基于BATMAN-TCM在线分析平台研究 钩藤药理机制

目的基于BATMAN-TCM在线分析工具研究钩藤主要活性成分及药理机制。方法从BATMAN-TCM数据库中提取钩藤的化学成分,以Score cutoff≥30和P≤0.05筛选活性成分及作用靶点,分析靶点富集的信号通路与疾病,构建活性成分-靶点-通路-疾病网络,预测钩藤的多维药理机制。结果获得钩藤碱、毛钩藤碱、卡丹宾碱等23个主要活性成分;以及DRD2(多巴胺受体D2基因)、HTR1A(5-羟色胺受体1A)、HTR1B(5-羟色胺受体1B)、SLC18A2等21个核心靶点;活性成分可关联细胞间隙连接、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路11条;可治疗疼痛、心血管系统和神经系统等相关疾病21种。可进一步验证钩藤"多成分—多靶点—多通路"的作用机制。结论本研究从网络药理学角度探讨钩藤主要活性成分、相关通路及多种药理作用机制,为进一步探讨其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学与分子对接探索人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化的分子机制

基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...     

基于网络药理学预测地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制

研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。     

三七-白及药对作用机制的网络药理学分析

通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.     

基于网络药理学和分子对接探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病的机制

运用网络药理学方法探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三黄泻心汤的有效成分及作用靶点。通过GeneCards数据库检索并筛选出AD相关靶点，维恩图获取药物与疾病交集靶点。使用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息。使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图，通过DAVID数据库对共同靶点进行GO(gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。筛选出三黄泻心汤47个有效成分，71个药物与疾病交集靶点，主要活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、汉黄芩黄素、黄芩新素、半枝莲种素、苏荠苎黄酮，核心靶点为IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA、TP53。GO功能分析主要涉及药物反应、缺氧反应、细胞迁移的正向调节、一氧化氮生物合成过程的正调控等生物过程，KEGG分...     

基于网络药理学探讨瘤果黑种草子的抗炎机制

目的 运用网络药理学技术研究瘤果黑种草子抗炎作用机制。方法 通过文献检索及Swiss Target Prediction数据库进行成分靶标预测;采用OMIM、DrugBank、Genecard数据库进行疾病靶标搜集,使用Venny2.1.0分析共同靶标;构建蛋白互作网络,按照平均degree值筛选重要靶标;构建成分-共同靶标网络;对重要靶标进行基因本体和生物通路富集分析。结果 收集到化合物57个,预测到药物和疾病的重要交互靶标101个。生物功能富集得到细胞组分111条、分子功能139条,生物过程2 104条,信号通路165条。细胞组分以膜成分为主,分子功能排名靠前的多为G蛋白偶联受体,生物过程涉及激酶、转移酶活性调控、MAPK级联调控等。通路富集到以IL-6、STAT3等为关键基因的Th17细胞分化通路,与瘤果黑种草子的抗炎机制密切相关。结论 运用网络药理学分析技术,针对中药多组分、多靶标、多通路的特点,分析了瘤果黑种草子抗炎的潜在机制,为瘤果黑种草子的深入研究提供参考,然其核心靶标和具体的调控机制尚待进一步的实验验证。     

基于网络药理学和分子对接探讨桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的作用机制

基于网络药理学研究桂芍镇痫片抗颞叶癫痫的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索桂芍镇痫片的有效成分和作用靶点，使用Uniprot数据库进行标准基因名转化；通过OMIM,GeneCards和DrugBank数据库检索颞叶癫痫相关的疾病靶点，使用维恩图获得桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的交集靶点；运用Cytoscape 3.8.2软件构建药材-成分-靶标网络图，分析核心成分和关键分子靶点；使用基因本体富集和京都基因与基因组百科全书分析靶点的生物学过程和相关通路；使用前三个关键靶点与其对应的前两个核心化合物进行分子对接验证。通过筛选，共获得127个有效成分和46个相关靶点，其中，β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚等14个成分发挥核心作用，涉及CALM1、SCN5A、GSK3B等11个关键靶点。抗癫痫作用主要涉及膜电位调节、药物响应等生物学过程，突触后膜和树突等细胞组成，离子通道和钙调蛋白等分子功能，神经活性配体-受体相互作用、尼古丁成瘾等相关通路。分子对接结果显示CALM1、SCN5A、GSK3B三个靶点分别和对应的核心化合物有较好的结合能力。桂芍镇痫片通过减轻氧化损伤和保护神经元，影响离子通道和...     

葛根芩连汤治疗肺动脉高压的作用机制研究

通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药物靶点和疾病基因映射,并对交集靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析....     

黄芩治疗主动脉夹层作用机制的预测及相关mRNA-miRNA-lncRNA网络构建

目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点，通过挖掘GEO数据库，使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络，并行GO功能及KEGG通路富集分析，最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个，其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示，这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示，汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...     

基于网络药理学技术的肉苁蓉治疗便秘的分子机制研究

运用网络药理学探讨肉苁蓉治疗便秘的作用机制.通过TCMSP数据库和文献挖掘获取肉苁蓉潜在活性成分,并结合Pharmmapper数据库、OMIM和GeneCards数据库分析其治疗便秘的作用靶点.采用String数据库得到靶点蛋白互作网络关系,运用R软件包clusterProfiler对靶点进行GO功能富集分析和KEGG...     

网络药理学与分子对接研究黄芪治疗阿尔兹海默病的作用机制

为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明：筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。     

基于网络药理学挖掘连翘治疗胆汁淤积的机制

本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能（GO）和通路（KEGG）富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。     

基于网络药理学和分子对接探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。     

基于网络药理学和分子对接研究十味益脾颗粒的作用机制

为了挖掘十味益脾颗粒中治疗脾虚食滞症的主要药效成分及其作用机制,通过相关文献以及中药系统药理学数据库与分析平台获取十味益脾颗粒中10味药材所含的主要化学成分并构建化学成分库,通过多个数据库构建相关靶点库;运用Genecards数据库、OMIM数据库、TTD数据库搜索积食、健脾有关的疾病靶点;通过化学成分-潜在靶点网络筛选关键成分和关键靶点,构建中药-关键成分-关键靶点-疾病网络筛选核心成分和核心靶点;使用SwissADME数据库对核心成分进行分析;采用CB-Dock网站进行分子对接。结果表明,槲皮素、茯苓酸A、茯苓酸C、β-谷甾醇是十味益脾颗粒中的核心成分,CA2、PTGS1、PTGS2是十味益脾颗粒作用的核心靶点。分子对接结果显示核心成分与核心靶点的亲和作用较好。该研究为深入诠释十味益脾颗粒的作用机制和临床应用提供了理论基础和数据支撑。     

基于网络药理学探讨复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学探讨复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的作用机制.方法 通过TCMSP数据库获取复方葛仲补骨汤中葛根、杜仲和黄精三味药材的化学成分,并筛选出主要活性成分.通过TCMSP数据库和Pharmmapper数据库获取主要活性成分的靶点蛋白质,并通过OMIN、GeneCards、Drugbank和TTD 4个数据库获取骨质疏松症的靶点蛋白质.取成分对应靶点和疾病对应靶点的交集,借助String数据库构建药物-疾病蛋白质互相作用网络(PPI),最后进行药物-疾病的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.结果 三味中药材去除重复基因后共获得靶点基因275个.在药物-成分-靶点的网络中可以清晰地看到有效成分主要有槲皮素、β-谷甾醇和山柰酚等,VEGFA、ALB等靶点基因为关键靶点,主要参与的生物进程有介导类固醇激素反应、细胞因子介导的信号通路等,主要调节的通路有IL-17信号通路、FoxO信号通路等.结论 槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚是复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的物质基础,其通过作用于IL-6、VEGFA、ALB、MMP-9等靶点基因调控IL-17信号通路、FoxO信号通路,进而治疗骨质疏松症.     

基于网络药理与分子对接研究百合行治疗认知障碍的机制

为了研究百合治疗认知障碍的作用机制,采用网络药理学方法从TCMSP数据库中筛选出百合的7种主要活性成分及其潜在的465个作用靶点.在GeneCards,OMIM,PharmGkb,CTD,DrugBank数据库中获取认知障碍疾病靶点,然后取百合化学成分与认知障碍靶点两者交集,得到“药物成分—疾病”交集靶点44个.采用Metascape利用STRING数据库,构建交集靶点蛋白相互作用（PPI）网络图,筛选后得到核心靶点与核心成分,其中MAOB（单胺氧化酶B）、CASP3（半胱天冬氨酸蛋白酶3）、ESR1（雌激素受体）、JUN（1号染色体的基因）、CASP8（天冬氨酸蛋白水解酶8）、CASP9（天冬氨酸蛋白水解酶9）、PGR（类固醇受体基因）、AR（肾上腺素能受体）、SLC6A3（多巴胺转运蛋白基因）、PTGS2（环氧合酶-2）为百合药效成分抗认知障碍作用的关键靶点蛋白.利用DAVID和Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,采用AutodockVina平台实现分子对接.结果表明,百合的4个活性化合物与10个认知障碍关键核心靶标相关,参与调节的关键信号通路有30条.其中,度值较大的化学成分有豆甾醇、3-去甲秋水仙碱、β-谷甾醇、松香酸;度值较大的靶点蛋白有MAOB,PTGS2,CASP3,CASP9等;主要涉及的通路有神经活动配体—受体相互作用通路、钙离子信号通路、小细胞肺癌通路等.百合治疗认知障碍的作用机制可能是通过抑制单胺氧化酶B的活性,改善认知功能.     

当归治疗乳腺癌网络药理学机制研究

运用网络药理学探讨当归治疗乳腺癌的作用机制。运用中药药理学数据库(TCMSP)设定药物口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,筛选出当归125种活性成分,通过Gene Cards、OMIM等数据库查寻乳腺癌基因。使用Cytoscape软件构建当归治疗乳腺癌的“成分-靶标-疾病”网络图,将关键核心靶点导入STRING库,绘制蛋白质互作(PP2)网络图,对PPI可视化分析。对核心靶点进行GO、KEGG分析,探究当归治疗乳腺癌的物质基础及作用机制。筛选出当归主要有效活性成分2个,作用于40个靶标,GO功能富集提示的生物学过程及功能集中在G蛋白偶联胺受体活性(9个蛋白)、突触后神经递质受体活性(7个蛋白)、神经递质受体活性(7个蛋白)、被动跨膜转运蛋白活性(7个蛋白)等。KEGG分析揭示当归治疗本病主要以Ca信号、p53信号、Estrogen信号等通路为主。通过本次研究可探讨当归治疗乳腺癌的机制,为新药等研发提供依据。     

基于网络药理学的白鲜皮抑菌活性成分研究

基于网络药理学分析白鲜皮发挥抑菌作用的物质基础.通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国知网和万方数据库检索白鲜皮中的化学成分,然后利用Molinspiration Property Calculator查看白鲜皮化学成分的成药性质,通过对比类药五规则筛选白鲜皮的活性化学成分,SwissTargetPrediction预测白鲜皮中活性成分作用的靶点,然后再通过Uniprot蛋白数据库进一步筛选与抑菌相关的靶点,建立靶点数据集;使用Cytoscape 3.7.0软件构建"成分-靶点"网络,并根据度值筛选出关键靶点.共收集到白鲜皮化学成分110个,作用于20个靶标,涉及Phosphatidylinositol 4,5-bisphos-phate 3-kinase catalytic subunit delta isoform(PIK3 CA),Arachidonate 5-lipoxygenase(ALOX5),Arachidonate 15-lipoxygenase(ALOX15)和Prostaglandin G/H synthase 2(PTGS2)等.本研究结果预测了白鲜皮发挥抑菌活性的药效物质基础,白鲜皮以多成分和多靶点的协同作用发挥抑菌作用,为进一步揭示其作用机制提供了科学依据.     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...