应用表达谱基因芯片筛选植物激活蛋白处理水稻相关差异基因

应用基因表达谱检测植物激活蛋白处理水稻相关差异基因的表达,建立相关基因表达谱。用Cy5和Cy3分别标记激活蛋白处理和对照cDNA,将两种荧光探针混合,与载有10368位点的水稻表达谱cDNA基因芯片进行杂交,并用芯片扫描系统进行扫描,通过Cy5与Cy3信号强度比值的计算研究基因的表达差异。共获得97个差异表达基因,其中上调基因4个,下调基因93个。应用基因表达谱芯片成功筛选了植物激活蛋白处理水稻差异表达的基因,为深入揭示该激活蛋白的作用机制研究提供依据。     

低功率毫米波辐射对HL60细胞基因表达谱的影响

摘要：研究低功率毫米波辐射对HL60白血病细胞基因表达谱的影响。应用基因芯片检测频率41.32GHz的毫米波辐射HL60白血病细胞和未辐射毫米波HL60白血病细胞组基因表达差异,并进行RT-PCR方法验证IL-7、EGF和LGALS3基因变化。 结果与对照组比较,毫米波辐射60min后,HL60细胞增殖,基因芯片检出基因表达上调18个和下调306个,在下调的基因中,RT-PCR 检出IL-7、EGF和LGALS3基因下调与基因芯片结果一致。表明低功率毫米波可导致HL60细胞基因表达谱发生变化,这些变化的基因与HL60细胞增殖功能相关。提示基因表达变化是低功率毫米波辐射HL60细胞所致生物学反应的重要因素。     

基于基因表达谱芯片杂交分析Lamprey-PHB2转染前后Chang liver细胞的基因表达差异

选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异.     

利用寡核苷酸芯片进行拟南芥SO2胁迫基因表达谱分析

运用拟南芥寡核苷酸芯片ATH1,分析SO2胁迫对拟南芥基因表达谱的影响.在22 810个探针中共检出30 mg*m-3SO2胁迫组与对照组间表达改变1倍以上的基因494个,其中上调220个,下调表达274个,主要涉及与细胞代谢(189个)、结合(177个)、转录调控(74个)、结构分子(55个)、信号转导(53个)、物质运输(39个)等功能相关的基因.胁迫组中与细胞防御相关的基因,包括防御酶基因、病程相关蛋白PRs和细胞壁防御相关基因等表达上调.结果表明,SO2胁迫时植物细胞能够通过对基因转录的调控,从分子水平上改变细胞的生理过程,提高植株对逆境的适应性.     

基于数字基因表达谱筛选雌雄鸡胚胎性别分化相关的差异表达基因

目的为探究家禽早期胚胎发育中与性别分化相关基因的表达情况。方法本试验通过数字基因表达谱技术(DGE技术)以发育到72 h的雌性和雄性鸡胚胎为研究对象。结果成功构建了雌性和雄性鸡胚胎文库,通过对比及分析后得出有66个表达差异基因,包括雌性对雄性表现上调的基因为25个、下调的基因为41个。通过对这些差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析显示差异基因主要参与生长发育、生殖、细胞的增殖分化相关,筛选出了5个与鸡性别分化相关的基因,分别是HINT1Z、SOX9、RSPO1、DMRT1和LHX9基因。结论经实时荧光定量PCR验证,结果显示HINT1Z基因在雄鸡中比在雌鸡中的表达量较高,在雌雄鸡中表达差异不显著; RSPO1基因表达雌鸡比雄鸡中高; SOX9基因表达量雄鸡高于雌鸡且差异极显著(P0. 01); DMRT1基因在雄鸡中的表达量高于雌鸡且差异极显著(P0. 01); LHX9雄鸡中的表达量较雌鸡中高但差异不显著。     

基于功能模块的基因表达谱聚类分析

按Gone Ontology基因功能分类体系，将基因模块化地组织成具有显著生物意义的低维功能模块单元，并将其作为新的分析指标用于分类微阵列疾病样本，从而提出了基于功能表达谱的聚类分析新途径、采用NCI60数据集，通过功能表达谱对组织样本进行聚类分析．结果显示，新算法不但得到高准确度的样本分型结果，而且能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释．同时，用基于功能表达谱对组织样本进行聚类分析可以显著降低特征维数，有效地处理高检测误差与基因表达变异问题．     

基因芯片对胃癌和食管癌基因表达谱的对比研究

目的 对比研究胃癌和食管癌的基因表达谱,筛选各自特异性基因.方法 利用基因芯片技术对两种上消化道常见肿瘤胃癌和食管癌的基因表达谱进行分析.结果 筛选出在胃癌中差异表达的基因34个.和21个在食管癌中发生差异表达的基因,最后发现在两种肿瘤组织中都发生显著变化的基因有4个.另外,对这些肿瘤相关基因的表达水平进行聚类分析,可以很清楚地将两种肿瘤组织及正常组织区分开来.结论 利用基因芯片技术可以高通量地筛选出肿瘤组织差异表达基因.通过少量特异性基因的表达水平,可以用来区分不同的肿瘤组织,对将来的基因诊断和基因治疗有一定的参考价值.     

一种改进的谱聚类算法及其在基因表达谱分析中的应用

聚类分析是从基因表达谱数据中提取生物医学信息的主要方法之一.针对传统谱聚类算法无法确定聚类个数的问题,提出一种改进的谱聚类算法并将其应用于基因表达谱聚类分析.首先用基因表达谱数据构造Laplacian矩阵,经特征值分解后得到相应的特征值和特征向量,用谱隙来描述相邻特征值的差值;然后通过寻找谱隙序列的最大值来确定聚类个数;最后从单位化的特征向量着手实现数据类别的划分.通过模拟数据与癌症数据的实验,证明了该文算法的有效性.     

水稻基因表达谱分析寡核苷酸芯片制备的研究

 首先有目的地搜集了50个水稻花序相关基因,进行了探针的设计、筛选及合成纯化,用点样仪以微阵列的形式将其点于醛基化的玻璃片上;将3个不同生长阶段的水稻花序材料的总RNA经荧光标记反转录后与寡核苷酸芯片进行杂交.用ScanArray3000对获得的表达谱进行扫描分析显示,芯片图像背景均匀,信号清晰.用ImaGene4.0软件对表达谱分析表明,候选基因在水稻花序3个不同发育阶段的材料中,表达水平有显著差异.为进一步进行水稻寡核苷酸芯片的制备及应用奠定了基础.     

Isomap在基因表达谱数据聚类分析中的应用

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义 ,并能对数据的类别数作出较好的预测和评估     

人类逆转录病毒的长末段重复序列（VRTVLTR）的表达与肺癌转移的关系

肺癌是最常见的恶性肿瘤之一。肿瘤癌很容易发生转移。实验以17例肺癌（5例肺腺癌、1例腺鳞癌、7例肺鳞癌及4例小细胞末分化癌）的原发灶、癌旁正常组织及转移淋巴结为材料,采用PCR及非放射性标记的RNA斑点杂交分析LTR在基因组的存在及其表达情况。研究结果发现：LTR序列在17例肺癌病人的正常组织及肿瘤组织的基因组中普遍存在,LTR致肺癌转移与其插入基因组中无关;LTR致肺癌转移与其表达增高有关,而且其高表达与小细胞肺癌的转移无关,而与非小细胞肺癌的转移密切相关。提示LTR参与了非小细胞肺癌的转移过程。实验结果为从细胞系获得的结论提供了进一步的证据。     

HCY-2在正常人胚呼吸系统中的表达

目的:研究同型半胱氨酸诱导基因(HCY-2)在发育不同时期的正常人胚气管和肺中的表达,揭示HCY-2基因在呼吸系统发育中的作用.方法:取正常人胚气管和肺,采用免疫组织化学ABC法对气管和肺内HCY-2表达变化进行分析.结果:HCY-2在人胚气管和肺发育的整个时期均表达,其表达部位主要在气管及其各级支气管的上皮和气管腺腺细胞内.结论:HCY-2表达蛋白可能与人胚气管及肺的发育密切相关.     

太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因初探

将搭载于“神舟四号”飞船飞行返地后的宫颈癌Caski细胞进行单克隆化,筛选出生长速度快于对照组、编号为44F10的细胞克隆,G1期细胞减少,S期细胞增多,成瘤能力增强;编号为48A9的细胞克隆细胞学行为与之相反,与对照组差异均有显著性(P<0.05)。为了解太空诱变肿瘤细胞生物学行为改变的机制,从分子水平入手研究经太空诱变的宫颈癌细胞和地面对照细胞的差异表达基因。应用含2747个人类肿瘤相关基因的Oligo双通道芯片研究差异表达基因。分别抽提44F10、48A9组和地面对照细胞的总RNA,逆转录cDNA并标记探针。将实验组和对照组cDNA探针混合,分别与同一张芯片杂交后,用不同的波长扫描荧光强度,从而筛选出差异基因。44F10组有16个基因呈现差异表达,48A9组有36个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及细胞凋亡、细胞增殖、细胞周期调控和信号转导的基因。促进细胞增殖的基因在44F10组中表达上调,而在48A9组中限制细胞增殖的基因表达上调。研究表明,太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因导致了细胞生物学行为的改变。     

基因表达系列分析在肿瘤研究中的应用

基因表达系列分析(serial analysis of gene expression, SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术.它不但能快速、详细地分析成千上万个基因,还能发现新基因,因此是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段.近年来此技术广泛应用于肿瘤的研究,了解肿瘤发病机制,识别诊断和治疗肿瘤的新基因.可以预测SAGE在肿瘤研究和诊断过程中的应用将会对肿瘤的认识和治疗产生深远的影响.     

Rb基因表达与非小细胞肺癌关系的研究

采用mRNA原位杂交和免疫组织化学方法对31例非小细胞肺癌及相应的正常组织进行Rb基因表达的研究。结果显示Rb基因转录的阴性率为16．1％（5／31）,蛋白表达异常率为19．4％（6／31）。表明,非小细胞肺癌的发生与Rb基因的表达有关。     

肺癌的基因治疗

肺癌的发生、发展和演变与细胞原癌基因的激活和抑癌基因的失活有着 密切的关系，并已证实肺癌是一种多基因分子异常病。它的基因治疗是针对肺癌发生的分子生物学特点，通过基因转移技术，将新的外源目的基因引入肿瘤细胞或其他体细胞以纠正或补偿缺陷的基因，从而达到治疗疾病的目的。     

肺癌组织中的c-erbB-2原癌基因产物的表达及意义

c-erbB-2原癌基因在增殖和分化中起重要作用。用ABC观察67例肺癌时发现，c-erbB-2原癌基因产物增强表达为62．7％，而在10例正常肺、4例炎性假肺瘤中为阴性，这表明c-erbB-2原癌基因在肺癌诊断中县有一定的价值。组织分级高分化差的肺癌，阳性率明显降低，这与癌基因表达的不平衡性有关。     

中国肺癌的驱动基因研究进展

 肺癌是中国发病率及死亡率最高的恶性肿瘤。肿瘤细胞在驱动基因的作用下持续生长,并对该驱动基因的抑制剂具有高敏感性。近年来,针对驱动基因的检测技术不断发展,相应的驱动基因靶向药物也层出不穷。本文主要从中国肺癌的驱动基因、驱动基因的检测及针对驱动基因的靶向治疗3 个方面进行综述,并展望中国肺癌驱动基因的应用前景。