖系统下凡纳滨对虾肠道和水体中微生物的多样性

【目的】研究不同养殖系统对凡纳滨对虾肠道及水体微生物多样性的影响。【方法】以循环养殖系统和非养殖系统下凡纳滨对虾养殖水体及其肠道为研究对象,在养殖30d后采集样品,采用Illumina MiSeq高通量测序样品细菌16SrRNA基因V3+V4区,通过RDP11.3、Greengenes13.8、NCBI 16S Microbial和Customized batabase等数据库进行分析,阐述循环养殖系统的意义和微生物在其中的作用。【结果】养殖期间,不同养殖系统凡纳滨对虾均正常存活。将原始序列优化后对Clean序列进行分析,非循环系统下水体优质序列百分比约81%,肠道中约89%;循环系统下水体优质序列百分比为92%,肠道中为94%。两种养殖系统下水体和肠道细菌在纲水平占绝对优势的是变形菌纲,但各菌群丰度不同;不同的Alpha指数显示出物种间的差异性;通过系统发育树可以看出,不同养殖系统改变了凡纳滨对虾生境中的物种及发育关系,间接阐述微生物在养殖生境中的作用和意义。【结论】通过高通量测序揭示不同养殖系统中微生物菌群的差异以及多样性,对于凡纳滨对虾实际养殖具有指导作用,对阐述养殖过程中微生物和相关疾病的关系具有重要意义。     

多级串联式生物接触氧化池的优化设计

在对多级串联式生物接触氧化法研究的基础上,建立系统的优化模型并应用非线性规划法求解,计算结果显示,在不改变总停留时间的条件下,以各级反应器的反应接触时间相等为系统最优,以选择三级或二级串联为最经济合理。