四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU-VNTR位点稳定性评价

摘要: 本文收集四川省2009-2013年184株结核分枝杆菌菌株，用标准12 MIRU-VNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究，评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性，确定四川地区保守位点组合及主要MIT型。184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型，12个基因型成簇。本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h > 0.55）。MIRU02, MIRU20, MIRU23, MIRU24为多态性最低的4个位点（0 ≤ h < 0.4），保守位点组的主要MIT型为“2251”。四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定，目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠，本研究首次确定了四川地区保守位点组及主要MIT型，为下一步结核分枝杆菌进化研究奠定了基础。     

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU VNTR 位点稳定性评价及保守位点分析

本文收集了四川省2009～2013年184株结核分枝杆菌菌株,用标准12 MIRU-VNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究,评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性,确定四川地区保守位点组合及主要MIT型.184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型,12个基因型成簇.本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h>055）.MIRU02, MIRU20, MIRU23, MIRU24为多态性最低的4个位点（0 ≤h< 04）,保守位点组的主要MIT型为“2251”.四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定,目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠.     

应用多位点数目可变串联重复序列对四川地区结核分支杆菌的基因分型

为了研究四川地区结核分枝杆菌的传播动态,选用12个VNTR位点对2009年1月至2009年12月间采集的结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型研究.结果表明,在80株结核分支杆菌临床分离株中,12个VNTR位点鉴定出7个簇和65单独基因型.HGI指数对12个VNTR位点等位基因多态性的评估表明,选用的12个VNTR位点在临床分离株中表现出高度多态性,它们的HGI值为0.503至0.799.根据此多态性,选取的VNTR 12个位点的组合应用可作为一线分型方法监测四川地区结核分枝杆菌的传播情况.     

四川地区北京型结核分枝杆菌的MIRU-VNTR基因分型

用寡核苷酸多态性基因分型(Spoligotyping)对2008年1月至2010年10月间采集的211株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,然后对北京型结核分枝杆菌VNTR位点的多态性进行检测.选用的12个VNTR位点存在较高的基因多态性,该12位点组合分辨能力(HGI=0.99985)高于标准的VNTR-12位点组合(HGI=0.99546),其中多态性较高的7位点组合HGI指数为0.99977.因此,7位点组合可以作为四川地区北京家族分枝杆菌的一线分型方法.     

针对不同来源金黄色葡萄球菌分离菌株的agr Ⅰ-Ⅳ分型初探

目的:金黄色葡萄球菌附属基因调节子(agr)位点是一个全面的群集感应系统并且控制着毒力因子的产生,本研究旨在针对不同来源的金黄色葡萄球菌分离菌株进行agr Ⅰ-Ⅳ基因分型研究.方法:根据金黄色葡萄球菌agrⅠ-Ⅳ基因组别类型的引物,对五种不同来源的169株金黄色葡萄球菌DNA模板进行多重PCR扩增,获得目的基因,以判断agr基因型.结果:169株分离菌株中,agrⅡ型的检出率为19%(32/169),agrⅢ型检出率为12%(20/169),agrⅣ型检出率为8%(14/169),五种不同来源的金黄色葡萄球菌均有检出agrⅡ型,均未检出agrⅠ型,并且都含有未能分型的agr阴性菌株.研究结果表明不同来源金黄色葡萄球菌分离菌株中agr Ⅰ-Ⅳ基因型的流行情况.该方法对于金黄色葡萄球菌菌株分子分型有一定的借鉴意义,也为金黄色葡萄球菌菌株分子流行病学调查奠定一定的基础.     

针对不同来源金黄色葡萄球菌分离菌株的agr I-IV分型初探

目的: 金黄色葡萄球菌附属基因调节子(agr)位点是一个全面的群集感应系统并且控制着毒力因子的产生, 本研究旨在针对不同来源的金黄色葡萄球菌分离菌株进行agr I-IV基因分型研究. 方法: 根据金黄色葡萄球菌agrI-IV基因组别类型的引物, 对五种不同来源的169株金黄色葡萄球菌DNA模板进行多重PCR扩增, 获得目的基因, 以判断agr基因型. 结果:169株分离菌株中, agrⅡ型的检出率为19%(32/169), agrⅢ型检出率为12%(20/169), agrⅣ型检出率为8%(14/169), 五种不同来源的金黄色葡萄球菌均有检出agrⅡ型, 均未检出agrⅠ型, 并且都含有未能分型的agr阴性菌株. 研究结果表明不同来源金黄色葡萄球菌分离菌株中agr I-IV基因型的流行情况, 该方法对于金黄色葡萄球菌菌株分子分型有一定的借鉴意义, 也为金黄色葡萄球菌菌株分子流行病学调查奠定一定的基础.     

呼伦贝尔市肺结核病人中非典型分枝杆菌的观察（附三份病例报导）

从602份肺结核病人痰中分离出抗酸、分枝杆菌200株,其中人型占85.4%、中型占12.5%、非典型分枝杆菌占3%。6株非典型菌中I群4株、Ⅲ群1株、Ⅳ群1株。     

铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性基因分型研究

利用微量液体稀释法进行药敏检测和RAPD技术进行基因分型,调查了铜绿假单胞菌在临床各科中的流行情况,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用.结果表明耐药谱分6型,Ⅰ型占44.5%,Ⅱ型占18.5%,Ⅲ型占7.4%,Ⅳ型占7.4%,Ⅴ型占11.1%,Ⅵ型(不定型)占11.1%;RAPD分9型,A型占51.9%,B型占7.4%,C型占7.4%,D型占7.4%,E型占7.4%,F型占3.7%,G型占3.7%,H型占7.4%,I型占3.7%.说明基因型A型、耐药谱Ⅰ型的铜绿假单胞菌是此次ICU医院感染暴发流行的菌株,其他型别为非流行相关菌株.比较结果还说明RAPD基因分型的灵敏性、特异性及可靠性优于耐药谱分型,在医院感染流行病学调查中具有较大的应用价值.     

乙胺丁醇耐药结核分枝杆菌embB基因分析

了解结核分枝杆菌耐乙胺丁醇(EMB)分离株embB基因突变情况,研究其应用价值。通过聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)技术分析98株新疆部分地区结核分枝杆菌临床分离株embB基因。以H37Rv标准株为对照,52株药物敏感株的embB基因SSCP均泳动正常,RFLP和测序分析与对照株相同。46株耐EMB分离株中,28株(60.9%)embB基因SSCP泳动异常;5株RFLP分析异常;测序分析5株均为306位密码子突变,为ATG→ATA。部分结核分枝杆菌耐EMB是由于其embB基因突变所致,PCR-SSCP和PCR-RFLP技术可能成为测定部分结核分枝杆菌EMB耐药简便、快速的方法。     

重庆西南医院骨科感染金黄色葡萄球菌的分子分型及耐药性研究

目的:了解骨科感染中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的检出率,分析其分型特点和耐药特征,为临床治疗和流行病学研究提供依据.方法:从重庆西南医院骨科患者送检标本中分离出162株金黄色葡萄球菌,以mec A-fem B双重聚合酶链式反应(PCR)鉴定MRSA,应用葡萄球菌染色体mec耐药盒(SCCmec)对金黄色葡萄球菌A蛋白基因(spa)分型、多位点序列分型(MLST)方法确定菌株序列型别,并检测所有菌株对青霉素、苯唑西林、庆大霉素、利福平及四环素等13种抗菌药物的耐药情况.结果:162株金葡菌中共检出34株MRSA(20.99%),包括SCCmecⅠ型16株,SCCmecⅣ型17株,SCCmecⅤ型1株,未检测到SCCmecⅡ、Ⅲ型.spa及MLST分型结果显示,所有MRSA菌株共分为14个spa型,9个ST型.药敏试验显示菌株多重耐药现象较少,未发现耐万古霉素的MRSA.结论:西南医院骨科MRSA主要为SCCmecⅠ、Ⅳ型,ST59-MRSA-Ⅳ-t437为主要流行克隆,其对克林霉素、红霉素耐药率较高.     

结核分枝杆菌耐链霉素与rpsL和rrS基因的相关性研究

为探讨新疆地区结核分枝杆菌对链霉素(streptomycin,STR)产生耐药性的分子机制,建立直接快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)银染分析技术,检测62株结核杆菌临床分离株链霉素耐药性及rpsL和rrS基因变异情况,以结核分枝杆菌标准株(H37Rv)为对照.结果发现62株结核杆菌临床分离株中,32株STR敏感株的rpsL和rrS基因未见SSCP泳动异常,30株STR耐药株中,23株(76.7%)中rpsL(21株)和rrS(5株)基因出现SSCP泳动异常,并且3株出现了rpsL和rrS双基因的SSCP泳动异常.因此,rpsL和rrS基因突变可能是结核分枝杆菌对链霉素产生耐药性的重要分子机制,PCR-SSCP银染技术可作为快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.     

运用反向斑点杂交技术检测四川地区结核分枝杆菌katG基因315位点的突变

为了检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变特点,并建立耐异烟肼结核分枝杆菌快速检测方法。运用反向杂交技术检测四川地区65株耐异烟肼和10株异烟肼敏感结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变,并用DNA直接测序法验证杂交结果。结果显示在65株耐异烟肼结核分枝杆菌中,发现41株在KatG基因315位点发生突变,突变率最大的是AGC→ACC,占90％,其次是AGC→AAC和AGC→ATC突变。DNA序列测定结果进一步验证了反向杂交的结果。运用反向杂交技术检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变的检出率和特异性分别是63％和100％。反向斑点杂交技术能快速有效地检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变。     

槐猪H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量相关性研究

利用上杭槐猪国家保种场核心群槐猪为试验材料,通过PCR-RFLP方法研究H-FABP基因5’上游区域HinfⅠ位点、第2内含子MspⅠ和HaeⅢ位点遗传多态性,并分析其与肌内脂肪含量(IMF)的相关性.结果表明,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.569 0,表现为中度多态(0.370 2),各基因型之间IMF含量差异不显著(P<0.05);MspⅠ位点上存在多态性,等位基因A的基因频率为0.741 4,表现为中度多态(0.309 9),其中AA基因型IMF含量显著高于Aa基因型(P<0.05);HaeⅢ位点只有一种等位基因(D),缺乏多态性.被测猪群HinfⅠ位点和MspⅠ位点各基因型频率均处于HardyWeinberg平衡状态(P>0.05).     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

载脂蛋白C-Ⅲ基因多态性与血脂水平的关系

目的探讨载脂蛋白C-Ⅲ(ApoC-Ⅲ)C-482T基因多态性与血浆脂质的关系.方法用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法(PCR- RFLP)检测172例心内科住院病人ApoC-Ⅲ基因多态性,同时检测血脂水平.结果ApoC-ⅢC-482T基因型以CT型最多,占57.54%,CC型及TT型分别占33.72%及14.53%,C等位基因频率为59.59%,T等位基因频率为40.41%.各基因型间血脂水平比较,总胆固醇(TC),低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)有显著性差异,P<0.05.进一步两两比较显示,CT型TC较TT型高,P<0.05;CT型LDL-C较CC型、TT型高,P<0.05.结论ApoC-Ⅲ-482T多态性位点与血TC、LDL-C水平关系密切.     

维吾尔族内皮型一氧化氮合酶基因4a/b VNTR多态性分布特征

 应用聚合酶链式反应(PCR)-琼脂糖凝胶电泳技术, 检测99 例(男性38 例, 女性61 例)无血缘关系的维吾尔族健康人群的内皮型-氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthase, eNOS)基因第4 内含子数目可变性串联重复序列(4a/b VNTR)多态性, 探讨eNOS 基因4a/b VNTR 多态性在中国维吾尔族健康人群中的分布特征。结果发现, 99 例健康维吾尔族人群中, aa 基因型频率为2.02%(4 例), ab 基因型频率为22.22%(22 例), bb 基因型频率为75.76%(75 例)。男女两组基因型和等位基因的分布差异不显著(P=0.194, P=0.382, P>0.05)。aa、ab、bb、ab+bb 基因型的各种生理生化指标用单因素方差分析进行比较, 不同基因型的生理生化指标之间的差异无统计学意义(P>0.05)。维吾尔族eNOS 基因4a/b VNTR 多态性与国内外各民族群体进行比较, 维吾尔族人群eNOS 基因aa+ab 基因型频率显著低于河南汉族、中国台湾汉族、北方汉族和巴西黑人(P<0.05, P< 0.01), 明显高于广东汉族(P=0.050)。a、b、c 3 种等位基因进行比较, 维吾尔族与河南汉族、中国台湾汉族、广东汉族、法国人和巴西黑人有显著性差异(P<0.05, P< 0.01)。结果显示, eNOS 基因4a/b VNTR 多态性符合Hardy-Weinbery 遗传平衡规律(χ²=0.017, P=0.991, P>0.05), 群体具有代表性。由此得出, 维吾尔族eNOS 基因4a/b VNTR 多态性与国内外的一些民族间存在显著性差异。     

铜绿假单胞菌医院感染流行病学分子研究及基因分型

目的建立随机扩增多态性DNA（RAPD）基因分型方法检测铜绿假单胞菌（PA）,调查铜绿假单胞菌医院感染流行病学的情况,为控制院内感染提供直接可靠的参考依据。方法对2008—2009年分离的180株铜绿假单胞菌进行统计分析其临床分布;通过抗生素敏感性试验进行抗菌谱分型;再采用PAPD基因分型方法进行分析。结果标本主要来自ICU、烧伤科、呼吸内科等。从痰液标本中分离的铜绿假单胞菌占58．9％,其次伤口分泌物标本占18．9％、中段尿16．7％,其它类型标本占5．5％。抗菌谱分型分为5型。180株铜绿假单胞菌用RAPD分型共得178株,分型率98．9％（178／180）,分为9种类型：Ⅰ～Ⅸ。结论RAPD分型技术对铜绿假单胞菌临床分离株分型率较高;同一抗菌谱型的基因型可能不同,同一基因型的抗菌谱也可能不同。     

小儿肾病综合症肾素-血管紧张素系统基因多态性研究

目的:探讨肾素-血管紧张素系统基因多态性与小儿肾脏疾病的关系及其意义。方法:用PCR方法检测4 0例肾病综合症患儿及5 0例正常对照组儿童的肾素-血管紧张素系统基因多态性。结果:①血管紧张素M2 35T基因多态性MM、MT、TT基因型肾病组分别为37 5 %、2 7 5 %、35 0 % ;对照组分别为6 6 0 %、18 0 %、16 0 % ,差异有显著性(P <0 0 5 )。②血管紧张素Ⅱ受体Ⅰ基因多态性AA、AC、CC基因型肾病组分别为4 5 0 %、2 7 5 %、2 7 5 % ,对照组分别为6 8 0 %、2 0 0 %、12 0 % ,差异无显著性(P >0 0 5 )。③血管紧张素转换酶基因多态性Ⅱ、DI、DD基因型肾病组分别为4 5 0 %、4 2 5 %、12 5 % ,对照组分别为4 6 0 %、4 4 0 %、10 0 % ,差异无显著性(P >0 0 5 )。其中难治性肾病组(2 0例)与非难治性肾病组(2 0例)比较、激素敏感组(2 9例)与激素耐药组(11例)比较,血管紧张素M2 35T基因多态性、血管紧张素Ⅱ受体Ⅰ基因多态性、血管紧张素转换酶基因多态性差异均无显著性(均P >0 0 5 )。结论:血管紧张素M2 35T基因TT型可能与小儿肾病综合症的发病密切相关;血管紧张素Ⅱ受体Ⅰ基因多态性、血管紧张素转换酶基因多态性与小儿肾病综合症的发病无关,未能证实肾素-血管紧张素系统基因多态性与疗效有关     

不同民族大学生乙肝病毒基因型分布状况调查

为了解不同民族大学生乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因型和亚型分布状况,采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应（PCR-RFLP）技术,对中南民族大学93例来自15个民族乙肝大三阳学生血清HBV进行基因分型.结果表明：患者中HBV基因B型占61.3%（57/93）,C型占25.8%（24/93）,D型占4.3%（4/93）.说明各民族HBV基因型分布中,B型占绝对优势,C型次之,D型最少（P〈0.01）.且不同民族不影响HBV基因型的分布（P〉0.05）,C型和D型分布基本符合我国HBV基因型地理区域分布规律.     

血管紧张素转换酶基因多态性与糖尿病的相关性研究

为了研究血管紧张素转换酶(ACE)基因的插入(I)/缺失(D)多态性是否与糖尿病(DM)的易感性相关,对108例糖尿病患者和196例正常人进行了ACE基因多态性分析.发现DM患者基因型DD基因型频率为22%,χ2=4.7,P>0.05(其中,Ⅰ型糖尿病患者相应频率为21%,χ2=4.9,P>0.05;Ⅱ型糖尿病患者为23%,χ2=2.1,P>0.05),而对照组DD基因型频率为16%;DM患者D等位基因频率为38%,χ2=0.0048,P>0.05(其中,Ⅰ型糖尿病患者相应频率为34%,χ2=0.62,P>0.05;Ⅱ型糖尿病患者为41%,χ2=0.25,P>0.05),而对照组相应频率分别为38%.糖尿病患者与对照组之间ACE基因I/D多态性频率存在差异,但不显著.这一结果表明ACE基因的多态性与糖尿病的易感性可能无关.