SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究

目的 检测SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性,以期为导盲犬早期选育筛选有效的遗传学分子标记。方法 选取中国大连导盲犬培训基地的99只犬(拉布拉多犬80只,金毛猎犬19只),采用Passive test(PT)行为测试法对犬的活跃度进行评估。同时采集该99只犬的静脉血,提取血细胞中的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对该99只犬的SLC1A2基因T129C、T1549G 和T471C 3个SNP位点进行基因型鉴定,并统计分析犬的活跃度与SLC1A2 SNP位点的相关性。结果 SLC1A2 基因的3个SNP位点中,T129C和T1549G位点没有多态性,分别仅存在C/C型和G/G型。T471C位点存在3种基因型：T/T、T/C和C/C。这3种基因型与活跃度、性别以及品种间不存在显著相关性(P>0.05)。另外,品种与活跃度之间也没有显著相关性(P>0.05),但性别与活跃度间存在显著相关性(P=0.049)。结论 SLC1A2基因的T129C、T1549G 和T471C位点与导盲犬的活跃度不具有显著相关性,不能作为导盲犬的遗传学筛选的指标。由于性别与活跃度间存在显著相关性,因而在行为学测试中,对犬的活跃度评分标准应雌雄有别。     

CYP1A1基因Ile462Val多态位点在吸烟人群中与肺癌易感性显著相关

利用meta分析的方法探讨吸烟人群中CYP1A1基因多态位点与肺癌易感性的关系.获取1986年至2010年2月pubmed等数据库中有关CYP1A1基因Ile462Val和Msp1位点多态性与肺癌易感性关系的研究结果,统计对应的吸烟者或非吸烟者的研究数据,运用RevMan 4.2软件对各研究原始结果进行统计处理,计算合并OR值及95%可信区间.按照纳入标准,最终入选文献共有29篇病例对照研究,吸烟者中Ile462Val位点与肺癌发生显著相关, 基因型Val/Val+Ile/Val 比 Ile/Ile的合并OR值为1.29（95%CI∶1.03,1.63）,P<0.05,而该位点在非吸烟者中及Msp1位点在两种人群的分析结果均不具统计学意义.上述结果提示,对目前相关研究结果的Meta分析显示,吸烟者中CYP1A1基因Ile462Val位点多态性与肺癌易感性之间存在一定相关性.     

绵羊MTNR1A基因SNPs筛选及生物信息学分析

目的 为了研究绵羊MTNR1A基因结构、多态性,以及其对繁殖功能的影响.方法 以高繁殖力的湖羊、多胎萨福克羊和繁殖力相对较低的中国美利奴羊(新疆军垦型)为研究对象,采用PCR方法扩增MTNR1A基因exon2,通过测序和序列比对发现新的SNPs,应用MassARRAY技术对SNPs进行基因分型,通过生物信息学初步分析M...     

拟南芥耐干旱相关转录因子DREB1A基因的克隆及序列分析

设计引物利用PCR技术从拟南芥中克隆与植物耐旱相关序列DRE相结合的转录因子DREB1A的基因,得到扩增谱带后,进行TA克隆,经蓝白斑筛选获得pDREB重组质粒,经PCR验证和序列测定确认扩增所得片段为DREB1A基因,并对该基因序列进行了分析.     

拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组中与髋关节发育不良相关基因COL6A3、FN1的SNP位点检测

目的 检测拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组DNA中与髋关节发育不良密切相关的COL6A3基因、FN1基因中的3个SNP位点,以期为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬幼犬的选育提供有效的遗传学诊断方法。方法 全国范围内募集经过影像学诊断的髋关节发育不良的拉布拉多犬8只、金毛寻回猎犬5只,中国导盲犬大连培训基地提供经影像学诊断的健康的拉布拉多犬23只、金毛寻回猎犬7只作为实验对象,静脉采血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对COL6A3基因上的2个SNP位点(CFA25∶51031100,51040259)和FN1基因的1个SNP位点(CFA37∶25095511)进行基因型检测,并统计分析SNP位点的基因型与髋关节发育不良的关联度。结果 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点的基因型与犬的髋关节发育不良没有显著相关性(P>0.05)。结论 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点均不能成为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬髋关节发育不良的实用性遗传学诊断指标。     

赤狐ESR1基因启动子的克隆及生物信息学分析

对赤狐ESR1基因启动子区转录因子结合位点进行了预测,为今后研究其转录调控机制提供参考依据.以赤狐基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增克隆ESR1基因启动子序列,并构建至双荧光素酶报告基因载体;利用生物信息学方法对ESR1基因核心启动子区的关键转录因子结合位点进行预测.成功克隆出赤狐ESR1基因5'上游1880 bp...     

定位于鸡选择性清扫区域的SH3RF2基因生物信息学分析

为了解鸡SH3RF2基因的结构与功能,由NCBI数据库获得鸡SH3RF2基因的mRNA和氨基酸序列数据信息,利用NCBI/Blast软件进行序列分析、同源性比对确定鸡SH3RF2基因的3’UTR区序列。在此基础上,利用公共数据库和相关软件对SH3RF2基因的CDS(coding sequence)区和其3’UTR(untranslated region)区进行了MicroRNA靶标的预测分析,进一步利用生物信息学相关数据库对其蛋白理化性质和一级结构进行分析,模拟了其二级结构和空间结构并构建了SH3RF2蛋白的系统进化树。     

牦牛UCP1基因生物学特性及组织表达分析

旨在克隆牦牛解偶联蛋白1(UCP1)基因序列,并对其进行生物信息学分析,进一步研究该基因在牦牛各组织的表达规律.以牦牛为实验对象,利用RT-PCR克隆得到牦牛UCP1基因全长序列,生物信息学分析牦牛CDS区,qPCR检测UCP1基因在牦牛不同组织中的表达模式.结果表明,UCP1基因全长为954 bp(GenBank N...     

羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.     

人和非洲象AXIN1基因的鉴定与生物信息学分析

隐睾是男性生殖器最常见的先天性异常之一.正常状态下,人(Homo sapiens)在出生时睾丸就已经下降到阴囊,而非洲象(Loxodonta africana)的睾丸始终位于腹腔内却能维持正常的生殖.本文通过克隆测序鉴定了隐睾症相关的基因AXIN1在人和非洲象两个物种中的差异,并对其结构和理化性质进行生物信息学分析.结...     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576bp,该基因的编码序列长为1476bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135bp的5’非编码区和785bp的3’非编码区。DNA序列的G＋C百分含量为44．31％,A＋T百分含量为55．69％。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91％、90％、82％和93％。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95％、95％、92％和95％。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

A型口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因遗传进化分析

对疑似感染FMDV的样本进行了FMDV VP1基因RT-PCR鉴定,测定了其中1个阳性样本序列(命名为HY).采用生物信息学软件比较了HY与参考序列的同源性,并构建VP1基因的分子系统树.结果表明:HY属A型FMDV亚洲拓扑型东南亚-97谱系,与我国近年来报道的A/GDMM/CHA/2013的序列相似性为99.1%,与AF/72疫苗株的相似性仅为79.0%.提示我国近年来报道的A型毒株与AF/72疫苗株的序列差异较大,应及时更换A型口蹄疫疫苗毒株.     

人H NRN PA1基因及蛋白质的生物信息学分析

采用生物信息学的方法分析人HNRNPA1基因的启动子情况及蛋白质的理化性质、信号肽及NLS、亲疏水性、跨膜区域、蛋白质结构、相互作用的蛋白质及GO注释.选择合适软件对HNRNPA1相关信息进行分析.结果显示,预测的HNRNPA1基因存在1个启动子;HNRNPA1蛋白质是由372个氨基酸组成的具有NLS、无跨膜结构的亲水不稳定蛋白质,其等电点为9.17;哺乳动物中氨基酸序列高度保守;二级结构以无规卷曲为主,预测的三级结构经拉曼图分析可信度高;HNRNPA1多定位于细胞核,与RNA的选择性剪接及mRNA运输有关.此外,启动子的甲基化对HNRNPA1表达影响明显,其蛋白质具有NLS、无跨膜结构且不稳定,属于亲水蛋白质,分布于细胞核,对mRNA的成熟具有重要作用.     

NAP1基因和ARHP基因启动子区的生物信息学分析

采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件,分析了鼻咽癌相关肽基因NAP1和成人视网膜假定蛋白基因ARHP的启动子结构,在人和小鼠NAP1基因的启动子保守区内预测出38个共同的转录因子结合部位,在人和小鼠ARHP基因的启动子保守区内预测出44个共同的转录因子结合部位,分析结果为NAP1基因和ARHP基因调控区的分析与鉴定,基因表达调控机制的研究提供了重要的参考.     

中华按蚊AsAce1基因的鉴定及生物信息学分析

利用同源性搜索,在中华按蚊(Anopheles sinensis)基因组中鉴定出1条乙酰胆碱酯酶(Ace)家族序列,命名为AsAce1(GenBank登录号:KU900233)。该基因序列的全长为5592bp,编码区序列长度为2253bp,编码750个氨基酸。在理化性质、二级结构、三级结构、系统发生、基因结构等方面对该基因及所编码蛋白进行了预测和分析。结果表明AsAce1蛋白在按蚊中具有很高的保守性;该蛋白是亲水性蛋白,分子量、等电点分别为82.41kD,5.92,二级结构主要以不规则卷曲为主,无跨膜结构域和信号肽;亚细胞定位显示该蛋白位于细胞质中;基因结构为两种相位(1位和2位内含子)。研究结果为AsAce1基因生物学功能的挖掘奠定了理论基础。
     

UGT1A1基因多态性与伊立替康致迟发性腹泻及治疗的研究进展

伊立替康在体内代谢过程受多种酶、基因、蛋白的影响,其中UGT1A1在伊立替康体内代谢过程中的起到了核心作用,目前越来越多的证据表明UGT1A1基因多态性表达与伊立替康迟发性腹泻的发生、发展和治疗有关。了解伊立替康致迟发性腹泻与其剂量、UGT1A1基因多态性的关系和抗腹泻的治疗,可以进一步提高该药的安全性,为临床用药提供参考依据。     

独行菜eEF-1 a基因片段分离克隆及RT-P CR分析

文章根据已知植物eEF-1a（编码 Eukaryotic elongation factor1-alpha）基因的保守序列设计引物,采用 RT- PCR的方法扩增独行菜（Lepidium apetalum Willd．）eEF-1a基因片段。结果获得一大小为570bp 的基因片段,序列比对表明,该基因片段与拟南芥eEF-1a基因核苷酸序列的同源性达到95％,推测该其应该是独行菜eEF-1a基因片段。采用RT- PCR方法,对独行菜三个生长阶段材料及对应阶段冷诱导后地材料中的eEF-1a基因表达作了分析,表明eEF-1a在独行菜组织中表达稳定,可以作为实时荧光定量 PCR研究独行菜基因表达分析中的看家基因。