基于细胞色素b序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体细胞色素b序列进行测定和分析,45个样本经重排比较后获得1 064 bp的同源序列.共检测到161个变异位点,占分析位点数的15.13%.同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为14.38%、13.47%、13.38%、10.24%、9.49%.核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为0.065 47、0.049 05、0.048 81、0.036 19、0.033 81.本研究结果表明,新吉富罗非鱼仍保持了一定程度的遗传变异水平,新吉富罗非鱼逐步趋于纯化.     

尼罗罗非鱼选育家系的遗传多样性研究

近年来,微卫星标记技术因其引物通用性强、检测快速、多态信息含量高等优点发展并成为各种物种基因组作图的首选标记。本文利用11个微卫星标记分析14个尼罗罗非鱼家系的遗传多样性,研究尼罗罗非鱼群体的遗传多样性和家系间的遗传关系。结果表明,11个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为8.36;14个尼罗罗非鱼家系的平均多态信息含量、平均杂合度、平均有效等位基因数分别为0.499 3、0.558 3、2.608 0,表现为较高的遗传多态性。对14个尼罗罗非鱼家系间的遗传距离分析发现,家系NT207与NT213遗传距离最小,为0.204 4;家系NT208与NT210遗传距离最大,为0.760 9。14个尼罗罗非鱼家系间的平均遗传相似性指数为0.649 6,平均遗传距离为0.440 2。UPGMA系统树分析结果表明,家系NT215、NT218、NT210与NT211构成一个分支;家系NT214、NT203、NT206、NT207、NT213、NT217、NT209与NT216构成另一个分支;而家系NT208、NT201与其他家系的遗传距离则较远,分别构成独立的分支。     

尼罗罗非鱼RAPD标记及其遗传多样性分析

采用 4 18个引物对尼罗罗非鱼进行了RAPD分析 ,筛选出 4 6个重复性好、可用于尼罗罗非鱼RAPD标记的引物 .另用 12个引物对尼罗罗非鱼群体 (2 3尾 )进行了遗传多样性分析 :共检出 5 8个位点 ,其中 18个位点表现出多态性 ,多态位点比例达 31.0 3% ,其群体的Nei&Li氏遗传相似率为 90 .2 3% ,申农信息指数为0 .10 0 5bit.上述三项指标表明 ,该尼罗罗非鱼群体保持着较高水平的遗传变异 .     

野生和人工选育黄河鲤遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对采集于长垣天然文岩渠(野生群体)、河南省水产科学研究院(黄河品系Ⅰ群体)、小浪底水库(野生群体)、河南黄河鲤鱼良种场(豫选黄河鲤群体)的4个群体黄河鲤的120个个体的遗传多样性进行了分析.8个ISSR引物共获得64个扩增位点,其中多态位点31个,多态位点比例为48.44%.4个群体的多态位点比例分别为14.06%,32.81%,34.38%和20.31%,遗传距离分别为0.0576、0.1657、0.1674和0.0800,Nei基因多样性分别为0.0538、0.1099、0.1308和0.0723,Shannon信息指数分别为0.0784、0.1669、0.1923和0.1072.文岩渠群体与黄河品系Ⅰ群体遗传距离最远(0.1717),与小浪底水库群体遗传距离最近(0.0558).表明这些群体间发生了较弱的遗传分化.UPGMA聚类结果为文岩渠群体与小浪底群体先聚在一起,其次是与豫选黄河鲤,最后与黄河鲤品系Ⅰ相聚.用AMOVA进行遗传变异方差分析得到遗传变异固定指数(Φst=0.0179,P0.05),显示黄河鲤大部分变异(98.21%)发生在群体内,群体间变异较小(1.79%).说明人工选育群体的遗传结构尚未发生明显变化.     

中国南部沿海条纹斑竹鲨遗传多样性研究

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了中国南部沿海闽东(MD)、闽南(MN)、粤西(YX)3个条纹斑竹鲨地理群体遗传多样性和遗传结构.结果表明,34个随机引物在这3个群体中共检测出316个位点,各群体检测出的位点数分别为308、308、303,其中多态位点数分别为49、52、42,多态位点比例分别为15.90%、16.88%、13.86%.3个群体的Shannon多样性指数分别为0.099 8、0.105 5、0.093 6;表明条纹斑竹鲨群体的遗传多样性水平较低.遗传距离和UPGMA聚类分析结果显示条纹斑竹鲨的基因交流模式属于沿海岸线的距离隔离模式,遗传差异大小与地理距离远近相关.进行分子方差分析(AMOVA)得到遗传变异固定指数(FST=0.044 04,p＜0.05),显示大部分变异(95.60%)发生在群体内部,群体间变异较小(4.40%).     

新疆驴地方类群微卫星标记与体尺性状的相关分析

运用8对微卫星引物对新疆3个地方驴群体的遗传多样性进行检测,统计并计算了等位基因频率,群体多态信息含量,有效等值基因数,杂合度和遗传距离。根据Nei氏标准遗传距离利用PHYLIP3．6软件采用NJ法构建系统发生树。结果表明：8个微卫星基因座在3个地方驴群体中均表现高度多态,可用于遗传连锁及进化分析。同时,分析了不同微卫星座位与体尺性状间的相关性,等位基因190与体长和胸围呈显著负相关。     

基于RAPD标记的罗布麻野生居群遗传多样性分析

利用RAPD技术对采自我国8个省份的9个罗布麻野生居群进行遗传多样性分析.从80条随机引物中筛选出17条引物,共扩增出157条带,其中多态性带108条.物种水平的多态位点百分率(PPB)为68.79%,Nei’s基因多样性指数H为0.2296,Shannon’s多态性信息指数I为0.3390.居群间的遗传分化系数Gst为0.8841,即11.59%的遗传变异来自于居群内,88.41%的遗传变异来自于居群间,居群间的遗传分化水平远高于居群内.居群间遗传距离与聚类结果显示各居群间的亲缘关系与地理分布不完全相关.针对现有罗布麻的遗传多样性现状,建议加强对现有自然居群的保护.     

长江、辽河野生与天津养殖中华绒螯蟹同工酶的比较

使用水平式淀粉凝胶电泳法,对采自长江、辽河的2个野生群体、天津津南区1个养殖群体的中华绒螯蟹的腿部肌肉进行了AAT,GPI,IDH,LDH,MDH和6-PGD共6种同工酶的电泳分析,结果检测出7个基因座位,其中在GPI*,IDH*和MDH-2*的3个基因座位上有变异存在.若以基因座位上的最高基因频率≤0.99为多态基因座位,则3个群体的多态基因座位比例分别为长江蟹42.9%,辽河蟹14.3%,津南蟹28.6%;若以最高基因频率≤0.95为多态基因座位,则3个群体的多态基因座位比例分别为14.3%,14.3%和0;平均杂合度预期值分别为0.030 3,0.013 6,0.015 3;长江蟹与辽河蟹、津南蟹间的Nei遗传距分别为0.000 168,0.000 198,辽河蟹与津南蟹间的Nei遗传距为0.000 022.     

丁鱼岁遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD分子标记技术对15个丁鱼岁养殖个体的遗传多样性进行分析.选用20个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增,有16个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,其中S103、S104和S105为多态引物.16个引物共扩增出65个DNA位点,片段大小在200~3 000 bp之间,其中多态性位点6个,多态位点比例为9.23%.个体间遗传距离在0~0.067 4之间,平均遗传距离为0.028 6.结果显示,丁鱼岁养殖群体的遗传多样性水平较低.     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

AFLP的一种改进方法

扩增片段长度多态性技术是一种兼具稳定性及多态检出率高的ＤＮＡ指纹分析技术,具有广泛应用前景,但该技术费用高,操作较复杂,本文对ＡＦＬＰ技术从限制性内切酶水解,扩增条件,检测方法三方面作了一些改进,建立了一磋稳定的和简便易行的实验条件,同时对这种改进的方法对家蚕基因组ＤＮＡ的多态性进行了初步研究,得到了良好的ＤＮＡ的多态性检测效果,不仅分辨力较高,而且带型稳定。     

分子标记及AFLP技术

分子标记类型可以基因表达的结果为基础,对基因的间接反映;分子标记则是DNA分子碱基序列变异的直接反映.早期利用限制性内切酶,酶切生物体DNA后来检测不同遗传位点等位变异(RFLP)和以一个碱基顺序随机排列的寡核苷酸序列为引物,利用对基因组DNA随机扩增来鉴别DNA多态性(RAPDs).真核生物基因组中普遍存在的重复序列产生了微卫星(microsatellites)标记技术.而RFLP与RAPDs有机结合形成了有着更为广阔的应用前景的AFLP技术.SNP标记利用大多数基因位点上都会有若干个等位型(alleles)为DNA芯片技术应用于遗传作图提供了基础.     

赤点石斑鱼7个地理群体的AFLP分析

 应用AFLP技术对赤点石斑鱼Epinephelus akaara 7个地理群体进行了遗传多样性及遗传分化的分析。结果显示：不同群体的遗传多样性差异较大,大亚湾群体和舟山群体遗传多样性最低,湛江群体最高;通过UPGMA聚类,7个群体88个个体明显分成3支,三亚群体单独聚为一支（Clade A）,湛江群体的部分个体聚类为一支（Clade B）,湛江群体剩余个体和其他5个群体的个体聚为一支（Clade C）。其中在分支C中存6个小的分支,这6支中个体间基本以地理群体进行聚类。研究结果为赤点石斑鱼种质资源保护和遗传改良提供了遗传学依据。     

AFLP分子标记在鹀属遗传多样性分析中的初探

利用扩增片断长度多态性（AFLP）技术分析了鹀属(Emberiza)4种鹀(三道眉草鹀Emberi za cioides, 白头鹀Emberiza leucocephala, 白眉鹀Emberiza tristrami, 灰头鹀Emberiza spodocephala)基因组DNA的多态性. 在选取的39对引物中, 有11对能得到重复性好的多态性扩增条带, 每对引物扩增带数为27~76. 共得到535个标记位点, 其中429个为多态位点, 多态位点 比率达801%; 在UPGMA聚类关系图中, 4种鹀聚成一大类, 三道眉草鹀与白头鹀、 白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚. 结果表明, AFLP可用于分析鹀属遗传多样性.     

AFLP 指纹图谱技术在动物物种鉴定中的应用

用A FLP (扩增片段长度多态性)方法来构建类牛、家牛和黑熊的D NA指纹图谱，并结合国内实验室的具体情况，避免使用同位素;采用3条技术路线，并灵活应用了两种酶，同时切割和分别在连接寡聚核苦酸接头前后进行切割;在引物设计时应用3 ’端有差异的选择性引物进行P CR扩增，同时对实验结果进行比较。结果表明: 两种酶分别在连接寡聚核苦酸接头前后进行切割，然后用单种引物扩增前一种酶切割的片断能获得比较好的结果。因此，A FLP可用于野生动物D NA分子水平上的鉴定。     

朝天椒遗传多样性的AFLP标记分析

利用AFLP技术对22份朝天椒材料进行遗传多样性分析.结果显示,9对AFLP引物共扩增出724条谱带,其中97条为多态性条带,占总条带数的13.40%.聚类分析表明,材料间遗传距离GD变幅为0.028～0.677,平均值为0.306;位点多态性信息含量PIC变幅为0.157～0.399,平均值为0.263;在遗传距离GD值0.360水平上,22份朝天椒材料可聚成三大类.AFLP标记揭示出这22份朝天椒材料遗传变异较小,遗传基础比较狭窄.     

中国大鲵5个野生种群的AFLP分析

 采用AFLP技术对中国大鲵四川、贵州、湖北、陕西及河南五个野生种群的遗传多样性和遗传分化水平进行了评估。9对引物组合在5个野生种群中共扩增出507条带,其中多态性条带为354。多态位点比例（69.82%）、香农信息指数（0.362 9）和基因多样性指数（0.241 4）等参数均较高,显示中国大鲵遗传多样性水平较为丰富。AMOVA分析发现,中国大鲵遗传多样性绝大部分位于种群内（97.94%）。种群间遗传分化较弱（Фst = 0.021,P<0.001）。根据种群间遗传距离构建的UPGMA树基本依照流域进行聚类,结合化石证据,推测中国大鲵由北向南进行扩散。     

AFLP分子标记在鉴定海滨锦葵杂交后代上的应用

海滨锦葵是较好的食用和工业利用的盐生经济植物。用 AFLP分子标记对海滨锦葵两对杂交亲本的36个F1 代个体的真伪进行了鉴定。18个AFLP引物对在亲本Hy103×Hh182间扩增出1 100条AFLP带,其中108条是多态带(多态率为9.82%);在亲本Slhy353×Blho301间扩增出1 181个AFLP条带,其中148条是多态带(多态率为12.51%)。实验结果表明:(1)引物对E AAC / M CTC在亲本Hy103×Hh182间扩增出5条父本特征带:401 bp,390 bp,156 bp,137 bp和108 bp,引物对 E AAG/M CTG则产生了7条:457 bp,356 bp,312 bp,251 bp,240 bp,190 bp和76 bp。父本特征带从Hy103×Hh182的8个F1 代个体均扩增出,表明其为真杂种;(2)引物对E AAC/M CTT在亲本 Slhy353×Blho301 间扩增出 5 条父本特征带:440 bp,393 bp,289 bp,162 bp和67 bp,引物对 E ACA/M CAT 则产生了 4 条: 448 bp, 360 bp, 217 bp和 145 bp;父本特征带从Slhy353×Blho301 28个F1 代个体中的26个个体上扩增出,表明其为真杂种,另外2个为假杂种。     

坛紫菜种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术从基因组DNA水平上分析福建省主要坛紫菜栽培品系和诱变筛选获得的突变品系的遗传差异,在25对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,总共在667个位点能扩增出条带,每对引物扩增带数为24~90条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异.共得到522条多态性条带,占总扩增带的78.3%.根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(D)和相似性系数(GS).优良品系GL和CCS之间的遗传距离最小,仅为0.264,不同样品间的相似性系数介于0.602~0.736之间.并根据D值绘制了它们的UPGMA聚类图谱.