计算机算法结合实验技术进行T细胞表位筛选

计算机算法与实验技术相结合的方法,已广泛用于各种免疫相关抗原T细胞表位的鉴定,对现在可获得的计算机预测方法,以及计算机算法与实验相结合鉴定T细胞表位的方法进行了综述,主要内容包括表位预测及抗原加工处理的预测。     

基于COX-2的食管癌广谱CTL表位筛选及鉴定

目的:筛选食管癌广泛高表达蛋白COX-2的HLA-A2/A3限制性广谱CTL表位。方法:运用生物信息学的方法,设计出P66(COX-266-74FLKPTPNTV)和P479(COX-2479-487ALYGDIDAV)两条新的抗原肽。Fmoc固相合成法合成抗原肽,对其与HLA-A2.1和HLA-A3分子的结合力和稳定性进行分析,以MTT实验检测其对三种肿瘤细胞的杀伤作用。结果P479对HLA-A2.1及HLA-A3均有较高的结合力,而P66结合力较低。P479对COX-2 的EC-9706、EC-1的表现出明显的诱导杀伤作用,而P66没有表现出明显的作随着肿瘤分子免疫学与分子生物学研究     

固氮酶中N2和N2O结合位的一种新的鉴定方法

采用ＧＣ和ＧＣ－ＦＴＩＲ法，研究了Ｎ２和Ｎ２Ｏ对固氮酶催化Ｃ２Ｄ２还原活性及产物二氘代乙烯的反式－／顺式－异构体比值的影响。结果表明，Ｎ２和Ｎ２Ｏ均抑制Ｃ２Ｄ２的还原作用，并引起反式／－顺式－１，２－二氘代乙烯比值的增加。     

Screening of HLA-A2 restricted CTL epitopes using molecular simulation

Immunity is one of the functions a body has to iden-tify and eliminate foreign antigens. As one of the surfacemolecules of antigen presenting cells, major histocom-patibility complex (MHC) will exert essential effects dur-ing the antigen presenting procession, and the presenting of MHC-Ⅰ peptide complex is regarded as the prelude to activate the cytotoxic T lymphocytes (CTL) which play an important role in the anti-tumor and anti-virus responses. As we know, CTLs can only identify the co…     

旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原二级结构及T细胞和B细胞表位预测

应用SYFPEITHI和Propred程序和多种预测方案对旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原的T细胞表位、二级结构、疏水性、柔韧性、表面可能性、两性区以及B细胞表位进行预测.旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原存在2个较强的T细胞表位区,分别为第9~23位和第135~150位氨基酸位点;潜在的B细胞表位存在于从第28个氨基酸残基开始的广大区域内.预测结果为旋毛虫病诊断和新型疫苗研制提供候选抗原.     

表达肿瘤抗原HPV-58 E7的HLA-A*0201阳性宫颈癌细胞模型的构建和鉴定

为建立内源性表达58型人乳头瘤病毒(Huamn papillomavirus type 58,HPV-58)重要癌抗原E7蛋白的HLA-A*0201阳性人宫颈癌细胞模型.以HPV-58全基因组为模板,采用PCR法扩增E7蛋白的编码基因,构建真核表达载体pEGFP-N2-HPV58E7;转化大肠杆菌DH5α,通过DNA测序鉴定质粒载体;经除内毒素纯化后,将大量制备的重组质粒瞬时转染293T细胞,采用RT-PCR和细胞免疫荧光方法研究重组质粒在人源细胞中的表达情况;最后,选择HPV检出阴性的HLA-A*0201阳性人宫颈癌C33A细胞株为宿主细胞,采用脂质体转染、G418抗性加压筛选和细胞克隆化培养技术,建立能够稳定表达HPV-58 E7的恒定转染细胞株.采用RT-PCR、Western-blot和细胞增殖测定等方法从转录、翻译和表型等3个层次对所建细胞株进行鉴定研究.研究结果显示:克隆制备了HPV-58 E7蛋白的编码基因;构建获得了能够在人源细胞中表达HPV58E7-EGFP融合蛋白的真核表达质粒;并成功建立了能够稳定表达HPV-58 E7的HLA-A*0201阳性人宫颈癌细胞模型;核酸和蛋白水平的鉴定结果表明所建模型细胞能够表达HPV-58 E7癌抗原,宿主细胞本身表达的Ⅰ类组织相容性抗原HLA-A*0201有望通过内源性抗原加工途径将E7抗原的细胞毒性T细胞(Cytotoxic lyphocyte,CTL)表位提呈到细胞表面;另外,细胞增殖试验结果亦表明该细胞模型体现出E7蛋白显著的诱导细胞增殖的生物学特征.总之,能够稳定表达HPV-58 E7癌蛋白的HLA-A*0201阳性人宫颈癌细胞模型的建立为后续即将展开的以HPV-58 E7为靶标的宫颈癌治疗性疫苗和药物的寻找和研究奠定基础.     

一种新型有机模板亚磷酸镓晶体的水热合成及结构

以1,2-丙二胺为膜板剂应用水热法合成了一种具有新颖结构的亚磷酸镓化合物[Ga4(HPO3)6(H2O)2(OH)].C3H12N2.2H2O.晶体数据如下:空间构型,单斜P2(1)/n,a=1.13184(5)nm,b=1.10159(4)nm,c=1.87519(7)nm,β=92.569(3)°,V=2.33568(16)(nm)3,Z=4,R1=0.0353,wR2=0.0790.GaO6八面体和[HPO3]2-假四面体通过共顶点连接形成晶体的三维骨架.     

利用经修饰的survivin短肽体外诱导对胃癌细胞系具有限制性杀伤作用的特异性细胞毒性T细胞

采用一种简单有效的方法体外诱导经修饰的survivin短肽特异性细胞毒性T细胞,并观察其对胃癌细胞的杀伤作用。选取对HLA-A2分子亲和力更高的survivin短肽(96—104,LLLGEFLKL,HLA-A2限制性)以更有效地诱导特异性T细胞。选取正常志愿者外周血单核细胞,筛选其中HLA-A2+者,利用HLA-A2/survivin短肽有效诱导特异性细胞毒性T细胞。Pentamer实验检测特异性细胞毒性T细胞比率。Elispot实验检测细胞毒性T细胞IFN-γ分泌能力。选取胃癌细胞系MKN28、SGC7901及KATO Ⅲ,检测其HLA-A2和survivin表达情况。检测特异性细胞毒性T细胞对三种细胞系的杀伤效果。Pentamer实验结果显示,HLA-A2/survivin短肽刺激之前短肽/HLA Pentamer和CD8双阳性细胞仅为0.06%,接受刺激后双阳性细胞增加到27.5%。Elispot实验结果显示HLA-A2/survivin短肽刺激后IFN-γ分泌细胞比率明显强于阴性对照组。PCR结果显示,KATO Ⅲ为HLA-A2+,MKN28和SGC7901为HLA-A2-。Western Blotting结果显示KATO III和SGC7901为survivin阳性,MKN28为survivin阴性。特异性细胞毒性T细胞杀伤结果显示,细胞能有效杀伤KATO III细胞,但对其他两种细胞杀伤效果不明显。p<0.01。经修饰的survivin短肽能够有效诱导特异性细胞毒性T细胞,并对胃癌细胞系有HLA-A2/survivin限制性杀伤。     

三苯基锡2,6-萘二酸酯的合成及结构表征

三苯基氢氧化锡与2,6-萘二酸反应得到了一个三苯基有机锡羧酸酯.通过元素分析、红外光谱及核磁共振波谱等测试手段对该化合物进行了表征,并用X-射线单晶衍射仪测得其晶体结构.该化合物属于单斜晶系,空间群为P2(1)/c,晶胞参数:a=14.350 1(14),b=7.734 6(7),c=17.911 5(17),α=γ=90°,β=93.694 0(10)°,V=1 983.9(3)3,Z=2,Dc=1.530 mg/m3,R1=0.049 6,wR2=0.1 108.     

PhCH2Sn(OOC5H4N-2)3的合成和晶体结构

利用三苄基氯化锡和2-吡啶甲酸在三乙胺存在下以1：1摩尔比反应，合成了非预期的去苄基化产物PhCH2Sn(OOCC5H4N-2)3．通过元素分析、红外光谱、核磁共振氢谱和X-射线单晶衍射对其结构进行了表征。测试结果表明，该化合物为单体结构，锡原子呈七配位畸变五角双锥构型。     

[（n-C4H9）2Sn（2-PyC02）2（H20）]的合成、晶体结构

利用三丁基氯化锡和2-吡啶甲酸在三乙胺存在下以1：1摩尔比反应，合成了非预期有机锡配合物[(n—C4H9)2Sn(2一PyC02)2(H20)]。通过元素分析、红外光谱、核磁共振氢谱和X-射线单晶衍射对其结构进行了表征。测试结果表明，该配合物为单体结构，锡原予呈七配住畸变五角双锥构型。通过配位水分子和游离羰基氧原子的氢键作用，形成了二维网状结构。     

一维Z型链状配合物[Cd（bipy）Cl2]n的水热合成及其晶体结构研究

目的研究配位聚合物[Cd(bipy)Cl2]n晶体结构。方法以CdCl2和2,2’-联吡啶(2,2’-bipyridine,简称bipy)为原料,采用水热法合成并利用元素分析、X射线单晶衍射对其结构进行表征。结果研究结果表明,该配合物属于单斜晶系,C2/c空间群,a=1.754 3(5)nm,b=0.930 1(5)nm,c=0.716 5(5)nm,β=110.929(5)°,V=1.092 0(10)nm3,Z=4,Dc=2.065 g/cm3,μ=2.453mm-1,F(000)=656,R1=0.022 6,wR2=0.044 7。结论该化合物呈一维Z型链状结构。     

水合2-苯甲酰基苯甲酸的合成及其晶体结构

水合2-苯甲酰基苯甲酸的晶体结构中一个不对称单元包含1分子2-苯甲酰基苯甲酸和1分子水,分子式为C14H10O3(H2O).具体测定结果如下该晶体属于三斜晶系,P-1空间群,a=0.775 1(2) nm,b=0.837 7(2) nm,c=1.003 7(2) nm,α=75.57(3)°,β=83.05(3)°,γ=86.08(3)°,Dc=1.296 g/cm3,Z=2,F(000)=256,μ=0.095 mm-1,最终偏差因子分别为R=0.054 5,wR=0.146 0.X-射线衍射分析表明,分子之间通过相邻分子间形成的O-H...O氢键相连.水分子中的氧原子由于分子间的氢键作用,稳定性增加.