十字花科部分蔬菜HRD基因的克隆与生物信息学分析

根据NCBI上得到的拟南芥HRD基因序列,利用同源序列克隆的方法,设计引物,从12种十字花科蔬菜中克隆出其核酸序列,并进行生物信息学分析,旨在验证克隆出的序列与拟南芥HRD基因是否具有同源性.对这些得到的核酸序列从DNA序列、氨基酸序列的相似性、亲/疏水性、2级结构、功能域、3级结构、同源进化树等进行了预测和较为全面的分析.结果显示经PCR扩增,都得到了大小与拟南芥HRD基因基本一致的序列,长度在555bp左右.其基因序列、氨基酸序列比对同源性分别达到93.14%和89.74%;亲/疏水性分析表明该基因编码的蛋白为亲水性蛋白;推导的氨基酸序列中均存在AP2功能结构域,属于十字花科AP2/ERF类家族转录因子基因;同源进化树分析表明它们具有很高的同源性,说明所克隆的序列与拟南芥HRD基因由同一个基因进化而来,是十字花科植物中的保守基因.     

桃树抗寒相关的叶绿体新基因PpRBD1的克隆及特征分析

为确定桃树细胞质抗寒相关基因,依据模式植物拟南芥中抗寒相关的RBD1基因,结合桃基因组数据设计并克隆到一个桃PpRBD1基因。该基因全长2 230 bp,编码513个氨基酸;结构域分析显示,该氨基酸序列含有RRM(RNA recognition motif)保守结构域,是与拟南芥RBD1同源的蛋白;亚细胞定位预测表明,该基因编码的蛋白可能在叶绿体中表达。该基因可能在桃抵抗寒冷胁迫中发挥重要作用。     

小麦液泡质子焦磷酸酶基因EST的克隆与分析

通过RT-PCR的方法在矮苏3小麦的总cDNA中克隆到一个与大麦液泡质子焦磷酸酶基因(VP)高度同源的EST。以该序列为基础,利用生物信息学的方法构建了一个编码小麦VP蛋白的全长EST重叠群,长2764bp,其包含一个长2355bp的完整开放读码框(ORF),编码785个氨基酸多肽。通过Southern杂交,将该VP基因定位在小麦染色体的第7同源群上。     

人spindlin 1基因全长cDNA的克隆与定位

利用分子克隆技术和生物信息学手段,克隆并命名了人spindlin 1 基因. 此基因cDNA全长4375?bp,含有236～949 bp完整开放读框,预测编码27?ku 的膜内蛋白. 新基因在核酸序列上与鼠spindlin基因有96%同源,其编码氨基酸序列与鼠spindlin蛋白98%同源. 生物信息学分析表明该基因定位于9q22.1-22.3 区域, 基因组DNA全长为52.3?kb,由5个外显子和4个内含子组成,内含子和外显子之间的剪切完全符合GT-AG法则. 利用绿色荧光蛋白与spindlin 1基因的融合蛋白表达载体转染COS-7细胞表明spindlin 1表达的蛋白定位于胞核,且转染后的细胞中较多见胞核形态的改变,例如出现双核或巨型核.     

Rab结合蛋白RanBP1的同源基因M3的克隆与功能分析

以Ran结合蛋白RanBP1的保守区域作为探针,低严谨条件下杂交筛选人视网膜cDNA文库,得到阳性克隆M3,它与鼠zhx-1基因高度同源.RH作图将其定位于8q24.11～q24.3.拼接EST序列并填补缺口,得到M3 cDNA全长4 934 bp,与Northern blot得到的主要转录本长度一致.此cDNA全序列包括2 622 bp开放阅读框,编码873氨基酸,含有2种翻译调控元件uUAG和TTATTTAT.该基因预测蛋白含有2个锌指结构,5个同源盒保守区,1个双侧核定位序列(NLS)及35个磷酸化位点,表明它既可能作为转录调控因子,也可能受到上游因子的调控.     

人类抗砷相关基因hARRG全长cDNA的克隆和在E.coli中表达

通过对构建的人胎脑cDNA文库进行大规模测序,发现一条人类新基因,序列与仓鼠asr2序列高度同源,达88％,命名为人类抗砷相关基因（human arsenic resistance related gene.hARRG),hARRG与抗砷基因相关序列ARS2（AF082871）几乎完全全同源,仅比它短253bp,hARRG并不是全长基因而仅是一个cDNA片段,为了获得hARRG全长cDNA,运用Northern blot电子RACE和5－SMART－RACE的方法克隆了一条2999bp 的hARRG全长cDNA,通过Unigene染色体定位于7q21.3,经过生物信息学分析发现,该cDNA有完整的读码框,编码一个788个氨基酸的蛋白,预计分子质量为89．2ku,并在大肠杆菌中获得了成功表达。     

甘蔗抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆及生物信息学分析

电子克隆是随着EST计划和生物信息学发展起来的基因克隆策略。运用电子克隆的方法获得甘蔗S-APX2基因。以水稻中一个基因OsAPX2为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行预测和分析。获得一个甘蔗APX基因S-APX2的cDNA序列全长,该序列长1110bp,包含一个完整的975bp的ORF,编码324个氨基酸;属于疏水性蛋白,编码蛋白含有Heme binding site,Substrate binding site,K+binding site,Ascorbate-peroxidase结合位点和保守域,属于Plant-peroxidase-like Superfamily家族;亚细胞定位分析显示,编码蛋白位于植物细胞的线粒体中。具有5个丝氨酸磷酸化位点,9个苏氨酸磷酸化位点以及1个酪氨酸磷酸化位点;存在信号肽但是无跨膜结构域,二级结构由30.74%α螺旋、13.92%延伸链和40%无规则卷曲组成;且与水稻、玉米等其他植物的APX具有高度的同源性。电子克隆获得了完整的甘蔗APX基因全长cDNA。     

柑桔种子贮藏蛋白基因部分序列的克隆

应用染色体步移技术从柑桔优良品种锦橙(Citrus sinensis cv．Jincheng)的总DNA中获得一条长度为2054bp的片段．序列分析结果表明，该片段含有柑桔种子贮藏蛋白基因(citrin)的5’端部分序列，并且它与同一物种的伏令夏橙(C．sinensis cv．Valencia)的citrin是高度同源的．从而证明，已克隆并获得了锦橙种子贮藏蛋白基因的部分序列．     

中华补血草金属硫蛋白基因的克隆及高盐处理下的表达模式分析

以中华补血草叶片为材料,提取其总RNA并反转录cDNA,并以cDNA为模板,克隆得到包含该基因完整开放阅读框的cDNA序列,序列分析表明,该基因开放阅读框长249 bp,编码82个氨基酸;该蛋白含有14个半胱氨酸,主要分布在蛋白质的N端和C端,呈CC,CX,CXXC形式排列.预测该蛋白分子质量为8 133.1 D;等电...     

人转铁蛋白基因的克隆及序列分析

目的:克隆人转铁蛋白基因并对其编码序列进行分析.方法:以人胎肝cDNA为模板,利用PCR方法克隆人转铁蛋白基因;通过与基因组序列对比分析基因组结构;通过TargetP 1.1和SignalP 3.0预测信号肽;通过Clustal X(1.81)进行蛋白序列联配.结果:PCR扩增了一个长2 160 bp的基因片断,序列分析表明其覆盖了完整编码框,编码由698个氨基酸组成的人转铁蛋白.进一步分析发现人转铁蛋白基因有19个外显子和18个内含子,编码人转铁蛋白N端具有19个氨基酸组成的信号肽序列.人转铁蛋白与猩猩、猴子、兔子和老鼠的转铁蛋白氨基酸相似率分别为94%、91%、78%、73%.生物信息分析表明,人转铁蛋白含有高度保守的参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点,有两个序列较同源的结构域.结论:成功克隆人转铁蛋白基因,人转铁蛋白与其它物种转铁蛋白同源.     

拟南芥AtERF1蛋白的原核可溶性表达及多克隆抗体的制备

转录因子AtERF1属于ERF/AP2家族的B3亚家族,参与植物的防卫反应.根据密码子简并原理,用基因全合成的方法合成了满足大肠杆菌密码子嗜好的编码拟南芥AtERF1蛋白的碱基序列,并将其克隆到原核表达载体pET-29b.将表达载体AtERF1-pET-29b转入大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG成功诱导表达了分子量约30kD的AtERF1蛋白,该蛋白主要以可溶性蛋白的形式存在.以该蛋白为抗原免疫家兔,制备出的多克隆抗体经免疫双扩散测定效价达1∶16,Western blot检测表明该抗血清与AtERF1蛋白识别良好.AtERF1抗体的制备为进一步从生化水平上研究AtERF1的功能奠定了良好基础.     

实时荧光定量PCR检测疫霉侵染下辣椒ERF基因的差异表达

本研究利用real-time荧光定量PCR技术检测辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici.)胁迫下辣椒抗病基因ERF的mRNA转录水平变化.结果表明:与对照相比,疫霉侵染下辣椒ERF基因的表达量随着胁迫时间延长呈现出先升高后降低的变化特点,该基因在早期被诱导表达,在胁迫6h后表达量达到最大值,之后逐渐下降...     

簸箕柳AP2/ERF家族基因的全基因组分析

为了研究簸箕柳AP2/ERF转录因子家族的成员和分类,及后续深入探究其在簸箕柳生长发育过程中的功能,本文基于簸箕柳基因组数据,利用生物信息学技术和方法,对簸箕柳的AP2/ERF家族基因进行鉴定、分类及染色体定位,并对其理化性质、基因结构、保守结构域、表达模式等进行分析.结果表明,簸箕柳含有178个AP2/ERF家族基因,并根据AP2/ERF保守域的数量与拟南芥AP2/ERF家族基因的进化关系将其划分成AP2、ERF、RAV和Soloist亚家族4类.此外组织表达模式分析结果显示,簸箕柳AP2/ERF家族基因的表达具有明显的组织特异性,且在leaf、root、shoot、flower中表达较强,在其他组织中表达较弱.     

花生过敏小鼠腹腔肥大细胞SOC活性与ROS相关性研究

研究花生过敏状态下的C57BL/6小鼠腹腔肥大细胞的激活与钙离子通道之间的内在联系, 以及探讨肥大细胞钙离子通道与ROS(reactive oxygen species)之间的关系. 18只雌性C57BL/6小鼠随机分为PBS组(A组)、花生过敏模型组(B组)、vitamin A和vitamin E灌胃治疗组(C组). 酶联免疫吸附实验检测各组腹腔上清液中特异性的IgE和IgG2a水平, 以及细胞因子的变化, 另外测定腹腔上清液与血清中的组胺、ROS含量. 腹腔灌洗液中细胞涂片, 进行肥大细胞计数和脱颗粒比例统计, 荧光共聚焦显微镜观察腹腔肥大细胞钙离子通道SOC(Store oprated channel)的活性. 腹腔上清液中花生特异性IgE、IL-4、IL-10、组胺、ROS、血清中的组胺和ROS、腹腔灌洗液中肥大细胞总数、肥大细胞脱颗粒比例, 都呈现出A组相似文献   

bicoid RNA localization requires specific binding of an endosomal sorting complex

bicoid messenger RNA localizes to the anterior of the Drosophila egg, where it is translated to form a morphogen gradient of Bicoid protein that patterns the head and thorax of the embryo. Although bicoid was the first localized cytoplasmic determinant to be identified, little is known about how the mRNA is coupled to the microtubule-dependent transport pathway that targets it to the anterior, and it has been proposed that the mRNA is recognized by a complex of many redundant proteins, each of which binds to the localization element in the 3' untranslated region (UTR) with little or no specificity. Indeed, the only known RNA-binding protein that co-localizes with bicoid mRNA is Staufen, which binds non-specifically to double-stranded RNA in vitro. Here we show that mutants in all subunits of the ESCRT-II complex (VPS22, VPS25 and VPS36) abolish the final Staufen-dependent step in bicoid mRNA localization. ESCRT-II is a highly conserved component of the pathway that sorts ubiquitinated endosomal proteins into internal vesicles, and functions as a tumour-suppressor by removing activated receptors from the cytoplasm. However, the role of ESCRT-II in bicoid localization seems to be independent of endosomal sorting, because mutations in ESCRT-I and III components do not affect the targeting of bicoid mRNA. Instead, VPS36 functions by binding directly and specifically to stem-loop V of the bicoid 3' UTR through its amino-terminal GLUE domain, making it the first example of a sequence-specific RNA-binding protein that recognizes the bicoid localization signal. Furthermore, VPS36 localizes to the anterior of the oocyte in a bicoid-mRNA-dependent manner, and is required for the subsequent recruitment of Staufen to the bicoid complex. This function of ESCRT-II as an RNA-binding complex is conserved in vertebrates and may clarify some of its roles that are independent of endosomal sorting.     

ND3、NF-κB在遗传性糖尿病长爪沙鼠肝脏、肾脏中的表达定位

的 比较正常血糖长爪沙鼠和自发遗传性糖尿病长爪沙鼠肝脏和肾脏组织中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位3(NADH dehydrogenase 3,ND3)和核转录因子κb(nuclear factor κB,NF-κB)蛋白的表达定位差异。方法 选取正常血糖长爪沙鼠和自发遗传性糖尿病长爪沙鼠各6只,分别采集动物的肝脏和肾脏组织,利用免疫组织化学检测ND3、NF-κB在各组织中的定位和表达水平。结果 ND3、NF-κB表达于长爪沙鼠肝脏实质细胞胞质中,与对照动物相比,糖尿病长爪沙鼠肝脏中NF-κB表达显著升高;ND3还表达于长爪沙鼠肾脏肾小管上皮细胞胞质中,且与对照动物相比,糖尿病长爪沙鼠肾脏中ND3表达显著升高。结论 在糖尿病长爪沙鼠中,ND3显著高表达于肾脏肾小管上皮细胞,NF-κB显著高表达于肝实质细胞,提示肾脏中ND3和肝脏中NF-κB的异常升高可能参与长爪沙鼠糖尿病的发生和发展。     

淀粉-变压器油电流变流体性能的实验研究

电流变流体是一种新型的智能材料,其力学性质和流变性质不易测定,因此大大限制了它在工业中的实际应用.该文介绍了一种测定电流变流体性能的方法,并在所设计的Rheotest型电流变体性能测试装置上对淀粉一变压器油体系的性能进行了实验测定,得到了一系列有用的结论.     

新型电流变液体减振器数学模型研究

介绍了以电流变技术为基础的新型电流变流体减振器的工作原理,建立了它的数学模型,描述了新型电流变液体减振器阻尼与电场之间的关系,在理论上将压降分成流体粘性阻尼引起部分和控制电场引起部分,该模型为新型电流变流体减振器的力学分析与计算提供了理论基础。