“传统”垃圾填埋场渗滤液中古细菌16S rRNA基因的RFLP分析

"传统"垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的多样性通过不依赖于培养的分析而获得.将渗滤液中古细菌的16S rRNA基因片断(16S rDNA)选择性地扩增出来并用于构建16S rDNA克隆文库.文库内古细菌16S rDNA的遗传变异性通过RFLP分析(限制性内切酶Hha Ⅰ和Hae Ⅲ)而得到.80个随机选出的古细菌rDNA克隆子被划分为29个不同的RFLP型(组),其中最大的5个型共占所有被分析克隆子的53%左右,而其余24个型的丰度均处于相对较低的水平,其中16个型更仅含有1个克隆子.有关结果表明,对克隆16S rDNA片断的RFLP分析是评估复杂厌氧系统中微生物群落多样性的有力工具.     

分子生物学技术在微生物多样性研究中的应用

用传统的方法很难鉴别微生物的差异,分子生物学技术就很好地解决了该问题,尤其适合于常规方法失效的情况下.该技术的主要程序是:先从微生物中直接提取DNA,对DNA进行PCR(PolymericChain Reaction)或RAPD(Random Amplification of Polymorphic DNA)扩增,然后进行DGGE(DenaturingGradient Get Electrophoresis)电泳,或RFLP(Restriction Fragment Lergth Polymorphism),ELISA(Enzyme-Linked Immunosorbent Assav)分析等,之后进行测序,测序结果与网上基因库进行对比,来确定样品中微生物的种类.此方法是直接从样品中提取总DNA,中间不会造成菌株的富集或衰减,具有很高的准确性.此方法对微生物多样性的深入研究很有效.     

5株生孢囊放线菌的系统发育分析

从河北大学微生物菌种保藏库保藏放线菌中挑选出5株生孢囊放线菌进行系统发育分析。5株生孢囊放线菌的16SrDNA基因序列的系统发育分析结果表明:菌株171259和83975应归属于为隐孢囊菌属(Crytosporngium);菌株87104,171018,171352属于链孢囊菌属(Streptosporangium)。     

赣南脐橙柑橘黄龙病株内生细菌群落多样性研究

柑橘黄龙病发病组织除病原菌韧皮杆菌外,还可能有影响黄龙病菌生长的伴生细菌。利用LB培养基和橙汁培养基对黄龙病株脐橙叶片的内生细菌进行分离培养,通过16S r DNA高通量测序技术对未培养和培养后的内生细菌进行分类鉴定以及菌群结构比较分析。结果表明,未处理叶片中Anderseniella属占90%以上,LB培养基中的优势菌属是肠杆菌属(Enterobacter),而在橙汁培养基中培养后,肠杆菌属和短小杆菌属(Curtobacterium)是优势菌属。3个样本中共有的菌属有11个,且未培养样本中有12个特有菌属。脐橙黄龙病叶片内生菌经培养后,菌群结构会发生明显变化,且不同培养基对菌群结构影响较大。研究结果对于黄龙病菌伴生菌的筛选具有一定的参考价值。     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

TGGE法对白洋淀底泥细菌种群多样性及动态变化的研究

本文应用PCR-TGGE指纹图谱技术对8个地点、8个月份的白洋淀底泥细菌种群的动态变化及多样性进行了研究。研究结果表明白洋淀底泥细菌的16S rDNA的PCR扩增结果约为230bp,为16S rDNA V3区特异片断。8个地点的白洋淀样品的TGGE条带数目和位置表现出明显差异;同一地点、不同时间的样品TGGE图谱差异不大。     

极端干旱区包气带异养微生物16S rDNA的多样性

在黑河流域下游河谷550 cm深的包气带中采集了10个土壤样品,相应地对各个样品中的土壤含水量、总氮、土壤有机质和pH值进行了采样分析,并进行了微生物计数和培养.通过培养,从不同的培养基和不同土壤层,共挑选出120个菌落,然后使用革兰氏染色反应、常规生理生化和内切酶分析,再选出不同的15个菌落进行16S rDNA扩增和序列测定,共发现15种细菌,并建立了可培养微生物的系统进化树.这15个种分别属于蛋白细菌门的α-(2种),γ-(2种)和β-(2种)组,高G C的革兰氏阳性菌(5种),低G C的革兰氏阳性菌(2种)和Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides细菌(2种),这些种群全部属于棒状或段棒状,表现出明显的多样性.结果表明:地下土壤的物理和地球化学特征的不同影响地下微生物的种群数量,该研究为极端干旱区地下微生物生态学和水文地质以及相互作用提供了一个非常有意义的窗口.     

一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

庐山星子温泉成因探讨

从温泉区域地质构造背景入手,利用环境同位素和SiO2温标测算研究资料提供的地热水与补给区的相对时空位置关系,在系统解析补给区与温泉区地貌、地质构造特征以及水文地质条件基础上,认为温泉地热水的成因与庐山地质构造演化所形成的特殊地貌、地质构造环境及水文地质条件有关,有其特殊的形成条件和自然历程.     

鲁山县温泉旅游资源开发研究

在对鲁山县温泉资源特点进行分析的基础上,针对县域温泉旅游开发中存在的问题,指出应围绕打造中国知名的山地温泉旅游地,发展温泉洗浴、SPA、保健按摩、水疗汤治、康复疗养、休闲健身、会议商务等系列化温泉旅游产品,提出未来温泉旅游开发重点,并对温泉资源保护、提升文化内涵、发展多元化温泉旅游产品等问题进行了探讨.     

从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析

 用免培养法(culture-independent approach)从腾冲大滚锅高温热泉中获得的16SrDNA,经克隆筛选,测定了其中5个克隆的16SrDNA插入片段的近全序列.构建的系统发育树分析结果表明,5个克隆中有2个是Bacillus属,1个是Hydrogenobacter属,1个是Pseudomonas属,还有1个在Thermodesulfobacteriaceae科,介于Geothermbacterium属和Thermodesulfobacteria属之间.     

重庆打造"温泉之都"的可行性分析

重庆著名的天然南温泉、小泉、西泉已经断流,北温泉、东泉流量减小,东泉热洞成了干洞子,而今后5年重庆温泉旅游业发展规划是打造"温泉之都".为此,作者在论述重庆地区地下热水水文地质条件,温泉动态发展变化,各温泉之间的相互关系基础之上,分析了开发"温泉之都"的补给条件和储水量,以及"温泉之都"发展纲要中各温泉点之间的相互关系,由此得到开发"温泉之都"的可行性.研究表明,重庆打造"温泉之都"是可行的,但在打造"温泉之都"时要作整体的开采量规划设计,在整体开采量规划设计的条件下再作同一个背斜地下热水系统各开发点开采量规划,这样才能确保"温泉之都"的建设和可持续发展.     

福州温泉旅游开发SWOT分析与对策

温泉是福州市的一大资源和优势,温泉旅游将成为福州旅游经济新的增长点。本文采用SWOT分析方法,分析了福州温泉旅游开发的优势(STRENTH)、劣势(WEAKNESS)、机遇(OPPORTUNITY)、威胁(THREAT),并据此提出福州温泉旅游开发的对策。     

横沟温泉文化旅游项目开发目标探析

对以榆林文化为主题的温泉文化旅游开发项目可行性进行了问卷调查,通过对问卷进行分析并结合我国温泉开发现状及横沟温泉既有文化旅游开发项目,提出以榆林文化为主题的横沟温泉文化旅游开发目标,结合横沟客观环境及榆林文化特点,拟将以闯王温泉区为景区中心,分设窑洞展览区、情景再现区、游客参与体验区、实景微缩区和榆林特产商品区等5个项目区,对榆林文化进行全面开发,使游客同时实现温泉沐浴和文化沐浴的目的,以此将横沟温泉打造成陕北地区独一无二的温泉山庄,更好地促进横沟地方经济的发展。     

环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法

把研究真核细胞表达基因种类和水平的基因标签串测序法引入环境细菌遗传多样性分析,选择细菌６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）内０２６碱基对高变异区段为该基因变异类型的标签,连接成标答中并测序,用标签类型、频率和２多样性指数等参数在分子水平上分析环境细菌遗传多样性,建立了环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法,该方法在分析环境隐含遗传多样性、提示污染生物学效应和评价环境质量等方面有的应用价值。因使用共同     

锰污染稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性研究

采集了湖南省湘潭市锰矿尾渣坝附近受不同程度锰污染的7个水稻田土壤样品,总锰浓度范围为114~4611mg/kg.提取土壤细菌总DNA,用通用引物对其中的16SrDNA进行扩增,然后进行变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis),分析长期受锰污染的水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性变化,存在于污染最严重样点中的细菌种群对锰有较高的耐受性,不同锰污染的样点群落结构发生变化并且有菌种的消亡和新菌种的产生.锰污染直接和间接地改变了水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性.     

粤中长坑金银矿热泉成因及其地质意义

本文首次以较充分的证据证实了粤中长坑金银矿是我国目前已知的规模最大、品位最高的热泉型贵金属矿床，并探讨了其成矿过程。     

不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.