甘蔗抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆及生物信息学分析

电子克隆是随着EST计划和生物信息学发展起来的基因克隆策略。运用电子克隆的方法获得甘蔗S-APX2基因。以水稻中一个基因OsAPX2为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行预测和分析。获得一个甘蔗APX基因S-APX2的cDNA序列全长,该序列长1110bp,包含一个完整的975bp的ORF,编码324个氨基酸;属于疏水性蛋白,编码蛋白含有Heme binding site,Substrate binding site,K+binding site,Ascorbate-peroxidase结合位点和保守域,属于Plant-peroxidase-like Superfamily家族;亚细胞定位分析显示,编码蛋白位于植物细胞的线粒体中。具有5个丝氨酸磷酸化位点,9个苏氨酸磷酸化位点以及1个酪氨酸磷酸化位点;存在信号肽但是无跨膜结构域,二级结构由30.74%α螺旋、13.92%延伸链和40%无规则卷曲组成;且与水稻、玉米等其他植物的APX具有高度的同源性。电子克隆获得了完整的甘蔗APX基因全长cDNA。     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及其序列分析

从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列，根据铁离子结合转运功能位点，设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3，克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段，长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8，随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA，最后用计算机程序排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA，长度为2444bp。比较了12种鱼类血清转铁蛋白cDNA序列的同源性。     

3个甘蔗品种（系）响应低温胁迫的转录组分析

权重基因共表达网络分析( weighted gene co-expression network analysis， WGCNA) 可通过聚类鉴定共表达的基因模块来研究生物学数据与相应性状之间的关系。为了挖掘甘蔗响应低温的特异基因，揭示甘蔗响应低温的分子调控机理，本研究以3个耐寒能力不同的甘蔗品种作为试验材料，利用转录组测序技术分析不同抗性甘蔗品种在低温胁迫（4℃）下基因表达。研究结果表明，WGCNA鉴定出13个基因共表达模块，通过相关性分析筛选到blue和yellow模块作为甘蔗抗寒机理研究的目标模块。基于blue和yellow模块中筛选关键基因，以及筛选抗寒品种中特异表达基因，最终筛选出13个基因可能与甘蔗抗寒能力密切相关，为后续选育耐寒性强的优良甘蔗新品种提供理论依据和技术支撑。     

3个甘蔗品种响应低温胁迫的转录组分析

为挖掘甘蔗(Saccharum officinarum L.)响应低温的特异基因,揭示甘蔗响应低温的分子调控机理,以3个抗寒能力不同的甘蔗品种作为试验材料,利用转录组测序技术分析不同抗寒能力的甘蔗品种在低温胁迫(4℃)下的基因表达差异。结果表明,利用权重基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA)鉴定出13个基因共表达模块,通过相关性分析筛选出blue和yellow模块作为甘蔗抗寒机理研究的目标模块。基于blue和yellow模块筛选出可能与甘蔗抗寒能力密切相关的13个响应低温胁迫的基因,为后续选育抗寒性强的优良甘蔗新品种提供重要参考。     

甘薯类胡萝卜素合成酶基因pds全长cDNA的克隆

根据双子叶植物类胡萝卜素合成结构基因氨基酸保守区域设计简并引物,扩增出甘薯编码类胡萝卜素合成关键酶PDS的基因(pds)cDNA中间片断。通过5'-RACE和3'-RACE技术进行cDNA末端的快速扩增,成功地克隆了pds的全长cDNA。序列分析表明,pds基因的全长cDNA序列长度为2128 bp,编码572个氨基酸,与其他植物的序列高度同源。     

3个棉纤维优势表达的CHS基因的分子鉴定与表达分析

从棉花纤维cDNA文库中分离了3个新的基因.对其编码的蛋白质结构特点的分析表明:这3个基因属于苯基苯乙烯酮合酶( chalcone synthase,CHS)类基因(分别命名为GhCHS2,GhCHS3和GhCHS4).在核苷酸水平上,GhCHS2与GhCHS3的cDNA序列同源性达到73％,GhCHS3与GhCHS4...     

山羊ZP3基因的cDNA克隆、序列分析及组织表达研究

对高繁金堂黑山羊和低繁藏山羊ZP3基因cDNA进行克隆、序列分析,并采用Real-time PCR技术对其在发情前期母羊卵巢组织的表达进行研究.结果表明:山羊ZP3基因编码区全长为1269bp,共编码422个氨基酸,两品种间有2处碱基差异,但未导致氨基酸的差异.山羊的ZP3基因在卵巢表达量高,与其他组织差异极显著(P＜0.01),但两个品种间差异不显著(P＞0.05).说明ZP3基因主要在卵巢中表达,但可能不是影响山羊多羔性状的主基因.     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及其序列分析

从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866 bp.再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5'端(787 bp)和3'端(1 081 bp)以及全长cDNA,最后用计算机程序排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2 444 bp.比较了12种鱼类血清转铁蛋白cDNA序列的同源性.     

家猪BMP-2、BMP-3基因克隆及其组织表达探究

本研究以长白猪(Landrace)肺cDNA为模板,扩增获得猪骨形态发生蛋白BMP-2和BMP-3基因的cDNA全长.BMP-2基因cDNA全长为1742bp,编码395个氨基酸的前体蛋白,与人、牛、绵羊、大鼠、小鼠等的BMP-2基因的氨基酸序列一致性分别94.18%,95.4%,95.2%,90.3%,90.60%;BMP-3基因cDNA全长为1639bp,编码475个氨基酸的前体蛋白,猪与人、牛、绵羊、大鼠、小鼠等的BMP-3氨基酸序列的一致性分别是84.7%、87.7%、82.3%、80.4%、79.5%.采用RT-PCR方法,对BMP-2、3基因在家猪主要组织的表达进行探究.结果显示:BMP-2在所有组织中均有表达;而BMP-3在脑、肺、小肠中表达量较高,其他组织中表达量弱.     

人Oligophrenin 1样(OPHN1L)基因的克隆

将人Oligophrenin 1(OPHN1)基因编码区2406 bp与EST数据库进行同源性分析,得到一个363 bp的EST AA035622与OPHN1基因编码区一致性为62%,该EST与一个cDNA序列AB014521完全匹配.在ABO14521中设计引物与cDNA文库载体臂上引物行巢式PCR扩增并进行5′RACE,在胎盘cDNA文库中获得cDNA序列606bp,与AB014521拼接成一个6906 bp的cDNA序列,其中包含一个2442 bp的开放阅读框,编码813个氨基酸.该cDNA序列的GenBank登录号为AF141884,并经GDB命名委员会命名为OPHN1L基因.OPHN1L基因3′端与大规模测序的BAC克隆AC005348及AC004782完全匹配,从而将该基因定位于5q21.2～q21.3,并由此获得它的部分基因组结构.     

沉默SEMA3A基因对胶质瘤细胞U251增殖和转移的影响

探讨了SEMA3A基因在恶性胶质瘤细胞U251迁移和侵袭能力中的作用, 及其用于胶质瘤临床治疗的可行性. 用特异识别SEMA3A基因的短发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)片段与真核表达载体pFH-GFP-L连接, 再与辅助质粒联用来包装慢病毒. 通过荧光显微镜观察感染胶质瘤细胞U251的感染效率. 通过实时定量PCR技术和Western-blot技术验证了U251细胞中SEMA3A基因的沉默效果. 通过MTT法、PI染色法和Transwell小室分别检测了U251细胞增殖、细胞周期和运动能力的变化. 结果表明, SEMA3A-shRNA慢病毒感染U251能有效下调SEMA3A基因的表达水平(P <0.01), 使U251细胞的增殖能力、迁移和侵袭能力明显降低(P <0.05), 细胞大量阻滞在G2/M期, 并促进了细胞凋亡(P <0.05).     

The inhibiting effect of 1·4 recombinant P chromosome of wheat-<Emphasis Type="Italic">Agropyron cristatum</Emphasis> addition line on the <Emphasis Type="Italic">Ph</Emphasis> gene

P chromosomes may carry a genetic system that inhibits the Ph gene in wheat. Abnormal chromosome synapsis in wheat-Agropyron cristatum addition line II-21-2 (additional 1·4 recombinant P chromosome) was observed in this study. The results of cytogenetics and Ph1 gene amplification showed that the Ph1 gene was normal and the average number of quadrivalents or hexavalents was determined to be 0.41 and 0.13, respectively, in pollen-mother cells of wheat-Agropyron cristatum addition line II-21-2. The analysis o...     

用PCR方法检测土壤中类鼻疽假单胞菌的研究

目的建立一种灵敏、特异的检测土壤中类鼻疽假单胞菌的聚合酶链反应(PCR)方法.方法用类鼻疽假单胞菌鞭毛蛋白的基因作引物,用PCR扩增的方法检测6种土壤中不同浓度的类鼻疽假单胞菌和3个假单胞菌属的3种对照菌.结果用鞭毛蛋白基因作引物的PCR方法具有高灵敏度,其他3种对照结果阴性.结论用类鼻疽假单胞菌鞭毛蛋白基因作引物建立的PCR方法为检测土壤中类鼻疽假单胞菌提供了科学依据.     

原发性肝癌P53基因第249密码子突变的研究

用聚合酶链反应－限制性片段长度多态性（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）技术对７例原发性肝细胞癌（ＰＨＣ）进行Ｐ＾５３基因第２４９密码子突变的检测。结果：７例肝细胞癌中３例有Ｐ＾５３基因第２４９密码子突变，突变率达４２．９％。     

多能硫杆菌RubisCO基因的亚克隆及各种启动子对其表达的影响

将多能硫杆菌（Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｕｓｖｅｒｓｕｔｕｓ）ＲｕｂｉｓＣＯ基因从两个方向亚克隆到ｐＢＲ３２２和ｐＫＫ２２３－３载体上,通过酶切的方法对各种质粒的插入方向进行了确证．并进一步对这两种插入方向的质粒在大肠杆菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ）中的表达情况进行了酶活性的测定,该基因片段在ｐＫＫ２２３－３载体的ｔａｃ启动子的启动下,表达活性比ｌａｃ启动子以及ｐＢＲ３２２载体上的Ｐ１和Ｐ２启动子高．     

乐至黑山羊GH和IGF-I基因多态性及其与产羔性状的关联性分析(英文)

生长激素(GH)胰岛素样生长因子I(IGF-I)在卵泡的生长和闭锁中发挥关键作用。研究采用PCR-SSCP技术对157只乐至黑山羊GH和IGF-I进行多态位点的检测。结果发现,GH基因5’侧翼区和第二外显子分别检测到2种基因型,第三外显子检测到4种基因型,第四和第五外显子分别检测到3种基因型;IGF-I基因的第二外显子检测到2种基因型。通过基因测序发现GH基因有14处单核苷酸突变位点(SNPs)—T48C,A55G)(P1引物),T781C(P2引物),G1122A,A1161G,A1171G,C1179T和C1180G(P3引物),T1481C,A1494G,G1549T和C1590T(P4引物),G1942A和G1957A(P5引物);IGF-I基因有1个SNP(G3270C)(P6引物)。关联性分析结果表明,只有GH基因第三外显子BB型乐至黑山羊产羔数比AA型多0.32(p0.05),其余基因型间产羔数差异不显著。研究初步表明GH基因可能与乐至黑山羊产羔数之间存在一定关联性。     

Efficient transformation and expression of gfp gene in the edible mushroom Pleurotus nebrodensis

An efficient transformation method mediated by PEG-protoplasts was developed for the newly commercial edible mushroom Pleu-rotus nebrodensis. Two plasmids were used to co-transform protoplasts of P. nebrodensis. One plasmid is pAN7-1 containing a positive selectable marker gene hph conferring hygromycin B resistance. Another plasmid is pBIue-GFP containing a reporter gene gfp conferring green fluorescent protein. PCR and Southern blot analysis showed that hph gene or/and gfp gene were integrated into the genome of P.nebrodensis transformants. The transformation efficiency of the positive selectable marker gene hph was 3 transformants per microgram of plasmid pAN7-1 DNA, which was about 30 times higher than that previously reported in thoroughly studied Pleurotus species such as Pleurotus ostreatus. The transformation efficiency of the reporter gene gfp was 9 transformants per microgram of plasmid pBlu-GFP DNA. The co-transformation efficiency was 23.68%. This is the first report that a "reporter" gene, green fluorescent protein gene can be successfully stably expressed in this Pleurotus species.     

MiR-199b-3p、miR-373、miR-548c-3p及Lin28在肺癌中表达及其意义

探讨miR-199b-3p、miR-373、miR-548c-3p与Lin28在肺癌中的表达,以及它们与临床指标的相关关系.用溶液法提取46例肺癌患者的癌组织和癌旁组织中的总RNA,Q-PCR检测基因的相对表达量.经过两独立样本t检验,比较miR-373(t=3.28,P=0.000 7)、lin28(t=3.94,P=0.001 6)及miR-548c-3p(t=2.98,P=0.002)在肺癌组织和癌旁组织中的表达,基因表达均有显著性差异.使用Spearman肺癌组织中RNA与免疫组织化学指标发现MiR-b199b-3p与MRP(Rs=0.40,P=0.029),miR-548c-3p和Ki167呈正相关关系(Rs=0.52,P=0.0056),miR-373与K167呈正相关关系(Rs=0.43,P=0.029),Lin28与P53呈负相关关系(Rs=-0.43,P=0.022),还与PGP呈负相关关系(Rs=-0.38,P=0.034).miR-373在肺癌患者组织中基因表达显著下调,而miR-548c-3p与Lin28基因表达呈上调,3个基因的表达与肿瘤的发生发展关系密切.     

家蚕基因组P450基因家族的分析

利用家蚕基因组mRNA和氨基酸数据库对P450基因进行搜索．结果显示：在家蚕基因组中发现77个P450基因．分别归于18个P450家族和26个亚家族,其中有9个多基因家族。3个基因家族的成员超过10个,CYP4有20个成员。是一个典型的多基因家族。对P450基因进行正选择、基因转换和基序分析。结果表明：1个组（包含3个P450s基因）中检测出了显著的正选择替换位点,在这1个组中．转换事件的次数为3次。     

Expression and anti-apoptoticmechanism of Spodoptera lit-toralis NucleopolyhedrovirusP49 protein

A novel cloned Spodoptera littoralis Nucleopolyhedrovirus (SlNPV) p49 gene is able to suppress apoptosis of insect cells Sf9 triggered by virus. The amino acid sequence of P49 expressed in baculovirus expression system is the same as predicted, indicating that the expression of P49 is correct. Metabolic labeling revealed that p49 was able to be expressed both in the early and late phases after the viral infection, and only in the late phase was the expression driven by polyhedra promoter, but the amount of expression was higher than that of wtSlNPV. In summary, the early gene of SlNPV p49 as well as p35 of AcMNPV is able to be expressed in the late phase, but its promoter is weaker compared with polyhedra promoter. In vitro, P49 can be cut by Bm caspase and human caspase-3, yielding 10 and 40 ku fragments. Purified P49 blocks the substrate cleavage by Bm caspase and human caspase-3, showing that P49 inhibits downstream caspases in the apoptotic pathway.