鸡传染性支气管炎病毒M41及疫苗株H52,H120 S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列,设计了一对引物并以RT—PCR特异性扩增出IBV标准强毒株M41和疫苗株H52,H120的S1基因,基因产物大小为1．62kb,与预期相符,对其测定序列后,同源性比较显示M41株与H52,H120的核苷酸序列的同源性分别为99．2％和97．1％,推导的氨基酸序列的同源性分别为98．3％和95．4％,该结果表明IBV M41与疫苗株H52,H120在S1基因上具有高度的同源性。     

禽传染性支气管炎病毒弱毒疫苗株H52反向遗传株的构建

IBV H52基因组全长27.6kb,分13个1.3-2.9kb的片段扩增H52全长cDNA,额外扩增N-3’片段,并克隆到载体PMD19-T上.利用No see’m技术在每个片段中引入BsaI或BsmBI酶切位点,D1片段中引入无义突变位点,在5‘UTR端和N-3’引入T7启动子,3’UTR端引入Poly（A）尾.将克隆好的13个片段酶切,纯化,体外无缝连接为全长cDNA.将全长cDNA及N-3’体外转录获得它们的转录体,将转录体共转染BHK-21细胞,48h后收获细胞液,将细胞液接种10日龄SPF鸡胚获得反向遗传株H52-R.在鸡胚中盲传5代后,通过RT-PCR对无义突变位点进行扩增及序列分析,在反向株H52-R中发现引入的无义突变位点.对反向株H52-R的一些生物学特性如HA、EID50等测定发现,H52-R的这些生物学特性与亲本株H52相似.     

表达鸡传染性支气管炎病毒SD/97/01株S1蛋白的重组杆状病毒的构建

采用BAC－TO－BAC杆状病毒表达载体体系构建了表达鸡传染性支管炎病毒（IBV）呼吸型毒株SD／97／01S1蛋白的重组杆病病毒，含SD／97／01株S1基因原重组质粒p MDSD9701S1用BamHI和SalI双酶切后，回收的片段并克琶杆病病毒转座载体pFASTBACHTa中多角体基因启动子的下游，筛选出重组转座质粒pFASTSD9701S1U并转化大肠杆菌DH10BAC后,获得重组穿梭质粒rBacmidSD9701S1，用重组穿俊质粒DNA转染昆虫Sf9细胞，获得了含SD／97／01S1基因的重组杆状病毒rAcSD9701S1，重组病毒感染Sf9细胞后，用SDS－PAGE、Westernblot和IFA对细胞表达产物进行检测和分析。结果表明：构建的重组杆状病毒能够在昆虫细胞中表达SD／97／01的S1蛋白，该蛋白具有天然蛋白的抗原性。     

鸡传染性支气管炎病毒分子生物学的研究进展

叙述了国内外对传染性支气管炎病毒(IBV)的基因组结构及转录过程；IBV的结构蛋白及生物学功能；IBV诊断的现代生物技术手段；IBV基因工程疫苗与免疫预防等。     

伪狂犬病毒糖蛋白H基因片段的克隆,序列测定和分析

对伪狂犬病毒湖北地方株（ＰＲＶ ＨＢ株）糖蛋白Ｈ基因片段进行了扩增、克隆、序列测定和分析，比较了该序列与ＰＲＶ Ｋａ株及ＮＩＡ－３株三之间的同源性。结果显示，克隆片段长１３９６ｂｐ，Ｇ＋Ｃ含量７５．６％包括糖蛋白Ｈ（ｇＨ）Ｎ端２８３个氨基酸编码区及上游调控序列和胸苷激酶端１３     

国内鸡传染性支气管炎病毒的分离与鉴定

对国内五个省患呼吸系统和肾脏系统疾病的肉鸡和蛋鸡19份样品进行了IBV分离和鉴定,结果表明RNZ与M41同型.HV、NB-90、TJ株与美国G株和澳大利亚T株血清型相同,证明国内存在不同的IBV血清型株.     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

羊传染性脓疱病毒吉林分离株F1L基因的克隆与同源性分析

通过参考GenBank中羊传染性脓疱病毒的F1L基因序列设计引物, 应用PCR技术的特异性扩增了羊传染性脓疱病毒JLSY04株的F1L基因片段, 测序得到了该病毒F1L基因序列, 并与几个参考毒株序列进行比对. 实验结果表明, 羊传染性脓疱病毒JLSY04株与OV/Torino株同源性最低, 为96.0％, 与Jilin株同源性最高, 为99.4%. 即该羊传染性脓疱病毒JLSY04株F1L基因与其他参考毒株间的差异较小, 可作为基因工程疫苗的目的基因.     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5''''端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV—Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆于pUC19中，构建成重组质粒pLR8．PCR检测和酶切检测表明，获得了ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆，从该cDNA两端进行了两次序列分析，并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较，5个序列间具高度同源性。     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板,经反转录PCR扩增,将获得ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆于pUC19中,构建成重组质粒pLR8.PCR检测和酶切检测表明,获得了ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆,从该cDNA两端进行了两次序列分析,并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较,5个序列间具高度同源性.     

水稻nmads 1基因的序列测定与结构分析

用PCR对6个水稻基因组BAC克隆进行了筛选，得到了水稻nmads1基因2933bp的序列，通过与mmads1基因的cDNA序列比较，发现nmads1基因含6个内含子和6个外显子，5′非编码区有2个TATA盒及1个Car G类似序列。     

禽巴氏杆菌株粘附蛋白基因的克隆和序列分析

用PCR从禽巴氏杆菌P-1059基因组DNA中分别扩增编码粘附蛋白OmpH,PtfA,PlpE和PM1665的基因序列,将PCR产物克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌DH5α,经菌落PCR筛选含有重组质粒DNA的重组子,并对目的基因进行测序.DNA测序结果表明,P-1059株ompH,plpE,ptfA和pm1665基因大小分别为1 032,1 008,435,348bp,分别编码343,335,144,115个氨基酸的多肽.Blast分析结果显示,P-1059株与已报道不同血清型巴氏杆菌ompH基因的同源性为95%~97%,与ptfA基因的同源性为95%~99%,与plpE基因的同源性为94%~97%,而与pm1665基因的同源性为99%.克隆得到的ompH,ptfA,plpE和pm1665基因,为禽巴氏杆菌粘附因子及其致病机理的研究奠定基础.     

盐藻Psy基因保守序列的克隆及同源性分析

文中根据两种藻——Dunaliella bardawil和Haematococcus pluvialis的Psy cDNA保守序列以及6种植物——Arabidopsis thaliana，Oryza sative，Tagetes erecta，Lycopersicon esculentum，Capsicum annuum和Daucus carota的Psy基因氨基酸保守序列设计了上游引物5’-GAGTACGCCAAGACCTTCTA-3’和下游引物5’-GTTGTCATAGTCATTCTTCTC-3’．以盐藻基因组为模板、以46～35℃每循环递减0．5℃的退火温度扩增获得的大小约为2490bp的片段，经NCBI／BlastP同源性分析推测其为Psy基因的部分片段．     

根癌土壤农杆菌Ti质粒毒性区VirD1基因的克隆及序列分析

根据U．Washington报导的根癌土壤农杆菌(Agribacterium tumefaciens)C58Ti质粒基因序列，设计1对引物，利用PCR的方法扩增了c58根癌土壤农杆菌Ti质粒毒性区VirD1基因。通过琼脂糖凝胶电泳，所得E1的片段略小于500bp，与引物设计跨幅片段476bp相吻合。将此片段连接到T载体，经蓝白斑筛选、PCR鉴定、测序及DNA序列分析，结果表明：克隆VirD1基因编码序列与报导的序列同源性达100％，说明通过PCR方法获得的VirD1基因片段是正确的，为进一步研究该基因的表达和活性奠定了基础。     

Cloning,Sequencing and Phylogenetic Study of rbcL Gene from Cyanobacteria Arthrospira and Spirulina

Large subunit gene of rubisco (rbcL) of cyanobacteria Arthrospiraplatensis FACHB341, A. platensis FACHB439, A. maxima OUQDSM and Spirulina sp. FACHB440 is cloned, sequenced and characterized. Results show that GC content of the gene in strain Spirulina sp. FACHB440 is higher than that in the others. The alignments based on deduced amino acid sequences indicate that Spirulina sp. FACHB440 is different from that in other three samples of Arthrospira, though they have the same conserved functional sites (95, 98, 121, 124, 221, 257). The nucleotide sequence similarity among the three strains of the genus of Arthrospira (96.5 - 99.6% ) is higher than that between Arthrospira and Spindina (78.1 - 78.5 % ). By comparison of the corresponding sequence of other cyanobacteria, a phylogenetic tree with two clusters is constructed. A. platensis FACHB341, A. maxima OUQDSM and A.platensis FACHB439 form the monophyletic linage, which is fully supported by bootstrap values (1000), while Spirulina sp. FACHB440 and Anabaena sp. PCC7120 cluster in another linage with the bootstrapvalue of 909.     

鞘氨醇单胞菌N1菌株的16SrDNA序列分析和溴氨酸降解的动力学

对降解蒽醌染料中间体溴氨酸的N1菌株进行了16S rDNA序列分析和溴氨酸生物降解的动力学研究．N1菌株经过16S rDNA序列测定和同源性分析,被鉴定为鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas sp．,以前曾称为Pseudomonas sp．）．在高浓度溴氨酸时N1菌株的降解过程存在底物抑制现象,其行为符合Andrews提出的描述微生物菌体生长的非竞争性底物抑制模型．本文对此方程进行了非线性回归,确定了模型参数,实验数据对该动力学方程能很好拟合．此外,从模型中得出,溴氨酸浓度为520～580mg／L时,μ与q均达到较高值,这一实验结果为溴氨酸废水的生物处理工艺提供了重要参考条件。     

大豆花叶病毒Sc株系外壳蛋白基因的部分序列分析

采用多聚酶链式反应（ＰＣＲ）扩增技术,体外扩增ＳＭＶ－Ｓｃ株系的外壳蛋白基因并进行部分测序。结果表明：所测５＇端１５０个核苷酸序列同已发表的ＳＭＶ－ＢＪ（北京分离物）、Ｓａ株系同源率分别为９５％和９３％,３＇端非编码区同ＢＪ株系同源率为８４％。     

H2株甲肝减毒活疫苗K7的核苷酸全序列分析

应用ＲＴ－ＰＣＲ获取Ｈ２株甲肝减毒活疫苗（Ｋ７）的ｃＤＮＡ片段，经末端终止测序ＰＣＲ试剂盒和全自动测序仪（ＡＢＩ３７７）作序列测定，用Ｍａｘｔｒｉｇｅｎｅ软件进行计算机分析，Ｋ７疫苗病毒的核苷酸全长含７４４３个碱基．Ｋ７对比其亲代Ｈ２株，减毒的ＨＭ１７５株以及ＨＭ１７５野毒株，同源性分别为９９．７５％，９９．９５％和９９．６１％；彼此间在Ｐ１和Ｐ２连接区１６８个碱基的同源性为９９．４％～１００％，均为ⅠＢ基因亚型．前三者在５’非编码区均有１３１～１３４位和２０３位５个碱基缺失，且结构蛋白基因区序列完全一致．本文用分子病毒学方法证实了Ｋ７疫苗的优异纯毒水平，也为开展甲型肝炎分子流行病学工作提供了基础资料