一个预测RNA二级结构的回溯算法

本文讨论了一个预测RNA二级结构的回溯算法。该算法根据极大基配对的原则按字典顺序产生所有可能的二级结构。它的时间复杂性是O(n~2),空间复杂性是O(n)。     

RNA二级结构自动绘图系统的构建

给出了带假结的RNA二级结构自动绘画系统以及自由能的处理．用软件实现此方法可以把以碱基匹配表示的RNA分子二级结构自动转化为图形表示．     

RNA二级结构预测的神经网络方法

针对利用经典的随机上下文无关文法(SCFG)等模型对RNA(R ibonucle ic ac id)二级结构进行预测时,存在计算复杂性问题,该文给出了RNA二级结构的“新二级结构单元标签”(N SSEL)表示,相应提出了一种新的RNA二级结构预测的神经网络方法。这种二级结构的N SSEL表示格式很容易转换成常用的CT格式。基于tRNA数据集的实验表明,在完全相同的训练与测试数据集下,该方法,较之性能最好的B JK与BK 2等SCFG模型,其预测精度与相关系数都有所提高,证明了所提方法的可行性与有效性。由于神经网络启发式方法不存在计算时间复杂性问题,因此可望将此法用于预测SCFG等算法难以处理的大于1 000个碱基的长RNA序列的折叠问题。     

RNA二级结构预测算法及图形表示

在生物大分子ＲＡＮ序二级结构预测的算法中使用了溯算法，并对ＲＮＡ二级结构预测的结果实现图形表示。     

RNA二级结构预测的计算语言学方法

RNA是一类重要的生物大分子,计算语言学方法把RNA序列看成是具有一定语法规则的语句,通过这些语法规划来分析RNA序列中存在的碱基配对关系,也就是它的语义,从而得到该序列的二级结构,本文阐述了该类方法预测RNA二级结构的原理及实现。     

基于免疫与神经网络的 RNA 二级结构预测

RNA二级结构预测是生物信息学领域的一个热点问题,通过计算机仿真模拟和数学建模计算来“预测”这些结构信息,具有较好的参考价值以及可信度,并能够节省大量的时间与成本。本文通过改进传统的RNA二级结构预测算法,提出了混沌Hopfield神经网络算法算法。算法以茎区作为神经元,同时采用相似距离函数、对神经元的初始值进行优化,在获得初步结果后,通过使用混沌函数优化结果,使得其跳出局部最优解,提高了全局搜索能力,能简单、快速规范的获得最优解。仿真结果表明,本算法能够有效的对RNA二级结构进行预测,有较好的的预测效果。     

RNA二级结构点括号图与CT文件表示法的相互转换算法研究

由于RNA二级结构表示方法对其功能和相似性的研究具有关键性作用,通过对现有RNA二级结构的各种表示方法进行讨论,重点介绍了点括号图表示法和二级结构平面图文本（CT文件）表示法,给出二者之间的相互转换算法,并通过实例验证了该转换算法准确、有效,可为研究RNA二级结构的相似性提供有效的数据支持.     

SARS病毒RNA二级结构及RNAi作用靶位的计算机预测

该研究使用两个基于不同算法的RNA二级结构预测软件RNAstructure 3．71和RNAdraw V1．1b2，通过对SARS冠状病毒BJ01和TOR02株的基因组序列的二级结构进行计算机初步模拟，得到可能用于RNAi作用药物设计的6个结构．     

基于进化神经网络的RNA二级结构预测方法

本文提出了一种基于进化神经网络预测RNA二级结构的方法.该方法利用进化算法优化了神经网络结构和权值,改善了传统BP人工神经网络容易陷入局部最优等缺陷.实验结果表明该算法能够获得一个最优结构和权值的神经网络,利用该网络去预测不带伪结的RNA二级结构能获得理想的效果,敏感性和相关系数都有所提升,证明了该改进算法的可行性.     

B2SINE RNA和HEXIM1蛋白相互作用的研究

构建了带FLAG多肽标签的hHEXIM1( HMBA-inducible protein 1)蛋白真核表达载体,在人胚胎肾细胞(human embryonic kidney 293 cells,HEK293 cells)中检测蛋白表达正确后,将该质粒转入小鼠的成纤维细胞(NIH3T3细胞)中,进行anti-FLAG的免...     

SAFB1蛋白的表达纯化及其对乳腺癌细胞抑制作用的验证

利用RT-PCR方法从7721细胞系中分离野生型SAFB1基因,将该基因分别克隆入PET28a和pcDNA3.1载体来构建原核表达及真核表达载体.重组质粒经IPTG诱导表达后亲和层析纯化,用Western印迹实验验证蛋白表达的正确性.将SAFB1基因转入MCF7中,以RT-PCR的方法检测蛋白的表达,检测其对XOR基因的调控作用及做生长曲线验证其对乳腺癌细胞抑制作用.结果证实了SAFB1对乳腺癌细胞生长抑制作用非常明显,且对XOR基因的表达有一定的抑制作用.     

八氢番茄红素脱氢酶的分子结构及其与达草灭相互作用分析

八氢番茄红素脱氢酶(Phytoene desaturase,PDS)是除草剂达草灭的靶点,作者对野生型和两种定点突变型PDS的二维和三维结构进行预测,并通过DOCK6.5进行PDS与达草灭的分子对接比较,利用Gromacs进行分子动力学模拟,使用Amber9中的mm_pbsa.pl分析能量分布及变化,使用LIGPLOT+软件进行氢键分析确认结合氨基酸位点.结果表明突变对二维和三维结构无影响,但是在达草灭存在的情况下,突变的PDS有更高的结合能以及更弱的结合稳定性,更难以与达草灭结合,找到突变PDS蛋白对达草灭具有抗性的分子证据.     

The role of the leucine zipper in the fos-jun interaction

Mutagenesis of the fos protein supports the hypothesis that a heptad repeat of leucine residues stabilizes the interaction between the fos and jun proteins. We show that the complex between fos and jun can bind to DNA more tightly than either protein alone and that basic residues adjacent to the leucine repeat of fos contribute to the DNA-binding potential of the complex.     

缙云山森林次生演替序列群落结构,物种多样性与稳定性关系

基于物种多样性导致稳定性理论,从层次结构和物种多种性指数方面着手,测度和分析了缙云山森林次生演替序列群落的物种多样性与稳定性关系．结果表明,随着群落稳定程度的增加,灌木层、乔木层个体数比例增大,而草本层比例则呈下降趋势;相对稳定的顶极群落,各层次的物种多样性指数（Ｈ）和均匀度指数（Ｊ）波动水平较小;不稳定的发展中群落,各层次的Ｈ和Ｊ波动水平较大,灌木层和草本层建立初期Ｈ和Ｊ较高,以后下降;而乔木层建立初期Ｈ和Ｊ较低,以后上升,最后各层次的Ｈ与Ｊ均趋向一致．测定方法上,认为物种多样性指数和均匀度指数比层次结构图更为有效．