丙氨酸-α-五肽构象稳定性的快速预测

定义了丙氨酸-α-多肽中的特殊氢原子,对构象中与特殊氢原子有关的主要非键作用进行分析,提出使用与特殊氢原子有关的主要非键作用预测多肽构象稳定性,并将之称为特殊氢方法.基于丙氨酸-α-二肽和三肽分子共12个构象,我们确定了与特殊氢原子有关的7个非键作用参数.利用特殊氢方法定量预测丙氨酸-α-五肽分子65个低能构象的相对稳定性,与B3LYP/6-31G^＊方法比较,得到了满意的结果.     

可视化分析四肽构象空间中的模式

用一种可视的方式分析四肽构象空间中的聚集情况,从而直观地建立了四肽结构类和二级结构之间的联系.据此给出了四肽构象类的一种划分方案,并将此方案应用于更长肽段构象模式的发现和评估其他方法对肽段构象分类的合理性.实验结果与其他方法相比更具有可解释性.     

尼克酰胺核苷构象稳定性的理论研究

采用从头算(HF与MP2)和密度泛函理论(DFT)方法,在3-21G 和6-31+G?水平上研究了尼克酰胺核苷(NR)的构象.分别探讨了在气相及液相(水和氯仿)中 NR 分子和一水合物异构体的相对稳定性,分析了溶剂分子的参与对NR异构体的相对稳定性和几何结构参数的影响.结果表明：孤立的NR分子在气相中存在36种稳定构象,其中最稳定的为南式构象NR-S,而最稳定的北式构象为NR-K’,能量比前者高出10.6 kJ/mol (ΔG298K).NR 分子中酰胺基团优势构象为反式,ω,P 或γ参数的改变可以为 NR 分子提供大约8.4~23.7 kJ/mol(ΔG298K )稳定化能.不管是南式还是北式褶皱,最稳定 NR 分子构象中都存在多根分子内氢键,且5’-OH 基团都为顺式构象(γ≈-63°).溶剂效应使一部分NR分子构象相对稳定性降低,而一部分则升高,改变了NR分子各构象的相对稳定性顺序.水分子的加入与酰胺基团结合形成氢键,对NR分子的构型影响较大,而与糖环上羟基结合形成氢键,则影响较小.     

分子链构象转变对聚肽接枝共聚物自组装行为的影响

通过将乙醇加入聚(L-谷氨酸-γ-苯甲酯)(PBLG)-聚乙二醇(PEG)接枝共聚物(PBLG-g-PEG)的有机溶液中制备了聚合物胶束。运用透射电子显微镜(TEM)、粘度法、动态光散射(DLS)、核磁共振(1H-NMR)、红外光谱(IR)等手段研究了PBLG分子链构象转变对PBLG-g-PEG共聚物自组装行为的影响。研究结果表明:聚肽接枝共聚物能够在乙醇中自组装形成胶束,三氟醋酸(TFA)的加入不但改变了共聚物中PBLG链段的分子链构象,提高了形成胶束的临界胶束浓度,而且还改变了聚集态的形貌。     

丙氨酸甘氨酸混合三、四肽构象稳定性的快速预测

使用特殊氢方法预测丙氨酸甘氨酸混合三肽和四肽分子共111个构象的相对稳定性,并与B3LYP/6-31G^＊方法的相对能量比较,得到了满意的结果.在所有111个构象中,特殊氢方法相对能量与B3LYP/6-31G^＊方法相对能量偏差绝对值大于2.0 kcal/mol的只有3个,偏差在1.0～2.0 kcal/mol之间的有18个,其余均小于1.0 kcal/mol.本文结果表明特殊氢原子在决定多肽构象稳定性方面的内秉重要性.     

三重旋转异构态近似模型的高分子链构象性质的研究

研究了三重旋转异构态近似模型的高分子链的构象熵S 、平均构象能〈E〉、g态平均个数〈Wg〉之间的关系,发现构象熵S(以kB为单位)和g 态平均个数〈Wg〉之间存在关系(S)/(η)=η(〈Wg〉)/(η),参数η(η=ε/(kBT))是与温度T、g态构象能ε有关的量.结果表明,当η＞ 0时,构象熵S随g态平均个数〈Wg〉的增大而增大;反之,当η＜0时,构象熵S随g态平均个数〈Wg〉的增大而减小.     

人参三肽的序列分析

采用Sephadex LH₂₀色谱柱, 以体积分数10%的甲醇为流动相分离人参中具有增强记忆活性的肽类成分, 通过高效液相色谱系统将其纯化, 并用蛋白质测序仪分析其氨基酸序列. 结果表明,  所得序列为Gln-Thr-Ser的新三肽.     

B甸羧端去三肽（B28—B30）与去四肽（B27—B30）胰岛素的制备及去三肽 …

双突变的胰岛素原基因在Ｅ．ｃｏｌｉ温度诱导表达体系中直接高密度发酵表达，表达产物形成的包含体经变复性处理及Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ５０纯化后，再由胰酶及羧肽酶Ｂ联合酶切，ＦＰＬＣ Ｍｏｎｏ Ｑ纯化，最终得到Ｂ链羧端去三肽胰岛素（Ｂ２８－Ｂ３０）（ＤＴＲＩ）和去四肽（Ｂ２７－Ｂ３０）（ＤＴＩ）胰岛素的纯品。应用悬滴气相扩散法在含丙酮的柠檬酸钠缓冲体系中培养出可供Ｘ射线衍射用ＤＴＲＩ单晶，空间群为Ｐ２１２     

一种三维DNA构象的交互式参数化模拟方法

提出一种适用于移动平台的交互式参数化DNA三维动态模拟方法.依据不同的DNA模式参数,利用基于自然特征的AR识别技术和曲线,直观形象地展示DNA的多种三维构象,动态模拟碱基互补配对、碱基对边堆叠边螺旋、 DNA复制的边解旋边半保留半不连续复制等微观过程.研发DNA三维动态模拟原型系统,实验结果表明,通过视、听、触、实物等多通道交互,有利于用户随时随地自主使用,增强用户对DNA知识的理解、掌握,引导用户进行更深层次的思考,提高知识的传递效率.     

线型聚合物链的三级相互作用对键构象几率的影响

本文采用旋转异构态模型的三级相互作用近似,计算了Polymethylene(PM)链键构象的几率,并与二级相互作用近似下键构象的几率作了比较,得到一些新的结果.     

正壬烷构象的振动光谱研究

对于含有一个gauche构象的正壬烷,包括全反式构象在内主要有四种稳定构象。为了得到各种构象与特征频率之间的对应关系,运用从头计算方法分别计算出了这四种构象的红外振动频率以及相应强度。根据其振动强度以及振动特征,特别是振动发生在gauche位置的振动模式,得到了各种构象在整个范围内的红外光谱特征峰以及相同振动模式随构象变化的规律。这不但弥补了正壬烷链构象实验研究的不足,而且还起到一定的理论指导作用。     

蛋白质构象与折叠行为的研究

蛋白质结构预测与蛋白质折叠是生命科学研究的核心问题之一,也是后基因时代推动生物学朝着定量化发展的重要方向之一,它是分子生物学中心法则还没有解决的一个重大生物学问题.简单介绍了蛋白质分子的结构特点,讨论了蛋白质分子构象研究的重点,即蛋白质结构预测与蛋白质折叠.重点介绍了拥挤环境对蛋白质构象的影响和蛋白质分子的力学性质,这是蛋白质分子构象研究的深入.这些介绍可以帮助我们更清楚地认识蛋白质分子.     

最小耗能原理再讨论

最小耗能原理不能由普利高津的最小熵产生定理拓展而得到,最小耗能原理只适用于非平衡系统的非平衡定态.     

基于最小能耗原理的明渠水力最佳断面研究

最佳水力断面推求是一个十分有意义的理论问题。基于最小能耗原理,采用三个最具代表性的表达式,分别推求了梯形断面渠道的最优宽深比,并就边壁与河底糙率不同时的最优断面进行了探讨。结果表明:利用最小能耗原理,可以推求梯形断面的最优宽深比,而且根据三种表达式所得结果是相同的;对于梯形断面渠道,当河岸糙率与河底糙率比值增加时,最优宽深比将有所增大;当边坡系数增加时,最优宽深比也将有所增大;在河岸缺少约束的条件下,河流具有向宽浅发展的内在属性。     

第二凝固浴条件对聚醚砜膜结构与性能的影响

采用双凝固浴法制备聚醚砜膜,主要研究了第二凝固浴温度、浓度对膜的水通量、肌肝和尿素去除率的影响.实验结果表明：肌肝和尿素去除率随着第二凝固浴温度的上升,先上升,然后下降,随后又略有上升,随着凝固浴浓度的上升,先下降,然后趋于平衡,最后又略有上升;而水通量随着凝固浴浓度的变化与肌肝尿素去除率的变化一致,随着第二凝固浴温度的上升一直呈上升趋势.     

重介质旋流器分选机理研究

物料分选过程 ,是整个体系能量降低的过程 ,从这一原理出发 ,不同性质的固体颗粒在重介质旋流器中将位于不同的位置 ,使不同性质的固体颗粒得以分离。固体颗粒在重介质旋流器中的运动轨迹大体呈圆锥螺旋线形状 ,实测出的密度线验证了该结论     

基于Mindlin解和最小势能原理的群桩位移计算

根据Mindlin基本位移解提出了一个群桩中的单桩的位移函数关系式,运用变分理论和最小势能原理,结合Randolph的单桩位移解法中的桩周土体剪应力和位移关系,桩端土与桩端沉降关系进行推导,得到了群桩中单桩的荷载位移关系,并以实例与他人结果进行对比.对比结果表明:本文提出的方法计算得到的结果与用其他方法得到的结果一致.     

宇宙模型的探究

介绍牛顿宇宙模型、奥伯斯佯谬、哈勃定律与大爆炸宇宙模型的认知历史;分析证明牛顿宇宙模型和奥伯斯佯谬无必然的因果关系;指出奥伯斯佯谬的隐含错误和大爆炸宇宙模型的证据尚不充分;提出零密度宇宙模型并证明该模型可以解析宇宙学红移现象.     

正弦稳态电路的分析方法

本文通过实例，归纳总结了用相量法解决正弦稳态电路的网孔法、等效电源定理、节点电压法等几种分析方法。     

应用ABEEM方法计算烷烃的分子能量

将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1～6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些价态能量参数计算了55个烷烃分子CnH2n+2(n=7～12)的能量.所计算的能量与用MP2/6-311+G(d,p)方法下得到的68个烷烃分子能量相比较,它们的绝对偏差在0.0004～2kcal/mol之间,相对偏差在0.0058×10-6%～9.9795×10-6%之间.也可以计算直链烷烃分子CnH2n+2(n=4～6)不同构象的分子能量和构象能,ABEEM方法可以很好的重复MP2方法的结果.验证了利用ABEEM方法计算分子能量是精确的和可靠的,参数具有一定的可转移性和一致性.另外,使用该方法能非常快速地计算分子能量.使用MP2方法计算正十二烷的能量,需要4334s,而使用ABEEM方法仅用0.1093s,计算速度比MP2方法大约快4万倍.ABEEM方法能精确和快速地计算分子能量,为计算其他分子能量,如二肽,多肽等有机生物分子提供了1种方法.